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Découverte :
Les mystérieuses cités d'or

La bioinformatique est un domaine de recherche donc, avec régulièrement de nouveaux logiciels et très souvent​​*​ votre premier contact avec ce nouveau logiciel se fait via la forge logiciel GitHub. Sur GitHub la première chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog). Ce fichier qui résume l'objectif du projet/outil, comment le compiler/l'installer/l'utiliser (rayer les mentions inutiles), mais aussi quand c'est un outil de recherche, quelle publication citer quand on a utilisé l'outil...

Opinion :
Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

Vous venez de finir votre outil sur lequel vous travaillez depuis 1 semaine/1 mois/1 an/10 ans (rayez la mention inutile) qui va révolutionner votre domaine.

Votre code est versionné, formaté, commenté, documenté, testé, les résultats sont évalués selon le gold standard de la discipline sur des jeux de données représentatifs de la réalité, votre publication est prête, vous allez l'envoyer sur le dépôt de preprint et au journal, le thread Twitter d'annonce est rédigé...

Découverte :
Créez vos documents collaboratifs en LaTeX

Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie !
Un petit peu de contexte
Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et vous devez rendre un rapport quelconque à partir d'un travail fait en groupe...

Astuce :
S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien organiser ses projets et d’utiliser des cahiers de laboratoire électroniques...