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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

C'est l'enfeR.

-

par

Guillaume Devailly
dans , ,

Cer­tains bio-infor­ma­ti­ciens ne jurent que par R (j'en fais par­tie). Je suis amou­reux de sa sim­pli­ci­té (sic), son élé­gance (re-sic), sa docu­men­ta­tion et ses innom­brables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et sur­tout c'est le seul lan­gage que je maî­trise un peu conve­na­ble­ment, alors for­cé­ment je trouve tous les autres lan­gages nuls, en toute objec­ti­vi­té.

Et pour­tant R est uni­ver­sel­le­ment recon­nu comme étant un lan­gage de pro­gram­ma­tion éso­té­rique. Il a fal­lu tout le talent de Patrick Burns et de son livre pour que j'ouvre enfin les yeux et découvre qu'en fait R, c'est l'enfer.

Des­cen­dez donc avec moi dans des pro­fon­deurs abys­sales au tra­vers de quelques exemples libre­ment ins­pi­rés de the R infer­no.

The R Infer­no

R ne sait pas calculer

Défi­nis­sons un joli vec­teur :

1
> myVect <- c(0.1/​1, 0.2/​2, 0.3/​3, 0.4/​4, 0.5/​5, 0.6/​6, 0.7/​7)

Mais à quoi res­semble-t-il ?

1
2
> myVect
[1] 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1

Un bien beau vec­teur. Vrai­ment. R sau­ra-t-il trou­ver quelles valeurs sont égales à 0.1 ?

1
2
> myVect == 0.1
[1]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE

Heu, bien joué R. Quatre bonnes réponses sur sept, c'est… encou­ra­geant. Sur­tout pour un pro­gramme de sta­tis­tiques, très popu­laire, et très uti­li­sé en bioin­fo.

Repre­nons :

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> 0.1 == 0.1
[1] TRUE
> 0.3/​3
[1] 0.1
> 0.3/​3 == 0.1
[1] FALSE

Mais pourquoi donc ?

Le pro­blème des nombres à vir­gule, c'est que la par­tie après la vir­gule peut être infi­nie, alors que la mémoire des ordi­na­teurs ne l'est pas. Du coup, les ordi­na­teurs décident plu­tôt de ne gar­der que quelques (dizaines de) nombres après la vir­gule, et d'oublier les autres. Ils font donc plein de petites erreurs de cal­cul débiles. Par défaut, R n'affiche pas tout ce qu'il sait d'un nombre, mais on peut lui deman­der d'en affi­cher plus (le nombre maxi­mum de

digits

  peut dépendre de votre confi­gu­ra­tion) :

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> print(0.1, digits = 22)
[1] 0.10000000000000001
> print(0.3/​3, digits = 22)
[1] 0.099999999999999992

Et l'on voit bien en effet que pour notre lan­gage pré­fé­ré, 0.1 n'est pas égal a 0.3/3. You­pi. C'est génial.

Comme en fait c'était quand même gra­vos, les concep­teurs de R, dans leur infi­nie sagesse, ont déci­dé de faire une fonc­tion qui donne le résul­tat atten­du, la mal nom­mée all.equal. Cette fonc­tion com­pare (entre autre) si la dif­fé­rence entre deux nombres est moins impor­tante qu'une petite tole­rance.

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2
> all.equal(0.3/​3, 0.1)
[1] TRUE

Quelques détails :

  • le para­mètre tole­rance vaut par défaut 1,5.10-8.
  • Les concep­teurs de R ont déci­dé que all.equal ne retour­ne­rait pas FALSE (parce que). Du coup, comme ils étaient quand même bien embê­tés, ils ont créé la fonc­tion isTRUE :
    1
    > all.equal(1, 2)<br>[1] "Mean rela­tive dif­fe­rence : 1"<br>> isTRUE(all.equal(1, 2))<br>[1] FALSE
  • Pour rendre le tout vrai­ment infer­nal, all.equal n'est évi­dem­ment pas vec­to­ri­sée, débrouillez-vous comme ça.
    1
    > all.equal(myVect, 0.1)<br>[1] "Nume­ric : lengths (7, 1) dif­fer"

R, le maître troll des lan­gages de pro­gram­ma­tion…

R est en moyenne assez peu cohérent

Les fonc­tions min et max retournent res­pec­ti­ve­ment le mini­mum et le maxi­mum d'une série de nombres :

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> min(-1, 5, 118)
[1] -1
> max(-1, 5, 118)
[1] 118

Jusque là, tout va bien. La fonc­tion mean est uti­li­sée pour trou­ver la moyenne :

1
2
> mean(-1, 5, 118)
[1] -1

… Je pense que R devrait prendre quelques leçons de sta­tis­tiques.

Sait-il cal­cu­ler une médiane ?

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2
> median(-1, 5, 118)
"Error in median(-1, 5, 118) : unu­sed argu­ment (118)"

Appa­rem­ment pas, mais au moins nous signale-t-il gen­ti­ment que quelque chose ne tourne pas rond.

Mais pourquoi donc ?

En fait, il vaut mieux uti­li­ser ces fonc­tions sur des vec­teurs, ce que tout le monde fait en pra­tique :

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> min(c(-1, 5, 118))
[1] -1
> max(c(-1, 5, 118))
[1] 118
> mean(c(-1, 5, 118))
[1] 40.66667
> median(c(-1, 5, 118))
[1] 5

Notez tout de même que dans le pre­mier cas, la fonc­tion mean :

  • ne retourne pas d’erreur.
  • ne retourne pas de war­ning.
  • retourne un résul­tat (faux) du type atten­du (un nombre).

Quel machia­vé­lisme ! Si l'utilisateur ne teste pas rigou­reu­se­ment son code, il court droit à la catas­trophe.

Le facteur numérique accidentel

Ima­gi­nons, par exemple, qu'un inno­cent vec­teur numé­rique se retrouve par mégarde sous la forme d'un fac­tor (par exemple, suite à une facé­tie des célèbres fonc­tions read.table ou data.frame, et de leur non moins célèbre para­mètre string­sAs­Fac­tor dont la valeur par défaut est à l'origine de la majo­ri­té de mes bugs R). L'utilisateur aver­ti pour­rait se dire en toute confiance : "Pas de panique, je connais la fonc­tion as.numeric".

Qui aurait pu ima­gi­ner qu'un tel désastre était immi­nent ?

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> myVect <- fac­tor(c(105 :100, 105, 104))
> myVect
[1] 105 104 103 102 101 100 105 104
Levels : 100 101 102 103 104 105
> myVect >= 103
[1] NA NA NA NA NA NA NA NA
"War­ning mes­sage :
In Ops.factor(myVect, 103) : ‘>=’ not mea­ning­ful for fac­tors"
# Haha, je connais la fonc­tion as.numeric ! Tu ne m'auras pas comme ça, R !
> as.nume­ric(myVect) >= 103
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
Haha ! Je connais la fonc­tion as.numeric ! (cli­quez sur l'image)

Mais pourquoi donc ?

1
as.nume­ric
ne fonc­tionne pas comme vous le pen­sez sur les fac­tors :
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2
> as.nume­ric(myVect)
[1] 6 5 4 3 2 1 6 5

Du coup, il faut pas­ser par un p'tit coup de as.character :

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> as.nume­ric(as.cha­rac­ter(myVect))
[1] 105 104 103 102 101 100 105 104

Ou alors, si vous êtes pédant :

1
2
> as.nume­ric(levels(myVect))[myVect]
[1] 105 104 103 102 101 100 105 104

L'arrondi du coin

Par­fois, il est bien utile d’arrondir un peu tous ces nombres com­pli­qués avec plein de vir­gules. La fonc­tion round fait, en géné­ral, assez bien son tra­vail :

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> round(0.2)
[1] 0
> round(7.86)
[1] 8

Il y a tou­jours cette petite hési­ta­tion quant à savoir com­ment sera arron­di

1
0.5

, en

1
 

ou en

1
1

?

1
2
> round(0.5)
[1] 0

OK. R fait donc par­tie de ces lan­gages qui arron­dissent

1
X.5

à l'entier infé­rieur. Pour­quoi pas. Ce n'est pas ce qu'on m'a appris à l'école, mais bon, pour­quoi pas ?

1
2
> round(1.5)
[1] 2

Hein ?! Mais R enfin, qu'est-ce que tu fais ? C'est trop te deman­der d’être cohé­rent pen­dant deux lignes ?

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> 0 :10 + 0.5
[1]  0.5  1.5  2.5  3.5  4.5  5.5  6.5  7.5  8.5  9.5 10.5
> round(0 :10 + 0.5)
[1]  0  2  2  4  4  6  6  8  8 10 10

♪♫ Lala­la ♫♪ Je suis R. Je fais ce que je veux. ♪♫ Lala­la ♫♪ J’arrondis

1
X.5

à l'entier pair le plus proche si je veux. ♪♫ Lala­la ♫♪

R

Mais pourquoi donc ?

Si on arron­dit un grand échan­tillon­nage de…
Si on réflé­chit bien, on s’aperçoit que…
…poten­tiel biais dans…
Et bien en fait…
Les auteurs de R ont…

Heu, bon, pas­sons.

Une matrice dans un tableau

Il est pos­sible d'inclure une 

1
matrix

comme colonne d'un

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data.frame

. Com­pa­rez donc :

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> myMat <- matrix(1 :6, ncol = 2)
> myMat
     [,1] [,2]
[1,]    1    4
[2,]    2    5
[3,]    3    6
> myDF1 <- data.frame(X = 101 :103, Y = myMat)
> myDF2 <- data.frame(X = 101 :103)
> myDF2$Y <- myMat
> myDF1
    X Y.1 Y.2
1 101   1   4
2 102   2   5
3 103   3   6
> myDF2
    X Y.1 Y.2
1 101   1   4
2 102   2   5
3 103   3   6
> dim(myDF1)
[1] 3 3
> dim(myDF2)
[1] 3 2
> myDF1$Y
NULL
> myDF2$Y
     [,1] [,2]
[1,]    1    4
[2,]    2    5
[3,]    3    6

Mais pourquoi ?

You will sur­ely think that allo­wing a

1
data.frame

to have com­po­nents with more than one column is an abo­mi­na­tion. That will be your thin­king unless, of course, you’ve had occa­sion to see it being use­ful.

Patrick Burns

Vous pen­se­rez sûre­ment qu'autoriser des com­po­sants de plus d'une colonne dans un

1
data.frame

est une abo­mi­na­tion. Vous pen­se­rez cela, à moins bien sûr que vous n'ayez eu l'occasion de voir cela mis en pra­tique de façon utile.

L’échantillonnage approximatif

La fonc­tion sample est bien pra­tique pour échan­tillon­ner au hasard un vec­teur, avec ou sans remise :

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> myVect <- c(2.71, 3.14, 42)
> sample(myVect, size = 5, replace = TRUE)
[1] 2.71 3.14 42.00 3.14 3.14

Le pro­gram­meur expé­ri­men­té se dira que ce bout de code a l'air dan­ge­reux dans le cas où

1
myVect

est vide. En effet, mais R a la décence de nous pré­ve­nir :

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> myVect <- nume­ric(0)
> sample(myVect, size = 5, replace = TRUE)
"Error in sample.int(length(x), size, replace, prob) :
  inva­lid first argu­ment"

Le cas où myVect ne contient qu'un unique élé­ment semble bien moins pro­blé­ma­tique (haha­ha ! Bande de naïfs) :

1
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> myVect <- 3.14
> sample(myVect, size = 5, replace = TRUE)
[1] 3 4 2 2 3

Notez bien :

  • Pas de mes­sage d’erreur.
  • Pas de war­ning.
  • Un résul­tat sous la forme de 5 nombres, comme atten­du.

Pour­tant, ce n'était peux-être pas ce que vous dési­riez. Je blê­mis à l'idée du nombre de bugs non réso­lus cau­sés par ce petit twist.

Mais pourquoi ?

Dans cer­tains cas, c'est bien pra­tique de pou­voir faire

1
sample(100, 5)

et d'obtenir :

1
[1] 59 70 30 23 58

R se montre com­pré­hen­sif, et essaye de nous pré­ve­nir dans les petites lignes de bas de page du manuel :

If

1
x

has length 1, is nume­ric (in the sense of

1
is.nume­ric

) and

1
x >= 1

, sam­pling via

1
sample

takes place from

1
1 :x

. Note that this conve­nience fea­ture may lead to unde­si­red beha­viour when

1
x

is of varying length in calls such as

1
sample(x

).

1
help(sample)

Si

1
x

a une lon­gueur de 1, est numé­rique (tel que défi­ni par

1
is.nume­ric

) et

1
x >= 1

, l’échantillonnage via

1
sample

a lieu sur

1
1 :x

. Notez bien que cette carac­té­ris­tique peut abou­tir à un com­por­te­ment indé­si­ré lorsque la lon­gueur de

1
x

varie lors d'appels tels que

1
sample(x

).

Noitaréti à l'envers

Si vous essayez d'écrire en douce une petite boucle

1
for
, comme ça, ni vu ni connu (en géné­ral, quand on est pédant et qu'on fait du R, on pré­fère faire de la pro­gram­ma­tion fonc­tion­nelle) (mais sinon, les boucles
1
for
ont la répu­ta­tion d'être lentes en R. C'est assez faux. Elles ne sont pas plus lentes que le reste, du moment que vous ne faîtes pas gran­dir des objets dedans. Pen­sez à pré-allouer le résul­tat) (mais repre­nons) :
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> myTable <- data.frame(x1 = 1 :5, x2 = let­ters[1 :5])
> myTable
  x1 x2
1  1  a
2  2  b
3  3  c
4  4  d
5  5  e
>
> for (i in 1 :nrow(myTable)) {
+     mes­sage(paste("row:", i))
+     mes­sage(paste("x1:", myTable[i, "x1"], "x2:", myTable[i, "x2"]))
+ }
row : 1
x1 : 1 x2 : a
row : 2
x1 : 2 x2 : b
row : 3
x1 : 3 x2 : c
row : 4
x1 : 4 x2 : d
row : 5
x1 : 5 x2 : e

Que se passe-t-il si myTable est vide ?

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myTable <- data.frame(x1 = NULL, x2 = NULL)
> myTable
data frame with 0 columns and 0 rows
>
> for (i in 1 :nrow(myTable)) {
+     mes­sage(paste("row:", i))
+     mes­sage(paste("x1:", myTable[i, "x1"], "x2:", myTable[i, "x2"]))
+ }
row : 1
x1 :  x2 :
row : 0
x1 :  x2 :
Une suc­ces­sion d'événements inat­ten­due

Mais pourquoi ?

Et oui,

1
nrow(myTable)

vaut 0, et

1
1 :0

retourne

1
[1] 1 0

Ça alors, c'est pas de chance ! Pré­fé­rez donc

1
seq_​len(nrow(myTable))

.

Javascript, sort de ce coRps !

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> 50 < "7"
[1] TRUE

Mais pourquoi ?

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> 50 < as.nume­ric("7")
[1] FALSE
> "a" < "b"
[1] TRUE

Le message d’erreur le plus utile du monde

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> i <- 1
> if (i == pi) mes­sage("pi!")
> else mes­sage("papi!")
Error : unex­pec­ted 'else' in "else"

Mais pourquoi ?

If you aren’t expec­ting 'else' in "else", then where would you expect it ?
While you may think that R is ludi­crous for giving you such an error mes­sage, R thinks you are even more ludi­crous for expec­ting what you did to work.

Patrick Burns

Si tu ne t’attends pas à un 'else' dans "else", où donc t'attends-tu à en voir un, R ?
Vous pen­se­rez peut-être que c'est ridi­cule pour R de retour­ner un tel mes­sage d'erreur. R pense que vous êtes encore plus ridi­cule d’espérer que ce que vous aviez fait fonc­tion­ne­rait.

En vrac

  • La fonc­tion
    1
    read.table
    retourne un
    1
    data.frame
    , et pas une
    1
    table
    .
  • La fonc­tion
    1
    table
    retourne une table.
  • La fonc­tion sort.list ne sert pas à trier les listes.
  • 1
    > seq(5 :10)
  • 1
    [1] 1 2 3 4 5 6

(╯°□°)╯︵ ┻━┻

Bonus

Votre col­lègue s'est absen­té en lais­sant sa ses­sion R ouverte ? Pro­fi­tez-en, soyez infer­nal ! Voi­ci quelques petites com­mandes amu­santes à taper dans sa ses­sion :

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> F <- TRUE
> T <- FALSE
> c <- func­tion(...) list(...)
> return <- func­tion(x) x + 1
>
> # admi­rez le résul­tat :
> c(1, 5)
[[1]]
[1] 1
 
[[2]]
[1] 5
 
> double <- func­tion(x) return(2 * x)
> double(10)
[1] 21

Le petit mot de fin

Tout ceci décrit le com­por­te­ment de R 3.3.1. Il est pos­sible que cer­taines inco­hé­rences soient réso­lues dans les pro­chaines ver­sions. Cela me semble assez peu pro­bable cepen­dant, pour des rai­sons de rétro-com­pa­ti­bi­li­té.
Vous ne l'aurez peut-être pas com­pris, mais ce n'est aucu­ne­ment un article à charge. Il s'agit juste d'une mise en pra­tique de l’adage "qui aime bien châ­tie bien".
Si vous en rede­man­dez, n'hésitez pas à remon­ter ma source : The R Infer­no !

Mer­ci à mes talen­tueux relec­teurs Beba­tut, Cho­po­pope, Estel et Lroy !

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Guillaume Devailly

Guillaume Devailly

Après une thèse en cancérologie à Lyon et un postdoc en bioinformatique à Édimbourg, je suis chercheur à INRAE Toulouse depuis fin 2017. Régulation transcriptionnelle et épigénétique. Twitter: @G_Devailly

Pour continuer la lecture :

Commentaires

14 réponses à “C'est l'enfeR.”

  1. Avatar de GrumpyStat
    GrumpyStat

    Bon­jour,

    Alors je veux bien admettre qu'il y a quelques sou­cis avec R mais là vous pous­sez le bou­chon très loin. La moi­tié de vos "sur­prise" vient de ce que vous n'avez pas lu le manuel avant d'utiliser une com­mande (typi­que­ment, la fonc­tion agit dif­fé­rent sur un vec­teur que sur des nombre ren­trés direc­te­ment). Fran­che­ment pas de quoi crier au loup quand c'est dit expli­ci­te­ment dans le manuel.

    Le round a une logique, oui. Par exemple, si vous faites la moyenne de 0.5 1.5 2.5 3.5 4.5 vous obte­nez 2.5 et de round de cette liste vous obte­nez 2.4 avec R. Alors que si vous aviez un "floor" au lieu de ça (l'entier du des­sous) ben vous avez une moyenne de 2 ! Alors oui ça fait une belle dif­fé­rence quand on traite des échan­tillons, et c'est plu­tôt malin.

    Mais bien plus grave, votre "erreur inutile"

    > i if (i == pi) message("pi!")
    > else message("papi!")
    Error : unex­pec­ted 'else' in "else"

    vient sim­ple­ment du fait que vous avez tapé "entrer" avant d'entrer la com­mande else. Si on finit une com­mande, R va pas devi­ner tout seul qu'en fait il fal­lait attendre la suite avant d'interpréter le "if". Donc la, lui il ne voit que un "else" sans un "if".
    Faites l'essaie :

    > if (i == pi) message("pi!") else message("papi")
    papi

    A bon enten­deur !

    Répondre
    1. Avatar de Lucas
      Lucas

      Ce n'est pas parce qu'il y a une logique que c'est jus­ti­fié ; INTERCAL suit une logique impa­rable, et si on ne l'utilise pas (au-delà du fait qu'il s'agit d'un pur lan­gage éso­té­rique),
      c'est parce que cette logique ne per­met pas de tra­vailler dans des condi­tions mini­male d'hygiène men­tale, c'est-à-dire avec un niveau d’abstraction suf­fi­sant.

      R, tel que je l'ai vu durant mes quelques heures d'utilisation, et tel que je le vois là, est un gre­nier de com­por­te­ments mal abs­traits.
      L'abstraction est une bonne chose quand elle est bien faite, et de toute évi­dence ce n'est pas le cas dans R.

      J'imagine qu'il est pos­sible de pas­ser outre tous ces pro­blèmes, en ajoutant/​modifiant légè­re­ment le code. Mais cela néces­site le déve­lop­pe­ment d'une exper­tise qui devient un frein à la fois quand il s'agit de faire apprendre le lan­gage, mais aus­si lors de son usage.
      A-ton vrai­ment envie d'avoir un tel coût d'exploitation pour ce qui ne doit res­ter qu'un outils ?

      C'est selon moi la dif­fé­rence entre un « bon » lan­gage et un « mau­vais » lan­gage,

      (indé­pen­dam­ment de toute notion d'outils rat­ta­ché au lan­gage,
      python serais bien moins brillant sans pip, et C++ moins inté­res­sants sans boost)

      Un exemple de cette oppo­si­tion, c'est COBOL et Ada.
      Le pre­mier est un lan­gage dif­fi­cile parce qu'il est, dans un registre un peu dif­fé­rent de R, com­plexe à l'usage et à la main­te­nance.
      Le second est com­plexe éga­le­ment, mais pour une rai­son beau­coup plus saine : Ada aborde la notion d'orienté objet avec une approche dif­fé­rente des lan­gages plus habi­tuels (c++, java).

      L'un et l'autre des lan­gages ont un coups d'apprentissage consé­quent, mais l'un des deux demande la com­pré­hen­sion d'un para­digme, là où l'autre demande la com­pré­hen­sion de détails d'implémentation, d'effets de bords et de com­por­te­ments.

      En clair, quand vous appre­nez Ada, vous ne per­dez pas votre temps sur le lan­gage, mais sur la concep­tion. Ce qui est réuti­li­sable par­tout, et une fois acquis, tota­le­ment trans­pa­rent.

      C'est l'inverse pour R. On perd du temps et de l'énergie avec ce lan­gage, même après appren­tis­sage, alors que tout ce dont on a besoin, c'est d'un outils de haut niveau pour étu­dier les don­nées. Et tout le monde perd ce temps. Même les experts doivent pen­ser en per­ma­nences à ces détails, et,
      plu­tôt que mani­pu­ler abs­trai­te­ment leurs don­nées, sont en per­ma­nence en train de com­pen­ser le lan­gage.

      Que round ait un com­por­te­ment bizarre est une chose (même les roun­ding qui suivent la norme IEEE font par­fois des sur­prises), mais que ce genre d'abstraction mal fichue soit aus­si répan­du dans la base de code, c'est la marque d'un lan­gage « bro­ken by desi­gn ».
      Ça donne l'impression un lan­gage patché/​développé dans tous les sens, sans cohé­rence glo­bale, qui n'est pas sans rap­pe­ler PHP ou javas­cript.

      Certes, comme pour PHP, R pro­pose une doc consé­quente…
      Mais ce n'est pas suf­fi­sant pour jus­ti­fier une mau­vaise abs­trac­tion !

      « oui, je sais, ma méthode to_​int ren­vois une string, mais je l'ai expli­qué dans la doc ! Tout va bien !».

      En somme, ce sont des lan­gages dont la seule véri­table fea­ture est l'absence d'alternative.

      (en fait, elles existent, mais sont trop peu utilisées/​matures)

      Pour don­ner des exemples de ce que je consi­dère comme de « bon » lan­gages, et pour­quoi ils le sont, il y a Ada, mais aus­si Python, Has­kell, et bien d'autres.
      Ces lan­gages ne réus­sissent pas pour la même rai­son.
      Pour Ada, c'est des impé­ra­tifs pro­fes­sion­nels qui néces­sitent que le lan­gage soit au top.
      Pour Python, c'est un BDFL com­pé­tent et cohé­rent.
      Pour Has­kell, c'est le pari d'implémenter à fond un para­digme.

      Ils ne sont évi­dem­ment pas exempts de (ter­ribles) défauts, mais s'ils n'en ont pas autant que R, PHP et javas­cript, c'est pro­ba­ble­ment pas un hasard.

      Quelques liens :

      - PHP : https://​secure​.pha​bri​ca​tor​.com/​b​o​o​k​/​p​h​a​b​f​l​a​v​o​r​/​a​r​t​i​c​l​e​/​p​h​p​_​p​i​t​f​a​l​ls/
      - Python : http://​sta​cko​ver​flow​.com/​q​u​e​s​t​i​o​n​s​/​5​3​0​5​3​0​/​p​y​t​h​o​n​-​2​-​x​-​g​o​t​c​h​a​s​-​a​n​d​-​l​a​n​d​m​i​nes
      - INTERCAL : https://​en​.wiki​pe​dia​.org/​w​i​k​i​/​I​N​T​E​R​CAL

      Et, comme je suis très orien­té python et que moi aus­si, je défends, objec­ti­ve­ment n'est-ce pas, mon bout de gras : http://​mecha​ni​cal​cat​.net/​c​g​i​-​b​i​n​/​l​o​g​/​p​y​t​h​o​n​/​a​n​t​i​-​p​i​t​f​a​l​l​s​.​h​tml

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      1. Avatar de GrumpyStat
        GrumpyStat

        Je suis plu­tôt d'accord avec vous sur les fai­blesses de R en tant que lan­gage de pro­gram­ma­tion, étant plu­tôt C++ que R moi-même.
        C'est la fai­blesse des argu­ment de ce blog­post qui m'a remon­tée. Typi­que­ment, il aurait été inté­res­sant de pous­ser plus loin les com­por­te­ments étranges de R (i.e. pour­quoi ils existent), que de se conten­ter de taper sur 2-3 exemples bidons qui ne sur­pren­dra pas n'importe quel uti­li­sa­teur régu­lier de R. Pour n'importe quel autre lan­gage il serait facile de trou­ver des exemples simi­laires.

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        1. Avatar de rems
          rems

          "Pour n'importe quel autre lan­gage il serait facile de trou­ver des exemples simi­laires."
          Pas si sûr, R est un très bon can­di­dat quand même 🙂
          Sinon il y a javas­cript qui est connu pour être du grand n'importe quoi (d'où le nombre incroyable de librai­ries (jque­ry, angu­lar…) qui en sont sor­tie car il reste très pra­tique) 🙂

          Sinon pour C++ et boost, j'avais bien aimé l'avis de notre ami Linus :
          http://​harm​ful​.cat​-​v​.org/​s​o​f​t​w​a​r​e​/​c​+​+​/​l​i​nus

          Ahah

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  2. Lins`
    Lins`

    Fran­che­ment pas de quoi crier au loup quand c'est dit expli­ci­te­ment dans le manuel

    Ce n'est pas vrai­ment un bon argu­ment. Si je crée un lan­gage où il faut mettre un else avant le if, et où le "==" teste une inéga­li­té, mais que je mets tout ça dans le manuel, est-ce que ça ne serait pas un pro­blème de cohé­rence pour autant ? Dans un bon lan­gage, tout ce qui est à même de trom­per l'utilisateur lamb­da est à évi­ter, sinon le lan­gage peut être effec­ti­ve­ment qua­li­fié d'ésotérique.

    Par exemple, si vous faites la moyenne de 0.5 1.5 2.5 3.5 4.5 vous obte­nez 2.5 et de round de cette liste vous obte­nez 2.4 avec R. Alors que si vous aviez un "floor" au lieu de ça (l'entier du des­sous) ben vous avez une moyenne de 2 ! Alors oui ça fait une belle dif­fé­rence quand on traite des échan­tillons, et c'est plu­tôt malin.

    Per­son­nel­le­ment je trouve qu'arrondir un vec­teur avant d'en faire la moyenne est une aber­ra­tion sta­tis­tique. Je ne vois pas non plus en quoi avoir une moyenne de 2.4 est mieux qu'avoir une moyenne de 2. Pour­quoi est-ce qu'on s'attendrait à ce que l'arrondi conserve une moyenne non arron­die ? Le com­por­te­ment du floor est bien plus cohé­rent (la moyenne de l'arrondi est égale à l'arrondi de la moyenne).

    Mais bien plus grave, votre "erreur inutile"

    On est d'accord, il y a bien une erreur et R le signale. Le pro­blème n'est pas là. Le pro­blème c'est que le mes­sage d'erreur est là pour se foutre de la gueule de l'utilisateur, et est com­plè­te­ment non infor­ma­tif. En gros, ça cor­res­pond bien au fait que R est un lan­gage écrit par des trolls et pour des trolls 🙂 .

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  3. Avatar de Natir
    Natir

    Mon hon­nête me pousse à défendre R, et cela en éton­ne­ra cer­tain.

    Le pre­mier point, qui concerne les éga­li­tés de nombre flot­tant, est en fait com­mun a presque tous les lan­gages je dis presque car je n'est pas véri­fié tous les lan­gages. Le pro­blème est inhé­rent a com­ment on repré­sente un nombre en vir­gule flot­tant et com­ment on réa­lise une com­pa­rai­son. En fait R ne fait ni mieux ni moins bien que les autres lan­gages.

    Un autre point quel que peu ban­cale et la com­pa­rai­son entre les nombres et les chaines de carac­tère. Ce pro­blème vient du faite que R est un lan­gage a typage faible (comme le javas­cript mais ce n'est pas le seul), quand on réa­lise une opé­ra­tion entre deux type dif­fé­rent le lan­gage tente de conver­tir l'un des types en l'autre. Pro­blème cette conver­sion ce fait sou­vent silen­cieu­se­ment (même pas un petit war­ning) et pas comme on le crois ins­tinc­ti­ve­ment. Encore une fois R n'est pas pire mais cer­tai­ne­ment pas meilleur que les autres.

    Sur le fond je suis tout a fait d'accord R est l'un des pires lan­gages qui existe mais ces deux argu­ments sont faibles.

    Bisous

    Ps : vive python et pan­da

    Répondre
  4. Yoann M.
    Yoann M.

    Per­son­nel­le­ment l'article m'a bien fait rire 🙂
    Ensuite je par­tage com­plé­te­ment le com­men­taire de Lucas (et les orien­ta­tions pro­gram­mis­tiques ^^).

    Je rajoute d'ailleurs un petit lien infor­ma­tif sur quelques bizar­re­ries du coté de python his­toire de prou­ver ma bonne foi : https://​access​.red​hat​.com/​b​l​o​g​s​/​7​6​6​0​9​3​/​p​o​s​t​s​/​2​5​9​2​591

    Mer­ci encore @ Guillaume pour l'article !

    Répondre
  5. Avatar de Guillaume Devailly
    Guillaume Devailly

    https://​www​.you​tube​.com/​w​a​t​c​h​?​v​=​T​i​h​n​Y​w​_​K​r​9​U​&​f​e​a​t​u​r​e​=​y​o​u​t​u​.​b​e​&​t​=23

    Cal­mez-vous ! Cal­mez-vous !
    C'est juste un petit article rigo­lo. Pas de quoi se dis­pu­ter.

    De tout façon, R c'est le futuR :
    https://​github​.com/​g​d​e​v​a​i​l​l​y​/​R​_​f​u​t​u​r​e​_​E​d​i​n​b​r​_​P​r​e​s​e​n​t​a​t​i​o​n​/​b​l​o​b​/​m​a​s​t​e​r​/​R​f​u​t​u​r​e​2​.md

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  6. Avatar de Natir
    Natir

    Vue que cette article parle sur­tout d'incohérence et de chose étrange dans les lan­gages de pro­gram­ma­tion je vous invite a lire ce file sta­cko­ver­flow https://​sta​cko​ver​flow​.com/​q​u​e​s​t​i​o​n​s​/​1​9​9​5​1​1​3​/​s​t​r​a​n​g​e​s​t​-​l​a​n​g​u​a​g​e​-​f​e​a​t​ure

    On y trouve de nom­breuse chose amu­sante lou­foque ou même stu­pide.

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  7. Avatar de bli
    bli

    Une petite pré­ci­sion concer­nant ce pas­sage :

    > Le pro­blème des nombres à vir­gule, c'est que la par­tie après la vir­gule peut être infi­nie, alors que la mémoire des ordi­na­teurs ne l'est pas. Du coup, les ordi­na­teurs décident plu­tôt de ne gar­der que quelques (dizaines de) nombres après la vir­gule, et d'oublier les autres. Ils font donc plein de petites erreurs de cal­cul débiles

    On pour­rait s'étonner que 0.1 pose pro­blème car il n'a appa­rem­ment pas un nombre infi­ni de chiffres après la vir­gule. En fait si je me sou­viens bien de mes cours d'info, c'est sa décom­po­si­tion en somme de puis­sances de 2 qui néces­si­te­rait un nombre infi­ni de puis­sances de 2 (néga­tives, ici) pour repré­sen­ter sa valeur exacte.

    À pro­pos des dif­fi­cul­tés que pose R, hier même, dans un moment de frus­tra­tion j'ai cher­ché du récon­fort sur l'internet en cher­chant "Why I hate R", et je suis tom­bé sur cet article qui me semble assez juste :
    http://​www​.talyar​ko​ni​.org/​b​l​o​g​/​2​0​1​2​/​0​6​/​0​8​/​r​-​t​h​e​-​m​a​s​t​e​r​-​t​r​o​l​l​-​o​f​-​s​t​a​t​i​s​t​i​c​a​l​-​l​a​n​g​u​a​g​es/

    Résu­mé sim­pli­fié : L'article dit que dès qu'on cherche à faire le malin avec R, on se fait en géné­ral avoir, à moins d'être vrai­ment super au point.

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  8. Avatar de bli
    bli

    Ah, ben je vois que l'article que je men­tionne était en fait cité dès juste après le pas­sage auquel je réagis­sais. Ça m'apprendra à réagir avant d'avoir tout lu.

    Répondre
  9. Avatar de bli
    bli

    R m'a de nou­veau mor­du. Un autre cas de com­por­te­ment appa­rem­ment inco­hé­rent de R : http://​sta​cko​ver​flow​.com/​q​u​e​s​t​i​o​n​s​/​4​0​8​6​7​703

    Répondre
  10. Avatar de Kawah
    Kawah

    L'article date un peu, et même si je com­prends tout à fait le ton humo­ris­tique du conte­nu, la qua­si tota­li­té des "inco­hé­rences" pré­sen­tées ici ne le sont pas :

    "R ne sait pas cal­cu­ler" : bah oui mais si on com­prend un peu com­ment sont enco­dés les flot­tants, on se dit vite que c'est presque nor­mal (et sur­tout, pas propre à R)
    "R est en moyenne assez peu cohé­rent" : sauf que pour le coup, c'est l'exemple qui est inco­hé­rent. mean() c'est une fonc­tion, qui prend plu­sieurs argu­ments. mean(x,y,z) fait la moyenne de l'objet X ; donc for­cé­ment si tu lui passes mean(-1,5,118) il fait la moyenne sur -1, c'est pas si cho­quant après tout. [Et sur median, qui ne prend que 2 argu­ments, l'erreur est pour­tant très claire]
    "Le fac­teur numé­rique acci­den­tel" : sauf qu'en fait, y a aucune rai­son pour que tes fac­teurs soient consi­dé­rés comme des nombres, donc la méthode as.numeric() sur fac­teurs, ça ren­voie le numé­ro du niveau, en toute logique.
    "L'arrondi du coin" : c'est un stan­dard, il porte même un chouette nom : IEC 60559
    "Une matrice dans un tableau" : l'exemple est sym­pa, mais pas pour l'incohérence que l'auteur pointe, parce qu'il ne fait pas la dif­fé­rence entre "=" et "<-" et pour­tant la dif­fé­rence est grande !
    "L’échantillonnage approxi­ma­tif" : bon je reviens pas des­sus, l'auteur l'explique très bien
    "Noi­ta­ri­té à l'envers" : c'est ce qu'on appelle la décré­men­ta­tion, on ne va quand même pas repro­cher à R de com­prendre tout seul (c'est à dire sans avoir besoin de lui dire --i au lieu de ++i) que pour pas­ser de 1 à 0 il doit décré­men­ter, si ?
    -"JS sors de ce corps" : l'incohérence c'est de vou­loir com­pa­rer deux types dif­fé­rents entre eux, pas tel­le­ment la réponse qui ici dépend juste du terme qui sera conver­ti
    "Le mes­sage d'erreur le plus utile du monde" : il me paraît pour­tant lim­pide ce mes­sage, tu tra­vailles en consoles, tes lignes de codes sont indé­pen­dantes si tu tape entrée, donc for­cé­ment le else se retrouve sans if et bah ça n'est pas pos­sible quoi… (la pro­chaine fois suf­fit d'essayer shift+entrée :))
    "En vrac" : read.table et sort.list on est d'accord c'est drôle ; en revanche seq() bah même remarque que pour mean(), faut com­prendre ce qu'est une fonc­tion et un argu­ment
    "Bonus" : j'adore, j'y pen­se­rai 😀

    Sinon, l'article est sym­pa (tout comme le livre duquel il s'inspire d'ailleurs), je com­prends son uti­li­té et sai­si le ton humo­ris­tique, R est en effet un lan­gage… sur­pre­nant, et par­fois dif­fi­cile à appré­hen­der voir contre intui­tif (cepen­dant pas sur les exemples repris ci-des­sus, en fait), Mais il faut le prendre comme il l'est, le petit, non pas un lan­gage de pro­gram­ma­tion des­ti­né à coder tout et n'importe quoi mais un lan­gage avec visu inté­gré pour faire de l'analyse de don­nées sym­pa­toche.

    Répondre
    1. Avatar de Kawah
      Kawah

      Hmm, com­men­taire par­ti trop vite, je refor­mule ma der­nière phrase mal construite :

      << Mais il faut le prendre comme il est, non pas un lan­gage de pro­gram­ma­tion des­ti­né à coder tout et n'importe quoi mais un ensemble de fonc­tions ad hoc avec visua­li­sa­tion inté­grée pour faire de l'analyse de don­nées >>
      serait plus cor­rect !

      Répondre

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