Archives par tags: statistiques

Découverte :
Julia: le successeur de R ?

Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout nouveau langage.
 
À l'origine
La principale raison du succès de R est le système de "packages" qui a permis à chaque labo d'écrire et de rendre facilement récupérable le code qui résout son problème particulier...

Suivez l'guide :
Tests Statistiques : suivez l'guide

Introduction : Pourquoi des tests statistiques ?

Les tests statistiques sont de puissants outils d’aide à la décision pour le chercheur, qui lui permettent de vérifier des hypothèses expérimentales, avec un certain seuil de probabilité. Ces tests sont simples à appliquer, mais parfois moins simples à comprendre. C’est pourquoi nous allons étudier ensemble ces tests pas à pas afin que vous puissiez comprendre quel test utiliser pour vos données, comment l’appliquer et comment utiliser ces résultats...

Découverte :
L'analyse de données RNA-seq: mode d'emploi

Un jour, un biologiste se pointe chez vous avec d'une part un disque dur externe dans la main, d'autre part l'air soucieux. Il veut que vous analysiez ses données RNA-seq. Le disque, c'est parce qu'il a environ 50Gb de données à vous transmettre; l'air soucieux, c'est parce qu'elles ont coûté dans les 15'000 euros, et qu'il espère que pour une fois il a pas trop foiré ses manips. Il compte sur vous, vu qu'il n'a aucune idée de ce qu'il a entre les mains, mais il veut des p-valeurs en sortie, et des petites, s'il vous plaît...

J'ai lu :
J'ai lu: Statistiques pour statophobes

Bonjour à tous. J'aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d'une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter.

Abstract:
"Une introduction au monde des tests statistiques à l'intention des étudiants qui n'y entravent que pouic et qui détestent les maths par-dessus le marché...

J'ai lu :
J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

Suite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ».
Bioinformatique – Génomique et post-génomique
Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs...

Découverte :
Bioconductor

Bioconductor
Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser.
Qu'est-ce donc ?
Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir aux biologistes, un ensemble de programmes pour l'analyse de données, faciles à mettre en place et à utiliser...

Journal Club :
Revue de presse : Le printemps, les oiseaux et ... la biblio

Je dois l'avouer : ce mois est un cauchemar. Il y avait une tonne de choses passionnantes ! Alors, le choix d'en laisser certains en dehors m'a causé des nuits blanches... Je plaisante. J'en ai choisi donc quelques-unes espérant que le mélange gourmand et croquant fasse de l'ombre aux émissions culinaires de M6 (clin d'oeil aux Guignols). Bonne lecture !
Quelques papiers intéressants sont parus en avril dans Nature Methods...