Étiquette : pipeline

  • Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

    Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

    Pour avoir été client des articles ("Sna­ke­make pour les nuls",  "For­ma­li­ser ses pro­to­coles avec Sna­ke­make" et "Sna­ke­make, aller plus loin avec la paral­lé­li­sa­tion") de mon pré­dé­ces­seur lelouar, j'ai déci­dé d'apporter ma pierre à l'édifice et de conti­nuer cette série sur Sna­ke­make. Je vais ici vous par­ler de géné­ra­li­sa­tion de pipe­line pour l'utilisation inten­sive au sein…

  • La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

    La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

    En ces temps hiver­naux, virus et infec­tions bac­té­riennes sont de retour (pour vous jouer un mau­vais tour…). Les cam­pagnes de pré­ven­tion et de soin sont donc de sor­tie, et par­mi elles la célèbre : "Les anti­bio­tiques, c'est pas auto­ma­tique". Si ce slo­gan est bien ren­tré dans la tête des gens, la rai­son pour laquelle il a…

  • Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi‑C ? Exemple d'utilisation de HiC-pro

    Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi‑C ? Exemple d'utilisation de HiC-pro

    Par­tir de quel­conques don­nées de séquen­çage haut débit brutes pour arri­ver à une ana­lyse com­plète demande au mieux, une cer­taine pra­tique de ces tech­no­lo­gies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipe­line repo­sant sur tout un tas d'outils. Il fau­dra pro­ba­ble­ment des heures pour com­prendre les para­mètres de cha­cun d’entre eux…

  • Nextflow, pour votre prochain pipeline ?

    Nextflow, pour votre prochain pipeline ?

    Pour commencer Vous savez déjà tout sur les pipe­lines et les bonnes pra­tiques de déve­lop­pe­ment. Vous faites bien évi­dem­ment de la recherche repro­duc­tive. Vous tra­vaillez peut-être avec un clus­ter. Vous avez écrit votre propre pipe­line en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à dif­fé­rents scripts et outils (voire même l'appel à…

  • Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

    Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

    Bon­jour à tous, et bien­ve­nue dans le pre­mier épi­sode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipe­line : Sna­ke­make. Si vous ne connais­sez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûre­ment pas­sés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les béné­fices de retrans­crire vos pipe­lines déjà…

  • Clusters et pipelines avec LSF

    Clusters et pipelines avec LSF

    Aujourd'hui petit mash-up de deux articles pré­cé­dem­ment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais pro­mis, je vais vous pré­sen­ter ma méthode pour faire du pipe­li­ning avec le ges­tion­naire de res­sources de notre clus­ter. Si vous n'avez pas com­pris la phrase pré­cé­dente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipe­lines et celui sur les…

  • Introduction aux pipelines

    Introduction aux pipelines

    Il vous est peut-être arri­vé d'attendre qu'un logi­ciel A ait fini son tra­vail pour pou­voir lan­cer un logi­ciel B, qui lui uti­lise la sor­tie du logi­ciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez véri­fier régu­liè­re­ment s’il…