Auteur/autrice : Jonathan Kitt

Jonathan Kitt

Technicien de la recherche INRAE, travaille sur la diversité génétique du blé tendre, délaissant la paillasse pour l'ordi.

Ses publications :

  • Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    —

    par

    Jonathan Kitt
    dans
    Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    Introduction Nous avons abor­dé, dans le pré­cé­dent article de cette série, les bases de la mani­pu­la­tion d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objec­tif de mon­trer com­ment mani­pu­ler des inter­valles géno­miques. Au niveau le plus basique, un inter­valle est défi­ni par deux nombres entiers posi­tifs déli­mi­tant son début et sa fin. Nous allons pou­voir…

  • Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

    —

    par

    Jonathan Kitt
    dans
    Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

    Introduction "Quelle est la pro­fon­deur de ce séquen­çage ?" "Quelle pro­por­tion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a‑t-il des pics dans ces don­nées de ChIP-seq ?" "Quelle pro­por­tion de pro­mo­teurs che­vauchent des îlots CpG ?" Voi­là le genre de ques­tions ren­con­trées fré­quem­ment en bio­in­for­ma­tique. Nous pou­vons y répondre à l'aide de la…