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De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique

Fly, you fools! | "Piled Higher and Deeper" by Jorge Cham - www.phdcomics.com
"Fly, you fools!" | From "Piled Higher and Dee­per" by Jorge Cham — www​.phd​co​mics​.com

“Et pour­quoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être deman­dé en sor­tant du TD de sta­tis­tiques de mar­di der­nier. Pas for­cé­ment en bio­sta­tis­tiques, la thèse, hein. Mais la bio­in­for­ma­tique, ça vous parle vrai­ment. Vous ado­rez tra­vailler sur des pro­jets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de pen­ser à l’après-Master… Cer­tains de vos col­lègues ont déjà des plans de car­rière pré­cis (“une thèse en 4 ans + deux post­docs à l’étranger + concours maître de conf’”), mais ça n’est pas votre cas. Voi­ci donc un (long) billet, pour vous convaincre que faire une thèse, c’est le bien (ou pas).

L’été meurtrier

Juillet 2012. Alors que vous vous endui­siez de crème solaire SPF 50, les doigts de pieds en éven­tail sur la plage de Pala­vas-les-Flots, Casey Berg­man publiait son top N des rai­sons de faire une thèse ou un post­doc en bio­in­for­ma­tique (note : ce billet s’adresse à des étu­diants ayant un bagage uni­que­ment bio­lo­gique). Pour lui, l’informatique, c’est la com­pé­tence-clé à avoir aujourd’hui quand on est un bio­lo­giste, ça vous rend plus rigou­reux dans votre tra­vail, vous ouvre d’autres portes que la bio­lo­gie “pure” et vous per­met de publier plus. Ah, et aus­si on peut plus faci­le­ment bos­ser depuis chez soi.

Quelques jours plus tard, on pou­vait lire sur le blog homo​log​.us une réponse au billet de Berg­man, soit le top N des rai­sons de ne pas faire une thèse en bio­in­for­ma­tique ; puis, en février 2013, un autre billet, faire une thèse ou non en bio­in­for­ma­tique, suite à un com­men­taire lais­sé dans le pré­cé­dent écrit. Ici, un étu­diant en bio­in­for­ma­tique, qui ne sou­haite pas pour­suivre une car­rière aca­dé­mique, s’interroge sur le fait de quit­ter son poste bien payé dans l’industrie pour com­men­cer une thèse. La réponse d’homolog.us :

  • grosse perte en terme de reve­nu s’il se lance en thèse, avoir une bourse et pas un “vrai” salaire
  • mais à l’université, y a des “smart kids”, avec des idées fraîches pour chan­ger le monde

Bon, c’est bien beau tout ça, mais on n’est pas plus avan­cé… On se dou­tait bien qu’on ne gagne­rait pas des masses en étant thé­sard (encore que… ça dépend du pays…). Mais bon, après, on va gagner plus, non ? Est-ce qu’on s’engage dans une car­rière aca­dé­mique “pour de bon” ? Et puis d’abord, une thèse en bio­in­for­ma­tique, ça consiste en quoi ?

C’est quoi une thèse en bioinformatique ?

Bien sûr, on ne peut pas défi­nir ce qu’est une thèse en bio­in­for­ma­tique. Mais glo­ba­le­ment, faire une thèse (en bio­in­for­ma­tique ou autre), c’est pas­ser plu­sieurs années à ten­ter de répondre à un ou plu­sieurs pro­blèmes ; c’est lire une tonne et demie de publi­ca­tions et s’en ins­pi­rer pour créer quelque chose de mieux ou de plus adap­té à notre pro­blé­ma­tique ; c’est ren­con­trer d’autres cher­cheurs pas­sion­nés et échan­ger ; c’est pen­ser, tes­ter et vali­der des hypo­thèses ; c’est sou­vent trans­mettre (ses connais­sances, son amour de la science) à tra­vers des cours et des TD ; c’est enfin com­mu­ni­quer ses résul­tats dans des articles scien­ti­fiques (et dans un gros pavé que peu de gens liront au final, mais qui fera classe dans ta biblio­thèque — oui, au point où on en est, autant se tutoyer). Ce sont aus­si sou­vent des années dif­fi­ciles, qui demandent un inves­tis­se­ment impor­tant, et laissent peu de place aux loi­sirs et à la vie pri­vée. Alors, ça te dit ?

Et après la thèse ?

Si tu vises une car­rière aca­dé­mique, la thèse est un pas­sage obli­gé. Mais ça n’est pas parce que tu te lances dans une thèse que tu es coin­cé pour tou­jours dans la recherche publique ! Tu peux très bien pas­ser du côté obs­cur dans le pri­vé… et pour­quoi pas reve­nir dans le public quelques années plus tard ! Et il en va de même après un post-doc. Par contre, se faire embau­cher dans le pri­vé en sor­tant de thèse n’est pas tou­jours évident en France : faible recon­nais­sance du diplôme de doc­teur sur le mar­ché du tra­vail, com­pé­tences mal iden­ti­fiées par les employeurs… Comme le dit cet article du Monde, “même les postes dédiés à la recherche au sein des entre­prises fran­çaises sont majo­ri­tai­re­ment dévo­lus à des ingé­nieurs issus de grandes écoles (54 % en 2009, contre 13 % de doc­teurs, selon les chiffres du minis­tère de l’Enseignement supé­rieur et de la Recherche) […] À ces obs­tacles dans le sec­teur pri­vé s’ajoute un défi­cit chro­nique de postes d’enseignants-chercheurs au sein des uni­ver­si­tés fran­çaises, où les places s’annoncent de plus en plus chères en temps de rigueur bud­gé­taire”. Bref, c'est pas gagné, et il vaut peut-être mieux aller à un entre­tien d'embauche avec une copie du rap­port "Com­pé­tences et employa­bi­li­té des doc­teurs" sous le bras ! Cepen­dant, ce constat ne se géné­ra­lise pas à tous les pays.

Si tu as encore des ques­tions ou des hési­ta­tions, pour­quoi ne pas abor­der le sujet avec ceux qui sont direc­te­ment en pre­mière ligne ? Cer­tains de tes enca­drants de TD ou de pro­jets sont eux-mêmes en thèse ! Tu peux éga­le­ment t'adresser à JeBIF — l'association des Jeunes Bio­in­for­ma­ti­ciens de France — ou plus géné­ra­le­ment à la Confé­dé­ra­tion des Jeunes Cher­cheurs. Depuis quelques années, au cours des Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques (JOBIM), JeBIF orga­nise des ate­liers, notam­ment sur l'insertion pro­fes­sion­nelle des jeunes bio­in­for­ma­ti­ciens. Beau­coup de villes orga­nisent éga­le­ment des forums à des­ti­na­tion des jeunes diplô­més issus de mas­ter ou d'école d'ingénieur.

“Et pour­quoi pas une thèse ?”, me disais-je en 2ème année de Mas­ter, mais sans aucune inten­tion de pour­suivre une car­rière aca­dé­mique. Au cours de mon stage de M2, on m’a don­né ce judi­cieux conseil : ne fais pas une thèse pour faire une thèse ; fais une thèse parce que le sujet de thèse te plait.

Thèse ou pas thèse, votre avis et votre expé­rience nous inté­ressent ! N’hésitez pas à les par­ta­ger dans les com­men­taires de ce billet.

Mer­ci à Max, ZaZo0o et Clem_​ pour les com­men­taires et dis­cus­sions qui sont venus enri­chir cet article.

 




Commentaires

14 réponses à “De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique”

  1. Avatar de magictrip

    Très bon article, tout en équi­libre 🙂
    Je ne com­prends pas l'association sous-enten­due pri­vé — côté obs­cur, ça fait un peu idée reçue. Je rajou­te­rai éga­le­ment que le côté impré­vi­sible vient aus­si du fait que le sujet peut très for­te­ment chan­ger entre le début et la fin de thèse, pour le meilleur ou le pire…

    Et qu'en est-il du conseil d'apprendre le chi­nois plu­tôt que d'apprendre à pro­gram­mer (dans l'article réfé­ren­cé), tu es d'accord ?

    1. Salut magic­trip !

      Mer­ci pour ton com­men­taire. Alors, non, le sous-enten­du "indus­trie = côté obs­cur" n'était pas un vrai sous-enten­du. Je veux dire par là que si cette par­tie avait été écrite sous un autre angle (tra­vailler dans l'industrie puis pas­ser dans la recherche publique), j'aurais pro­ba­ble­ment écrit "côté obs­cur" aus­si. Juste pour la blague. Et mon­trer ma maî­trise de l'outil "rayure". Je ne consi­dère pas per­son­nel­le­ment l'industrie comme le "côté obs­cur" (de la Force ou de quoi que ce soit d'autre).

      Et oui, par­fois le sujet peut chan­ger entre le début et la fin. Gros ou petit chan­ge­ment, c'est tou­jours mieux quand ça arrive au début plu­tôt qu'au milieu. Est-ce que ça t'est arri­vé ?

      Quant au chi­nois… Comme le dit l'auteur de l'article "none of our friends thoughts it is a good idea" 😉 Même si dans les 2 cas on parle de lan­gages, je ne trouve pas que ce soit com­pa­rable ou incom­pa­tible (tu peux très bien apprendre Java et le chi­nois). J'ai mal­heu­reu­se­ment éga­ré ma boule de cris­tal, donc pour voir l'avenir j'ai un peu de mal, mais mon conseil pour main­te­nant ça serait plu­tôt "avant d'apprendre le chi­nois, amé­liore ton anglais".

      1. Y'a aus­si l'option aller faire une thèse en Chine 😉

        1. Oui, je l'ai pen­sé, mais pas écrit 😀

  2. Bon­jour Estel !

    Deux avan­tages de la thèse pas men­tion­nés ici :

    - en bio­tech et phar­ma, il y a une culture forte de la thèse (ou du doc­teur en méde­cine), donc avoir un poste à res­pon­sa­bi­li­té sans thèse dans ces domaines peut être dif­fi­cile.

    - la thèse est le seul diplôme véri­ta­ble­ment inter­na­tio­nal, à mon avis.

    1. Bon­jour Marc 🙂

      Mer­ci pour ces pré­ci­sions ! Il est vrai que cer­tains diplômes (du CAP au Mas­ter) sont mal recon­nus — voire incon­nus — à l'international. Et que 2 diplô­més en bio­in­for­ma­tique n'auront pas le même pro­fil, dépen­dant du Mas­ter qu'ils ont fait, de la pro­mo­tion dont ils sont issus… En France on com­mence une thèse après 5 années d'études (3 ans de licence + 2 ans de Mas­ter), dans d'autres pays on peut com­men­cer au bout de 4 années uni­ver­si­taires, sans pas­ser par la case Mas­ter. La thèse est bien recon­nue à l'international en tant que titre/​diplôme (PhD), et en plus elle est cou­plée à plu­sieurs publi­ca­tions en anglais.

  3. Yoann M.

    Cou­cou Estel,

    comme déjà dis pré-publi­ca­tion j'aime bien l'article, mer­ci et bra­vo 🙂

    Main­te­nant je vais en pro­fi­ter pour poser une ou deux ques­tions, que moi-même je me pose depuis un moment :

    Selon toi (ou vous, le débat est ouvert à tous) en ces temps d'économie pas super sereine (et d'ailleurs même sans ce fac­teur en fait…), un patron ne pré­fé­re­rait-il pas enga­ger un ingé­nieur à +3,+4,+5 etc années d'expérience plu­tôt qu'un jeune doc­teur diplô­mé ? La ques­tion se pose sur­tout pour le pri­vé je pense. Le public étant moins impac­té par la demande de "ren­de­ment" ou "retour sur inves­tis­se­ment", voire de "béné­fices".

    En effet, l'ingénieur coû­te­ra moins cher glo­ba­le­ment que son com­père doc­teur et pour qua­si­ment le même bagage. De plus le doc­teur aura sou­vent une spé­cia­li­té très pous­sée dans un domaine, celui de sa thèse. Tan­dis que l'ingénieur aura sou­vent eu le loi­sir de se spé­cia­li­ser dans plu­sieurs domaines au long de ses dif­fé­rents projets/​contrats.

    Au niveau du bou­lot, LA grosse dif­fé­rence se joue en mon sens sur le fait que la plu­part du temps on ne deman­de­ra pas à un ingé­nieur de mener de bout à bout son pro­jet, contrai­re­ment au doc­teur qui est cen­sé pou­voir gérer ça du début à la fin. Bien sûr ce n'est pas une véri­té et des contre exemples existent comme tou­jours. Mais je pense que ce qui est dans les têtes de la plu­part d'entre nous c'est un peu ça non ?

    Pour finir, la chose la plus "dif­fi­cile" pour un ingé­nieur n'est-elle pas d'arriver à pas­ser ce stade des 3,4 ou 5 années d'expériences ? Son col­lègue doc­teur n'aura-t-il pas de la peine à trou­ver autre chose qu'un Post­Doc en CDD ?

    Encore une fois, toutes ses ques­tions sont sur­tout valables pour le pri­vé et pour les pays pas vrai­ment dans une bonne période éco­no­mique. Le public étant moins impac­té direc­te­ment de mon point de vue, quoique pro­po­sant de plus en plus de CDD et de moins en moins de CDI…

    De toute façon il y a une chose qui revien­dra tou­jours : on a rien sans rien 😉 Le tra­vail paye (à ce qu'il parait).

  4. […] "Fly, you fools!" | From "Piled Higher and Dee­per" by Jorge Cham — http://​www​.phd​co​mics​.com “Et pour­quoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être deman­dé en sor­tant du TD de sta­tis­tiques de mar­di der­nier. Pas for­cé­ment en bio­sta­tis­tiques, la thèse, hein.  […]

  5. A part pou­voir signer mes lettres par Doc­teur et mettre PhD dans mon pseu­do twit­ter, aujourd'hui, je ne vois pas ce que ça m'apporterais… (gen­til troll inside).

    Et puis 4/​5 ans encore à la l'Université, j'en ai assez don­né… Faut vrai­ment être maso pour faire un thèse.

    Je suis actuel­le­ment en stage pour mon M1 de bioin­fo et fran­che­ment pour l'instant je n'ai pas envie de faire de thèse. Je songe plus à conti­nuer à me for­mer en pro­gram­ma­tion et/​ou par­tir un peu dans le pri­vé (n’imaginez pas com­bien pour moi c'est dur de dire ça…).

    Et pour­tant faire une thèse c'est accé­der à un autre niveau (et cer­tains te le font bien sen­tir). C'est un autre monde et pas for­cé­ment le meilleur.

    J'ai encore un peu de temps avant de me déci­der.

  6. Bon­jour Estel,
    Vou­lant me lan­cer dans la bio­in­for­ma­tique et faire un stage en Suisse, je sou­hai­te­rais savoir où vous avez fait votre stage à Lau­sanne, étant très inté­res­sé 🙂

    1. Salut Sam' !

      Alors j'ai fait mon stage à l'Unil, au sein du Dépar­te­ment d'Écologie et d'Évolution (avec MRR ;-)).

      D'autres membres de Bioin­fo-fr ont éga­le­ment fait un stage à l'Unil ou à l'EPFL voi­sine.

      1. D'accord mer­ci pour ces infos 🙂

  7. Une chose impor­tante à savoir : Avoir une thèse peut être un pro­blème pour trou­ver un emploi d'ingénieur dans la recherche publique en France. Pour cer­tains CDD, les finan­ce­ments ne sont pas pré­vus pour embau­cher un doc­teur, et donc le labo pour­ra refu­ser l'embauche, même si le pro­fil est idéal pour le poste. Cer­tains concours publics de recru­te­ment d'ingénieur d'étude ont une règle impli­cite qui est qu'on écarte d'office les can­di­dats ayant une thèse. Les doc­teurs sont cen­sés pos­tu­ler comme cher­cheurs ou comme ingé­nieurs de recherche, tant pis s'ils n'ont pas trop envie de mener leur propre pro­jet de recherche, devoir aller à la pèche aux finan­ce­ments, gérer une pla­te­forme avec son bud­get, son per­son­nel et ses demandes d'utilisation. Bref, si ce qui nous inté­resse vrai­ment, c'est résoudre des pro­blèmes pra­tiques, avoir le nez dans le cam­bouis, coder, la thèse n'est pas for­cé­ment un avan­tage, dans l'état actuel de la recherche publique en France.

  8. Quelques mots d'un ancien. J'ai pas­sé une thèse d'écologie il y a (très) long­temps (on disait thèse d'état). Je savais écrire quelques lignes de code en for­tran, pas­cal, basic, LSE et j'étais cour­ti­sé par les (jeunes) col­lègues du labo (y avais pas mal de jeunes thé­sardes et des jeunes thé­sardes pas mal…). La "bio­in­for­ma­tique" n'existait pas et pas du tout valo­ri­sée pour obte­nir un poste à l'Université. Les vieux bonzes (fran­çais) ne voyaient pas trop l'intérêt de faire des cal­culs pour simu­ler le fonc­tion­ne­ment d'un éco­sys­tème par exemple…Bon cou­rage les enfants

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