Questions à… nos admins

Cela fait main­te­nant plu­sieurs années que Bioin​fo​-fr​.net a été lan­cé mais connais­sez-vous bien les admi­nis­tra­teurs de ce site ? Nous vous pro­po­sons un entre­tien croi­sé de deux de nos admi­nis­tra­teurs : Guillaume Col­let (Bilou­web) et Isa­belle Sté­vant (ZaZo0o).

GC : Bon­jour ZaZo0o, mer­ci d'avoir accep­ter cet entre­tien croi­sé, com­men­çons par ton par­cours. Qu'est-ce qui t'a menée à la bio­in­for­ma­tique ?

IS : Quand j'ai com­men­cé ma licence de bio­lo­gie, j'ai pris dans mes bagages l'ordinateur fami­lial que mon grand frère avait amou­reu­se­ment mon­té quelque temps aupa­ra­vant. En tant que "libriste", il avait ins­tal­lé comme seul sys­tème d'exploitation Man­drake 10.0. À l'époque, je n'y connais­sais stric­te­ment rien en infor­ma­tique. J'ai appris quelques trucs à force de bidouillages hasar­deux, puis, en 2ème année de licence de bio­lo­gie (seconde 2ème année en fait), j'ai fais la connais­sance d'un petit groupe d'étudiants en infor­ma­tique qui vou­lait mon­ter une asso­cia­tion d'utilisateurs de logi­ciels libres (GULL pour les intimes). Nous avons mon­té ensemble ce qui est aujourd'hui Actux (http://​actux​.eu​.org). C'est ain­si que j'ai été hap­pée par le monde (mer­veilleux) de GNU/​Linux tout en pour­sui­vant mes études de bio­lo­gie.

Lorsque vint poin­ter à l'horizon la fin de la 3ème année de licence, il fal­lu faire un choix d'orientation. C'est donc en toute logique que je vou­lu relier mes études de bio­lo­gie avec mon hob­bie, l'informatique. Je me suis ain­si ins­crite au mas­ter de bio­in­for­ma­tique de Rennes.

À l'issue du mas­ter avec un stage à ral­longe, j'ai tra­vaillé un an et demi en tant qu'ingénieur d'étude dans un labo­ra­toire d'informatique médi­cale où j'ai fait du déve­lop­pe­ment web.

Aujourd'hui, et ce depuis un an, je reviens à un mélange plus équi­li­bré de bio­lo­gie et d'informatique en pré­pa­rant un doc­to­rat en bio­in­for­ma­tique à l'université de Genève où je fais à la fois de la paillasse et de l'ana­lyse de RNA-seq.

À toi Bilou, quel est ton par­cours ?

GC :  J’ai sui­vi des études d’informatique avec une licence puis une maî­trise (à l’époque) de l’université de Rennes 1. Ensuite je vou­lais entrer direc­te­ment en mas­ter 2 bio­in­for­ma­tique à Rennes mais comme je n’avais aucune expé­rience en bio­lo­gie, je n’ai pas été pris. Du coup j’ai fait un mas­ter de recherche en infor­ma­tique et un stage au sein de l’équipe Sym­biose à l’IRISA de Rennes.

Grâce à ce stage, j’ai pu pos­tu­ler de nou­veau au mas­ter et ce coup-là, j’ai été pris. J’ai donc eu un mas­ter de recherche en Bio­in­for­ma­tique en 2006. J’ai enchaî­né sur une thèse, tou­jours chez Sym­biose, dont le sujet consis­tait à ali­gner des séquences sur des struc­tures de pro­téines.

Ensuite, j’ai vou­lu aller à la ren­contre des bio­lo­gistes. Je suis donc par­ti en post-doc au CEA de Saclay, dans une équipe de bio­chi­mie (SIMOPRO). Là-bas, j’ai ajou­té des fonc­tion­na­li­tés à un logi­ciel déjà exis­tant qui per­met de détec­ter des sites fonc­tion­nels dans les struc­tures de pro­téines.

Enfin, je suis reve­nu à Rennes, dans l’équipe Dyliss où je m’intéresse main­te­nant à la recons­truc­tion de réseaux méta­bo­liques. C’est com­plè­te­ment dif­fé­rent de ce que j’ai fait avant et cela me plaît bien.

Je suis admin de Bioin​fo​-fr​.net, depuis un an. Toi, tu fais par­tie des fon­da­teurs de Bioin​fo​-fr​.net, peux-tu nous racon­ter la genèse du pro­jet ? Com­ment en es-tu venue à par­ti­ci­per ?

IS : Je suis une adepte d'IRC depuis des années. J'avais même créé un salon pour le mas­ter de bioin­fo de Rennes qui nous per­met­tait de res­ter en contact durant les périodes de stages. C'est jus­te­ment quand j'étais en stage de M2 que j'ai eu connais­sance du salon #bioin­fo-fr sur Free­node.

Sur le salon, mis à part les bla­gou­nettes et les dis­cus­sions hors sujets, nous échan­gions sou­vent des astuces, des liens vers des articles ou des outils pou­vant amé­lio­rer notre tra­vail. Après un an de bla­bla quo­ti­diens sur le salon, nous nous sommes vite aper­çus que sou­vent, les mêmes ques­tions reve­naient et qu'il était dom­mage qu'aucune trace de nos réponses ne res­tent sur la toile. Nous en avons dis­cu­té tous ensemble et avons déci­dé de créer un sup­port où nous pour­rions tous écrire des articles sur les sujets qui nous pas­sionnent. Et c'est comme ça que Yoann M., Yohan J., Mali­cia et moi-même avons mis en place Bioin​fo​-fr​.net.

Ma contri­bu­tion lors de la créa­tion du blog s'est orien­tée sur le desi­gn et le choix "poli­tique" d'en faire un recueil d'articles sous licence libre. En effet, Mali­cia et moi par­ta­geons le même inté­rêt pour le monde du libre et sur­tout du par­tage des connais­sances. Yoann M. et Yohan J.  se sont eux occu­pés de la par­tie logis­tique (nom de domaine, héber­ge­ment, ins­tal­la­tion…), ain­si que de l'organisation des articles sur le blog.

Enfin, on ne va pas se men­tir, la genèse et l'administration du blog n'a pas été de tout repos, et les dis­cus­sions ont sou­vent été hou­leuses. Ce n'est pas évident de se com­prendre lorsqu'on com­mu­nique par e‑mail et on a vu des qui­pro­quos abou­tir sur des dis­putes en interne. Mais nous sommes encore là, 2 ans et demi plus tard, et nous conti­nuons notre tra­vail de façon (plus ou moins) assi­due. Je tiens d'ailleurs à rap­pe­ler que nous sommes tous béné­voles, que ce blog existe grace à ses contri­bu­teurs, et que nous encou­ra­geons qui­conque a envie de par­ta­ger à venir rejoindre l'équipe, quelque soit son niveau.

Mais reve­nons à la bio­in­for­ma­tique, com­ment per­çois-tu ton métier, ta vision des sciences en géné­ral, et plus par­ti­cu­liè­re­ment l’interdisciplinarité de la bio­in­for­ma­tique ?

GC : Ce qui me plaît le plus dans la bioin­fo, c’est jus­te­ment l’interaction avec les bio­lo­gistes, les chi­mistes. Au cours de ma thèse, je ne me suis pas assez inté­res­sé à la bio­lo­gie et je me suis aper­çu que tout un pan de ma thèse, que je sup­po­sais vrai, n’était pas si vrai que ça. Du coup, je suis par­ti en post-doc dans un labo­ra­toire de bio­chi­mie qui fai­sait de la syn­thèse de pro­téines. Cela m’a per­mis de voir quelles sont les pro­blé­ma­tiques qui pré­oc­cupent réel­le­ment les expé­ri­men­ta­teurs et pas celles que je pen­sais être impor­tantes.

Au niveau de la recherche scien­ti­fique en géné­ral, je per­çois ça comme une grande chasse aux tré­sors, mais plu­tôt du genre col­la­bo­ra­tion que com­pé­ti­tion.

IS : Et ton sujet de pré­di­lec­tion ?

GC : Mon sujet de pré­di­lec­tion c’est de résoudre des pro­blèmes. Il se trouve que la bio­in­for­ma­tique est pleine de pro­blèmes : trai­te­ment des don­nées, sto­ckage, par­cours, modé­li­sa­tion, etc. Donc de mon coté, peu importe le sujet bio, ce qui me plaît c’est de réus­sir à com­prendre ce que veulent les bio­lo­gistes et de leur pro­po­ser des solu­tions ori­gi­nales, pas juste ali­gner les scripts (même si je le fais un peu).

D'ailleurs, je pense qu’après la phase d'accumulation de don­nées (ce qui est en train de se pas­ser), nous voyons bien que nous allons vers des pro­blé­ma­tiques d'analyse de plus en plus com­plexes. Il fau­dra don­ner du sens aux don­nées, les relier entre-elles. On voit déjà appa­raître des outils d’analyse plus rapides et des for­mats qui ne se contentent plus de sto­cker l’information mais qui donne aus­si des liens vers d’autres don­nées.

Et toi, ta vision de la bio­in­for­ma­tique dans le futur ?

IS : C'est dif­fi­cile à dire, qui sait quelle nou­velle tech­no­lo­gie sor­ti­ra demain et révo­lu­tion­ne­ra la bio­in­for­ma­tique par l'apport d'un nou­veau type de don­nées, comme l'a fait l'apparition des microar­ray et plus tard des NGS, de la cris­tal­lo­gra­phie, du MALDI-TOF…

Ce qui m'intrigue plus, c'est la place même de la bio­in­for­ma­tique. Je tra­vaille actuel­le­ment dans deux labo­ra­toires, un de bio­lo­gie du déve­lop­pe­ment et l'autre de bio­in­for­ma­tique (où il n'y a qua­si­ment que des sta­tis­ti­ciens de for­ma­tion). Au milieu des bio­lo­gistes je suis la bizar­re­rie, la geek qui passe son temps devant un écran noir avec du texte qui défile auquel on com­prend rien du tout. Quand je vais chez les bio­in­for­ma­ti­ciens, ils me voient comme une bio­lo­giste qui pige que dalle à l'informatique alors même que je sais pro­ba­ble­ment mieux coder qu'eux vu que j'ai bos­sé comme déve­lop­peur, mais ça… Je crois que le pire que j'ai enten­du, c'est une phrase qui est sor­ti de la bouche de mon co-direc­teur bio­lo­giste : "De toute façon la bio­in­for­ma­tique c'est qu'un outil, c'est comme faire une PCR ou une immu­no­fluo­res­cence"…

Sommes-nous réel­le­ment que des outils ? Je ne crois pas. Nous sommes des créa­teurs d'outils, des ana­ly­seurs sur pattes, nous inno­vons tous les jours à tra­vers de simples scripts ou de codes com­plexes. Est-ce qu'un jour la bio­in­for­ma­tique sera réel­le­ment recon­nue en tant que filière à part entière ? Est-ce que les bio­lo­gistes arrê­te­ront de nous voir comme des pousse-bou­tons et com­pren­dront que pour faire notre bou­lot il faut assi­mi­ler tout un tas de notions de sta­tis­tique, d’algorithmique, d'informatique au sens large, en plus de la bio­lo­gie ?

GC : Je crois que oui, on y vient tran­quille­ment. La bio­in­for­ma­tique entrant dans la plu­part des cur­sus bio, les men­ta­li­tés vont chan­ger. D'ailleurs, quels conseils don­ne­rais-tu à des étu­diants qui veulent se lan­cer dans la bioin­fo ?

IS : Heu… Il faut être patient, per­sé­vé­rant, pas­sion­né, ne jamais oublier l'aspect bio­lo­gique des don­nées que l'on a à trai­ter, ou à l'inverse, res­ter suf­fi­sam­ment neutre pour ne pas orien­ter son ana­lyse dans la direc­tion où on veut qu'elle aille. Tout est une ques­tion d'équilibre je dirais.

Ha, un mot aus­si, j'ai remar­qué que sou­vent, les étu­diants qui com­mence leur cur­sus en bio­in­for­ma­tique en ayant une base de bio­lo­gie ont ten­dance à se foca­li­ser sur l'apprentissage d'un et d'un seul lan­gage de pro­gram­ma­tion. Ils font une fixette là-des­sus. À ça, j'ai envie de leur dire : ce n'est pas un lan­gage qu'il faut apprendre, mais la logique der­rière. Un lan­gage c'est une syn­taxe, si vous com­pre­nez la logique de la pro­gram­ma­tion, peu importe le lan­gage, il suf­fi­ra de vous adap­ter à la syn­taxe. Quand vous aurez pigé ça, vous pour­rez vous inté­res­ser aux concepts plus en pro­fon­deur comme la notion d'objet, de poin­teur, d'allocation mémoire, etc.

Il faut se décom­plexer de l'apprentissage de la pro­gram­ma­tion, c'est pas com­pli­qué, c'est logique 🙂

GC : Je crois que j'ai fait le tour des ques­tions que je vou­lais te poser. Je te remer­cie d'y avoir répon­du.

IS : Mer­ci à toi pour cette inter­view vir­tuelle.

Nous remer­cions waque­teu, hed­jour et Yoann M. pour leur relec­ture atten­tive.