SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

Suite à l'article sur l'EMBL, voi­ci la pré­sen­ta­tion d'un autre grand employeur dans le domaine de la bio­in­for­ma­tique. Cette fois-ci c'est un peu plus com­pli­qué, contrai­re­ment à l'EMBL qui a ses propres bâti­ments et fina­le­ment un nombre de lieux de tra­vail réduit, le SIB, dont on va par­ler aujourd'hui, est répar­ti sur tout le ter­ri­toire suisse. Je ne vais donc pas par­ler de tous les labo­ra­toires et de leurs thèmes de recherche (je vous dirai où trou­ver ces infor­ma­tions), mais je vais pré­sen­ter de façon géné­rale ce qu'est le SIB.

SIB : aux origines

Le SIB a été créé en 1998, grâce à la volon­té de quelques cher­cheurs, mais aus­si et c'est impor­tant de le noter je pense, grâce au sou­tien d'élus suisses.

Tout com­mence en 1996, Swiss-Prot, ExPA­Sy et d'autres res­sources uti­li­sées par­tout à tra­vers le monde sont mena­cés de fer­me­ture. Le finan­ce­ment des ser­veurs et des res­sources ins­tal­lés des­sus va arri­ver à son terme et le ser­vice sera fer­mé. Le 10 mai 1996, Amos Bai­roch envoie un appel aux uti­li­sa­teurs de ces res­sources, il décrit la situa­tion et leur demande de témoi­gner de l'utilité de ces ser­vices. Dès juin 1996, après récep­tion de pas moins de 1500 lettres de sou­tien pro­ve­nant de plus de 39 pays dif­fé­rents, le pro­fes­seur Bai­roch informe les uti­li­sa­teurs que le pré­sident du Conseil d'Etat de Genève (M. Guy-Oli­vier Segond) a annon­cé le sou­tien finan­cier de Swiss-Prot jusqu'en décembre, le temps de trou­ver une solu­tion de plus longue durée. Amos Bai­roch aborde dans cette lettre son sou­ci de voir Swiss-Prot res­ter une res­source libre. La pri­va­ti­sa­tion avait été envi­sa­gée car elle aurait été moins péna­li­sante qu'une fer­me­ture défi­ni­tive, mais la consul­ta­tion de la base de don­nées serait cer­tai­ne­ment deve­nue payante et de nom­breux labo­ra­toires n'auraient alors plus eu accès aux don­nées. C'est un sujet d'époque, on a tous enten­du par­ler de la crise autour du séquen­çage du génome humain qui aura lieu presque deux ans plus tard (voir : Course avec Cele­ra sur wiki­pé­dia). La créa­tion d'un ins­ti­tut natio­nal de bio­in­for­ma­tique est aus­si déjà annon­cée comme éven­tuelle solu­tion au pro­blème.

Fina­le­ment à la fin de l'année 1996, il est annon­cé que dans un pre­mier temps, ce sont la "Swiss Natio­nal Science Fun­da­tion (FNRS)" et le "Fede­ral Office for Edu­ca­tion and Sciences (OFES)" qui sou­tien­dront Swiss-Prot jusqu'en décembre 1999 et que des dis­cus­sions sur le sup­port de la bio­in­for­ma­tique en Suisse sont lan­cées avec comme objec­tif la créa­tion d'une solu­tion en jan­vier 2000, pro­chaine date de révi­sion du bud­get pour la science en Suisse (bud­get revu tout les 4 ans). Mais dès 1997, 5 pro­fes­seurs tra­vaillant dans dif­fé­rents domaines de la bio­in­for­ma­tique vont tra­vailler à la créa­tion du SIB (Ron Appel, Phi­lipp Bucher, Vic­tor Jon­ge­neel, Manuel Peitsch et Aimos Bai­roch). Dans un article publié en 2000 dans le jour­nal Bio­in­for­ma­tics, Aimos Bai­roch parle de leurs objec­tif dans ces termes : « Il est essen­tiel de créer des "centres d’excellences" dans les domaines plu­ri­dis­ci­pli­naires qui seront éco­no­mi­que­ment impor­tants dans la socié­té de demain. C'est pour­quoi nous pro­po­sons la créa­tion d'un Ins­ti­tut Suisse pour la Bio­in­for­ma­tique avec les objec­tifs sui­vants :

• Pro­mou­voir le déve­lop­pe­ment de logi­ciel et bases de don­nées pour la bio­in­for­ma­tique.
• Sou­te­nir une recherche de grande qua­li­té en bio­in­for­ma­tique.
• Offrir, en col­la­bo­ra­tion avec les par­te­naires aca­dé­miques, des cours et des sémi­naires pour la for­ma­tion des cher­cheurs en bio­in­for­ma­tique.
• Offrir l’accès aux ser­vices bio­in­for­ma­tiques, à tra­vers Swiss-EMB­net, à la com­mu­nau­té des cher­cheurs suisses. » Le 30 mars 1998, le SIB est créé en tant que fon­da­tion à but non lucra­tif sou­te­nue par le gou­ver­ne­ment suisse à hau­teur de 50% du bud­get.

SIB : l'évolution

Depuis sa créa­tion, le SIB a été en per­pé­tuelle crois­sance. L'institut est pas­sé de 5 groupes et une dizaine de membres en 1998 à 24 groupes et envi­ron 300 membres en 2008 pour ses 10 ans. Depuis le mou­ve­ment c'est même accé­lé­ré, puisque 5 ans plus tard on compte 46 groupes et plus de 650 membres. Comme je le disais dans l'introduction, les groupes et membres du SIB ne se trouvent pas for­cé­ment dans des bâti­ments appar­te­nant au SIB. En fait ces groupes font par­tie de dif­fé­rentes uni­ver­si­tés et orga­ni­sa­tions ins­tal­lées dans sept villes de Suisse (Lau­sanne, Zurich, Bâle, Berne, Fri­bourg, Genève et Luga­no).

La pro­duc­tion bio­in­for­ma­tique d'un tel ensemble est for­cé­ment impres­sion­nante. Comme nous l'avons vu, c'est pour sau­ver des res­sources publiques et leur libre accès que le SIB a été créé. Aujourd'hui, 15 ans après, les ser­veurs du SIB accueillent plus de 130 res­sources bio­in­for­ma­tiques, allant de la base de don­nées au logi­ciel spé­cia­li­sé dans des domaines comme la pro­téo­mique ou la modé­li­sa­tion molé­cu­laire. Il y a quelques années le site ExPA­Sy a été mis à jour pour sim­pli­fier la consul­ta­tion de toutes ces res­sources. En une requête, on peut inter­ro­ger 19 bases de don­nées bio­lo­giques et une page regroupe tous les logi­ciels pro­duits par les dif­fé­rents groupes du SIB ain­si que des res­sources appar­te­nant à d'autres orga­nismes.

Pour plus d'informations sur les groupes du SIB et leur sujet de recherche, je vous invite à consul­ter cette page. De façon géné­rale le site inter­net du SIB vous appor­te­ra tous les détails sur les acti­vi­tés du SIB. Vous y trou­ve­rez des infor­ma­tions sur les cours (trai­ning, work­shop) orga­ni­sés par l'institut, sur la struc­ture de ce der­nier, sur les res­sources infor­ma­tiques (hard­ware cette fois) qu'il uti­lise ou sur son pro­gramme pour les PhD…

SIB : à votre service

Alors, pour­quoi pos­tu­ler dans un groupe du SIB en tant que bio­in­for­ma­ti­cien ?

Et bien tout d'abord si vous vou­lez faire une thèse, comme je viens de le dire l'institut pos­sède son propre pro­gramme de bourses, avec cer­tains avan­tages lis­tés sur le site. Une autre chose impor­tante c'est l'environnement de tra­vail, vous êtes rare­ment un bio­in­for­ma­ti­cien iso­lé, vous avez accès à de nom­breuses res­sources et même si il ne s'agit pas for­cé­ment de col­la­bo­ra­tion, vous êtes en meilleure posi­tion pour contac­ter un autre cher­cheur de l'institut. For­ce­ment le SIB encou­rage les ren­contres entre groupes et pour favo­ri­ser cela, chaque année ont lieu les SIB­days, deux jours où l'ensemble des groupes se réunissent pour pré­sen­ter leur tra­vail et décou­vrir celui des autres. Pour ceux qui ont la chance d'être éli­gibles, vous pou­vez aus­si avoir accès à un ensemble de clus­ters géré par le groupe Vital-IT. Nous avions d'ailleurs fait une inter­view de son direc­teur Ioan­nis Xena­rios. En plus de main­te­nir les res­sources hard­ware, le groupe a créé un envi­ron­ne­ment pro­pice à l'analyse des don­nées bio­lo­giques, avec la majo­ri­té des logi­ciels et bases de don­nées prêts à ser­vir.

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Il y aurait sur­ement beau­coup plus de choses à dire sur le SIB, mais il s'agit ici sim­ple­ment de vous faire décou­vrir l'institut et les curieux iront plus loin d'eux même. Une fois de plus le mes­sage impor­tant que je veux faire pas­ser, c'est qu'il existe de grandes res­sources bio­in­for­ma­tiques en Europe et que des ins­ti­tu­tions comme l'EMBL et le SIB sont tou­jours à la recherche de nou­veaux bio­in­for­ma­ti­ciens. Et dans le cas du SIB, je peux vous dire que les groupes de Lau­sanne et Genève sont friands de bio­in­for­ma­ti­ciens for­més en France (J'en connais 4 ou 5 de Bor­deaux qui sont pas­sés par là). Donc si vous cher­chez un stage, une thèse ou un poste (par ici : SIB-Jobs ) pre­nez le temps de regar­der, avec 46 groupes vous trou­ve­rez bien un ou deux endroits où pos­tu­ler :).

Sinon pour plus d'information sur le SIB voi­ci une petite vidéo de pré­sen­ta­tion (Mer­ci Yoann).

Mer­ci aux relec­teurs ook4mi, Guillaume, Nol­wenn et Yoann