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Quel bioinformaticien êtes-vous ?

Il est temps de reprendre le cla­vier et de cal­mer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout dou­ce­ment en vous pro­po­sant aujourd'hui une vision que nous pen­sons juste, bien que par­fois un peu déca­lée, des divers types de bio­in­for­ma­ti­ciens exis­tants.

Si vous êtes vous-même un bio­in­for­ma­ti­cien aver­ti, ces dif­fé­rents "por­traits" devraient vous rap­pe­ler des col­lègues ou même, tout sim­ple­ment, vous. Alors que si vous êtes sur le deve­nir, cela vous per­met­tra de décou­vrir les dif­fé­rents types de per­sonnes que vous pour­rez avoir la chance de côtoyer après l'obtention de votre diplôme.

Vous l'aurez donc com­pris, l'idée ici est d'arriver à pré­sen­ter des pro­fils de bio­in­for­ma­ti­ciens avec leurs atouts et leurs fai­blesses à la fois.

Une der­nière pré­ci­sion : on parle dans cet article de dif­fé­rents genres de bio­in­for­ma­ti­ciens, mais cela ne veut abso­lu­ment pas dire qu'il n'y a pas de bio­in­for­ma­ti­ciennes, bien au contraire. Il s'agit juste ici du coté pra­tique de la rédac­tion. Mer­ci pour votre com­pré­hen­sion et bonne décou­verte.

Exam | albertogp123
Exam | albertogp123

Le scripteur

Computer cat | Steve Caddy
Com­pu­ter cat | Steve Cad­dy

Nous com­men­çons très fort en entrant dans un monde dan­ge­reux : le monde des trolls. En effet, qui dit scrip­teur dit lan­gage de pro­gram­ma­tion de pré­di­lec­tion. Vous aurez droit à tout : le python, c'est le lan­gage le plus puis­sant du monde, le perl, c'est juste bon à avoir mal à la tête, le ruby est sans contes­ta­tion pos­sible le lan­gage du futur… Bref je ne vais pas tous vous les faire, on y pas­se­rait la jour­née (voire plus). Géné­ra­le­ment donc, le scrip­teur porte un lan­gage dans son cœur et s'y tient. Sou­vent incol­lable sur toutes les petites astuces de ce der­nier, il affec­tion­ne­ra éga­le­ment de mai­tri­ser ses dif­fé­rentes librai­ries exo­tiques pour subli­mer ses résul­tats.

Le scrip­teur est uti­li­sé bien sou­vent pour l'analyse de gros jeux de don­nées bio­lo­giques. Il aime­ra s'aider des diverses banques de don­nées bio­lo­giques mises à sa dis­po­si­tion sur le web ou en interne dans son labo­ra­toire.

 

Le bash lover

Command line makes me feel cool | Travis Isaacs
Com­mand line makes me feel cool | Tra­vis Isaacs

Ceux-là n'ont besoin que d'une seule chose pour pou­voir tra­vailler : un ter­mi­nal. La puis­sance de ce der­nier fait que, quand on mai­trise son lan­gage, tout devient pos­sible. Ces bio­in­for­ma­ti­ciens sont sou­vent assi­mi­lés à des "maitres jedis" ou sont géné­ra­le­ment les grands "gou­rous" des labos. C'est en effet tou­jours assez impres­sion­nant pour nos amis bio­lo­gistes de voir un homme "par­ler" à un ordi­na­teur. Pour peu que le bash soit en fond noir avec le texte en vert (Matrix) et là vous aurez tout le res­pect de vos col­lègues…

Blague à part, ces bio­in­for­ma­ti­ciens sont sou­vent assi­mi­lés aux scrip­teurs. Mais n'allez sur­tout pas leur dire, car dans leur tête c'est bien deux mondes dif­fé­rents ! On ne mélange pas les tor­chons avec les ser­viettes 😉 . Sans par­ti pris, je pense pou­voir dire que les deux se valent à niveau égaux. L'un aime­ra par­tir de zéro, l'autre aime­ra avoir des petites fonc­tions magiques déjà toutes faites à appe­ler de temps en temps.

Le codeur fou

Master in Computer Architecture, Network and Systems | rofi
Mas­ter in Com­pu­ter Archi­tec­ture, Net­work and Sys­tems | rofi

Ce genre-là est assez para­doxal. Il aurait très bien pu s'en tenir à l'informatique pure et dure, des 1 et des 0 avec un poil d'algorithmique. Mais ces gens-là aiment l'idée de pou­voir com­bi­ner les choses, et allier la bio­lo­gie à l'informatique les a sans doute séduit. Quoique vous leur deman­de­rez, bizar­re­ment, leur solu­tion ne ten­dra jamais vers la faci­li­té. Leur esprit com­plexe et tor­du les amène sou­vent à réin­ven­ter la roue. Cer­taines rumeurs vont jusqu'à dire que ce sont des infor­ma­ti­ciens qui cherchent l'amour, mais nous n'irons pas jusque là 😉 . Ils aiment manier plu­sieurs lan­gages à la fois, connaitre leurs forces et leurs fai­blesses et uti­li­ser le bon lan­gage au moment pro­pice tout en jus­ti­fiant leur choix grâce à une mul­ti­tude d'arguments qui tiennent la route mais qui peuvent mal­heu­reu­se­ment bien sou­vent être assi­mi­lés à du troll.

Le plus sou­vent ce bio­in­for­ma­ti­cien est néces­saire pour construire des bases de don­nées, implé­men­ter des logi­ciels ou encore conce­voir des inter­faces web pour des bio­lo­gistes.

L'élu (50% bio — 50% info)

Ranma | Cesar Pics
Ran­ma | Cesar Pics

Une espèce assez rare mais qui mérite d'être citée. Être bio­in­for­ma­ti­cien, c'est arri­ver à allier la bio­lo­gie et l'informatique, mais la dif­fi­cul­té c'est de faire ça de manière équi­table. En effet, il est rare de croi­ser un bio­in­for­ma­ti­cien une pipette à la main, et pour­tant ça parai­trait presque logique ! Ce genre-là est donc capable à la fois de réa­li­ser ses expé­riences sur la paillasse et de les ana­ly­ser ensuite grâce à l'outil infor­ma­tique.

C'est la défi­ni­tion la plus par­faite de ce que peut être un bio­in­for­ma­ti­cien, mais c'est pour­tant la moins répan­due. Peut être parce qu'à un moment don­né il faut quand même choi­sir entre bio­lo­gie ou infor­ma­tique car les deux cases ne rentrent pas dans les papiers de l'administration ?

Ces bio­in­for­ma­ti­ciens sont donc rares, mais existent. D'un coté, on se sur­prend à les envier de par leur plu­ri­dis­ci­pli­na­ri­té qua­si par­faite, et d'un autre non car on se dit qu'il n'est pas pos­sible de s'impliquer réel­le­ment dans les deux à la fois vrai­ment à fond. Il doit res­ter un goût d'inachevé…ou pas.

Le pousse-boutons

Push the button | lillywarrior
Push the but­ton | lilly­war­rior

Ils sont sou­vent com­pa­rés au "bas niveau" de la bio­in­for­ma­tique, quand bien même ils sont déjà accep­tés dans la caste très noble du bio­in­for­ma­ti­cien. Leur fonc­tion est en effet d'utiliser les scripts, logi­ciels ou bases de don­nées exis­tantes pour en tirer des infor­ma­tions ou des résul­tats. En gros et en exa­gé­ré, ce bio­in­for­ma­ti­cien là est une sorte de tech­ni­cien à qui on don­ne­ra un jeu de don­nées et qui mai­tri­se­ra un/​plusieurs outils pour en extraire ce qui lui sera deman­dé. En théo­rie, il faut donc "juste" être capable de savoir lire un/​plusieurs manuel et de savoir inter­pré­ter des don­nées bio­lo­giques.

Ça peut être marrant/​reposant un moment d'appartenir à ce genre de bio­in­for­ma­ti­cien là, mais n'y res­tez pas trop long­temps sans quoi vous ris­que­riez d'y perdre votre flamme.

 

Le matheux

Einstein's blackboard | garrettc
Einstein's black­board | gar­rettc

Une espèce inté­res­sante ! En effet, sou­vent lorsque qu'une équa­tion appa­rait dans une pré­sen­ta­tion, la plu­part de l'auditoire (com­po­sé de bio­lo­gistes et/​ou de bio­in­for­ma­ti­ciens) prend peur ou bien tout sim­ple­ment décroche d'un seul coup d'un seul. Alors que notre matheux, lui, sera com­plè­te­ment fas­ci­né par cette petite équa­tion toute bête qui, pour lui, sera là sim­ple­ment par évi­dence. C'est un fait : les maths sont aus­si pré­sentes dans le monde de la bio­in­for­ma­tique. On peut les côtoyer à petites doses (ou je pour­rais plu­tôt dire les évi­ter, pour cer­tains), ou bien alors cher­cher à uti­li­ser leur force pour arri­ver à nos fins. Mais tout le monde n'a pas l'esprit des mathé­ma­tiques. Ce qui explique sûre­ment que cette caté­go­rie de per­sonnes reste appré­ciée dans notre milieu, bien que sou­vent encore incom­prises. On parle en effet d'une science théo­rique mise en rela­tion avec une science appli­quée. Pas tou­jours évident, mais notre matheux lui, il y croit dur comme fer et vous prou­ve­ra par "a + b" que les maths sont l'avenir de la bio­in­for­ma­tique.

 

Le padawan

Jedi Padawan | BrickArt!san
Jedi Pada­wan | BrickArt!san

Et pour finir en beau­té, j'ai choi­si de vous par­ler de ceux qui trouve la voie, la lumière, osons même jusqu'à dire la sagesse. Il n'est en effet plus très rare de voir des bio­lo­gistes de for­ma­tion faire les yeux doux à la bio­in­for­ma­tique qui les aide de plus en plus dans leur tra­vaux de tous les jours. Bien que la dis­ci­pline se répande de plus en plus de nos jours, tous les labo­ra­toires n'ont pas encore leur bio­in­for­ma­ti­cien, voire leur pla­te­forme de bio­in­for­ma­tique. Il faut alors que les pauvres bio­lo­gistes se débrouillent de par leurs propres moyens. Les plus cou­ra­geux s'aventureront à la décou­verte de notre magni­fique dis­ci­pline. La moti­va­tion sera leur seule alliée. Après de longues heures à lire les articles de bioin​fo​-fr​.net, à faire et refaire les exer­cices de rosa­lind et à arpen­ter les divers tuto­riels à droite et à gauche, géné­ra­le­ment ils don­ne­ront des bio­in­for­ma­ti­ciens d'une effi­ca­ci­té spec­ta­cu­laire.

À n'en pas dou­ter, ils seront un jour le départ d'une nou­velle race de bio­in­for­ma­ti­ciens.

Pour conclure, si on devait décrire un "bio­in­for­ma­ti­cien par­fait", cela serait un être qui com­bi­ne­rait toute ces caté­go­ries. Pas impos­sible, mais pas facile n'est-ce pas ?

Et vous ? Vous-êtes vous retrou­vé dans une ou plu­sieurs de ces des­crip­tions ? En a‑t-on oublié ? N'hésitez pas à réagir par le biais des com­men­taires.

Mer­ci à Muriel, Estel, Guillaume C. et tadai­ma pour leur relec­ture.




Commentaires

8 réponses à “Quel bioinformaticien êtes-vous ?”

  1. Avatar de Nisaea
    Nisaea

    Aaaaaah voi­là un mild troll comme on les aime ! Pas méchant, mais suf­fi­sam­ment cari­ca­tu­ral pour faire réagir 🙂 je n'en atten­dais pas moins de notre Mous­sor (inter)national !

    J'hésite quand même à me mettre dans une des boîtes, même pour te faire plai­sir. Je pense qu'on passe tel­le­ment faci­le­ment de l'une à l'autre, en fonc­tion des pro­jets dans les­quels on s'implique, qu'il est dif­fi­cile de vrai­ment s'identifier. (Et pis thé­sard, ça mérite pas sa boîte ? :p)

    C'est aus­si ça, la beau­té du métier. Si on se débrouille bien, il n'y a pas de quoi s'ennuyer !

    Cela dit, en ce qui concerne le Pada­wan, je pense que c'est une caté­go­rie un peu à part, car elle exis­tait déjà bien avant et a pra­ti­que­ment jus­ti­fié l'apparition de la bioin­fo en tant que dis­ci­pline à part entière. Même Obi-Wan a été pada­wan un jour !

    Que la bioin­force soit avec vous !

    1. Yoann M.
      Yoann M.

      Depuis quand on se sou­cis d'un thé­sard ?! 🙂
      Je suis de toute façon com­plé­te­ment d'accord avec toi, le mieux c'est d'être tout ça à la fois 🙂

  2. Avatar de Ludovic Mallet
    Ludovic Mallet

    Mar­rant 🙂 je trouve qu'il en manque :
    * le "war­rior de chez war­rior".
    * le "tam­pon": l'inverse de l'élu, entre les bio­lo­gistes et les infor­ma­ti­ciens. Peut aus­si être appe­lé "pun­ching ball" ou "fusible".
    * Le "dark side": qui exerce en pri­vé.
    * Le "congress beast": qui brille dans les confé­rences, et qui fait 9 pré­sen­ta­tions par mois.
    * Le "SOS": On a eu un finan­ce­ment mais on est court en res­sources bioin­fo. Tu connais Blast et BWA ? 

    1. Yoann M.
      Yoann M.

      Oui c'est vrai que j'aurai encore pu un peu plus détaillé 🙂
      Tu as oublié "le puni" : celui qui est sous win­dows 😀

  3. Un quizz aus­si ça aurait pu etre mar­rant, mais tres bon article, j'ai bien ri…

  4. Moi je me suis recon­nu dans le pada… euh… l'élu !

  5. Cet article res­semble un peu à celui que j'ai publier il y'a envi­ron 5 mois sur Nas­prog. un article que Yoann à très bien com­men­té. Et s'il fal­lais que je me repère, je dirais que je suis pas là car c'est la sécu­ri­té qui me fas­cine. Nean­moins ; je pour­rais être un pur et dur, un pro­gram­meur au vrai sens du terme !

  6. Avatar de Hatice

    J'adore, bonne analyse…j'ecrivais jsu­te­ment recem­ment dans mon rap­port de stage en bioin­fo (SIB/​Mass Spec/​Geneve): "It's been an honour to have been the *pada­wan* of the Mas­ter Oli­vier H."(lui-meme a caser dans "Matheux"+"Codeur fou"+"Scripteur polyglotte"+"Basheur"+"Puni", mais un vrai maitre Jedi plein de sagesse et de patience). J'ai com­mence avec le stade "Pousse-bou­ton" pen­dant ma these en cris­tal­lo et mon post­doc en gene expres­sion, puis je suis pas­see au stade "Pada­wan" en cette annee de mas­ter de bioin­fo. Mes objec­tifs : com­bi­ner "bash lover"+"scripteur" pour atteindre le Graal : L'Elue…on peut tou­jours rever 😛 mer­ci les YoYo, j'adore apprendre des tuyaux sur votre blog durant mes attentes de jobs sur Vita­lIT 😀

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