Ne devenez pas un dinosaures : adoptez un copilot !

Sauf si vous vivez dans une grotte, sur une pla­nète sans ordi­na­teur ni télé­vi­sion, le terme ChatGPT doit main­te­nant réson­ner à vos oreilles comme le der­nier jouet à la mode.

Après avoir fait des ravages consi­dé­rables dans le domaine du trai­te­ment du lan­gage, de l'imagerie et de nom­breux autres domaines, le Deep Lear­ning est en train de bou­le­ver­ser dura­ble­ment notre quo­ti­dien avec le nou­veau cycle de la révo­lu­tion : l'IA géné­ra­tive. Aujourd'hui, j'aimerais abor­der avec vous plu­sieurs points. En com­men­çant par la manière dont je per­çois la recherche aca­dé­mique sur l'IA géné­ra­tive, j'aimerais ensuite mettre en avant un outil qui, je pense, est en train de deve­nir incon­tour­nable pour nos usages : Copi­lot. Enfin, pour ouvrir la dis­cus­sion, j'aimerais évo­quer avec vous tous les usages amu­sants que nous pour­rions faire de ces outils et que j'ai hâte de voir se concré­ti­ser.

Petit dis­clai­mer habi­tuel : ces der­niers mois, j'ai publié sur ce blog de nom­breux articles d'opinion. Comme à chaque fois, ces mots ne reflètent que ma pen­sée à un ins­tant T. Je ne suis ni Dieu, ni un grand maître de la connais­sance. Sim­ple­ment une per­sonne curieuse qui aime par­ta­ger le peu de savoir qu'elle accu­mule. De plus, je me consi­dère comme rela­ti­ve­ment débu­tant dans le domaine de l'IA géné­ra­tive, n'ayant pas autant de temps que je le sou­hai­te­rais pour en exploi­ter plei­ne­ment le poten­tiel.

Opinion divergente : la recherche est à la traîne sur le genIA

En jan­vier, j'assistais à la jour­née sur l'IA géné­ra­tive et la bio-infor­ma­tique. Après lec­ture des résul­tats du son­dage qui en a décou­lé, j'aimerais par­ta­ger une opi­nion radi­ca­le­ment dif­fé­rente de la majo­ri­té des par­ti­ci­pants. Pour­quoi ? Car je ne fai­sais pas par­tie de cette majo­ri­té, loin de là.

Quand on observe les ques­tions que se posent les cher­cheurs aujourd'hui, on constate que la prin­ci­pale est : com­ment mes étu­diants vont-ils l'utiliser ? Une cari­ca­ture un peu facile et de mau­vaise foi résu­me­rait cette inter­ro­ga­tion à : « Mes étu­diants vont-ils deve­nir idiots à force d'utiliser un outil qui ne les oblige plus à réflé­chir ? » Et c'est ain­si qu'une confé­rence sur l'IA géné­ra­tive et la bio-infor­ma­tique a fini par se concen­trer sur toutes les ques­tions que cela sou­lève dans l'enseignement. Certes, ces ques­tions sont per­ti­nentes car il n'est ni pos­sible (ni sou­hai­table) d'interdire l'usage d'un nou­vel outil. Mais est-ce vrai­ment le seul sujet qui mérite d'être abor­dé ? J'ai eu le sen­ti­ment, mal­heu­reu­se­ment, que comme l'accès à ces tech­no­lo­gies est sou­vent payant, les cher­cheurs ont eu des dif­fi­cul­tés à s'y essayer et se sont pour la plu­part conten­tés de tes­ter la ver­sion gra­tuite de ChatGPT sans pen­ser aux for­mi­dables pos­si­bi­li­tés qui s'ouvrent peu à peu à nous et qui vont trans­for­mer nos pra­tiques. De mon point de vue, en tant que per­sonne ayant eu la chance d'avoir rapi­de­ment accès à ces outils, j'étais frus­tré de voir des per­sonnes que je consi­dé­rais comme éclai­rées en train de rat­tra­per leur retard sur le sujet.

Aujourd'hui, les grandes entre­prises se sont toutes mises mas­si­ve­ment à uti­li­ser ChatGPT et les autres outils d'IA géné­ra­tive. Elles l'ont pro­ba­ble­ment fait par peur de perdre un avan­tage concur­ren­tiel face à une telle puis­sance. Il est inté­res­sant de noter que la connais­sance de l'IA géné­ra­tive figure désor­mais par­mi les com­pé­tences requises pour de nom­breux postes en dehors du milieu aca­dé­mique. Ces outils s'imposent comme une nou­velle norme, une com­pé­tence à maî­tri­ser.

Copilot : pourquoi l'utiliser et pas chatGPT ?

Actuel­le­ment, si vous sui­vez de près les EXCELLENTES chaînes de vul­ga­ri­sa­tion sur l'IA géné­ra­tive, vous avez sans doute remar­qué l'émergence d'une mul­ti­tude d'outils. Par­mi ceux-ci, j'aimerais aujourd'hui vous par­ler de Copi­lot, la ver­sion « code » de ChatGPT pro­po­sée par GitHub. Cet outil se veut être, comme son nom l'indique, un copi­lote pour nous assis­ter dans nos tâches de pro­gram­ma­tion. Le prin­ci­pal avan­tage qu'il pré­sente par rap­port à ChatGPT est qu'il est conçu pour coder sans avoir besoin d'un "prompt" pour l'orienter mais se base prin­ci­pa­le­ment sur le code qu'on lui donne. Les prompts sont en fait déjà pré-écris dans les dif­fé­rentes options de bases pour répondre à des usages com­muns : com­men­ter un code, le com­prendre.

J'apprécie beau­coup uti­li­ser ChatGPT pour évi­ter de sol­li­ci­ter constam­ment mes col­lègues pour des ques­tions tri­viales. La méthode du canard en plas­tique étant un de mes besoins prin­ci­paux au quo­ti­dien, il devient mon pre­mier inter­lo­cu­teur quand j'ai du mal à poser un pro­blème. Cepen­dant, il faut recon­naître que Copi­lot va encore plus loin. Pour l'utiliser, il est néces­saire de pos­sé­der un compte GitHub et de payer pour cette exten­sion (ce qui peut être un frein pour la recherche de rajou­ter 10 euros de fac­ture men­suelle par per­sonne, effec­ti­ve­ment…). Ensuite, la seconde étape consiste à l'intégrer à un édi­teur de code qui le sup­porte que tel que Visual Stu­dio Code. Après avoir ins­tal­lé l'extension Copi­lot sur cet édi­teur, vous êtes prêt à l'utiliser.

Voyons ensemble les trois fonc­tion­na­li­tés prin­ci­pales. Pour des rai­sons évi­dentes de confi­den­tia­li­té liées à mon tra­vail actuel, je vais illus­trer mon pro­pos avec des exemples tirés au hasard dans mes vieux codes.

• Com­prendre le code : Oh Léo­pold du pas­sé, toi qui a écrit un bout de code vache­ment bien il y a 2 ans… mais… il fait quoi déjà ? Pour­quoi j'ai écris ces lignes ? Oh toi Léo­pold qui a la flemme et prend un code de quelqu'un d'autre… mais pour­quoi il a écrit ça… à quoi sa sert ?

Vous vous recon­nais­sez dans cet exemple ? Dans ce cas, depuis l'invite de code, il suf­fit de cli­quer sur 'explique moi ce code' et lui deman­der très poli­ment, et hop, il génère une expli­ca­tion très claire. Cette fonc­tion­na­li­té semble être redou­table même dans les pires cas de code pas clair donc TRÈS utile !

• Com­men­ter le code : MAIS QUI A COMMENTÉ AUSSI MAL CE CODE ? Ah oui moi. Bon le code marche, est-ce que j'ai vrai­ment envie de pas­ser du temps à le com­men­ter ? Aller, deman­dons à Copi­lot de le faire. Pour ce coup il suf­fit de cli­quer sur le bou­ton 'géné­rer les docu­ments'.

Et bim, une jolie signa­ture de fonc­tion toute propre ce qui est soyons sin­cère, le mini­mum syn­di­cal qui man­quait dans la publi­ca­tion pré­cé­dente.

Voi­la ce que mon bon Copi­lot a ajou­té au début de ma fonc­tion :

Ou com­ment ne plus pas­ser de temps à écrire toutes les signa­tures des fonc­tions de tes codes ! Le faire sur un fichier de code entier pour toute les fonc­tions marche pour les plus curieux !

• Coder à sa place : Autre cas d'usage très simple. Aujourd'hui j'ai une fonc­tion simple à écrire mais j'ai alors vrai­ment, mais vrai­ment pas envie d'écrire comme un robot les 10 lignes de codes que je dois écrire.

Je vais alors écrire la signa­ture de ma fonc­tion un petit peu rapi­de­ment comme ceci, ouvrir le Copi­lot et lui dire 'écris moi le code'. Et là, magie la fonc­tion est écrite.

Alors oui j'ai écris un exemple assez simple et pas for­ce­ment plus per­ti­nent, mais il était lar­ge­ment suf­fi­sant mon­trer le poten­tiel de l'outil.

Vous l'aurez com­pris, je montre ici des usages simples qui sont prin­ci­pa­le­ment un gain de temps consi­dé­rable sur des petites tâches du quo­ti­dien que nous avons tous effec­tuées pen­dant des dizaines d'heures. Copi­lot est ven­du tel quel : il ne fera pas votre tra­vail, mais il vous ren­dra plus pro­duc­tif dans ce que vous savez faire. À mon sens, il faut uti­li­ser ces outils dans cette direc­tion : sim­pli­fier le tra­vail et les uti­li­ser comme des assis­tants pour les par­ties les plus simples. Deman­der à chatGPT d'écrire un code com­plexe fonc­tion­ne­ra dans la plu­part des cas, mais si vous n'en com­pre­nez pas un traître mot, cela fini­ra par deve­nir un obs­tacle pour vous. Avec Copi­lot, le risque est le même, c'est pour­quoi il est essen­tiel de savoir faire ou repro­duire tout ce qu'il aurait pu écrire (comme tout chef de pro­jet quand il demande du ren­fort hum…). La seule dif­fé­rence est que, pour le faire, vous n'aurez pas à lire toutes les pages de docu­men­ta­tion que vous avez oubliées.

Le futur est en marche, alors marchons !

Oh mes très chers amis bio­in­for­ma­ti­ciens, enten­dez mon appel. Quand aurons-nous un chatGPT entraî­né sur l'ensemble des réseaux méta­bo­liques de l'univers ? Pour ceux qui ne le savent pas, ces IA sont très fortes pour pro­duire du texte cohé­rent avec un contexte don­né. Il est donc pos­sible de don­ner 'à man­ger' à un chatGPT un gros ensemble de biblio­gra­phie et lui en deman­der un résu­mé. En géné­ral, ça fait à peu près le job (même si par­fois ça te dit qu'un cher­cheur X ou Y est un expert d'un domaine… qu'il ne connaît pas). Au-delà des pro­blèmes d'hallucinations qui sont un sujet entier, on com­prend assez vite que ces modèles peuvent accu­mu­ler une grande quan­ti­té de connais­sances et nous ser­vir de base de réflexion moyen­ne­ment pas trop mau­vaise (et sur­tout, plus rapide qu'un mois à lire des papiers).

On pour­rait alors lui deman­der : "J'ai vu que dans mon ana­lyse RNA-seq ce gène res­sort, a‑t-il du sens ?", "Si je sup­prime ce gène de mon ana­lyse, que se pas­se­ra-t-il ?". Où sont les rêves de tout ce que nous pour­rons construire pour com­prendre le lien entre dif­fé­rentes omiques ?

À quand des confé­rences où l'on ver­ra toutes les don­nées publiques mises dans des chatGPT deman­der des expli­ca­tions sur le sens d'une molé­cule X ou Y dans un col­lègue de poche ? (Oui, je veux mon bio­lo­giste de poche plu­tôt que par­ler a un être humain casse pied plein de savoir). Si on met toutes les publi­ca­tions scien­ti­fiques sur la chro­ma­tine dans un chatGPT, aura-t-on enfin quelqu'un qui com­prend quelque chose à ma pro­téine d'intérêt ?

Si aujourd'hui nous en sommes col­lec­ti­ve­ment à com­prendre com­ment l'usage de chatGPT et de ses concur­rents impacte notre quo­ti­dien, à quand un usage ultra mas­sif dans nos ques­tions scien­ti­fiques ? Voi­là ce que j'aurais rêvé au début de ma raille­rie de jeune vieux grin­cheux impa­tient sur l'état de notre com­mu­nau­té.

Qu'on soit très clair, je n'écris pas cet article pour cri­ti­quer qui que ce soit. Ces lignes ne sont que l'expression d'un res­sen­ti, celui de ma peur. Aujourd'hui, je pense que le train est en marche, que les plus curieux et les plus anxieux ont pris ce train. Mais demain, ceux qui n'ont pas pris ce train auront alors de sérieuses dif­fi­cul­tés. Je ne sou­haite qu'une chose, encou­ra­ger la com­mu­nau­té à faire ce bond et prendre plei­ne­ment conscience que les outils mis à notre dis­po­si­tion deviennent une nou­velle norme.

Alors à tous ceux qui ont un jour prê­ché qu'internet ne serait pas une révo­lu­tion et à tous ceux qui se sont jetés dedans à corps per­du, je vous sou­haite une bonne évo­lu­tion pro­fes­sion­nelle.

P.S. : Cet article, comme tous mes autres articles depuis 1 an, a été relu en pre­mier par chatGPT pour cor­ri­ger l'orthographe et apai­ser les supers relec­teurs de cette charge 🙂

Mer­ci aux relec­teurs : Ista, Pierre Mari­jon, Aze­rin

Mer­ci a notre chère admin : Zazo0o