Qu'est-ce que LaTeX?
LaTeX (la casse est importante) est un langage de mise en forme de documents, extension du langage TeX, créé pour résoudre des problèmes d'écriture de formules mathématiques compliquées sur ordinateur. Contrairement à de nombreux logiciels de mise en forme, LaTeX se base sur le WYSIWYM (What You See Is What You Mean: ce que vous voyez est ce que vous voulez dire), par opposition aux logiciels comme Microsoft Word qui sont des WYSIWYG (What You See Is What You Get: ce que vous voyez est ce que vous obtenez).
Le logo de LaTeX fait avec la commande \LaTeX de LaTeX
La différence est assez simple : imaginez un carré blanc d'un mètre de coté avec un cercle noir de 50cm de diamètre au centre de ce carré. Cette phrase pourrait être considérée comme faisant partie du WYSIWYM car il faudrait que quelqu'un, ou quelque chose, lise cette phrase et suive mes instructions pour obtenir un résultat visuel. Maintenant, si au lieu de décrire ce que je veux je le dessinais directement il s'agirait de WYSIWYG. Cette différence est donc cette étape supplémentaire d'interprétation, souvent appelée phase de compilation.
Mais pourquoi se compliquer la tâche dans ce cas ? Tout simplement parce qu'il est plus facile de dire : "finalement je veux que mon cercle fasse 51cm de diamètre" - plutôt que de reprendre son compas et de le redessiner. Ce principe n'est pas propre à LaTeX, il suffit d'analyser une technologie que vous êtes en train de regarder en ce moment même pour en voir la puissance : le HTML/CSS. Sur la partie en HTML on indique le texte (que l'on peut écrire au kilomètre) et on indique aussi ce qu'est ce texte (le corps de la page, un menu, un paragraphe important, un lien etc). Ensuite, le CSS s'occupe de mettre en forme : les liens doivent être en bleu, soulignés, se mettre en gras quand on passe la souris dessus et passer en violet quand on a cliqué dessus. Toutes ces fonctions sont bien entendu paramétrables à loisir. LaTeX fonctionne de la même manière, en séparant le fond de la forme.
Les avantages de LaTeX
La première possibilité avec LaTeX est de l'utiliser à la place de votre traitement de texte habituel. Ceci présente de nombreux avantages. Le premier étant de séparer le fond de la forme. Le second en découle: comme le HTML peut être lu et interprété par plusieurs navigateurs, tous ceux respectant la même norme afficheront la même chose avec le même code source. Avec LaTeX c'est la même chose, la compilation se fait en exportant le résultat final dans des formats dont la norme est connue et respectée par tous, comme par exemple le PDF. Quel que soit l'ordinateur que vous utilisez, le PDF devrait être lu de la même manière et donner le même rendu. D'accord, tous les traitements de texte actuels font de même, mais la "source" de ce document, elle, n'est pas toujours exportable. Nombreuses sont les personnes à avoir rencontré ce problème de passer de Windows à GNU/Linux et de voir sont document chamboulé, devoir refaire la mise en page… Avec LaTeX votre code source peut-être lu avec n'importe quel éditeur de texte (et non traitement de texte).
Quelques formules mathématiques:
L'équation de Michaelis-Menten et le RMSD en modélisation
Comme je l'ai dit précédemment, LaTeX permet de contourner une difficulté inhérente au monde scientifique, et bien connu en bioinformatique: la présentation des formules mathématiques et des portions de code. Que ce soit dans un rapport ou une présentation il est souvent mal aisé de représenter une simple racine carrée, alors qu'avec LaTeX on peut très simplement faire apparaitre des formules simples ou complexes. Il en va de même pour le code informatique. Quand vous venez sur le blog, ou que vous utilisez votre éditeur de texte préféré, vous voyez généralement le code coloré. On appelle ça la coloration syntaxique, ça permet aux personnes de différentier une simple variable d'un mot clef ou d'un commentaire au premier coup d'oeil. Difficile de faire ça sous Word, et très simple à faire sous LaTeX.
Code C++ avec une coloration syntaxique
Non seulement vous pouvez utiliser LaTeX pour écrire vos rapports ou votre thèse, mais vous pouvez aussi l'utiliser pour rédiger vos articles scientifiques. Certains journaux scientifiques proposent un patron déjà existant, comme pour le journal Bioinformatics ou NAR. Vous n'avez alors même pas à vous soucier de la mise en page, tout est fait pour vous simplifier la vie. Vous tapez votre texte et il est déjà à la bonne mise en page, avec les bons interlignes, les bonnes polices, les bonnes numérotations. Une fois votre article tapé, vous renvoyez la source à l'éditeur qui se chargera de le compiler correctement avec ses autres articles scientifiques pour sa prochain parution. Elle est pas belle la vie ? Mais vous pouvez faire d'autre choses avec LaTeX : tout comme PowerPoint, vous pouvez faire de jolies présentations, avec des diapositives très propres, très faciles d'utilisation, avec un format entièrement personnalisable. Il est très pratique par exemple dans un laboratoire, ou dans une équipe, d'avoir le même style de présentation que tout le monde. Une seule personne se casse un peu la tête à faire une présentation type, définit les polices, les couleurs à utiliser, le format que prendront les tableaux, et il ne reste plus qu'à utiliser ce thème pour tout et par tous.
Les inconvénients de LaTeX
Je ne peux pas le nier, LaTeX possède tout de même quelques points noirs. Le premier inconvénient de LaTeX vient du fait que c'est un langage à part entière, et tout comme le HTML et le CSS, avant de l'utiliser il faut en apprendre les bases. Il existe de nombreux tutoriels pour apprendre les bases de LaTeX. Je ne saurais que trop vous conseiller de chercher par vous même pour trouver celui qui vous correspond, mais je vous conseille tout de même celui du Zéro. Il existe aussi de nombreux livres, je vous conseille celui-ci, que vous pouvez obtenir gratuitement sur internet, ou que vous pouvez commander comme livre de chevet. Si vous décider de commencer à apprendre LaTeX, sachez que même s'il semble difficile à appréhender seuls quelques commandes sont nécessaires pour rédiger un premier document, les autres viendront au fur et à mesure de vos besoins. Certains fichiers existent sur internet récapitulant les commandes de bases, comme celui-ci. Il n'y a aucune honte à en abuser, même les plus expérimentés y ont recours.
Une fois LaTeX bien pris en main, il reste un second inconvénient par rapport aux logiciels de traitement de texte, inhérent au modèle WYSIWYM. Il faut le transformer en un résultat esthétique (qui est tout le but de LaTeX). En réalité c'est juste à cet endroit précis qu'intervient le logiciel, tout le reste n'était qu'un langage de formatage de données. Cet étape de compilation est plus ou moins longue, selon la taille du document, le nombre d'images etc... Et nécessite d'être parfois répétée deux fois pour prendre en compte certains paramètres, comme la numérotation des chapitres et leur indexation dans un sommaire, ou bien la numération des figures ou des citations. Il existe bien sur des astuces pour diminuer ce temps de compilation, qui peut s'étendre à plusieurs minutes parfois. Vous pouvez par exemple insérer des images blanches à la place de vos véritables figures si celles-ci sont nombreuses, certains logiciels permettent aussi de voir en temps réel son document au fur et à mesure qu'on l'édite, ce qui peut être un avantage quand on débute.
Enfin, il existe encore un dernier inconvénient, et non des moindres. LaTeX fait très bien les choses tout seul, il place les figures où il faut, il met les légendes correctement, il numérote dans le bon ordre et il formate le texte comme on lui a demandé. Cependant ces actions sont très basiques. Certes il est rare de demander un peu plus d'exotisme, mais de temps en temps ça ne fait pas de mal, et là LaTeX devient un peu plus capricieux et difficile à prendre en main.
C'est pourquoi je consacrerai mes prochains articles à quelques trucs et astuces en LaTeX pour vous permettre d'utiliser au mieux ce langage. En attendant il va falloir bosser et apprendre à l'utiliser un minimum.
Yoann M.
août 29, 2012 à 11:07
Belle présentation de LaTeX 🙂 J'ai hate de voir les trucs et astuces !
Hautbit
août 29, 2012 à 11:16
Un autre inconvénient de LaTeX, dû à sa complexité, c'est la rédaction communautaire (pour un article) ou la relecture (dans le cas d'une thèse ou d'un rapport). En effet il faut que la personne en face maîtrise également LaTeX.
Gophys
août 29, 2012 à 11:35
Je ne suis pas d'accord avec ça. La rédaction communautaire se faire très simplement puisque qu'il suffit généralement de taper le texte au kilomètre et ensuite de mettre en forme. Dans ce cas d'articles scientifiques les feuilles de styles créées par les journaux sont une source de travail en moins. Pour l'écriture d'une thèse ou d'un rapport, il en va de même: la partie communautaire se faire avec un simple éditeur de texte, et ensuite seulement la mise en page se fait. Comme le tout doit souvent être sombre (pas de mise en italique, gras souligné des couleurs de l'arc en ciel en fond) pas besoin d'ajouter de balises de latex (sauf une ou deux, que je compte expliquer dans ma première astuce).
Après pour les figures, tableaux, formules, codes, c'est à la fin que ça doit être rajouté par la personne de l'équipe qui justement maîtrise LaTeX.
Hautbit
août 29, 2012 à 11:41
Des outils comme LibreOffice/MsOffice disposent d'un mode correcteur qui permet de visualiser rapidement les modifications faites par les autres, ce que ne permet pas un éditeur de texte simple.
Yoann M.
août 29, 2012 à 11:44
Pour repondre à ça, je dirais que une fois compilé en pdf par exemple, le texte peut être annoté à l'aide d'un visualiseur pdf. L'auteur du document peut alors faire les modifications directement dans le LaTeX et recompilé le document.
Nabellaleen
août 29, 2012 à 2:06
LaTeX est en effet plus approprié pour du travail en solo sur un document qui a pour but d'être diffusé que pour du travail collaboratif sur des documents interne.
En effet, si le rendu vectoriel ainsi que les mises en page "par defaut" du LaTeX sont très propre et en font un avantage pour des documents "à destination du public", quand il s'agit de travailler sur des documents collaboratif servant de "support" de travail et d'échange, ça devient beaucoup plus tendu.
On pourrait imaginer des outils permettant cela, avec des "clients" permettant à tous d'éditer le contenu et de voir les modifs de version, sans connaissances de LaTeX, avec compilation automatique lors du commit et tuti quanti ...
Mais ça ne tient pas 2 min la route face à des solutions comme le travail collaboratif dans MS Word ou LO Writer.
Le problème vient que beaucoup sont très extrémiste sur le sujet, et n'acceptent de travailler qu'avec un WYSIWYG ou qu'avec LaTeX, alors que les deux ont réellement avantages et inconvénients 😉
Ah, et un petit erratum : MS Word et LO Writer se débrouillent très bien avec les formules 😉
Word le fait depuis plus de 10 ans d'ailleurs même si c'était un peu fastidieux et caché au fin fond du soft à l'époque 😉
max
août 29, 2012 à 12:25
Merci pour cet article, je pense que ça peut aider pas mal de gens.
Perso je suis en pleine rédaction en ce moment, et voici quelques liens qui m'ont aidé aussi :
http://www.vandromme.eu/pieter/latex-phd-thesis-class/
http://stat.genopole.cnrs.fr/members/jchiquet/theselatex
Aurélien C.
août 29, 2012 à 1:05
Une chose me dérange, c’est quand tu dis qu’on peut faire de jolies présentations. En effet, et on en avait discuté avec Bilou, LaTeX n’est pas fait pour ça à la base, et c’est un plugin qui le permet, et à mon gout : C’est moche.
Que les présentations soient claires et simples, je veux bien, mais qu’elle soient belles, on repassera.
En plus on est limité par l’absence d’animations de positionnement, la simplicité est l’interactivité.
Personnellement, je ne connais personne qui m’a un jour dit : « Waouh, j’ai vu une présentation LaTeX, elle était trop classe ! « .
Je pense que les couples html5/css3 sont plus aptes, ou Powerpoint/Keynote, ou encore Prezi, sont loin devant LaTeX.
Enfin c’est mon avis…
Gophys
août 29, 2012 à 1:14
As-tu déjà vu quelqu'un dire à la fois: "Waouh, les diapos étaient trop classes!" et "Waouh, j'ai tout retenu de ce qu'il (elle) a dit, c'était trop intéressant!" ?
Une bonne présentation est une présentation sobre, avec pour seules animations des apparitions/disparitions de textes (de préférence sans le type machine à écrire) et c'est exactement ce que fait LaTeX.
Le but d'une présentation étant de faire passer ton message à l'oral il ne faut pas que ton auditorat soit perturbé par tes diapos. Donc LaTeX fait très bien son boulot en proposant à chaque fois quelque chose de sobre et d'utile. Après si tu veux que les diapos soient plus belles, je sais qu'il est possible de se faire un thème qui ne fait pas "LaTeX". Mais il est très difficile d'arriver à un résultat propre et joli. Mais au moins ça évite aux personnes n'étant pas à l'aise de faire un tableau avec un million de couleurs, avec du texte qui apparaît en faisant des cercles et en ajoutant un timer sur une diapo qu'ils ne pourront pas tenir.
Aurélien C.
août 29, 2012 à 1:22
Je ne suis pas du tout d'accord avec ça. Pour moi une présentation qui est sexy sera plus retenue qu'une présentation morne. De plus, je peux te dire que expliquer certains mécanismes biologiques complexes sans animation un peu plus évoluée que l'apparition/disparition c'est rapidement difficile.
Je donnerai pour illustrer l'exemple de feu Steve Jobs, qui s'il a été beaucoup critiqué, il a toujours été dit que c'était un excellent présentateur. Et ses présentations avaient des règles strictes (pas plus de 3 points par diapos, des notions vulgarisées...), simples, mais aussi des animations sexy, des vidéos, des illustrations.
Pour moi une bonne présentation montre simplement ce que l'on veut dire, et est un outil pour le présentateur, un support à son discours, mais doit constamment relancer l'attention de l'auditoire, qui sans ça, si tu passes après le mec qui n'a fait que lire sa diapo avec tout le texte dessus, finit par s'endormir.
Je t'invite à voir n'importe laquelle de mes présentations, je peux te dire que tu retiendras ce que je t'ai raconté !
Yoann M.
août 29, 2012 à 1:35
Moi qui pensais que tu utiliserais la présentation de bioinfo-fr.net comme exemple... 😀
Steve Jobs...
On est quand même tous d'accord que pour une bonne présentation il faut avant tout un bon orateur. Le reste n'est que secondaire, mais utile pour captiver l'oeil et permettre une "distraction" au public. De plus certaines personnes retiendront mieux quelquechose d'écrit (d'afficher ici) que d'entendu.
Guillaume Collet
septembre 1, 2012 à 3:22
Je viens mettre mon grain de sel 😉
Oui Gophys, j'ai déjà eu ce double effet "présentation classe" et "c'était trop intéressant." Je n'irais pas jusqu'à "j'ai tout compris" car c'est très difficile de tout comprendre quand tu es passif devant un écran et un mec qui parle.
Comme tu le dis, une présentation, c'est fait pour faire passer un message. Donc tu peux juger d'une bonne présentation si le message est passé 😉
Ce n'est pas parce qu'une présentation est sobre et sans animation qu'elle sera claire et aidera à faire passer le message. D'ailleurs, presque toutes les présentations LaTeX/beamer que j'ai pu voir avaient les mêmes défauts :
Trop de listes à puces beaucoup trop longues.
Tableaux immenses où on ne sait pas où regarder.
Formules de math complexes et pas expliquées ou décomposées.
Plusieurs graphiques sur une diapo (illisibles du coup).
Donc le problème ne vient pas de l'outil, mais de l'utilisation qu'on en a.
Malicia
août 30, 2012 à 9:24
Aurelou, Prezi est ce qu'il y a de pire : c'est du flash (donc, un format non libre, ça bugue pratiquement tout le temps, etc.). Faire une présentation avec Prezi permet très peu de flexibilité, ça saute dans tous les sens et les gens ont l'impression d'assister à un mauvais remake de "Blair Witch" version labmeeting.
En ce qui me concerne, je trouve les Powerpoint/Impress d'une mocheté rare. Demander à tout le monde de faire du HTML5/CSS au lieu de texte simple me paraît être un peu too much.
Cela dit, les goûts et les couleurs ne se discutent pas 😉 Donc, je trouve que jeter à la poubelle un éditeur complexe permettant une mise en page avancée juste parce que "c'est po zouli" est un peu exagéré 🙂 Enfin, la règle qui marche à chaque fois, quel que soit le support, est "less is more". Fais les trucs clairement, sans fioritures (et surtout sans poneys), tu verras le résultat.
Aurélien C.
août 30, 2012 à 9:35
Note mon "ou encore" avant Prezi, qui me dérange (en plus d'être du flash) par son côté "je te fais croire que je suis gratuit mais en fait non !". Personnellement, je trouve que les présentations Prezi sont dynamiques et ont le mérite de faire bouger les choses dans le monde de la présentation.
Je pense que tu en rajoutes un peu en disant que PPT et Impress (tu ne parles pas de Keynote ?) sont moches, c'est rarement plus moche que LaTeX. Et l'argument du HTML5/CSS trop complexe me parait un peu dérisoire pour pousser les gens vers LaTeX. Tu trouves au moins autant de templates CSS que LaTeX pour des présentations.
Et encore une fois, je suis désolé, mais LaTeX ne permet pas une mise en page avancée, parce que comme l'a dit Gophys, "Certes il est rare de demander un peu plus d’exotisme, mais de temps en temps ça ne fait pas de mal, et là LaTeX devient un peu plus capricieux et difficile à prendre en main."
Enfin, merci de tes conseils mais mes présentations me satifont, car comme le dit l'oncle Ben, c'est toujours un succès.
Yoann M.
août 30, 2012 à 10:28
Impec, tu seras donc le prochain orateur pour bioinfo-fr ! Merci pour ton volontariat 🙂
Aurélien C.
août 30, 2012 à 10:29
T'es sûr que le serveur tiendra la charge ?
Malicia
septembre 1, 2012 à 5:35
Désolée de décevoir ton monde bien rangé où un talk avec LaTeX/beamer est un fail lamentable. Mais les miens sont toujours un succès aussi. Alors, pour clore cet échange un peu stérile sur les goûts et les couleurs, je plussoie Bilou avec son : "le problème ne vient pas de l’outil, mais de l’utilisation qu’on en a. " et je remercie Gophys de son article 🙂
Aurélien C.
septembre 3, 2012 à 3:16
Ouhla, ne t'énerve pas, je ne demande qu'à être ébahi devant une présentation faite avec beamer !
Madmatt
août 29, 2012 à 2:00
Je rejoins HautBit dans son commentaire, écrire sa thèse ou un papier à plusieurs mains avec des gens habitués au système de Word n'est pas des plus aisé, surtout si ces derniers sont des utilisateurs lambda de traitement de texte.
Après il est tout à fait possible de taper du texte au kilomètre sur word et et le transposer en latex en suite, mais bon, dans la série je me complique la vie...
Malicia
août 30, 2012 à 9:26
Ouip, c'est une bonne indication de choix de directeur de thèse :p
Guillaume Collet
septembre 1, 2012 à 3:07
Pour la production d'un document à plusieurs, je ne crois pas que LaTeX soit pire qu'un autre. Le plus gros problème, c'est de garder un document propre. Or si chacun peut mettre son texte comme il veut, c'est vite le bordel.
Il faut donc d'abord un suivi de version, et perso, j'applique la procédure suivante quelque soit le traitement de texte choisi :
1 une personne écrit le document
2 elle l'envoie aux autres en pdf
3 ils ajoutent leur commentaires dans le pdf
4 la personne récupère les pdf commentés
5 elle intègre les commentaires dans le document (nouvelle version)
et on boucle jusqu'à satisfaction commune ou deadline.
Je l'ai fait pour un document en docbook... ça a marché nickel 😉
Julien Maupetit
septembre 1, 2012 à 10:30
Personnellement, je pense que LaTeX va perdurer encore quelques dizaines d'années dans le domaine de l'édition papier, car trop de choses en découlent (idem pour Word).
Pour tout ce qui est rédaction rapide de documents, des langages balise légers comme Markdown ou ReStructured Text (voir même asciidoc) ont plus d'avenir. Pour la bonne et simple raison, qu'ils peuvent être très simplement convertis en HTML, PDF et ... LaTeX !
Et de toute façon, soyons clairs, bientôt vous aurez tous de jolies présentations en HTML ! Voir : http://bartaz.github.com/impress.js/#/overview
max
septembre 5, 2012 à 12:28
Autre lien pour ceux qui sont dans la rédaction, et qui n'ont pas de classe à disposition :
http://theoval.cmp.uea.ac.uk/~nlct/latex/thesis/