En ces temps hivernaux, virus et infections bactériennes sont de retour (pour vous jouer un mauvais tour...). Les campagnes de prévention et de soin sont donc de sortie, et parmi elles la célèbre : "Les antibiotiques, c'est pas automatique". Si ce slogan est bien rentré dans la tête des gens, la raison pour laquelle il a été édicté l'est moins. Je vous propose donc d'explorer celle-ci à travers le spectre bio-informatique !
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Après vous avoir parlé de Métagénomique et de filtre de Bloom, voici un article fusionnant les deux concepts en un algorithme !
Image issue de commons.wikimedia.org
Pour rappel, la métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un milieu donné. On passe généralement par un séquençage NGS et on récupère un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lectures, ou "reads") pour chaque échantillon biologique analysé...
La croisade contre les Albigeois, vers 1208. Manuscrit tiré des "Chronique de France ou de Saint Denis", 1325-1350. Source : Wikimedia Commons.
Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent :
la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables...
On vous avait dit il y a peu qu'on allait vous parler du Congrès international sur le microbiome humain (International Human Microbiome Congress 2012). Pour quelques raisons, votre humble serviteure a tardé avec son forfait. Mais voici que c'est maintenant chose faite : nous espérons que la frustration sera vite oubliée 😉
Je vous avais déjà présenté le Congrès, donc je ne le referai pas ici...
Qu'est ce que la métagénomique ?
Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que les interactions entre ces génomes...
