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Présentation du parcours de bio-informatique BIM à Nice

cré­dits : Uni­ver­si­té Côte d'Azur

Le par­cours bio-infor­ma­tique BIM existe en licence et en mas­ter, à Nice, depuis plus de 10 ans. À l'occasion de sa refonte en 2019, une petite pré­sen­ta­tion s'impose !


Présentation

Le par­cours bio-infor­ma­tique BIM a pour objec­tif de for­mer des étu­diants ayant une for­ma­tion ini­tiale en bio­lo­gie et/​ou bio-infor­ma­tique aux approches de bio-infor­ma­tique, d'analyse de don­nées de grande dimen­sion, et de modé­li­sa­tion, notam­ment pour des appli­ca­tions dans les domaines des Omiques et de l'Ima­ge­rie. Ces com­pé­tences leur per­met­tront d’analyser, inter­pré­ter, modé­li­ser et gérer les don­nées numé­riques mas­sives en sciences de la vie, quel que soit le champ d’application envi­sa­gé (géné­tique, éco­lo­gie, neu­ro­lo­gie, méde­cine…).

Formation

La for­ma­tion de licence est un par­cours de L3 de la licence de Sciences de la Vie, ren­for­cé en :

  • infor­ma­tique pra­tique (Python, cours et pro­jet) et théo­rique
  • sta­tis­tiques
  • pro­jet plu­ri­dis­ci­pli­naire en binôme mêlant modé­li­sa­tion, infor­ma­tique et bio­lo­gie

En mas­ter, chaque année se découpe en semestre d'automne avec 5 UE à suivre, et semestre de prin­temps en stage long (5 mois en M1 et 6 mois en M2). Glo­ba­le­ment, les UE portent sur les thé­ma­tiques sui­vantes :

Bio­lo­gie /​ Bio­in­for­ma­tique : Tech­no­lo­gies omiques, évo­lu­tion, bio­chi­mie struc­tu­rale, ate­liers pra­tiques d'analyse de don­nées omiques.

Ima­ge­rie : Tech­niques basiques et avan­cées d'analyse d'image, outils d'acquisition d'images dans les sciences de la vie.

Mathé­ma­tiques : Sta­tis­tiques et modé­li­sa­tion.

Infor­ma­tique : Ini­tia­tion à la pro­gram­ma­tion, pro­gram­ma­tion orien­tée objet en Java, bases de don­nées.

Les lan­gages uti­li­sés sont essen­tiel­le­ment R, Python et Java

Com­pé­tences trans­ver­sales : Com­mu­ni­ca­tion scien­ti­fique, anglais scien­ti­fique, démarche qua­li­té, éthique et sécu­ri­té des don­nées.

À qui s'adressent ces formations ?

Le par­cours de licence L3 BIM est acces­sible à tout étu­diant ayant une L2 en bio­lo­gie ou sciences de la vie. Il n'y a abso­lu­ment aucun pré­re­quis en mathé­ma­tiques ou infor­ma­tique, mais il faut avoir envie d'aller s'y frot­ter !

Le par­cours bio-infor­ma­tique BIM du mas­ter Sciences du Vivant de l'université de Nice-Sophia Anti­po­lis est des­ti­né aux étu­diants ayant une solide for­ma­tion en bio­lo­gie. Une pre­mière approche de la pro­gram­ma­tion, par exemple au sein d'un cur­sus pré­cé­dent à visée mul­ti­dis­ci­pli­naire (comme une licence de bio-infor­ma­tique) est un bonus indé­niable. Le par­cours est ouvert aux étu­diants néo­phytes en pro­gram­ma­tion ayant un fort attrait pour l'informatique avec un pro­gramme adap­té.

Contact et informations supplémentaires

Pour la licence : par mail à marc.bailly-bechet_AT_unice.fr

Pour le mas­ter : sur le site web du par­cours, ou par mail aux res­pon­sables

Karine.Robbe_AT_unice.fr et Marc.Bailly-Bechet_AT_unice.fr

Le mot des anciens

Le mas­ter BIM m’a per­mis d’acquérir de nou­velles com­pé­tences en infor­ma­tique et bio­lo­gie-infor­ma­tique tout en conti­nuant d’étudier la bio­lo­gie et la géno­mique que j’avais déjà choi­sies en licence. Sans aucun pré-requis infor­ma­tique, cette double for­ma­tion m’a appris toutes les bases néces­saires grâce aux nom­breux pro­jets, TDs et stages orga­ni­sés. Et c’est ain­si que j’ai pu débu­ter, cette année, ma pre­mière année de thèse, tou­jours en bio­lo­gie-infor­ma­tique, au Labo­ra­toire AMIS sur Tou­louse. J’y étu­die désor­mais la géno­mique évo­lu­tive et l’ADN ancien.

Marine P., doc­to­rante au labo­ra­toire AMIS, Tou­louse

J’ai choi­si le par­cours /​ mas­ter BIM et je ne regrette pas une seule seconde ! Cela m’a per­mis d’affilier la bio­lo­gie et l’informatique qui sont deux domaines qui, à pre­mière vue, ne sont pas liés mais qui en réa­li­té vont de pair si l’on sou­haite faire avan­cer la Science. L’intérêt de BIM est de pou­voir s’intéresser à dif­fé­rentes thé­ma­tiques bio­lo­giques en uti­li­sant divers outils tech­niques.
Après mes études, j’ai tra­vaillé un an en tant qu’ingénieur bio-infor­ma­ti­cien (CDD) dans l’imagerie bio­mé­di­cale. Aujourd’hui je tra­vaille en tant qu’informaticien pur (CDI) pour élar­gir mon éven­tail de com­pé­tences et reve­nir plus tard en bio-info avec plus d’expérience tech­nique.

Kevin G., ingé­nieur chez Sopra Ste­ria

Mer­ci à Kevin G. et Yoann M. pour leurs relec­tures.

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