Didacticiel :
Inkscape pour biologistes

Fini les rectangles pour faire des protéines ou les images pixelisées chopées sur des sites douteux !

Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inkscape qui est un logiciel gratuit pour "dessiner" avec une prise en main très rapide permettant de réaliser des figures vectorielles, non construites en pixels, pouvant être alors redimensionnées à l'infini en conservant toutes leurs qualités visuelles.

Cet article est une retranscription de mon tutoriel Inkscape réalisé tout en diaporamas(pdf), à vous de voir la forme qui vous va le mieux.

Ayant appris avec d'autres tutoriels et notamment avec ce magnifique article je m'en suis inspiré tout en ayant axé directement sur ce qui peut nous servir en présentation, comme faire des protéines (5min) et une membrane (2min31).
Une fois tout ça maitrisé vous aurez les outils pour faire des schémas complets de processus biologiques. Les tutoriels ne manquent pas mais au moins celui-là pourra, j'espère, vous inciter à vous y mettre !

Le plan :

 

Une fois les réalisations des deux éléments présentées je vous montrerai une méthode pour enregistrer et utiliser votre toute fraiche production et un petit bonus (Comment faire le plan :D) !

Cliquez sur les images pour les agrandir.

 

Protéine :

Image de la protéine

Les commandes de cette première partie sont également présentées dans celle de l'article précédemment cité, étant des bases importantes mieux vaut deux fois qu'une !

Pour créer des formes lisses afin illustrer une protéine plusieurs étapes sont nécessaires pour réaliser la forme et les détails d'apparence.

Pour cela :

  • réaliser une forme polygonale avec l’outil « courbe de Bezier » :

le premier clic commence la forme, les autres ajoutent des points intermédiaires et le dernier, en reliant le premier, finit la forme.

 

  • Courber les segments pour obtenir une forme lisse plus agréable :

1. Sélectionnez tous les nœuds (Ctrl + A ou sélection avec la souris) :

Ctrl + A ou sélection avec la souris

2 . Rendre doux les nœuds sélectionnés :

Rendre doux les nœuds sélectionnés

3. Modifier en sélectionnant les nœuds séparément (ici un seul a suffi !) :

 Modifier en sélectionnant les nœuds séparément

  • Couleurs et dégradé :

Néanmoins, si la partie "Fond et contour" n'apparait pas automatiquement, 2 solutions : clic droit sur la figure ou dans l'onglet "Objet".

Mettre Couleurs et dégradé

 

  • Texte :

Mettre un texte

 

  • Enfin : Pour pouvoir bouger le texte et la forme en même temps il faut les "grouper".

Pour cela il faut les sélectionner (Shift + clic sur chacun) puis "Ctrl + G" ou clic droit puis "grouper" (voir figure).

il faut les sélectionner (Shift + clic sur chacun) puis "Ctrl + G" ou clique droit puis "grouper" (voir figure

 

 

Membrane :

Dessin obtenu pour la membrane

 

  • Faire un lipide :

Outil rond + branches avec l'outil "courbes de Bézier" (clic puis clic-droit pour faire seulement un trait).

Si besoin d’une bicouche (deux lipides qui se font face ici) faire symétrie verticale (" v ") après avoir dupliqué("Ctrl + D") et ne pas oublier de les grouper ! (Ctrl + g).

lipides

  • Faire la courbure de la future membrane avec une courbe :

Utilisez l'outil "dessin à main levée" avec un lissage haut (exemple ici 76) pour adoucir automatiquement le tracé et permettre un alignement régulier de l'unité pour le motif !

outil "dessin à main levée" avec un lissage haut (exemple ici 76) pour adoucir automatiquement le tracé

  • changer le type du lipide (en chemin) car l'extension suivante ne peut être réalisée qu'avec ce type :

Onglet Chemin --> Objet en chemin

 

  • Pour appliquez l'extension "Motif le long d'un chemin" :

Sélectionnez (shift + clic) le lipide PUIS la courbe, l’ordre est important !

Puis suivre la figure : dans les paramètres de l'extension spécifiez dans "copie du motif" : "répété".

Extension --> générer à partir du chemin --> Motif le long d'un chemin

Une fois la courbe supprimée vous obtenez une bicouche membranaire ! 

 

Enregistrer :

vous pouvez Copier/Coller dans PowerPoint par exemple mais pour un résultat optimal :

 

  1. Enregistrer en png : suivre figure

Les onglets (dont un est pointé par la flèche) permettent de déterminer précisement ce que vous voulez enregistrer (la page entière ou la sélection par exemple).

Ou :

Comment enregistrer

Quelques trucs en plus :Barre avec le magnétisme

Pour modifier des formes vous pouvez non seulement modifier la place d’un nœud mais en ajouter, en supprimer et également agir directement sur les segments pour les « tirer ». C’est donc l’outil qui permet le changement à l’infini de n’importe quelle structure créée sous inkscape ou n’importe en format svg.

De plus, il faut savoir que dans Inkscape le magnétisme des objets entres eux est fixé par défaut. Cela peut être gênant. Voir à droite de l’écran pour l'activer ou le désactiver :

 

 

Bonus : instructions pour réaliser l'image du plan de cet article

  • Outil « dessin à main levée » avec un haut lissage pour faire le trait courbé.
  • Dans « couleurs et contour » modifiez seulement son épaisseur, sa couleur,  et ajoutez éventuellement un dégradé).
  • Faire un trait, lui ajouter avec les options de contours (toujours dans couleurs et contour) une extrémité ronde et en changer la couleur des éléments.

 

Raccourcis claviers/astuces utiles :

Copier : Ctrl + c

Coller : Ctrl + v

Dupliquer : Ctrl + d (= Copier/coller en une commande tout en ne modifiant pas un objet copié précédemment via Ctrl + c).

Modifier la taille en gardant les proportions : Ctrl + tirer sur une des flèches à sélectionner.

Modifier l’orientation : sélectionner la figure (= flèches pour tailles) recliquer (= pour l’orientation).

Grouper : Ctrl + g / dégrouper : Ctrl+ Shift + g.

Ctrl + Alt : pour un déplacement d'objet selon la grille.

 

Un grand merci aux relecteurs Olivier Dameron,  Mathurin, Nolwenn, et Sylvain P. sans qui un travail de qualité n'aurait pas été possible !

  • À propos de
  • Étudiant, actuellement en fin de L3 de Biologie Santé (BCMP) à l'Université d'Angers.

4 commentaires sur “Inkscape pour biologistes

  1. Salut à toi, tout d\'abord merci pour l\'article. J\'aime beaucoup Inkscape. J\'essaie de l\'utiliser régulièrement depuis la rentrée.

    Concernant la membrane, je n\'arrive pas à générer mon motif le long d\'un chemin. Il me fait une chaîne de rond, il semblerait qu\'il ne prenne pas tout l\'objet alors qu\'il est bien groupé et son type est bien chemin...

    • J\'ai résolu mon problème en combinant le motif du lipide : chemin - combiner

  2. Salut !

    Si tout est comme tu dis vérifie si les paramètres de la boite de dialogue \"motif le long d\'un chemin\" sont les mêmes : copies du motif : répétée ; type de déformation : trainée ; motif non vertical.

    Sinon ça peut être un problème de version, ici c\'est Inkscape 0.92.2 !

    Dis moi si tu trouves la solution, surtout si tu as trouvé une autre manière, ça sera certainement utile à tous! 😉

    • Pour les inkscapes récalcitrants, une autre astuce testée et approuvée : Dupliquer le lipide (Ctrl + D ) et réessayer en sélectionnant la courbe et le lipide dupliqué.

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