Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent...
CC-BY Jonathan Sobel/ Hackuarium
Vous aimez la bière et la science ? Vous voulez connaître la composition de votre mousse favorite ? Vous avez envie de goûter de nouvelles bières proches de celles que vous connaissez, ou complètement différentes ?
Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bioinformatique dans les laboratoires citoyens. Aujourd'hui, un projet sympathique de séquençage et d’analyse biochimique voit le jour à Renens (Suisse, VD)...
L'ACP, ou Analyse en Composantes Principales, est une méthode d'exploration de données qui consiste à réduire la dimensionnalité du problème pour en extraire l'essentiel. Par une projection dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suffisamment on peut en faire un outil de diagnostic graphique. Comme c'est une projection, il est important de comprendre qu'on perd de l'information dans le processus, mais cela permet d'interpréter plus facilement les données...
