Archives par tags: RNA-seq

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Non il ne s'agit pas d'enrichissement d'uranium ! (U.S. Department of Energy, Domaine Public)
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques)...

Astuce :
RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

(Marco Bellucci, CC BY)
Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré :
À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ?
Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats, plus on a de puissance statistique pour détecter les gènes différentiellement exprimés...

Découverte :
L'analyse de données RNA-seq: mode d'emploi

Un jour, un biologiste se pointe chez vous avec d'une part un disque dur externe dans la main, d'autre part l'air soucieux. Il veut que vous analysiez ses données RNA-seq. Le disque, c'est parce qu'il a environ 50Gb de données à vous transmettre; l'air soucieux, c'est parce qu'elles ont coûté dans les 15'000 euros, et qu'il espère que pour une fois il a pas trop foiré ses manips. Il compte sur vous, vu qu'il n'a aucune idée de ce qu'il a entre les mains, mais il veut des p-valeurs en sortie, et des petites, s'il vous plaît...

Découverte :
Analyse des données de séquençage à ARN

Depuis quelques années, le domaine du séquençage de l'information génétique est rentré dans une nouvelle ère: “le séquençage de seconde génération”. Cette avancée technologique a permis une analyse plus en profondeur de l'ADN et l'ARN. Nous pouvons citer parmi ces nouvelles technologies le ChIP-seq (Chromatine Immuno Precipitation sequencing) ou RNA-seq (Séquençage à ARN).
Le projet de thèse que je mène en ce moment porte sur l'étude de l'évolution de l'épissage alternatif ainsi que ses éléments régulateurs chez les vertébrés...