Opinion :
État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI

Vous reconnaissez-vous là dedans?
 
Encore une nouvelle journée de code qui commence, j'ouvre ma boîte et... tiens donc, trois nouvelles annonces de la Société Française de BioInformatique. Ça tombe bien, dans quelques mois je soutiens ma thèse, je devrais peut-être commencer à chercher du boulot. Voyons voir ça... CDD développeur web... Post-Doc développeur logiciel... CDD Ingénieur développement logiciel...

Découverte :
Les dev' jam c'est bon pour vous !

Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois.
Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien.
Préambule glorieux.
Bonjour à tous !
Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour ceux qui ne connaitraient pas, une development jam est une sorte de concours de programmation en équipe sur un ou plusieurs sujets imposés, sur une durée de temps limitée (généralement un week-end)...

Actualité :
Séquençage : pas de nouveauté depuis les années 70 ?

Idiocracy | Post memes
Oui, on sait, vous les Geekus biologicus vous avez du être attirés par ce titre en vous disant qu'on est complètement ravagés. Évidemment qu'il y a de la nouveauté en matière de séquençage !
Apparemment tout le monde n'est pas au courant.
En effet, le 9 février, (au moins) deux articles, publiés dans des journaux grands publics (France3 et Le Monde), ont fait parler d'eux sur Twitter (suivre les fils de tweets ici ou encore ici)...

Opinion :
Introduction sur les bonnes pratiques de développement

Oyez Oyez jeune bio-informaticien, étudiant de master, professionnel débutant ou autre curieux, cet article a été écrit spécialement pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà présents sur le site, le premier écrit par Nolwenn, et le second par Nisaea. Mais aussi à partager votre précieuse expérience en commentaire...

Opinion :
Aux origines de la bioinformatique

Pour changer des tutoriels et des perspectives sur l’avenir de la bioinformatique, je vous propose aujourd’hui un retour aux sources. En effet, nous allons voir comment est née la bioinformatique. Nolwenn vous en avait déjà parlé ici, mais plus d'un point de vue méthodologique.
S’interroger sur les origines de la bioinformatique nous permettra de répondre (ou pas) à la question « Qu’est-ce que la bioinformatique ? » et nous amènera également à faire un peu de philosophie des sciences...

Opinion :
De la nécessité d’une pratique collaborative en bioinformatique

Depuis l’avènement des algorithmes d’alignement de séquences jusqu’aux outils d’analyses de réseaux de protéines, la bioinformatique se cherche une définition et une place dans la science. Est-ce une discipline ? Est-ce un outil ? Quelle formation faut-il avoir pour être bioinformaticien ? Et à quoi ressemblerait idéalement un diplôme en bioinformatique ?
On sera tous d’accord qu’il n’y a pas une seule réponse à ces questions...

Opinion :
Le recrutement en bioinfo

Oncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails. C'est pourquoi j'ai eu envie d'écrire ce petit guide sur les étapes du recrutement en bioinfo ; petit guide qui n'a ni la prétention d'être exhaustif, ni de détenir la vérité universelle sur le recrutement...

Opinion :
De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

 
Nuclear test - March 1954 | The Official CTBTO Photostream
Un génome, c'est quoi ?
Avant de plonger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons parler de séquençage de génome. Pour les notions sur le séquençage je vous redirige vers cet excellent article et pour le génome on va partir d'une définition simple et efficace : il s'agit de l'ensemble de l'information génétique portée par l'ADN d'un être vivant...

Opinion :
Watson, un système expert en diagnostic

Watson par IBM | CC-SA 3.0 chez Wikimédia
Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les systèmes experts, puis de vous exposer mon avis sur un système expert en diagnostic...

Astuce :
Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Vous avez dit protocole?
Mon prochain protocole. Sans aucun doute un pas de géant pour la science.
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...