Opinion :
Quel bioinformaticien êtes-vous ?

Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants.

Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous. Alors que si vous êtes sur le devenir, cela vous permettra de découvrir les différents types de personnes que vous pourrez avoir la chance de côtoyer après l'obtention de votre diplôme.

Vous l'aurez donc compris, l'idée ici est d'arriver à présenter des profils de bioinformaticiens avec leurs atouts et leurs faiblesses à la fois.

Une dernière précision : on parle dans cet article de différents genres de bioinformaticiens, mais cela ne veut absolument pas dire qu'il n'y a pas de bioinformaticiennes, bien au contraire. Il s'agit juste ici du coté pratique de la rédaction. Merci pour votre compréhension et bonne découverte.

Le scripteur

Nous commençons très fort en entrant dans un monde dangereux : le monde des trolls. En effet, qui dit scripteur dit langage de programmation de prédilection. Vous aurez droit à tout : le python, c'est le langage le plus puissant du monde, le perl, c'est juste bon à avoir mal à la tête, le ruby est sans contestation possible le langage du futur... Bref je ne vais pas tous vous les faire, on y passerait la journée (voire plus). Généralement donc, le scripteur porte un langage dans son cœur et s'y tient. Souvent incollable sur toutes les petites astuces de ce dernier, il affectionnera également de maitriser ses différentes librairies exotiques pour sublimer ses résultats.

Le scripteur est utilisé bien souvent pour l'analyse de gros jeux de données biologiques. Il aimera s'aider des diverses banques de données biologiques mises à sa disposition sur le web ou en interne dans son laboratoire.

Le bash lover

Ceux-là n'ont besoin que d'une seule chose pour pouvoir travailler : un terminal. La puissance de ce dernier fait que, quand on maitrise son langage, tout devient possible. Ces bioinformaticiens sont souvent assimilés à des "maitres jedis" ou sont généralement les grands "gourous" des labos. C'est en effet toujours assez impressionnant pour nos amis biologistes de voir un homme "parler" à un ordinateur. Pour peu que le bash soit en fond noir avec le texte en vert (Matrix) et là vous aurez tout le respect de vos collègues...

Blague à part, ces bioinformaticiens sont souvent assimilés aux scripteurs. Mais n'allez surtout pas leur dire, car dans leur tête c'est bien deux mondes différents ! On ne mélange pas les torchons avec les serviettes 😉 . Sans parti pris, je pense pouvoir dire que les deux se valent à niveau égaux. L'un aimera partir de zéro, l'autre aimera avoir des petites fonctions magiques déjà toutes faites à appeler de temps en temps.

Le codeur fou

Ce genre-là est assez paradoxal. Il aurait très bien pu s'en tenir à l'informatique pure et dure, des 1 et des 0 avec un poil d'algorithmique. Mais ces gens-là aiment l'idée de pouvoir combiner les choses, et allier la biologie à l'informatique les a sans doute séduit. Quoique vous leur demanderez, bizarrement, leur solution ne tendra jamais vers la facilité. Leur esprit complexe et tordu les amène souvent à réinventer la roue. Certaines rumeurs vont jusqu'à dire que ce sont des informaticiens qui cherchent l'amour, mais nous n'irons pas jusque là 😉 . Ils aiment manier plusieurs langages à la fois, connaitre leurs forces et leurs faiblesses et utiliser le bon langage au moment propice tout en justifiant leur choix grâce à une multitude d'arguments qui tiennent la route mais qui peuvent malheureusement bien souvent être assimilés à du troll.

 

Le plus souvent ce bioinformaticien est nécessaire pour construire des bases de données, implémenter des logiciels ou encore concevoir des interfaces web pour des biologistes.

 

L'élu (50% bio - 50% info)

Une espèce assez rare mais qui mérite d'être citée. Être bioinformaticien, c'est arriver à allier la biologie et l'informatique, mais la difficulté c'est de faire ça de manière équitable. En effet, il est rare de croiser un bioinformaticien une pipette à la main, et pourtant ça paraitrait presque logique ! Ce genre-là est donc capable à la fois de réaliser ses expériences sur la paillasse et de les analyser ensuite grâce à l'outil informatique.

C'est la définition la plus parfaite de ce que peut être un bioinformaticien, mais c'est pourtant la moins répandue. Peut être parce qu'à un moment donné il faut quand même choisir entre biologie ou informatique car les deux cases ne rentrent pas dans les papiers de l'administration ?

Ces bioinformaticiens sont donc rares, mais existent. D'un coté, on se surprend à les envier de par leur pluridisciplinarité quasi parfaite, et d'un autre non car on se dit qu'il n'est pas possible de s'impliquer réellement dans les deux à la fois vraiment à fond. Il doit rester un goût d'inachevé...ou pas.

Le pousse-boutons

Ils sont souvent comparés au "bas niveau" de la bioinformatique, quand bien même ils sont déjà acceptés dans la caste très noble du bioinformaticien. Leur fonction est en effet d'utiliser les scripts, logiciels ou bases de données existantes pour en tirer des informations ou des résultats. En gros et en exagéré, ce bioinformaticien là est une sorte de technicien à qui on donnera un jeu de données et qui maitrisera un/plusieurs outils pour en extraire ce qui lui sera demandé. En théorie, il faut donc "juste" être capable de savoir lire un/plusieurs manuel et de savoir interpréter des données biologiques.

Ça peut être marrant/reposant un moment d'appartenir à ce genre de bioinformaticien là, mais n'y restez pas trop longtemps sans quoi vous risqueriez d'y perdre votre flamme.

Le matheux

Une espèce intéressante ! En effet, souvent lorsque qu'une équation apparait dans une présentation, la plupart de l'auditoire (composé de biologistes et/ou de bioinformaticiens) prend peur ou bien tout simplement décroche d'un seul coup d'un seul. Alors que notre matheux, lui, sera complètement fasciné par cette petite équation toute bête qui, pour lui, sera là simplement par évidence. C'est un fait : les maths sont aussi présentes dans le monde de la bioinformatique. On peut les côtoyer à petites doses (ou je pourrais plutôt dire les éviter, pour certains), ou bien alors chercher à utiliser leur force pour arriver à nos fins. Mais tout le monde n'a pas l'esprit des mathématiques. Ce qui explique sûrement que cette catégorie de personnes reste appréciée dans notre milieu, bien que souvent encore incomprises. On parle en effet d'une science théorique mise en relation avec une science appliquée. Pas toujours évident, mais notre matheux lui, il y croit dur comme fer et vous prouvera par "a + b" que les maths sont l'avenir de la bioinformatique.

Le padawan

Et pour finir en beauté, j'ai choisi de vous parler de ceux qui trouve la voie, la lumière, osons même jusqu'à dire la sagesse. Il n'est en effet plus très rare de voir des biologistes de formation faire les yeux doux à la bioinformatique qui les aide de plus en plus dans leur travaux de tous les jours. Bien que la discipline se répande de plus en plus de nos jours, tous les laboratoires n'ont pas encore leur bioinformaticien, voire leur plateforme de bioinformatique. Il faut alors que les pauvres biologistes se débrouillent de par leurs propres moyens. Les plus courageux s'aventureront à la découverte de notre magnifique discipline. La motivation sera leur seule alliée. Après de longues heures à lire les articles de bioinfo-fr.net, à faire et refaire les exercices de rosalind et à arpenter les divers tutoriels à droite et à gauche, généralement ils donneront des bioinformaticiens d'une efficacité spectaculaire.

À n'en pas douter, ils seront un jour le départ d'une nouvelle race de bioinformaticiens.

 

 

Pour conclure, si on devait décrire un "bioinformaticien parfait", cela serait un être qui combinerait toute ces catégories. Pas impossible, mais pas facile n'est-ce pas ?

Et vous ? Vous-êtes vous retrouvé dans une ou plusieurs de ces descriptions ? En a-t-on oublié ? N'hésitez pas à réagir par le biais des commentaires.

 

Merci à Muriel, Estel, Guillaume C. et tadaima pour leur relecture.

  • À propos de
  • Je suis issu d'une licence de Biologie des Organismes et du Master de Bioinformatique de Bordeaux (Promo 2011).

    J'ai été bioinformaticien à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) pendant 4 ans. Tout d'abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, je fus ensuite rattaché à la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de l’EPFL (BBCF) où j'ai développé BioRepo, un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les données issues de HTS.

    Depuis début 2015, je suis en poste en tant que Bioinformaticien/Software developer au sein de l’Institut de Recherche Technologique BIOASTER à Lyon.

    Enfin, j'ai l'honneur et la fierté d'être un des fondateurs/administrateurs de bioinfo-fr.net et grand supporter des Girondins de Bordeaux.

8 commentaires sur “Quel bioinformaticien êtes-vous ?

  1. Aaaaaah voilà un mild troll comme on les aime! Pas méchant, mais suffisamment caricatural pour faire réagir 🙂 je n\'en attendais pas moins de notre Moussor (inter)national!

    J\'hésite quand même à me mettre dans une des boîtes, même pour te faire plaisir. Je pense qu\'on passe tellement facilement de l\'une à l\'autre, en fonction des projets dans lesquels on s\'implique, qu\'il est difficile de vraiment s\'identifier. (Et pis thésard, ça mérite pas sa boîte? :p)

    C\'est aussi ça, la beauté du métier. Si on se débrouille bien, il n\'y a pas de quoi s\'ennuyer!

    Cela dit, en ce qui concerne le Padawan, je pense que c\'est une catégorie un peu à part, car elle existait déjà bien avant et a pratiquement justifié l\'apparition de la bioinfo en tant que discipline à part entière. Même Obi-Wan a été padawan un jour!

    Que la bioinforce soit avec vous!

    • Depuis quand on se soucis d\'un thésard ?! 🙂
      Je suis de toute façon complétement d\'accord avec toi, le mieux c\'est d\'être tout ça à la fois 🙂

  2. Marrant 🙂 je trouve qu\'il en manque:
    * le \"warrior de chez warrior\".
    * le \"tampon\": l\'inverse de l\'élu, entre les biologistes et les informaticiens. Peut aussi être appelé \"punching ball\" ou \"fusible\".
    * Le \"dark side\": qui exerce en privé.
    * Le \"congress beast\": qui brille dans les conférences, et qui fait 9 présentations par mois.
    * Le \"SOS\": On a eu un financement mais on est court en ressources bioinfo. Tu connais Blast et BWA? 

    • Oui c\'est vrai que j\'aurai encore pu un peu plus détaillé 🙂
      Tu as oublié \"le puni\" : celui qui est sous windows 😀

  3. Un quizz aussi ça aurait pu etre marrant, mais tres bon article, j\'ai bien ri...

  4. Moi je me suis reconnu dans le pada... euh... l\'élu !

  5. Cet article ressemble un peu à celui que j\'ai publier il y\'a environ 5 mois sur Nasprog. un article que Yoann à très bien commenté. Et s\'il fallais que je me repère, je dirais que je suis pas là car c\'est la sécurité qui me fascine. Neanmoins; je pourrais être un pur et dur, un programmeur au vrai sens du terme!

  6. J\'adore, bonne analyse...j\'ecrivais jsutement recemment dans mon rapport de stage en bioinfo (SIB/Mass Spec/Geneve): \"It\'s been an honour to have been the *padawan* of the Master Olivier H.\"(lui-meme a caser dans \"Matheux\"+\"Codeur fou\"+\"Scripteur polyglotte\"+\"Basheur\"+\"Puni\", mais un vrai maitre Jedi plein de sagesse et de patience). J\'ai commence avec le stade \"Pousse-bouton\" pendant ma these en cristallo et mon postdoc en gene expression, puis je suis passee au stade \"Padawan\" en cette annee de master de bioinfo. Mes objectifs: combiner \"bash lover\"+\"scripteur\" pour atteindre le Graal: L\'Elue...on peut toujours rever 😛 merci les YoYo, j\'adore apprendre des tuyaux sur votre blog durant mes attentes de jobs sur VitalIT 😀

Laisser un commentaire