Archives par tags: ligne de commande

Didacticiel :
Introduction à la ligne de commande

Langage : Shell
Niveau : Grand débutant
Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile pour par exemple des biologistes qui veulent s'essayer à la bioinformatique...

Découverte :
Introduction aux pipelines

Il vous est peut-être arrivé d'attendre qu'un logiciel A ait fini son travail pour pouvoir lancer un logiciel B, qui lui utilise la sortie du logiciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez vérifier régulièrement s’il a fini, cela peut très vite devenir fatigant. Une bonne solution serait de faire que le logiciel B s'exécute automatiquement quand A a fini et c'est cela que l'on appelle un pipeline...

Astuce :
Command line Tips : passage de variable dans awk

But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne).
Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice).
Difficulté : 2/5 (Facile)
Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les plus représentés du fichier PDB ci-dessous (un mot, un fichier)...