Étiquette : shell
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Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique
Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont…
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Introduction à la ligne de commande
Langage : ShellNiveau : Grand débutant Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile…
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Analyses rapides de fichiers
Langage : shell, sous GNU/Linux Commandes présentées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débutant Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous…
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Fusionner des fichiers entre eux : la commande join
Langage : shell Commande présentée : join Niveau : débutant Présentation de la commande join La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux…
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Chercher des motifs dans un fichier
Langage : shellCommandes présentées : grep, split (succintement)Niveau : débutant Présentation de la commande grep La commande grep est disponible nativement sur la plupart des systèmes d'exploitation GNU/Linux. La plupart des utilisateurs utilisent cette commande pour rechercher un mot ou un groupe de mots, que nous appellerons motif (pattern en anglais), dans un fichier texte. Cependant cette commande…
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Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt
But : comprendre le fonctionnement de getopt en Bash pour éviter la multiplications de script là où un seul générique pourrait suffire. Prérequis : savoir faire des scripts Bash, connaître la substitution de commande et savoir manipuler les arguments. Difficulté : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connaissez déjà sûrement le module GetOpt et plus…