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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : reproductibilité

  • Conda et le piège de la licence Anaconda

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    par

    Jacques Dainat
    dans , ,
    Conda et le piège de la licence Anaconda

    Conda est appa­ru en 2012 et a été dis­tri­bué par Conti­nuum Ana­ly­tics, connue sous le nom d’Ana­con­da Inc depuis 2017. Conda est dis­tri­bué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus per­mis­sives, per­met­tant aux uti­li­sa­teurs d’adopter, d’adapter et de par­ta­ger le logi­ciel presque sans res­tric­tions. Conda a été conçu pour gérer les envi­ron­ne­ments…

  • Virtualisez pour plus de reproductibilité

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    par

    max
    dans
    Virtualisez pour plus de reproductibilité

    Virtualisez pour plus de reproductibilité Pour commencer Vous avez enten­du par­ler de repro­duc­ti­bi­li­té. Vous vou­lez vous y mettre ? Vous vous dites que la vir­tua­li­sa­tion vous aide­rait à uti­li­ser tou­jours la même ver­sion d'un outil pré­cis. En savoir plus sur Docker vous aide­rait bien ? Cet article est donc pour vous. Je pro­fite de l'occasion pour par­ler…

  • S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

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    par

    bebatut
    dans ,
    S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    TL;DR La repro­duc­ti­bi­li­té, c’est la vie (dans le monde scien­ti­fique) ! Tout résul­tat doit pou­voir être repro­duit. La tech­no­lo­gie per­met de faci­li­ter la recherche de repro­duc­ti­bi­li­té. Les cahiers de labo­ra­toire papiers ne sont plus du tout adap­tés à la recherche actuelle et au besoin de repro­duc­ti­bi­li­té. Je pré­co­nise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…

  • De la procrastination dans l'R

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    par

    jéro
    dans
    De la procrastination dans l'R

    Connaissances requises Introduction Si l'on s'en réfère à la défi­ni­tion : Un infor­ma­ti­cien, et a for­tio­ri un bio­in­for­ma­ti­cien, fera tout pour mettre en œuvre des stra­té­gies lui per­met­tant d'automatiser les tâches répé­ti­tives qui lui incombe. Plu­sieurs avan­tages à cela, i/​ ral­lon­ger les pauses café, ii/​ pro­fi­ter du temps gagné pour regar­der la guerre des étoiles direc­te­ment…

  • Formaliser ses protocoles avec Snakemake

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    par

    Nisaea
    dans , ,
    Formaliser ses protocoles avec Snakemake

    Vous avez dit protocole ? Qui dit bio­lo­gie et bio­in­for­ma­tique dit pro­to­cole expé­ri­men­tal. C'est le cœur de la démarche scien­ti­fique, et un for­ma­lisme adap­té est la clef pour assu­rer la repro­duc­ti­bi­li­té des expé­riences, et ain­si garan­tir la vali­da­tion des décou­vertes par la com­mu­nau­té. En paillasse, les solu­tions pour for­ma­li­ser et conser­ver les pro­to­coles sont plu­tôt natu­rel­le­ment…