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L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?

Vous avez pro­ba­ble­ment enten­du le buzz du web ou remar­qué la sou­daine aug­men­ta­tion d'articles autour du pro­jet ENCODE (déco­dage du génome humain et de ses élé­ments fonc­tion­nels). En 24 heures, il y a eu une quan­ti­té invrai­sem­blable de com­mu­ni­qués de presse, billets de blogs et articles grand public dans les médias anglo­phones (et je passe sur les appli­ca­tions tablette…). La pro­fu­sion eupho­rique laisse cepen­dant trans­pa­raître quelques hics que je vou­drais sou­mettre à vos yeux et cer­veaux bien repo­sés des vacances et avides de lec­ture.

Capture d'ecran de la page de l'Encyclopédie ENCODE.
Cap­ture d'ecran de la page de l'Encyclopédie ENCODE.

De quoi s'agit-il au juste ? Eh bien, la revue Nature a lan­cé l'Ency­clo­pé­die ENCODE, une res­source en ligne per­met­tant d'explorer la quan­ti­té impres­sion­nante de don­nées du pro­jet ENCODE. Je ne vais pas me lan­cer dans le résu­mé et la dis­cus­sion de la tren­taine d'articles comme celui-ci publiés d'un coup. J'imagine que le lec­to­rat de ce site n'a pas non plus besoin d'une mise en garde contre les pro­messes miro­bo­lantes, science-fic­tio­nesques et pas vrai­ment tenues du génome humain. Les papiers sont excel­lents, à accès ouvert. L'Encyclopédie est jolie et four­nit une façon assez nou­velle et agréable d'explorer la mine de don­nées qu'est ENCODE. Ne pas recon­naître les efforts et les avan­tages incon­tes­tables de l'initiative serait faire preuve de mau­vaise foi (au mieux).

Soit. J'aimerais qu'on s'arrête à quelques petites choses gênantes cepen­dant. Je ne suis pas spé­cia­le­ment fan des théo­ries du com­plot, mais il est sur­pre­nant de consta­ter que ces publi­ca­tions mas­sives, cen­sées appor­ter une connais­sance hors pair et LA réponse à la ques­tion ultime, appa­raissent à deux mois de l’élection pré­si­den­tielle amé­ri­caine. Oh, beau­coup vont se dire que sin­cè­re­ment, on se fiche roya­le­ment de la poli­tique amé­ri­caine et d'éventuelles magouilles poli­ti­ciennes. Vous avez rai­son de sau­ter ce para­graphe alors 🙂 Per­met­tez-moi de conti­nuer pour les autres : ENCODE consti­tue un finan­ce­ment de 5 ans à la hau­teur de 200 mil­lions dol­lars US, sub­side accor­dée aux Natio­nal Ins­ti­tutes of Health (NIH). De plus, comme le sou­ligne l'un des piliers du pro­jet Ewan Bir­ney :

Fun­ders have consi­de­rable influence in how raw and ana­ly­sed data are relea­sed, and should desi­gn poli­cies that maxi­mize reuse. Ear­ly data-release poli­cies focu­sed on how data should be sha­red before publi­ca­tion, with clum­sy eti­quette-based res­tric­tions on the first publi­ca­tions of glo­bal ana­ly­sis, such as wai­ting for the authors who gene­ra­ted the data to publish their ana­lyses before others can publish on the entire data set. These agree­ments are star­ting to show their age and a lack of cla­ri­ty.

The new era of ana­ly­sis calls for a rethink, with more focus on the release of inter­me­diate ana­ly­sis throu­ghout the pro­ject, so that the com­mu­ni­ty can use the resource more ful­ly during the pro­ject ; the 1000 Genomes consor­tium has done well in this regard.

En fran­çais, ça dis­cute très diplo­ma­ti­que­ment de l'influence de celui qui donne les sous sur la façon dont les résul­tats de recherche sont ren­dus publics. J'imagine bien les sou­rires acides en coin d'une bonne par­tie de nos lec­teurs 😉 On ne connaît ça que trop bien. D'ailleurs, Daniel MacAr­thur de Genomes Unzip­ped ren­ché­rit en disant qu'une bonne par­tie des don­nées d'ENCODE étaient prêtes pour l'analyse il y a déjà un an. Nous avons encore plein de pain sur la planche pour nous rendre indé­pen­dants des contraintes poli­ti­ciennes et des peurs de moins en moins jus­ti­fiées (et tou­jours irra­tion­nelles) de cacher nos décou­vertes pour qu'on ne nous les vole pas…

Comme pro­mis, je m'arrête ici pour la poli­tique. Par­lons science. J'ai lu avec beau­coup d'intérêt que "80% du génome humain est fonc­tion­nel". J'aurais aimé éga­le­ment lire de quelle(s) fonctionnalité(s) il s'agit exac­te­ment. Il y a un chiffre qui cir­cule disant que 1,5% du génome code pour des pro­téines ; Ed Yong sou­ligne que selon les papiers ENCODE, 8–9% du génome seraient réser­vés à des sites de fixa­tion de fac­teurs de trans­crip­tion. Si on étend ça à tous les types cel­lu­laires, on peut pifo­mé­tri­que­ment conclure à 20% du génome. Alors, pour aller jusqu'à 80%, il y a de la marge. Ewan Bir­ney parle jus­te­ment de ça sur son blog ; l'étiquette "func­tio­nal" peut être appo­sée sur plein de choses dans le sac de l'activité bio­chi­mique mesu­rable, donc un bric-à-brac à prendre avec des pin­cettes :

Prag­ma­ti­cal­ly, in ENCODE we define our cri­te­ria as “spe­ci­fic bio­che­mi­cal acti­vi­ty” – for example, an assay that iden­ti­fies a series of bases. This is not the entire genome (so, for example, things like “having a phos­pho­dies­ter bond” would not qua­li­fy). We then sub­set this into dif­ferent classes of assay ; in decrea­sing order of cove­rage these are : RNA, “broad” his­tone modi­fi­ca­tions, “nar­row” his­tone modi­fi­ca­tions, DNa­seI hyper­sen­si­tive sites, Trans­crip­tion Fac­tor ChIP-seq peaks, DNa­seI Foot­prints, Trans­crip­tion Fac­tor bound motifs, and final­ly Exons.

Pour les très pes­si­mistes, même ces 20% peuvent paraître de trop. Bir­ney parle donc de l'importance de fixa­tion (de fac­teurs) bio­lo­gi­que­ment neutre en termes d'évolution, à pré­fé­rer pour lui à "bruit bio­lo­gique". L'idée est que des évè­ne­ments de fixa­tion de fac­teurs de trans­crip­tion se pro­duisent de façon neutre, c.-à‑d. sans être sujets à une sélec­tion posi­tive ou néga­tive ou, de façon pro­fane, dont "l'évolution se fiche" (oui, je sais, je viens d'écrire des gros mots 🙂 ). Après, ça dis­cute de sélec­tion néga­tive et du choix des 80% : je recom­mande la lec­ture de ces para­graphes que je ne résume pas ici pour me lais­ser de la place pour la suite 🙂

L'autre point que j'aimerais bien abor­der avant de ter­mi­ner cette bafouille est l'utilisation à outrance du ton sen­sa­tion­na­liste et du mot "ADN pou­belle". Exemples :

The hun­dreds of resear­chers wor­king on the ENCODE pro­ject have revea­led that much of what has been cal­led 'junk DNA' in the human genome is actual­ly a mas­sive control panel with mil­lions of switches regu­la­ting the acti­vi­ty of our genes. (clame Eure­ka­lert)

Now scien­tists have dis­co­ve­red a vital clue to unra­ve­ling these riddles. The human genome is packed with at least four mil­lion gene switches that reside in bits of DNA that once were dis­mis­sed as “junk” but that turn out to play cri­ti­cal roles in control­ling how cells, organs and other tis­sues behave. The dis­co­ve­ry, consi­de­red a major medi­cal and scien­ti­fic break­through, has enor­mous impli­ca­tions for human health because many com­plex diseases appear to be cau­sed by tiny changes in hun­dreds of gene switches. (jouit le New York Times)

Des danseuses faisant des figures du genre double hélice lors de la conférence de presse de lancement de l'Encyclopédie ENCODE. Image : Nature.
Des dan­seuses fai­sant des figures du genre double hélice lors de la confé­rence de presse de lan­ce­ment de l'Encyclopédie ENCODE. Image : Nature.

Au risque de faire la rabat-joie de ser­vice, ça fait un moment qu'on a arrê­té de par­ler d' "ADN pou­belle". Même que des gens tota­le­ment fous ont magni­fi­que­ment théo­ri­sé à quoi et com­ment ces par­ties du génome pour­raient ser­vir… dans les années 1960–70. Alors, c'est sûr, ce n'est pas la faute au pro­jet ENCODE si la presse grand public pré­tend à chaque fois que les scien­ti­fiques ont encore une fois sau­vé le monde. Mais mas­si­ve­ment uti­li­ser le genre de rhé­to­rique "on vient de décou­vrir les ultimes secrets du génome humain grâce à ce pro­jet" relève de la mal­hon­nê­te­té intel­lec­tuelle et gra­ti­fie quelque ini­tia­tive qui n'a pas à rece­voir ce tri­but puisqu'ENCODE n'a pas prou­vé que l' "ADN pou­belle" est utile…

Voi­ci que la presse fran­çaise s'est sai­sie de la ques­tion :

  • 'Pro­jet ENCODE : nou­velles révé­la­tions sur l'ADN' (Le Point) : "La molé­cule de l'hérédité se révèle bien plus com­plexe qu'un simple cata­logue de gènes… Des cher­cheurs ont per­cé l'un de ses secrets. […] Puis, plus tard, peut-être les scien­ti­fiques fini­ront-ils par per­cer le mys­tère des 20 % d'ADN res­tants, que nous ne nous empres­se­rons pas de taxer d'inutile…"
  • 'Vers la fin de l' "ADN pou­belle" ' (Le Monde). C'est une édi­tion "abon­nés" à laquelle je n'ai pas accès pour y pio­cher des phrases crous­tillantes, déso­lée.
  • ' "ADN pou­belle" : une fonc­tion bio­lo­gique sous-esti­mée' (Maxis­ciences) : "Dans le cadre du Human Genome Pro­ject, les scien­ti­fiques ont éta­bli que cet ADN comp­tait quelque 22.000 gènes. Cette décou­verte avait alors pous­sé les cher­cheurs à momen­ta­né­ment lais­ser de côté le reste du génome, l'ADN non codant. Jugé à l'époque plu­tôt inutile, ce der­nier avait alors été rebap­ti­sé "ADN pou­belle". Mais de plus en plus de recherches semblent démon­trer que ce sur­nom est tout sauf adap­té."
  • 'L' "ADN pou­belle" essen­tiel à tout être humain' (L’Essentiel, Luxem­bourg) : "Cet ADN pou­belle serait en fait une table de contrôle gigan­tesque, avec des mil­lions d'interrupteurs régu­lant l'activité de nos gènes en déter­mi­nant si ceux-ci doivent être « allu­més » ou « éteints », font savoir mer­cre­di les uni­ver­si­tés de Genève et de Lau­sanne, toutes deux impli­quées dans le pro­jet inter­na­tio­nal ENCODE."
  • Si vous ne me croyez pas ou pei­nez tou­jours à com­prendre ma dou­leur, voyez ce doux titre " "L'ADN pou­belle" joue un rôle essen­tiel dans l'activité des gènes" lan­cé par AFP, repris par Science et Ave­nir, TV5Monde, Roman­die, Libé­ra­tion, La Croix, France24, RTL​.be, 20 Minutes, Medi­site… et j'en oublie cer­tai­ne­ment.
  • Le meilleur pour la fin… J'ai par­ti­cu­liè­re­ment aimé ' Une nou­velle vision du génome bou­le­verse la bio­lo­gie ' (Giz­mo­do) : "Depuis une décen­nie, les cher­cheurs sup­posent que sur 20 000 gènes, seuls 2% sont indis­pen­sables à la bio­lo­gie humaine. Voi­ci donc dix ans d’erreur ?" Et ils ter­minent : "La com­mu­nau­té scien­ti­fique en reste coi, il faut dire que cette nou­velle vision bou­le­verse la bio­lo­gie pour de bon. Quoi qu’il en soit c’est un chal­lenge sup­plé­men­taire, les bio­lo­gistes vont être occu­pés pen­dant un cer­tain temps !"

J'en reste coite, moi aus­si… Les scien­ti­fiques n'ont en géné­ral pas de prise sur la com­mu­ni­ca­tion, les "élé­ments de lan­gage", l'engrenage des rela­tions publiques, et c'est bien dom­mage. Les articles, les don­nées, l'Encyclopédie, etc, sont des pro­duc­tions superbes. L'hystérie sen­sa­tion­na­liste les cache et nuit autant à la com­mu­nau­té scien­ti­fique qu'au grand public, inté­res­sé et curieux d'en apprendre tou­jours davan­tage.

Et pour ne pas finir sur un ton défai­tiste, je vous invite à par­ler davan­tage de ce que vous faites (et ne faites pas) en science 🙂 Oui, dis­cu­tez de votre tra­vail sur les pages de Bioin­fo-Fr !

L'image des dan­seuses est dis­po­nible en plus grand for­mat sur la page Face­book de Nature. Mer­ci à Yoann M., Guillaume Col­let et Auré­lien C. pour la relec­ture 🙂

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Commentaires

22 réponses à “L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?”

  1. Avatar de alexis verger
    alexis verger

    Il y a en effet plu­sieurs 'pro­blèmes' dans ce pro­jet et sa dis­sé­mi­na­tion :

    - le rap­port qu'en font les médias de masse. On sait bien qu'il faut des titres accro­cheurs et pro­vo­ca­teurs pour atti­rer l'oeil du lec­teur 'non-ini­tié'. Et puis une majo­ri­té de jour­na­listes qui reportent l'info ne sont pas de for­ma­tion scien­ti­fique et répète sim­ple­ment le com­mu­ni­qué de presse offi­ciel.

    Rien que le com­mu­ni­qué offi­ciel laisse à dési­rer : ENCODE scraps the junk (http://www.eurekalert.org/pub_releases/2012–09/embl-fff083112.php). Après il ne faut pas s'étonner que les médias de masse s'emballent.

    Et puis jus­ti­fier 200 mil­lions de dol­lars de dépense quand la pla­nète est en crise en disant sim­ple­ment qu'un consor­tium scien­ti­fique a géné­ré des don­nées inté­res­santes pour la com­mu­nau­té, c'est pas sexy.

    - Je suis plus scep­tique sur la date de l'annonce en rap­port avec les élec­tions mais c'est clair qu'il y a un grand déca­lage (papiers sou­mis fin 2011, accep­tés mai 2012, dis­po­nibles sep­tembre 2012).

    - Pour les 80% fonc­tion­nels, c'est pour moi pure­ment un débat sté­rile. Le consor­tium n'aurait en effet pas du sor­tir de chiffre. En bio­lo­gie on sait depuis pas mal de temps que notre génome génère des mil­liers de trans­crits non codants qui pour­raient jouer un rôle régu­la­teur. Le fait que l'ADN pou­belle ne soit pas pou­belle n'est pas vrai­ment une décou­verte (en tout cas pour les 'ini­tiés').

    - Il fut donc rela­ti­vi­ser les résul­tats ENCODE. C'est une mine d'informations incroyables pour tout bio­lo­giste s'intéressant à ces pro­blé­ma­tiques. Mais cela reste de l'analyse bi-infor­ma­tique et pro­ba­lis­tique qui sug­gère qu'une énorme pro­tion de notre génome pour­rait avoir une 'fonc­tion'. C'est aux cen­taines de labos dans le monde de reprendre les don­nées en pro­fon­deur pour tes­ter et vali­der, ou inva­li­der, toutes ces pré­dic­tions.

    Alexis, cher­cheur CNRS.

    1. Mer­ci pour votre com­men­taire détaillé qui contri­bue beau­coup de matière à réflexion pour la remise des pen­dules à l'heure. Excel­lente jour­née 🙂

      1. Avatar de alexis verger
        alexis verger

        De rien.

        Pour ali­men­ter le débat, à lire cet édi­to de Bren­dan Maher dans Nature blog (http://​blogs​.nature​.com/​n​e​w​s​/​2​0​1​2​/​0​9​/​f​i​g​h​t​i​n​g​-​a​b​o​u​t​-​e​n​c​o​d​e​-​a​n​d​-​j​u​n​k​.​h​tml) pré­sen­té de manière humo­ris­tique sur twit­ter par Ste­phen Cur­ry : ENCODE pro­ject reveals that 80% of press releases are junk…

    2. Je vou­drais juste pré­ci­ser ici que les anno­ta­tions ENCODE *ne sont pas* des pré­dic­tions mais de vraies don­nées expé­ri­men­tales pro­duites par des bio­lo­gistes. Evi­dem­ment, il a fal­lu un paquet de bio­in­for­ma­ti­ciens pour ana­ly­ser l'énorme quan­ti­té de don­nées, mais elles n'en res­tent pas moins réelles !
      extrait du papier prin­ci­pal, sec­tion Methods : The ele­ments map­ped (and approaches used) include RNA trans­cri­bed regions (RNA-seq, CAGE, RNA-PET and manual anno­ta­tion), pro­tein-coding regions (mass spec­tro­me­try), trans­crip­tion-fac­tor-bin­ding sites (ChIP-seq and DNase-seq), chro­ma­tin struc­ture (DNase-seq, FAIRE-seq, his­tone ChIP-seq and MNase-seq), and DNA methy­la­tion sites (RRBS assay)

      1. Mer­ci pour votre com­men­taire. Je vou­drais savoir : où est-ce qu'on a dit que ce n'était pas de vraies don­nées ? Ce n'est pas du tout ce qui est dis­cu­té ici, mais c'est la per­ti­nence de cer­taines inter­pré­ta­tions et le trai­te­ment média­tique asso­cié.

        1. Je ne par­lais pas de votre post ! Très bonne ana­lyse des médias fran­çais par ailleurs.
          Je répon­dais au com­men­taire d'Alexis Ver­ger, qui se ter­mine par "pour tes­ter et vali­der, ou inva­li­der, toutes ces pré­dic­tions".
          Déso­lée pour la confu­sion…

  2. Excellent, mer­ci. J'espère qu'on ver­ra une cou­ver­ture d'ENCODE au moins équi­va­lente à celle de Higgs sur la blo­go­sphère fran­co­phone.

    Amu­sant que tu ais choi­si le même exemple que moi (http://​tout​se​pas​se​com​me​si​.cafe​-sciences​.org/​2​0​1​2​/​0​9​/​0​7​/​e​n​c​o​d​e​-​l​a​-​r​e​v​a​n​c​h​e​-​d​u​-​r​e​t​o​u​r​-​d​u​-​f​i​l​s​-​d​u​-​g​e​n​o​m​e​-​h​u​m​a​in/) en sai­sie d'écran de Nature. Ca montre un cer­tain biais dans nos inté­rêts…

    1. Mer­ci pour ce billet, superbe ! Sinon, je plaide cou­pable pour le biais très fort que tu as remar­qué pour les cap­tures d'écran 🙂

    1. Mer­ci pour votre réac­tion, j'avais raté celui-ci… J'ai essayé de ne pas abu­ser du sar­casme et de ne pas mordre trop fort, mais c'est affli­geant. J'aimerais bien atti­rer l'attention sur ces 2 papiers que j'ai cités dans le billet mais j'insiste lour­de­ment là, au vu de l'hystérie pseu­do-scien­ti­fique :
      "Gene Regu­la­tion for Higher Cells : A Theo­ry" https://​www​.scien​ce​mag​.org/​c​o​n​t​e​n​t​/​1​6​5​/​3​8​9​1​/​3​4​9​.​l​ong (1969)
      et "Evo­lu­tion at two levels in humans and chim­pan­zees"
      https://​www​.scien​ce​mag​.org/​c​o​n​t​e​n​t​/​1​8​8​/​4​1​8​4​/​1​0​7​.​l​ong (1975).

  3. Avatar de Robin desbois
    Robin desbois

    Illu­mi­na comme illu­mi­na­ti !?…'

  4. […] à jour : excellent compte-ren­du qui couvre cer­tain des mêmes points, et d’autres, par Mali­cia sur bioin​fo​-fr​.net. […]

  5. […] et a eu le don d’irriter une bonne par­tie de la com­mu­nau­té scien­ti­fique (comme ici ou ici pour les fran­co­phones). Petit […]

  6. Cela veut dire que notre ADN est le résul­tat d’un code réflé­chi …
    il y aurait donc un pro­gram­meur ?
    comme a dit Vol­taire
    “L’univers m’embarrasse, et je ne puis son­ger
    que cette hor­loge existe et n’ait pas d’horloger.”
    nous ne devons pas oublier que nous sommes des créa­tures et qu’il y a un créa­teur qui nous aime

    1. Vous avez vos points de vue, nous avons les nôtres. Je vous répond à mon tour avec une cita­tion :
      "La science et le Christ n'ont rien à voir l'un avec l'autre, sinon dans la mesure où l'habitude de la recherche scien­ti­fique enseigne la pru­dence au moment d'accepter une preuve quelle qu'elle soit. En ce qui me concerne, je ne crois pas qu'une révé­la­tion ait été faite. Face à la ques­tion de l'au-delà, il appar­tient à cha­cun de tirer ses propres conclu­sions, à par­tir de pro­ba­bi­li­tés vagues et contra­dic­toires."
      (Charles Dar­win — juin 1879)

      Pour ma part, voi­ci ce en quoi je crois :
      "En tuant le hasard, on ne res­sus­cite pas Dieu."
      (Jean Ros­tand /​ Inquié­tudes d’un bio­lo­giste)

  7. […] of “junk DNA” just got a bit on my nerves. I’ve writ­ten about this elsew­here, so would pre­fer to skip it here and focus on the ulti­mate honour for people like me (i.e., […]

  8. Pour­quoi cette tem­pête quand ce n'est pas la pre­mière fois qu'un article est répé­té, ampli­fié, modi­fié par les jour­na­listes quand cer­tains ne peuvent même pas repor­ter une actua­li­té simple sans titre accro­cheur. Je veux dire, come on, depuis quand 20 minute ou giz­mo­do-fr sont des sources pour quelque chose de sérieux ?

    Concer­nant le coté poli­tique, là aus­si rien d'inédit, et même pas besoin de finan­cer dans cer­tains cas (e.g. retar­de­ment de publi­ca­tion d'articles de cryp­to­gra­phie par la NSA etc.).

    La grande ques­tion, ayant de forte attente de ce blog, est :
    Au final, à quoi sert cette article avec tant de poli­tique, de poin­tage de doigt et aus­si peu de conte­nu infor­ma­tif ?

    1. Mer­ci pour votre com­men­taire.

      Vous deman­dez : "Je veux dire, come on, depuis quand 20 minute ou giz­mo­do-fr sont des sources pour quelque chose de sérieux ?" Mmmmm, depuis qu'une grande par­tie des non-scien­ti­fiques les lisent ? Et, come on, depuis quand vous igno­rez avec autant de mau­vaise foi le reste d'articles que j'ai cité ? Ou devrais-je deman­der : depuis quand AFP, Le Monde, Libé, etc. sont des sources pour quelques chose de sérieux ? "Au final, à quoi sert cette article avec tant de poli­tique, de poin­tage de doigt et aus­si peu de conte­nu infor­ma­tif ?" Au final, à quoi sert votre com­men­taire avec tant d'animosité, de mau­vaise foi et de cri­tique non construc­tive ? 🙂

      1. Okay, je suis d'accord j'ai trop résu­mé :
        Comme dans un jour­nal de psy­cho­lo­gie où on ne peut pas comp­ter tom­ber sur des articles appro­fon­di de bioin­fo, oui, sur 20min, Libé, le Monde, il ne faut pas comp­ter avoir des articles pré­cis, cor­rectes et appro­fon­di sur la science.

        Il n'y avais pas d’animosité.
        Quant à l'utilité, je pense que c'est bon, il a ser­vi.

        1. Je ne suis pas d'accord sur le coup du "jour­nal de psy­cho­lo­gie" et je trouve que c'est un début de troll sciences humaines infé­rieures aux sciences dures 😉

          La ques­tion n'est pas de cher­cher de la pré­ci­sion ou de l'approfondi dans une presse grand public. La ques­tion est d'y cher­cher des choses cor­rectes. Je ne vois abso­lu­ment aucune rai­son de devoir accep­ter des contre-véri­tés quand il s'agit d'un article de vul­ga­ri­sa­tion scien­ti­fique. Si on extra­pole votre posi­tion, on devrait accep­ter des faits incor­rects por­tant sur des résul­tats spor­tifs ou des évè­ne­ments his­to­riques sous le seul pré­texte que c'est un jour­nal "grand public" qui les publie.

          Dénon­cer le manque de cor­rec­tion est néces­saire, voire même requis quand on le peut. Après tout, nous sommes les gens avec l'expertise scien­ti­fique appro­fon­die et nous avons une cer­taine obli­ga­tion envers nos conci­toyens non-scien­ti­fiques de les enga­ger dans une démarche de lec­ture cri­tique plu­tôt que de pas­si­ve­ment les lais­ser man­ger la soupe au lait d'éditorialistes peu scru­pu­leux.

          Je ne suis pas sûre de com­prendre votre "quant à l'utilité, il a ser­vi" par contre.

  9. J'aimerais réagir sur cette phrase :
    "Au risque de faire la rabat-joie de ser­vice, ça fait un moment qu’on a arrê­té de par­ler d’ « ADN pou­belle »."

    Je ne suis pas tout à fait d'accord avec toi Mali­cia. Oui certe on sait depuis long­temps que cet ADN dit pou­belle n'est pas si inutile qu'il en a l'air, mais le terme lui est res­té. Rien qu'un petit tours sur Pub­med et tu ver­ras qu'on en parles tou­jours (pas seule­ment à cause d'ENCODE). Sur mon bureau traine depuis un bon moment un papier inti­tu­lé "A brief his­to­ry of the sta­tus of trans­po­sable ele­ments : from junk DNA to major players in evo­lu­tion." et il date de décembre 2010. On en parle tou­jours donc, mais certes plus dans le même contexte. ENCODE ne fait que conti­nuer dans ce sens.

    En ce qui concerne la presse fran­çaise, ils reprennent tout sim­ple­ment des termes employés par les scien­ti­fiques eux-mêmes. Après, il faut mettre aus­si dans la balances que des sites comme giz­mo­do, 20 minutes etc… écrivent des articles à chaud, sur des sujets qu'ils ne métrisent pas, et que donc dans tout les cas il faut prendre aves des pin­cettes. Je pense que cha­cun est assez res­pon­sable et éclai­ré pour aller voir des sites plus ciblés sur le sujet s'ils veulent en savoir plus. Après, que l'on titre "ça va révo­lu­tion­ner le tra­vail des cher­cheurs en bio­lo­gie" ou bien "on le savait déjà mais on com­mence à appro­fon­dir et à mieux com­prendre", for­cé­ment… ça a un impact sur les ventes ! Croire qu'un jour­nal est une source d'information objec­tive et per­ti­nente c'est ce mettre le doigt dans l'oeil jusqu'au coude.

  10. […] ses résul­tats en sep­tembre. J’en avais cau­sé ici, et il y avait aus­si un bon billet sur le blog bioin­fo-fr. Comme dis­cu­té à l’époque, l’affirmation selon laquelle 80% du génome était […]

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