Introduction
Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R.
Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir ajouter des couches supplémentaires d'informations, telles que les chromosomes et leurs tailles ainsi que le brin...
L'une des technologies en génomique les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité est le métabarcode (de l'anglais metabarcoding) de l'ADN environnemental (ADNe). J'ai travaillé longuement sur ces méthodes et développé plusieurs workflows pour traiter et analyser les données de métabarcodes. J'ai notamment été en charge du traitement des données génomiques récoltées par l’expédition scientifique d'exploration marine de Monaco entre 2018 et 2020...
Bien le bonjour amis lecteurs. Pour le billet du jour je vous propose une visite dans les coulisses d'un cours/projet déroulé cette année à l'université de la Sorbonne : Meet-4EU+. J'apporterai ainsi mon regard sur l'organisation de cette année, agrémentée de quelques petites anecdotes subjectives.
L'idée de ce cours est de proposer aux étudiants de master 2 de bio-informatique un projet qu'ils devront réaliser et présenter à la fin du semestre à une conférence devant un jury d'experts...
Une cellule eucaryote comporte un noyau qui contient l’information génétique portée par les chromosomes, eux même composés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chromosomes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce matériel génétique doit tenir dans le noyau des cellules, qui lui mesure 5 à 7 micromètres de diamètre (en moyenne chez l'Homme). Pour cela, l'ADN va être compacté à l'aide de protéines pour former la chromatine (Fig...
Retranscription de la Table Ouverte en bioinformatique (TOBi) du mois d'avril 2017 avec Jean-Marc Victor, directeur de recherche CNRS au LPTMC et responsable du GdR ADN.
Pouvez-vous vous présenter ?
Jean-Marc Victor : Je ne suis pas bioinformaticien. Je suis un peu bio, mais pas trop informaticien. Et je suis physicien. Et il parait que c'est la première fois qu'un physicien vient.
Alors je sais d'expérience que si vous avez fait de la bioinfo, c'est qu'en particulier vous ne vouliez pas faire de physique...
Ceci est un reverse complément de mon dernier article (tiré de Anaconda | Apollo)
Écrire un algorithme de rev_comp ou complément inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est devenu un classique des cours d'algorithmique en étude de bioinformatique, c'est un algorithme simple mais qui demande de savoir utiliser les structures de contrôle de base. À la fois un bon exercice pratique et pédagogique, doit-il cependant rester implémenté comme à nos débuts ? Cette question m'a traversé l'esprit durant un cours où mon implémentation et celles de mes camarades étaient toutes différentes avec à chaque fois différents algorithmes de base...
Travis Jon Allison (CC-by-NC-SA)
Après la réunion de rentrée de tous les contributeurs du blog, nous avons décidé d'étendre la rubrique "Journal Club". Ainsi, il est désormais non seulement possible mais aussi fortement recommandé de proposer des billets discutant d'un article en particulier. Nous inaugurons cette extension avec un sujet passionnant : la détection de facteurs de transcription...
créée par Sam Fentress (CC-BY-SA)
Les éléments transposables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évidence par Barbara McClintock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont présentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent représenter une grande partie du génome (environ 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez le blé). L'universalité et la mobilité de ces séquences accréditent l'idée que les éléments transposables jouent un rôle dans l'évolution et la plasticité des génomes, ce qui est prouvé dans le maïs où un gène impliqué dans la pigmentation est dans certains cas inhibé par un élément transposable qui, lorsque il s'excise, donne un pigment violet au maïs...
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La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement...
