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Inkscape pour biologistes

Fini les rec­tangles pour faire des pro­téines ou les images pixe­li­sées cho­pées sur des sites dou­teux !

Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inks­cape qui est un logi­ciel gra­tuit pour "des­si­ner" avec une prise en main très rapide per­met­tant de réa­li­ser des figures vec­to­rielles, non construites en pixels, pou­vant être alors redi­men­sion­nées à l'infini en conser­vant toutes leurs qua­li­tés visuelles.

Cet article est une retrans­crip­tion de mon tuto­riel Inks­cape réa­li­sé tout en diaporamas(pdf), à vous de voir la forme qui vous va le mieux.

Ayant appris avec d'autres tuto­riels et notam­ment avec ce magni­fique article je m'en suis ins­pi­ré tout en ayant axé direc­te­ment sur ce qui peut nous ser­vir en pré­sen­ta­tion, comme faire des pro­téines (5min) et une mem­brane (2min31).
Une fois tout ça mai­tri­sé vous aurez les outils pour faire des sché­mas com­plets de pro­ces­sus bio­lo­giques. Les tuto­riels ne manquent pas mais au moins celui-là pour­ra, j'espère, vous inci­ter à vous y mettre !

Le plan :

Une fois les réa­li­sa­tions des deux élé­ments pré­sen­tées je vous mon­tre­rai une méthode pour enre­gis­trer et uti­li­ser votre toute fraiche pro­duc­tion et un petit bonus (Com­ment faire le plan :D) !

Cli­quez sur les images pour les agran­dir.

Pro­téine :

Image de la protéine

Les com­mandes de cette pre­mière par­tie sont éga­le­ment pré­sen­tées dans celle de l'article pré­cé­dem­ment cité, étant des bases impor­tantes mieux vaut deux fois qu'une !

Pour créer des formes lisses afin illus­trer une pro­téine plu­sieurs étapes sont néces­saires pour réa­li­ser la forme et les détails d'apparence.

Pour cela :

  • réa­li­ser une forme poly­go­nale avec l’outil « courbe de Bezier » :

le pre­mier clic com­mence la forme, les autres ajoutent des points inter­mé­diaires et le der­nier, en reliant le pre­mier, finit la forme.

  • Cour­ber les seg­ments pour obte­nir une forme lisse plus agréable :

1. Sélectionnez tous les nœuds (Ctrl + A ou sélection avec la souris) :

Ctrl + A ou sélection avec la souris

2 . Rendre doux les nœuds sélectionnés :

Rendre doux les nœuds sélectionnés

3. Modi­fier en sélec­tion­nant les nœuds sépa­ré­ment (ici un seul a suf­fi !) :

 Modifier en sélectionnant les nœuds séparément
  • Cou­leurs et dégra­dé :

Néan­moins, si la par­tie "Fond et contour" n'apparait pas auto­ma­ti­que­ment, 2 solu­tions : clic droit sur la figure ou dans l'onglet "Objet".

Mettre Couleurs et dégradé
  • Texte :
Mettre un texte
  • Enfin : Pour pou­voir bou­ger le texte et la forme en même temps il faut les "grou­per".

Pour cela il faut les sélec­tion­ner (Shift + clic sur cha­cun) puis "Ctrl + G" ou clic droit puis "grou­per" (voir figure).

il faut les sélectionner (Shift + clic sur chacun) puis "Ctrl + G" ou clique droit puis "grouper" (voir figure

Mem­brane :

Dessin obtenu pour la membrane
  • Faire un lipide :

Outil rond + branches avec l'outil "courbes de Bézier" (clic puis clic-droit pour faire seule­ment un trait).

Si besoin d’une bicouche (deux lipides qui se font face ici) faire symé­trie ver­ti­cale (" v ") après avoir dupli­qué("Ctrl + D") et ne pas oublier de les grou­per ! (Ctrl + g).

lipides
  • Faire la cour­bure de la future mem­brane avec une courbe :

Uti­li­sez l'outil "des­sin à main levée" avec un lis­sage haut (exemple ici 76) pour adou­cir auto­ma­ti­que­ment le tra­cé et per­mettre un ali­gne­ment régu­lier de l'unité pour le motif !

outil "dessin à main levée" avec un lissage haut (exemple ici 76) pour adoucir automatiquement le tracé
  • chan­ger le type du lipide (en che­min) car l'extension sui­vante ne peut être réa­li­sée qu'avec ce type :
Onglet Chemin --> Objet en chemin
  • Pour appli­quez l'extension "Motif le long d'un che­min" :

Sélec­tion­nez (shift + clic) le lipide PUIS la courbe, l’ordre est impor­tant !

Puis suivre la figure : dans les para­mètres de l'extension spé­ci­fiez dans "copie du motif" : "répé­té".

Extension -- data-recalc-dims= générer à partir du chemin --> Motif le long d'un chemin" class="wp-image-16761" srcset="https://i0.wp.com/bioinfo-fr.net/wp-content/uploads/2018/02/Sans-titre-7.png?resize=300%2C129&ssl=1 300w, https://i0.wp.com/bioinfo-fr.net/wp-content/uploads/2018/02/Sans-titre-7.png?resize=768%2C329&ssl=1 768w, https://i0.wp.com/bioinfo-fr.net/wp-content/uploads/2018/02/Sans-titre-7.png?resize=1024%2C439&ssl=1 1024w, https://i0.wp.com/bioinfo-fr.net/wp-content/uploads/2018/02/Sans-titre-7.png?w=1400&ssl=1 1400w" sizes="(max-width: 300px) 100vw, 300px">

Une fois la courbe sup­pri­mée vous obte­nez une bicouche mem­bra­naire ! 

Enre­gis­trer :

vous pou­vez Copier/​Coller dans Power­Point par exemple mais pour un résul­tat opti­mal :

  1. Enre­gis­trer en png : suivre figure

Les onglets (dont un est poin­té par la flèche) per­mettent de déter­mi­ner pré­ci­se­ment ce que vous vou­lez enre­gis­trer (la page entière ou la sélec­tion par exemple).

Ou :

Comment enregistrer

Quelques trucs en plus :Barre avec le magnétisme

Pour modi­fier des formes vous pou­vez non seule­ment modi­fier la place d’un nœud mais en ajou­ter, en sup­pri­mer et éga­le­ment agir direc­te­ment sur les seg­ments pour les « tirer ». C’est donc l’outil qui per­met le chan­ge­ment à l’infini de n’importe quelle struc­ture créée sous inks­cape ou n’importe en for­mat svg.

De plus, il faut savoir que dans Inks­cape le magné­tisme des objets entres eux est fixé par défaut. Cela peut être gênant. Voir à droite de l’écran pour l'activer ou le désac­ti­ver :

 

Bonus : instructions pour réaliser l'image du plan de cet article

  • Outil « des­sin à main levée » avec un haut lis­sage pour faire le trait cour­bé.
  • Dans « cou­leurs et contour » modi­fiez seule­ment son épais­seur, sa cou­leur,  et ajou­tez éven­tuel­le­ment un dégra­dé).
  • Faire un trait, lui ajou­ter avec les options de contours (tou­jours dans cou­leurs et contour) une extré­mi­té ronde et en chan­ger la cou­leur des élé­ments.

 

Raccourcis claviers/​astuces utiles :

Copier : Ctrl + c

Col­ler : Ctrl + v

Dupli­quer : Ctrl + d (= Copier/​coller en une com­mande tout en ne modi­fiant pas un objet copié pré­cé­dem­ment via Ctrl + c).

Modi­fier la taille en gar­dant les pro­por­tions : Ctrl + tirer sur une des flèches à sélec­tion­ner.

Modi­fier l’orientation : sélec­tion­ner la figure (= flèches pour tailles) recli­quer (= pour l’orientation).

Grou­per : Ctrl + g /​ dégrou­per : Ctrl+ Shift + g.

Ctrl + Alt : pour un dépla­ce­ment d'objet selon la grille.

Un grand mer­ci aux relec­teurs Oli­vier Dame­ron,  Mathu­rin, Nol­wenn, et Syl­vain P. sans qui un tra­vail de qua­li­té n'aurait pas été pos­sible !




Commentaires

5 réponses à “Inkscape pour biologistes”

  1. Avatar de Coddy

    Salut à toi, tout d'abord mer­ci pour l'article. J'aime beau­coup Inks­cape. J'essaie de l'utiliser régu­liè­re­ment depuis la ren­trée.

    Concer­nant la mem­brane, je n'arrive pas à géné­rer mon motif le long d'un che­min. Il me fait une chaîne de rond, il sem­ble­rait qu'il ne prenne pas tout l'objet alors qu'il est bien grou­pé et son type est bien che­min…

    1. Avatar de coddy

      J'ai réso­lu mon pro­blème en com­bi­nant le motif du lipide : che­min — com­bi­ner

  2. Florian J
    Florian Jeanneret

    Salut !

    Si tout est comme tu dis véri­fie si les para­mètres de la boite de dia­logue "motif le long d'un che­min" sont les mêmes : copies du motif : répé­tée ; type de défor­ma­tion : trai­née ; motif non ver­ti­cal.

    Sinon ça peut être un pro­blème de ver­sion, ici c'est Inks­cape 0.92.2 !

    Dis moi si tu trouves la solu­tion, sur­tout si tu as trou­vé une autre manière, ça sera cer­tai­ne­ment utile à tous ! 😉

    1. Florian J
      Florian Jeanneret

      Pour les inks­capes récal­ci­trants, une autre astuce tes­tée et approu­vée : Dupli­quer le lipide (Ctrl + D ) et rées­sayer en sélec­tion­nant la courbe et le lipide dupli­qué.

  3. Mer­ci pour le tuto
    J'aime beau­coup Inks­cape, il est très utile dans beau­coup de situa­tions, créer un logo, des­si­ner un tag, faire des des­sins en très haute défi­ni­tion pour des écrans 4k avec un ordi­na­teur pas très puis­sant et tel­le­ment plus encore.
    si pour uti­li­ser Inks­cape, il faut obli­ga­toi­re­ment une tablette gra­phique. Pour part ma part j'utilise une vieille tablette Deco 01 de chez XP-PEN ( https://​www​.xp​-pen​.fr ).

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