Le site du NCBI "un peu" plus moderne grâce aux extensions de navigateurs

« Pour la semaine pro­chaine vous allez devoir trou­ver et étu­dier l’article sur le site du NCBI [insé­rer un nom bien com­pli­qué ici] »

Pas­sée la décep­tion d’avoir à se plon­ger dans un article obs­cur en anglais, on ouvre l’article en ques­tion et là… on découvre un énorme pavé de texte ma foi fort inté­res­sant mais assez pénible à lire.

Ça c’est le cas auquel j’ai été le plus confron­té mais vous pou­vez l’adapter à toutes situa­tions où il faut aller sur le site du NCBI (que ce soit pour cher­cher une séquence FASTA ou com­plé­ter sa biblio).

La pro­blé­ma­tique ici ne concerne pas le conte­nu mais la mise en forme, ce qui peut sem­bler tri­vial. Mais dans les faits, plus l’interface est agréable et épu­rée, plus elle per­met de cher­cher rapi­de­ment les dif­fé­rentes infor­ma­tions (et d’éviter de faire la gri­mace à chaque char­ge­ment de page).

Après un cours de bio-info où le prof nous pré­sen­tait le sys­tème de recherche sur le site du NCBI : (Entrez), je me suis pro­po­sé de coder une petite exten­sion qui chan­ge­rait un peu l’interface du site, en atten­dant qu’aux US, ils mettent à jour leur site 😊.

L'extension : NCBI-RookieUI

(Roo­kie parce que je suis un noob débute).

Roo­kieUI est dis­po­nible sur le Chrome Webs­tore et sur Fire­fox. Il s'agit essen­tiel­le­ment d'un bon paquet de fichiers CSS et de quelque lignes javas­cript qui sont injec­tés dans le navi­ga­teur.

Le fichier manifest, "coeur" de l'extension

Pour réa­li­ser une exten­sion très simple, per­met­tant d'injecter du CSS et du JS, on crée un fichier "manifest.json":

Fichier CSS (ici c'est un exemple, Roo­kieUI compte plus de vingt fichiers CSS, un pour chaque sec­tion du site):

Enfin, dans le dos­sier où se trouve le fichier mani­fest, on insère les fichiers CSS et le javas­cript et hop ! On obtient une exten­sion de base (com­pa­tible pour les deux navi­ga­teurs).

Chrome et Firefox

La publi­ca­tion de l'extension m'a ame­né à consi­dé­rer les dif­fé­rences de poli­tiques de publi­ca­tion sur les stores res­pec­tifs des navi­ga­teurs Chrome et Fire­fox. Sur Chrome, on envoie un package .zip et on s'acquitte d'un paie­ment de 5$ pour béné­fi­cier du droit de publier des articles (20 maxi­mums). Cinq minutes plus tard, l'extension est dis­po­nible et réfé­ren­cée.

Contrai­re­ment à Chrome, pour Fire­fox la publi­ca­tion est gra­tuite. Le .zip est envoyé, scan­né pour véri­fier les erreurs puis sou­mis aux révi­sions de déve­lop­peurs et béné­voles chez Mozilla… et là on attend. Cela peut durer quelques heures pour les plus chan­ceux, jusqu'à quelques mois. Roo­kieUI a été approu­vé au bout de deux semaines (après avoir direc­te­ment contac­té un des déve­lop­peurs sur le forum) ce qui peut sem­bler long par rap­port à Chrome mais assez court pour une sou­mis­sion "ordi­naire" à Mozilla.

On peut consta­ter ici qu'il y a deux manières d'aborder la ques­tion des filtres qua­li­ta­tifs : Google d'un côté qui "faci­lite" les publi­ca­tions et empêche de trop nom­breux trolls en pas­sant par la caisse ; et d'un autre Mozilla, fon­da­tion à but non lucra­tif, qui impose a prio­ri un filtre plus res­ser­ré mais avec un délai très long (j'espère que ce sera pas aus­si long à chaque mise à jour).

Captures d'écran (avant/​après):

Ce dia­po­ra­ma néces­site JavaS­cript.

Si vous avez des remarques sur Roo­kieUI, des idées d'éléments à modi­fier, à ajou­ter, des pro­po­si­tions de thèmes, n'hésitez sur­tout pas à le dire pour l'intégrer dans les pro­chaines ver­sions. Les fichiers sources sont dis­po­nibles sur GitHub

Je vou­drais vrai­ment remer­cier tous ceux qui m'ont conseillé sur l'IRC #bioin­fo-fr, pour l'extension en elle-même et Max, Estel et Nisaea pour la relec­ture de ce pre­mier article sur le site 🙂