Accessibility Tools

- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : séquençage

  • R : représenter des genomic tracks avec Gviz

    R : représenter des genomic tracks avec Gviz

    Si vous ana­ly­sez des don­nées d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous sou­hai­tez sûre­ment pou­voir repré­sen­ter des exemples de pics sous forme de geno­mic tracks comme on en voit sou­vent dans les publi­ca­tions. Lorsque l'on ins­pecte ses don­nées de cove­rage (ou cou­ver­ture), on charge géné­ra­le­ment le fichier Bam ou le fichier Big­Wig dans…

  • Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

    Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

    Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se deman­dait pour­quoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la pla­te­forme de cloud com­pu­ting d'Illumina BaseS­pace. Mais avant de répondre à cette ques­tion pres­sante, repar­tons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domi­na­tion du séquen­çage haut débit de l'ADN,…

  • 1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    Une cel­lule euca­ryote com­porte un noyau qui contient l’information géné­tique por­tée par les chro­mo­somes, eux même com­po­sés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chro­mo­somes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce maté­riel géné­tique doit tenir dans le noyau des cel­lules, qui lui mesure 5 à 7 micro­mètres de dia­mètre (en moyenne…

  • Génomique des paysages

    Génomique des paysages

    Introduction « Géno­mique des pay­sages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une dis­ci­pline scien­ti­fique qui a connu une expan­sion ful­gu­rante au cours de la der­nière décen­nie. Les enjeux envi­ron­ne­men­taux et de conver­sa­tion actuels ont ren­dus pres­sante la néces­si­té de mieux com­prendre et décrire les espèces…

  • La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

    La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

    En ces temps hiver­naux, virus et infec­tions bac­té­riennes sont de retour (pour vous jouer un mau­vais tour…). Les cam­pagnes de pré­ven­tion et de soin sont donc de sor­tie, et par­mi elles la célèbre : "Les anti­bio­tiques, c'est pas auto­ma­tique". Si ce slo­gan est bien ren­tré dans la tête des gens, la rai­son pour laquelle il a…

  • Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    L'étude de la régu­la­tion de l'expression des gènes est une dis­ci­pline com­plexe qui recoupe des don­nées pro­ve­nant de divers types d'expériences. Dans un pré­cé­dent article, nous avions vu trois tech­niques de bio­lo­gie molé­cu­laire cou­plées à du séquen­çage haut débit clas­si­que­ment employées pour mettre en évi­dence les régions acces­sibles de l'ADN, et donc poten­tiel­le­ment des régions…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

    Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

    De nos jours, lors de la publi­ca­tion de résul­tats, il est néces­saire de rendre public les éven­tuelles don­nées de séquen­çage géné­rées. Si un faible nombre d’irréductibles conti­nuent à ne four­nir les don­nées que sur demande, les bonnes pra­tiques poussent à les dépo­ser dans des bases de don­nées libre­ment acces­sibles. Quatre grandes bases de don­nées de séquen­çage…