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Séquençage : pas de nouveauté depuis les années 70 ?

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Oui, on sait, vous les Geekus biologicus vous avez du être attirés par ce titre en vous disant qu'on est complètement ravagés. Évidemment qu'il y a de la nouveauté en matière de séquençage !

Apparemment tout le monde n'est pas au courant.

En effet, le 9 février, (au moins) deux articles, publiés dans des journaux grands publics (France3 et Le Monde), ont fait parler d'eux sur Twitter (suivre les fils de tweets ici ou encore ici). Ces deux articles traitaient d'une nouvelle technologie de séquençage ultra rapide inventée non pas aux États-Unis, non pas en Allemagne, pas plus en Chine ou au Royaume-Uni, mais bien, cocorico, en France par Aurélien Bancaud !

Là où le bât blesse, c'est que dans les deux articles que l'on a lu, on nous explique des choses surprenantes (bon carrément fausses en fait) :

Pour analyser l'ADN [...] la méthode [...] n'a guère évolué depuis les années 70

nous explique-t-on chez France 3. Chez Le Monde, on nous explique ceci :

Pour séquencer l’ADN [...] la méthode principale depuis la décennie 1970…

Ok… Donc d'après ces deux rédactions, il n'y a rien eu depuis les années 70 et la méthode… Sanger, qui est elle même drôlement bien expliquée par Le Monde :

Pour séquencer l’ADN, et ainsi obtenir la carte d’identité génétique d’une espèce, la méthode principale depuis la décennie 1970 consiste à déposer l’ADN sur une matrice, c’est-à-dire un moule servant à reproduire une empreinte, constituée d’une sorte de gel. On fait ensuite passer un courant électrique au travers de ce gel, et les morceaux d’ADN se déplacent en fonction de leur taille. L’image ainsi obtenue forme un « code-barres ».

Si la technologie présentée (on n'en a pas (encore) parlé ici, mais on vous encourage à y jeter un œil) a l'air intéressante, la façon dont elle est présentée par les médias grands publics pose quand même un problème.

Vulgariser c'est bien, ne pas dire de bêtises en vulgarisant c'est mieux !

Qui peut, en effet croire un instant que depuis les années 70 il n'y ait eu aucune amélioration des technologies de séquençage ?
Il y a presque deux ans, dans ces colonnes, nous vous expliquions l'évolution de ces techniques. Rappelons que le premier génome humain a été séquencé au début des années 2000. Ce séquençage a duré plusieurs années et a coûté la modique somme de 3 milliards de dollars. Aujourd'hui le séquençage d'un génome humain coûte environ 1000$ et se fait en quelques jours. Nous vous faisions d'ailleurs un article d'opinion sur ces évolutions, leurs possibles devenirs et les gardes-fous à mettre en place autour de tout cela.

Bon, on ne parle bien évidemment là que de la partie séquençage. Ce qui coûte cher et demande beaucoup de temps aujourd'hui c'est bien évidemment la partie analyse. Et heureusement que pour cela nous autres bioinformaticien(ne)s, sommes là !
Bref... tout cela nous amène à plusieurs autres questions, bien plus importantes celles là. Est-ce les sciences et uniquement elles qui sont mal traitées par les médias généralistes ? Ou est-ce que le niveau est le même dans tous les domaines ? On espère que ce n'est que la partie sciences, même si on avoue qu'on a un peu de mal à y croire…
L'autre question, qui nous turlupine, c'est de savoir comment, en tant que scientifiques, nous pouvons faire en sorte que la vulgarisation se fasse le plus justement possible d'un point de vue scientifique. Car le danger de ce type d'articles grands publics et généralistes, c'est qu'il sont beaucoup lus et donc par la force des choses cités et repris. En gros, ils font des petits (pour le cas cité dans cet article cela a d'ailleurs déjà bien commencé ici, ici, ou encore ici par exemple). La comparaison à un hoax n'est vraiment pas loin...

De nombreux scientifiques éditent leur propre blogs d'éditions scientifique (comme par exemple notre ami Marc Robinson Rechavi), publient des vidéos sur Youtube (comme le très célèbre Docteur A.) ou font même du journalisme leur métier transversal avec la science (comme Pierre Barthélémy par exemple). Cela est évidemment bien, et on vous encourage vivement à aller dans ce sens (notamment en rédigeant des articles ici par exemple pour ceux qui le souhaitent), mais est-ce suffisant ?

La force de frappe des journaux télé ou des grands journaux nationaux est énorme, et la moindre erreur énoncée dans ces médias a une gigantesque répercussion (on se rappelle tous du mouton méduse fabriqué à l'INRA). Le problème est qu'à force d'être reprise par les médias généralistes, certaines idées finissent également par diffuser dans la communauté scientifique. On pense par exemple à l'énorme "buzz" ENCODE qui nous avait aussi fait réagir à l'époque et qui nécessite encore aujourd'hui de la clarification même au sein de la communauté scientifique. Ou encore le terme de fossile vivant, qui n'a absolument rien de scientifique, et que l'on revoit systématiquement lorsque l'on parle du cœlacanthe ou d'espèces (souvent aquatique) pour lesquelles aucune autre espèce proche n'est connue et qui phénotypiquement parlant ressemblent parfois aux plus beaux monstres d'Hollywood. Rappelons, ici, au cas où, qu'un bon fossile est un fossile mort ! Et on ne vous parle pas de la théorie de l'évolution sur laquelle tout le monde pense être capable de donner son opinion, parfois sans rien y comprendre…

Nous nous permettons donc par le biais de cet article et de ses commentaires d'ouvrir le débat, de vous permettre de vous exprimer sur ce sujet et d'essayer ensemble de trouver des solutions.

A vos claviers.

 

Auteurs de l'article : m4rsu et Yoann M.

 

  • À propos de
  • Issu du master de bioinformatique de l'université Paris Diderot, j'ai réalisé une thèse en génomique des populations chez le poisson aveugle Astyanax mexicanus. Ancien président (2014-2017) de l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF), je suis membre du conseil de la SFBI depuis juillet 2015. @julienfumey

20 commentaires sur “Séquençage : pas de nouveauté depuis les années 70 ?

  1. A mon humble avis, seuls les scientifiques doivent publier des articles de sciences dans des médias grands publics. En d\'autres termes, chaque redaction dois s\'arranger à diffuser des articles scientifiquement corrects et compréhensibles par tout le monde!

    • Avant de vulgariser il est important de connaître et comprendre ce que l\'on veut expliquer.
      Sans ça, c\'est perdu d\'avance.

      Quant aux journalistes \"auteurs\" de tous ces articles reportant l\'information de l\'AFP, c\'est encore pire.
      Ça montre juste que le travail de vérification en amont de l\'article n\'est clairement pas fait...et du coup c\'est le lecteur qui trinque en assimilant une information à moitié erronée.

      A ce jour nous n\'avons reçu aucune réponse des journaux cités.

    • Et puis généralisons : seuls les politiques peuvent parler de politique, seuls les sportifs parler de sport, seuls les les juristes parler des procès en cours... Ils seraient clairs et agréables à lire, nos journaux !
      Un scientifique qui fait une erreur ne décrédibilise pas l\'ensemble des scientifiques. De même, un (ou ici, deux) journalistes qui font des erreurs ne jettent pas l\'opprobre sur l\'ensemble de la profession.

    • Honnêtement, ça ne me parait pas très \"humble\" comme avis ! Et même carrément faux, si je puis me permettre.

      D\'accord que les articles doivent être corrects, mais ça c\'est un travail de bon journaliste justement. Si cet article est frappant, c\'est qu\'il est exceptionnellement mauvais, mettre l\'accent sur *exceptionnellement*.

  2. Je serais curieux de lire le communiqué de presse sur lequel se sont basés les journalistes de FR3 et du Monde...

    • Idem, ça doit venir de l\'AFP mais manque de chance leur site est en rade.
      Quoiqu\'il en soit, ils auraient mieux fait d\'aller plutôt vers le communiqué du CNRS : https://www.laas.fr/public/sites/www.laas.fr.public/files/news/pdf/PrixAure%CC%81lienBancaud_TTT.pdf

  3. A priori il s\'agit plutôt d\'une technique d\'electrophorese que de séquençage à proprement parler. En tout cas c\'est ce que je comprend en lisant le communiqué de Presse. Donc les journalistes n\'ont vraiment rien compris! D\'ou l\'importance de Bioinfo-fr.net et la nécessité de faire de la vulgarisation!

  4. Ce qui m\'inquiète le plus lorsque je lis ce genre d\'\"article\", c\'est de constater le niveau de culture scientifique proche du néant de certains journalistes dit scientifiques.
    Le plus inquiétant étant lorsque l\'on se renseigne sur la formation en journalisme scientifique. En gros, il faut savoir vulgariser les sciences, mais il n\'y a aucune obligation à avoir une formation scientifique. Je suppose donc que même un littéraire avec un faible niveau scientifique, sans vouloir les enfoncer, peut devenir journaliste scientifique.
    De plus, plus les années passent et plus la recherche avance. Même pour nous ça va parfois trop vite. Or, il n\'y a pas tant de magasines spécialisés en Sciences que cela en France. Sur internet, nous pouvons bien sûr compter sur les sites de vulgarisation comme Futura-Sciences ou encore les sites des magasines évoqués.
    Le plus gros problème, selon moi, et pour cela il faudrait pouvoir trouver les chiffres, c\'est qu\'il semble qu\'il y a bien peu de journalistes scientifiques suffisamment curieux, ouverts d\'esprit et avec un bon esprit critique pour véhiculer correctement les dernières avancées scientifiques. Plus le temps passe et plus j\'ai l\'impression que ce qui intéresse les journaux c\'est de vendre leur papier, là, maintenant, tout de suite ! Et de ce fait, les articles perdent en qualité, l\'information se dilue et fini par devenir de la désinformation. Ce qui ne devrait pas être le cas !

    Ce que je voudrai vraiment savoir c\'est quelles sont les compétences demandées pour devenir journaliste scientifiques ? Quels sont les critères de publication établis dans les différentes rédaction des journaux et magasines grands publics sans caractère scientifiques ?
    Il existe de très bons journalistes scientifiques qui sont aussi bien des scientifiques que des littéraires, mais plus le temps passe, et moins j\'ai l\'impression de lire des articles de qualité. Même avec mon bagage scientifique je n\'arrive pas toujours à comprendre ce que je lis. J\'en arrive même parfois à me demander si ce que je lis n\'est pas une blague, tant certains articles semblent avoir été écrits pour la catégorie pseudo-science...

    Mesdames et messieurs les journalistes, directeurs de rédactions et tous les autres corps de métiers qui me sont inconnus, vérifiez vos sources. Ne vous contentez pas de ressasser les mêmes âneries que vos collègues et allez chercher l\'information où elle est ! J\'en ai assez de lire un titre d\'article et de me dire \"cool\" pour avoir une douche froide en lisant l\'article et constater que : soit je n\'ai rien compris, soit le journaliste n\'a rien compris.
    Arrêtez de prendre vos lecteurs pour des imbéciles qui n\'y connaissent rien !

    • Le seul et unique critère, c\'est la qualité du travail fourni, quelle que soit la formation que les journalistes ont au départ.
      Et les meilleurs journalistes scientifiques ne sont pas toujours ceux qui ont une formation scientifique.
      Reste que les conditions d\'exercice du métier sont de plus en plus difficiles : les journaux ne laissent plus aux journalistes le temps d\'enquêter. D\'où ces \"ratés\". Une bonne information, ça prend du temps, donc ça coûte cher. Or, plus personne ne veut payer aujourd\'hui pour être informé, les journaux ne se vendent plus.

  5. Je viens de lire dans les grandes lignes les articles de France 3 et du Monde, et si celui de France 3 est plutôt imprécis et globalement erroné, celui du monde est un tissu d\'âneries dès son titre. La méthode mise au point par Aurélien (quel beau prénom) Bancaud et son équipe (qui ne sont d\'ailleurs jamais mentionnés, à moins que ce cher Aurélien ne travaille seul ?) est amenée non pas à remplacer le séquençage mais bien les migration sur gel que l\'on fait comme diagnostique au cours de la préparation de l\'ADN que l\'on a à séquencer. Donc déjà, sur le fond, leurs articles sont merdiques. De plus, ils ne nous parlent pas du tout de coût de la méthode, qui va devoir faire fort pour remplacer les électrophorèses, qui se font avec du matériel très bon marché.
    Ce qui moi me choque quand je vois ce genre de bouse infâme, c\'est qu\'ils ne citent aucune source. Cette pratique, intégrée dans la publication scientifique, et en général chez les scientifiques qui font de la vulgarisation (aussi bien dans les articles de Marc ou de Pierre que dans mes vidéos, d\'ailleurs merci de la citation les copains 😉 ) permet et force d\'ailleurs le rédacteur à prouver ses dires et ne pas avancer des conneries plus grosses que lui.
    Bref, si j\'avais un seul conseil à donner aux rédactions grand public, il serait le suivant : rendez les citations de sources obligatoires.
    Bon, et un deuxième conseil sur la route : embauchez un re-lecteur scientifique qui a un réel bagage scientifique.

  6. Bonjour,
    C\'est très à la mode de taper sur les journalistes, scientifiques, mais en l\'occurrence, dresser un procès à partir de cet exemple d\'une dépêche AFP remaniée (ou pas du tout) par un stagiaire pour meubler un site d\'actu, ça me semble un peu rapide.
    Beaucoup de chercheurs fantasment sur le métier de journaliste scientifique en se disant qu\'ils feraient bien mieux puisqu\'ils connaissent le sujet - et plus le secteur de la recherche connaît des difficultés plus vous êtes nombreux à penser vous recycler dans le journalisme, ce qui doit vouloir dire tout de même que ce n\'est pas si mal que ça... Mais être journaliste, c\'est précisément apprendre à parler de sujets que l\'on ne connaît pas. J\'aimerais assez voir des bioinformaticiens - au hasard - se mettre là, dans l\'urgence, à vulgariser un petit sujet d\'astro, et puis demain une découverte archéologique, et puis juste après ce sujet de santé publique polémique... tout ça pour gagner encore moins d\'argent que dans la recherche soit dit en passant. Non, vraiment, allez-y, on en reparlera ensuite. Maintenant, si vous voulez débattre de la qualité de la presse, de tel ou tel titre, ou encore du boulot des agences (c\'est ici le sujet), pourquoi pas, mais franchement questionner la compétence des journalistes scientifiques et leur formation, c\'est un réflexe assez énervant et démago.
    Par ailleurs, tout le monde peut se planter. Par exemple, je ne sais pas où vous êtes aller chercher que Pierre Barthélémy était scientifique...
    PS: je ne suis plus journaliste scientifique

    • Oui effectivement, nous nous sommes trompés sur Pierre Barthélémy… Ça arrive…

      Nous revendiquons le droit de taper sur les journalistes. Avoir un métier difficile ne justifie aucunement qu\'il soit mal fait. Nous sommes bien évidemment au courant que journaliste scientifique est un métier difficile. Mais, justement, parlant de sciences, les journalistes scientifiques devraient se tenir à la rigueur scientifique.

      En tant que bioinformaticiens, je ne traite pas dans l\'urgence de sujet que je ne connais pas. Et sinon je me renseigne. Je croise mes sources (ah et je les donne, mais je sais le secret des sources tout ça tout ça). Et j\'essaie de ne pas dire trop de bêtises. Et quand j\'en dit, car ça arrive à tout le monde, je le reconnais au lieu de râler que c\'est facile de taper sur…

      • A mon avis il est particulièrement urgent d\'avoir un débat, non pas sur les corps de métiers, mais sur la perception réelle de leur productions et du cadre dans lesquelles elles se retrouvent diffusées (notamment la question de la presse en général, du système des agences de presse et des dépêches, etc.)
        Par contre, avec mon peu de recul, je constate que face à une erreur, le réflexe n\'a pas été de modifier immédiatement le billet de blog, mais de répondre avec un commentaire un peu cinglant.
        Comme quoi, finalement, ce n\'est pas certain que les scientifiques soient, en soi, plus qualifiés pour gérer ce genre de situation (et c\'est bien normal) et du coup je trouve absurde d\'envisager qu\'ils feraient un travail meilleur que les journalistes pour vulgariser la science.
        Ce qui fonctionne, c\'est surtout la méthode scientifique et le concept de relecture par peer-review.
        En somme ce ne sont pas nécessairement les scientifiques qui portent la garantie d\'une rigueur, mais plutôt la méthode qu\'ils appliquent, en communauté, qui peut garantir d\'une certaine rigueur et qualité des productions.

        • Bonjour Taupo,

          Merci pour votre commentaire et pour votre participation à ce débat.

          Tout a fait d\'accord avec votre première phrase.

          Pour le reste, le billet n\'a pas été modifié car comme je l\'ai dis plus bas en réponse à Laurent, pour moi ce n\'est pas une erreur. J\'assume le parti pris de dire que Pierre Barthélémy est ET un journaliste ET un scientifique.

          Ce qui est sûr en effet c\'est qu\'on a tous un peu (ou beaucoup) à apprendre de chacun 🙂

          Tout à fait d\'accord également pour votre remarque sur la méthode scientifique, le peer-review (que l\'on pratique depuis le début sur le blog avant toute publication).

          En gros, quelqu\'un avec la rigueur scientifique et la plume journalistique se doit de devenir journaliste-scientifique, d\'enseigner son savoir et de diffuser celui des autres à la plus grande partie de la population possible ! Mais c\'est aussi à la population d\'être demandeuse de ce genre d\'articles, et là, c\'est malheureusement une autre histoire...

          • Je me suis peut être effectivement un peu précipité dans ma réponse.
            Je n\'ai pas modifié l\'article, car un article publié n\'est modifiable que par un administrateur du site et n\'ai donc pas les droits pour le faire. Après je suis d\'accord avec l\'argument de Yoann.

            Par contre je ne suis pas d\'accord avec l\'idée que les gens ne soit pas demandeurs. Je pense qu\'au contraire le grand public est très demandeur de science. On le voit avec le succès des youtubeurs scientifiques et des différents sites, de plus en plus nombreux, de vulgarisation scientifique. On le voit aussi lors de la fête de la science où un public très large se déplace pour en apprendre un peu sur ce que nous faisons au quotidien ou lors d\'annonces de grandes découvertes scientifiques.
            Et je pense que nous nous devons, nous scientifique, mais aussi toute personne parlant de sciences (ce qui inclut donc les journalistes scientifiques), d\'essayer de raconter le moins de bêtises possibles.

    • Bonjour Laurent,

      Merci de vous joindre au débat.

      Tout d\'abord je tiens à préciser que je ne pense pas (à titre personnel) avoir développé un quelconque fantasme sur le métier de journaliste scientifique.

      Pour le cas pris en exemple ici, il s\'agit juste de multiples cas de \"repompages\" de \"l\'erreur\" d\'une personne. On peut faire l\'analogie avec l\'école si vous voulez : il arrive qu\'un professeur, bien que professeur, puisse se tromper et qu\'un ou plusieurs de ses élèves le lui signale afin de ne pas induire la totalité du groupe en erreur. C\'est une volonté de ne pas tomber dans le médiocre. On aurait pu aussi se taire, ne rien dire et laisser passer d\'un air blasé tout en se disant que de toute façon \"ça ne servait à rien\" ou \"que ce n\'est pas ça qui allait faire changer les choses\". On aurait pu. Mais en fait...non, nous avons choisi de le signaler et de permettre aux journalistes, aux scientifiques et même aux journalistes scientifiques d\'en débattre.

      Pour ce qui est des difficultés du secteur de la Recherche, certes c\'est un fait mais il ne faut pas s\'arrêter à ça ou alors vous ne tiendrez pas un an dans votre labo. Et puis bon, entre nous, il n\'y a pas que la Recherche qui souffre actuellement, si ça peut aider certains à relativiser. La Science, c\'est avant tout une passion. Si vous faites ça sans la petite flamme... c\'est dommage.

      Enfin, pour en revenir au journalisme, il y a un mot qui me gène dans vos propos : \"dans l\'urgence\". C\'est donc un travail qui est nécessairement fait à la va vite ? La course au buzz ? Si c\'est ça, autant mettre une photo d\'un homme ou d\'une femme au physique ravageur un poil dévêtu(e), vous aurez je pense à peu près le même nombre de clics, voire + en un bien meilleur temps...

      Blague à part, l\'éthique et la crédibilité sont des valeurs qui me sont chères et je me plais à penser que je ne suis pas seul dans ce cas.

      L\'idée ici n\'était pas de lapider les journalistes dans l\'erreur en place publique, mais plus de provoquer ce débat et, je le répète, de tenter de faire avancer les choses. Merci encore d\'ailleurs de participer à ça.

      Pour finir avec Pierre Barthélémy, la phrase le mentionnant dans l\'article est de moi. J\'avoue volontiers qu\'elle doit sans doute être mal tournée (je ne suis pas journaliste :D) mais je m\'en explique : pour moi un journaliste-scientifique a, tout comme un bioinformaticien en fait, le cul entre deux chaises. Il n\'est ni complétement journaliste aux yeux de ses confrères journalistes, ni scientifique aux yeux de ceux-ci. Eh bien pour moi, c\'est tout l\'inverse : il est surtout les deux. Donc je le redis, pour moi Pierre est un scientifique. Mais aussi un journaliste. Vous ne pourrez malheureusement pas me dire le contraire sous prétexte qu\'il ne manipule pas du matériel scientifique ou qu\'il ne publie pas dans les grands journaux de sciences.

      • Non, un journaliste scientifique n\'est pas journaliste et scientifique. Il est journaliste, point barre, et il se trouve qu\'il traite de science.
        S\'il se considère comme scientifique, il perd l\'objectivité nécessaire pour parler d\'un sujet, il perd l\'esprit critique sur la science, indispensable pour exercer ce métier.
        Cela dit, les compétences requises pour être scientifique et pour être journaliste sont en gros les mêmes : curiosité et rigueur, auxquels on peut ajouter persévérance.

        • Je suis d\'accord avec Cécile.

          (bien comme commentaire, non ?)

  7. Il me semble que cet article sur une nouvelle méthode pose en grande partie le problème du manque de réactivité des médias par rapport aux problèmes mis en avant sur les médias sociaux. On voit d\'ailleurs des problèmes similaires en publication scientifique stricto sensu (peer-reviewed et tout ça), bien que ça commence à changer.

    Ici, on a une dépêche très erronée mise en ligne par plusieurs journaux. Admettons, les journalistes de chaque journal n\'ont pas le temps ni la vocation de vérifier la qualité de chaque dépêche. C\'est plus problématique au niveau de l\'AFP.

    Mais ensuite, les problèmes ont été signalés rapidement, et on n\'a eu aucun retour de, par exemple, @LeMonde_Sciences interpellé sur Twitter. Les torts sont partagés : j\'ai contacté la société française de chimie, qui a donné le prix dont il est question, et ils n\'avaient l\'air au courant de rien (ni les articles, ni les réactions). Ils m\'ont promis de suivre.

    Au final, il me semble quand même que les réactions très fortes de ce billet et certains commentaires déservent l\'objectif d\'une meilleure communication scientifique, en braquant scientifiques contre journalistes. Regardons à nouveau ce qui marche aux Etats-Unis, avec des journalistes comme Ed Young et Carl Zimmer qui discutent sur les réseaux sociaux avec les scientifiques. C\'est vers cela qu\'il faut tendre, et pour cela être constructifs à mon (humble ? pas sur) avis.

    • Vous avez raison sur le fond. Avec Internet, on doit pouvoir corriger et répondre rapidement.
      Mais pour défendre Le Monde Sciences, en ce moment, ils sont à fond sur les ondes gravitationnelles, qui est LA très grande nouvelle en sciences de l\'année. Ils ont sorti deux pages de grande qualité en un temps record, ils ne peuvent pas être partout en même temps.

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