Qu'est-ce que LaTeX ?
LaTeX (la casse est importante) est un langage de mise en forme de documents, extension du langage TeX, créé pour résoudre des problèmes d'écriture de formules mathématiques compliquées sur ordinateur. Contrairement à de nombreux logiciels de mise en forme, LaTeX se base sur le WYSIWYM (What You See Is What You Mean : ce que vous voyez est ce que vous voulez dire), par opposition aux logiciels comme Microsoft Word qui sont des WYSIWYG (What You See Is What You Get : ce que vous voyez est ce que vous obtenez).
La différence est assez simple : imaginez un carré blanc d'un mètre de coté avec un cercle noir de 50cm de diamètre au centre de ce carré. Cette phrase pourrait être considérée comme faisant partie du WYSIWYM car il faudrait que quelqu'un, ou quelque chose, lise cette phrase et suive mes instructions pour obtenir un résultat visuel. Maintenant, si au lieu de décrire ce que je veux je le dessinais directement il s'agirait de WYSIWYG. Cette différence est donc cette étape supplémentaire d'interprétation, souvent appelée phase de compilation.
Mais pourquoi se compliquer la tâche dans ce cas ? Tout simplement parce qu'il est plus facile de dire : "finalement je veux que mon cercle fasse 51cm de diamètre" — plutôt que de reprendre son compas et de le redessiner. Ce principe n'est pas propre à LaTeX, il suffit d'analyser une technologie que vous êtes en train de regarder en ce moment même pour en voir la puissance : le HTML/CSS. Sur la partie en HTML on indique le texte (que l'on peut écrire au kilomètre) et on indique aussi ce qu'est ce texte (le corps de la page, un menu, un paragraphe important, un lien etc). Ensuite, le CSS s'occupe de mettre en forme : les liens doivent être en bleu, soulignés, se mettre en gras quand on passe la souris dessus et passer en violet quand on a cliqué dessus. Toutes ces fonctions sont bien entendu paramétrables à loisir. LaTeX fonctionne de la même manière, en séparant le fond de la forme.
Les avantages de LaTeX
La première possibilité avec LaTeX est de l'utiliser à la place de votre traitement de texte habituel. Ceci présente de nombreux avantages. Le premier étant de séparer le fond de la forme. Le second en découle : comme le HTML peut être lu et interprété par plusieurs navigateurs, tous ceux respectant la même norme afficheront la même chose avec le même code source. Avec LaTeX c'est la même chose, la compilation se fait en exportant le résultat final dans des formats dont la norme est connue et respectée par tous, comme par exemple le PDF. Quel que soit l'ordinateur que vous utilisez, le PDF devrait être lu de la même manière et donner le même rendu. D'accord, tous les traitements de texte actuels font de même, mais la "source" de ce document, elle, n'est pas toujours exportable. Nombreuses sont les personnes à avoir rencontré ce problème de passer de Windows à GNU/Linux et de voir sont document chamboulé, devoir refaire la mise en page… Avec LaTeX votre code source peut-être lu avec n'importe quel éditeur de texte (et non traitement de texte).
L'équation de Michaelis-Menten et le RMSD en modélisation
Comme je l'ai dit précédemment, LaTeX permet de contourner une difficulté inhérente au monde scientifique, et bien connu en bioinformatique : la présentation des formules mathématiques et des portions de code. Que ce soit dans un rapport ou une présentation il est souvent mal aisé de représenter une simple racine carrée, alors qu'avec LaTeX on peut très simplement faire apparaitre des formules simples ou complexes. Il en va de même pour le code informatique. Quand vous venez sur le blog, ou que vous utilisez votre éditeur de texte préféré, vous voyez généralement le code coloré. On appelle ça la coloration syntaxique, ça permet aux personnes de différentier une simple variable d'un mot clef ou d'un commentaire au premier coup d'oeil. Difficile de faire ça sous Word, et très simple à faire sous LaTeX.
Non seulement vous pouvez utiliser LaTeX pour écrire vos rapports ou votre thèse, mais vous pouvez aussi l'utiliser pour rédiger vos articles scientifiques. Certains journaux scientifiques proposent un patron déjà existant, comme pour le journal Bioinformatics ou NAR. Vous n'avez alors même pas à vous soucier de la mise en page, tout est fait pour vous simplifier la vie. Vous tapez votre texte et il est déjà à la bonne mise en page, avec les bons interlignes, les bonnes polices, les bonnes numérotations. Une fois votre article tapé, vous renvoyez la source à l'éditeur qui se chargera de le compiler correctement avec ses autres articles scientifiques pour sa prochain parution. Elle est pas belle la vie ? Mais vous pouvez faire d'autre choses avec LaTeX : tout comme PowerPoint, vous pouvez faire de jolies présentations, avec des diapositives très propres, très faciles d'utilisation, avec un format entièrement personnalisable. Il est très pratique par exemple dans un laboratoire, ou dans une équipe, d'avoir le même style de présentation que tout le monde. Une seule personne se casse un peu la tête à faire une présentation type, définit les polices, les couleurs à utiliser, le format que prendront les tableaux, et il ne reste plus qu'à utiliser ce thème pour tout et par tous.
Les inconvénients de LaTeX
Je ne peux pas le nier, LaTeX possède tout de même quelques points noirs. Le premier inconvénient de LaTeX vient du fait que c'est un langage à part entière, et tout comme le HTML et le CSS, avant de l'utiliser il faut en apprendre les bases. Il existe de nombreux tutoriels pour apprendre les bases de LaTeX. Je ne saurais que trop vous conseiller de chercher par vous même pour trouver celui qui vous correspond, mais je vous conseille tout de même celui du Zéro. Il existe aussi de nombreux livres, je vous conseille celui-ci, que vous pouvez obtenir gratuitement sur internet, ou que vous pouvez commander comme livre de chevet. Si vous décider de commencer à apprendre LaTeX, sachez que même s'il semble difficile à appréhender seuls quelques commandes sont nécessaires pour rédiger un premier document, les autres viendront au fur et à mesure de vos besoins. Certains fichiers existent sur internet récapitulant les commandes de bases, comme celui-ci. Il n'y a aucune honte à en abuser, même les plus expérimentés y ont recours.
Une fois LaTeX bien pris en main, il reste un second inconvénient par rapport aux logiciels de traitement de texte, inhérent au modèle WYSIWYM. Il faut le transformer en un résultat esthétique (qui est tout le but de LaTeX). En réalité c'est juste à cet endroit précis qu'intervient le logiciel, tout le reste n'était qu'un langage de formatage de données. Cet étape de compilation est plus ou moins longue, selon la taille du document, le nombre d'images etc… Et nécessite d'être parfois répétée deux fois pour prendre en compte certains paramètres, comme la numérotation des chapitres et leur indexation dans un sommaire, ou bien la numération des figures ou des citations. Il existe bien sur des astuces pour diminuer ce temps de compilation, qui peut s'étendre à plusieurs minutes parfois. Vous pouvez par exemple insérer des images blanches à la place de vos véritables figures si celles-ci sont nombreuses, certains logiciels permettent aussi de voir en temps réel son document au fur et à mesure qu'on l'édite, ce qui peut être un avantage quand on débute.
Enfin, il existe encore un dernier inconvénient, et non des moindres. LaTeX fait très bien les choses tout seul, il place les figures où il faut, il met les légendes correctement, il numérote dans le bon ordre et il formate le texte comme on lui a demandé. Cependant ces actions sont très basiques. Certes il est rare de demander un peu plus d'exotisme, mais de temps en temps ça ne fait pas de mal, et là LaTeX devient un peu plus capricieux et difficile à prendre en main.
C'est pourquoi je consacrerai mes prochains articles à quelques trucs et astuces en LaTeX pour vous permettre d'utiliser au mieux ce langage. En attendant il va falloir bosser et apprendre à l'utiliser un minimum.
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