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Étiquette : ADN

  • Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    Introduction Nous avons abor­dé, dans le pré­cé­dent article de cette série, les bases de la mani­pu­la­tion d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objec­tif de mon­trer com­ment mani­pu­ler des inter­valles géno­miques. Au niveau le plus basique, un inter­valle est défi­ni par deux nombres entiers posi­tifs déli­mi­tant son début et sa fin. Nous allons pou­voir…

  • Métabarcodes de l'ADN environnemental

    Métabarcodes de l'ADN environnemental

    L'une des tech­no­lo­gies en géno­mique les plus pro­met­teuses pour l'évaluation de la bio­di­ver­si­té est le méta­bar­code (de l'anglais meta­bar­co­ding) de l'ADN envi­ron­ne­men­tal (ADNe). J'ai tra­vaillé lon­gue­ment sur ces méthodes et déve­lop­pé plu­sieurs work­flows pour trai­ter et ana­ly­ser les don­nées de méta­bar­codes. J'ai notam­ment été en charge du trai­te­ment des don­nées géno­miques récol­tées par l’expédition scien­ti­fique…

  • Meet-4EU+, le bilan !

    Meet-4EU+, le bilan !

    Bien le bon­jour amis lec­teurs. Pour le billet du jour je vous pro­pose une visite dans les cou­lisses d'un cours/​projet dérou­lé cette année à l'université de la Sor­bonne : Meet-4EU+. J'apporterai ain­si mon regard sur l'organisation de cette année, agré­men­tée de quelques petites anec­dotes sub­jec­tives. L'idée de ce cours est de pro­po­ser aux étu­diants de mas­ter…

  • 1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    Une cel­lule euca­ryote com­porte un noyau qui contient l’information géné­tique por­tée par les chro­mo­somes, eux même com­po­sés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chro­mo­somes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce maté­riel géné­tique doit tenir dans le noyau des cel­lules, qui lui mesure 5 à 7 micro­mètres de dia­mètre (en moyenne…

  • Questions à… Jean-Marc Victor

    Questions à… Jean-Marc Victor

    Retrans­crip­tion de la Table Ouverte en bio­in­for­ma­tique (TOBi) du mois d'avril 2017 avec Jean-Marc Vic­tor, direc­teur de recherche CNRS au LPTMC et res­pon­sable du GdR ADN. Pou­vez-vous vous pré­sen­ter ?Jean-Marc Vic­tor : Je ne suis pas bio­in­for­ma­ti­cien. Je suis un peu bio, mais pas trop infor­ma­ti­cien. Et je suis phy­si­cien. Et il parait que c'est la pre­mière fois…

  • Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

    Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

    Écrire un algo­rithme de rev_​comp ou com­plé­ment inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est deve­nu un clas­sique des cours d'algorithmique en étude de bio­in­for­ma­tique, c'est un algo­rithme simple mais qui demande de savoir uti­li­ser les struc­tures de contrôle de base. À la fois un bon exer­cice pra­tique et péda­go­gique, doit-il cepen­dant res­ter implé­men­té comme…

  • Comment détecter, compiler et annoter des facteurs de transcription ?

    Comment détecter, compiler et annoter des facteurs de transcription ?

    Après la réunion de ren­trée de tous les contri­bu­teurs du blog, nous avons déci­dé d'étendre la rubrique "Jour­nal Club". Ain­si, il est désor­mais non seule­ment pos­sible mais aus­si for­te­ment recom­man­dé de pro­po­ser des billets dis­cu­tant d'un article en par­ti­cu­lier. Nous inau­gu­rons cette exten­sion avec un sujet pas­sion­nant : la détec­tion de fac­teurs de trans­crip­tion. Bonne lec­ture…

  • Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

    Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

    Les élé­ments trans­po­sables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évi­dence par Bar­ba­ra McClin­tock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont pré­sentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent repré­sen­ter une grande par­tie du génome (envi­ron 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez…

  • La modélisation moléculaire

    La modélisation moléculaire

    La modé­li­sa­tion molé­cu­laire est un ensemble de méthodes per­met­tant d'expliquer com­ment fonc­tionne le vivant. En effet, le vivant est une suc­ces­sion d’interactions entre dif­fé­rentes molé­cules : pro­téines, ADN, ARN, mem­branes, etc. Ces molé­cules inter­agissent les unes par rap­port aux autres en fonc­tion de plu­sieurs para­mètres : leurs formes, leurs pro­prié­tés chi­miques et leur envi­ron­ne­ment. La modé­li­sa­tion molé­cu­laire per­met de pré­dire la…