Catégorie : Opinion
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Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant
… et ses "presque" réponses ! Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives.…
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Les commandements du stagiaire en bioinformatique
La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) — futur(e) stagiaire, te demandes comment choisir parmi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait normal de se poser toute une ribambelle de questions, nous y sommes tous passés. La bonne nouvelle c'est que c'est ton jour de chance : les…
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Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !
La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions.…
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Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes
N'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……
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S'outiller et s'organiser pour mieux travailler
TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…
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C'est l'enfeR.
Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls,…
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État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)
Nous revoilà pour la suite de notre premier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait promis une analyse de l'évolution du marché, et c'est ce dont nous allons parler dans cet article. Je vous renvoie au premier article si vous voulez plus d'informations sur l'origine des données et la disponibilité du…
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Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique
Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont…
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Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate
Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales. Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage…