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Découverte :
Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont devenus plus productifs.

Mais l’impact sur les scientifiques est plus mitigé...

Didacticiel :
Introduction à la ligne de commande

Langage : Shell
Niveau : Grand débutant
Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile pour par exemple des biologistes qui veulent s'essayer à la bioinformatique...

Astuce :
Analyses rapides de fichiers

Langage : shell, sous GNU/Linux
Commandes présentées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut
Niveau : débutant
Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous assurer que nos fichiers sont bien formatés et contiennent bien le nombre de lignes, champs ou éléments attendus...

Astuce :
Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

Langage : shell
Commande présentée : join
Niveau : débutant
Présentation de la commande join
La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux fichiers mais elle ne se limite pas à ce seul cas...

Astuce :
Chercher des motifs dans un fichier

Langage : shell
Commandes présentées : grep, split (succintement)
Niveau : débutant
Présentation de la commande grep
La commande grep est disponible nativement sur la plupart des systèmes d'exploitation GNU/Linux. La plupart des utilisateurs utilisent cette commande pour rechercher un mot ou un groupe de mots, que nous appellerons motif (pattern en anglais), dans un fichier texte. Cependant cette commande ne se limite pas à du simple cas par cas...

Astuce :
Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

But : comprendre le fonctionnement de getopt en Bash pour éviter la multiplications de script là où un seul générique pourrait suffire.
Prérequis : savoir faire des scripts Bash, connaître la substitution de commande et savoir manipuler les arguments.
Difficulté : 2 (moyen)
Pour ceux qui codent en Perl, vous connaissez déjà sûrement le module GetOpt et plus particulièrement son extension GetOpt::Long (ou encore le module getopt du langage Python)...