Découverte :
SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

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Suite à l'article sur l'EMBL, voici la présentation d'un autre grand employeur dans le domaine de la bioinformatique. Cette fois-ci c'est un peu plus compliqué, contrairement à l'EMBL qui a ses propres bâtiments et finalement un nombre de lieux de travail réduit, le SIB, dont on va parler aujourd'hui, est réparti sur tout le territoire suisse. Je ne vais donc pas parler de tous les laboratoires et de leurs thèmes de recherche (je vous dirai où trouver ces informations), mais je vais présenter de façon générale ce qu'est le SIB.

SIB: aux origines

Le SIB a été créé en 1998, grâce à la volonté de quelques chercheurs, mais aussi et c'est important de le noter je pense, grâce au soutien d'élus suisses.

Tout commence en 1996, Swiss-Prot, ExPASy et d'autres ressources utilisées partout à travers le monde sont menacés de fermeture. Le financement des serveurs et des ressources installés dessus va arriver à son terme et le service sera fermé. Le 10 mai 1996, Amos Bairoch envoie un appel aux utilisateurs de ces ressources, il décrit la situation et leur demande de témoigner de l'utilité de ces services. Dès juin 1996, après réception de pas moins de 1500 lettres de soutien provenant de plus de 39 pays différents, le professeur Bairoch informe les utilisateurs que le président du Conseil d'Etat de Genève (M. Guy-Olivier Segond) a annoncé le soutien financier de Swiss-Prot jusqu'en décembre, le temps de trouver une solution de plus longue durée. Amos Bairoch aborde dans cette lettre son souci de voir Swiss-Prot rester une ressource libre. La privatisation avait été envisagée car elle aurait été moins pénalisante qu'une fermeture définitive, mais la consultation de la base de données serait certainement devenue payante et de nombreux laboratoires n'auraient alors plus eu accès aux données. C'est un sujet d'époque, on a tous entendu parler de la crise autour du séquençage du génome humain qui aura lieu presque deux ans plus tard (voir : Course avec Celera sur wikipédia). La création d'un institut national de bioinformatique est aussi déjà annoncée comme éventuelle solution au problème.

Finalement à la fin de l'année 1996, il est annoncé que dans un premier temps, ce sont la "Swiss National Science Fundation (FNRS)" et le "Federal Office for Education and Sciences (OFES)" qui soutiendront Swiss-Prot jusqu'en décembre 1999 et que des discussions sur le support de la bioinformatique en Suisse sont lancées avec comme objectif la création d'une solution en janvier 2000, prochaine date de révision du budget pour la science en Suisse (budget revu tout les 4 ans). Mais dès 1997, 5 professeurs travaillant dans différents domaines de la bioinformatique vont travailler à la création du SIB (Ron Appel, Philipp Bucher, Victor Jongeneel, Manuel Peitsch et Aimos Bairoch). Dans un article publié en 2000 dans le journal Bioinformatics, Aimos Bairoch parle de leurs objectif dans ces termes : « Il est essentiel de créer des "centres d’excellences" dans les domaines pluridisciplinaires qui seront économiquement importants dans la société de demain. C'est pourquoi nous proposons la création d'un Institut Suisse pour la Bioinformatique avec les objectifs suivants :

  • Promouvoir le développement de logiciel et bases de données pour la bioinformatique.
  • Soutenir une recherche de grande qualité en bioinformatique.
  • Offrir, en collaboration avec les partenaires académiques, des cours et des séminaires pour la formation des chercheurs en bioinformatique.
  • Offrir l’accès aux services bioinformatiques, à travers Swiss-EMBnet, à la communauté des chercheurs suisses. » Le 30 mars 1998, le SIB est créé en tant que fondation à but non lucratif soutenue par le gouvernement suisse à hauteur de 50% du budget.

SIB: l'évolution

Depuis sa création, le SIB a été en perpétuelle croissance. L'institut est passé de 5 groupes et une dizaine de membres en 1998 à 24 groupes et environ 300 membres en 2008 pour ses 10 ans. Depuis le mouvement c'est même accéléré, puisque 5 ans plus tard on compte 46 groupes et plus de 650 membres. Comme je le disais dans l'introduction, les groupes et membres du SIB ne se trouvent pas forcément dans des bâtiments appartenant au SIB. En fait ces groupes font partie de différentes universités et organisations installées dans sept villes de Suisse (Lausanne, Zurich, Bâle, Berne, Fribourg, Genève et Lugano).

La production bioinformatique d'un tel ensemble est forcément impressionnante. Comme nous l'avons vu, c'est pour sauver des ressources publiques et leur libre accès que le SIB a été créé. Aujourd'hui, 15 ans après, les serveurs du SIB accueillent plus de 130 ressources bioinformatiques, allant de la base de données au logiciel spécialisé dans des domaines comme la protéomique ou la modélisation moléculaire. Il y a quelques années le site ExPASy a été mis à jour pour simplifier la consultation de toutes ces ressources. En une requête, on peut interroger 19 bases de données biologiques et une page regroupe tous les logiciels produits par les différents groupes du SIB ainsi que des ressources appartenant à d'autres organismes.

Pour plus d'informations sur les groupes du SIB et leur sujet de recherche, je vous invite à consulter cette page. De façon générale le site internet du SIB vous apportera tous les détails sur les activités du SIB. Vous y trouverez des informations sur les cours (training, workshop) organisés par l'institut, sur la structure de ce dernier, sur les ressources informatiques (hardware cette fois) qu'il utilise ou sur son programme pour les PhD...

SIB: à votre service

Alors, pourquoi postuler dans un groupe du SIB en tant que bioinformaticien ?

Et bien tout d'abord si vous voulez faire une thèse, comme je viens de le dire l'institut possède son propre programme de bourses, avec certains avantages listés sur le site. Une autre chose importante c'est l'environnement de travail, vous êtes rarement un bioinformaticien isolé, vous avez accès à de nombreuses ressources et même si il ne s'agit pas forcément de collaboration, vous êtes en meilleure position pour contacter un autre chercheur de l'institut. Forcement le SIB encourage les rencontres entre groupes et pour favoriser cela, chaque année ont lieu les SIBdays, deux jours où l'ensemble des groupes se réunissent pour présenter leur travail et découvrir celui des autres. Pour ceux qui ont la chance d'être éligibles, vous pouvez aussi avoir accès à un ensemble de clusters géré par le groupe Vital-IT. Nous avions d'ailleurs fait une interview de son directeur Ioannis Xenarios. En plus de maintenir les ressources hardware, le groupe a créé un environnement propice à l'analyse des données biologiques, avec la majorité des logiciels et bases de données prêts à servir.

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Il y aurait surement beaucoup plus de choses à dire sur le SIB, mais il s'agit ici simplement de vous faire découvrir l'institut et les curieux iront plus loin d'eux même. Une fois de plus le message important que je veux faire passer, c'est qu'il existe de grandes ressources bioinformatiques en Europe et que des institutions comme l'EMBL et le SIB sont toujours à la recherche de nouveaux bioinformaticiens. Et dans le cas du SIB, je peux vous dire que les groupes de Lausanne et Genève sont friands de bioinformaticiens formés en France (J'en connais 4 ou 5 de Bordeaux qui sont passés par là). Donc si vous cherchez un stage, une thèse ou un poste (par ici : SIB-Jobs ) prenez le temps de regarder, avec 46 groupes vous trouverez bien un ou deux endroits où postuler :).

Sinon pour plus d'information sur le SIB voici une petite vidéo de présentation (Merci Yoann).

Merci aux relecteurs ook4mi, Guillaume, Nolwenn et Yoann

  • À propos de
  • Après un stage à l'EMBL Heidelberg en 2010, où j'ai découvert le traitement des données de séquençage (NGS), j'ai travaillé 3 ans à Genève entre deux laboratoires du SIB. J'y ai principalement géré une grande quantité de données RNA-seq et mis en place plusieurs pipelines pour le traitement automatique de ces données. Depuis décembre 2013 je travaille à l'IGH Montpellier, notre groupe étudie les problèmes liés à la réplication dans les cellules tumorales.

Un commentaire sur “SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

  1. Au Cameroun, l\'université de Douala est la seule qui forme en bioinformatique et paradoxalement, bien que cette filière n\'existe qu\'il y\'a 6 ans, il n\'existe pas encore d\'instituts spécialisé comme le SIB. A la fin de sa formation, chacun se cherche!

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