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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Opinion

  • Doctorant dis toi que…

    Doctorant dis toi que…

    Je vous pro­pose aujourd'hui un petit article résu­mant les tra­vers typiques pen­dant une thèse. Ces pro­pos sont pure­ment issus de mon expé­rience récente de thèse (finie en 2019) de thèse ain­si que d'autres doctorants/​docteurs dans mon entou­rage. Toute la suite de l'article ne reflète que mon opi­nion per­son­nelle de ce grand moment de la vie…

  • Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

    Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

    L’idée de cet article vient d’une étude réa­li­sée en 2008 par Jean Lobry, Pro­fes­seur à l’Université Claude Ber­nard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses ensei­gne­ments en bio­in­for­ma­tique (plus exac­te­ment ses TD sur le lan­gage R). Mon objec­tif était de regar­der la dyna­mique de publi­ca­tion de la France dans le domaine de la…

  • L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

    L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

    "Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin". Pro­verbe afri­cain Il est un constat que je fais de plus en plus sou­vent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle socié­té semble tendre vers l'individualisme. Il est pro­bable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nom­bri­lisme…

  • Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

    Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

    Mon titre étant volon­tai­re­ment pro­vo­ca­teur je vais com­men­cer par le modé­rer et l'expliquer. Vous n'avez pas for­cé­ment besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pou­vez écrire des textes struc­tu­rés avec des tableaux, des images et la pos­si­bi­li­té de les rendre publics faci­le­ment. Un dépôt Github comme un compte Twit­ter peuvent ain­si…

  • Les grandes questions du doctorant en devenir/​débutant

    Les grandes questions du doctorant en devenir/​débutant

    … et ses "presque" réponses ! Dans cet article, je vais ten­ter de reprendre les grandes inter­ro­ga­tions que l'on peut avoir avant ou en com­men­çant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa car­rière pour cer­taines) et plus par­ti­cu­liè­re­ment en bio­in­for­ma­tique (mais pas que). Si cer­taines seront très détaillées, d'autres res­te­ront plus éva­sives. Cela…

  • Les commandements du stagiaire en bioinformatique

    Les commandements du stagiaire en bioinformatique

    La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) — futur(e) sta­giaire, te demandes com­ment choi­sir par­mi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait nor­mal de se poser toute une ribam­belle de ques­tions, nous y sommes tous pas­sés. La bonne nou­velle c'est que c'est ton jour de chance : les…

  • Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    La diver­si­té des ques­tions que se posent nos amis bio­lo­gistes entraîne une diver­si­té des don­nées : géno­miques, images, etc. De plus, ces don­nées sont géné­rées à des vitesses folles. Pour mani­pu­ler les don­nées et extraire les infor­ma­tions utiles, des solu­tions et outils bio­in­for­ma­tiques sont néces­saires. De nom­breux outils existent déjà pour répondre à de nom­breuses ques­tions.…

  • Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    N'importe quel bio­in­for­ma­ti­cien, débu­tant ou confir­mé, s'est confron­té au moins une fois dans sa vie à ce pro­blème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désor­mais des tonnes d'outils qui per­mettent, très rapi­de­ment en plus, de trou­ver une fonc­tion pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, Inter­Pro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……