Étiquette : Rstats
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Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?
Comment je me suis posé la question. Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins élevés, et qui sont marqués différentiellement par un certain nombre de marques épigénétiques (méthylation de l'ADN, modifications post-traductionnelles des histones, variants d'histones, etc.). Il est fréquent d'essayer de…
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Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse
Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires. Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en…
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dplyr et le génome humain
Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appliquer (apply) des fonctions. Donc, dplyr (prononcez “diplir”), c’est un package R, pour appliquer des fonctions à un tableau de données. Et ça,…
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C'est l'enfeR.
Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls,…