Étiquette : séquençage

  • Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

    Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

    Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se deman­dait pour­quoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la pla­te­forme de cloud com­pu­ting d'Illumina BaseS­pace. Mais avant de répondre à cette ques­tion pres­sante, repar­tons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domi­na­tion du séquen­çage haut débit de l'ADN,…

  • 1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

    Une cel­lule euca­ryote com­porte un noyau qui contient l’information géné­tique por­tée par les chro­mo­somes, eux même com­po­sés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chro­mo­somes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce maté­riel géné­tique doit tenir dans le noyau des cel­lules, qui lui mesure 5 à 7 micro­mètres de dia­mètre (en moyenne…

  • Génomique des paysages

    Génomique des paysages

    Introduction « Géno­mique des pay­sages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une dis­ci­pline scien­ti­fique qui a connu une expan­sion ful­gu­rante au cours de la der­nière décen­nie. Les enjeux envi­ron­ne­men­taux et de conver­sa­tion actuels ont ren­dus pres­sante la néces­si­té de mieux com­prendre et décrire les espèces…

  • La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

    La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

    En ces temps hiver­naux, virus et infec­tions bac­té­riennes sont de retour (pour vous jouer un mau­vais tour…). Les cam­pagnes de pré­ven­tion et de soin sont donc de sor­tie, et par­mi elles la célèbre : "Les anti­bio­tiques, c'est pas auto­ma­tique". Si ce slo­gan est bien ren­tré dans la tête des gens, la rai­son pour laquelle il a…

  • Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    L'étude de la régu­la­tion de l'expression des gènes est une dis­ci­pline com­plexe qui recoupe des don­nées pro­ve­nant de divers types d'expériences. Dans un pré­cé­dent article, nous avions vu trois tech­niques de bio­lo­gie molé­cu­laire cou­plées à du séquen­çage haut débit clas­si­que­ment employées pour mettre en évi­dence les régions acces­sibles de l'ADN, et donc poten­tiel­le­ment des régions…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

    Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

    De nos jours, lors de la publi­ca­tion de résul­tats, il est néces­saire de rendre public les éven­tuelles don­nées de séquen­çage géné­rées. Si un faible nombre d’irréductibles conti­nuent à ne four­nir les don­nées que sur demande, les bonnes pra­tiques poussent à les dépo­ser dans des bases de don­nées libre­ment acces­sibles. Quatre grandes bases de don­nées de séquen­çage…

  • Montpellier OMICS Days 2016

    Montpellier OMICS Days 2016

    Les 8 et 9 février der­nier ont eu lieu à l'Université de Mont­pel­lier (UM) les 4e Mont­pel­lier OMICS Days (MODs). Un évé­ne­ment en deux temps : le pre­mier jour était consa­cré aux confé­rences et le deuxième jour à 2 work­shops un débu­tant sur la prise en main de l'environnement GNU/​Linux et un avan­cé sur l'analyse des…

  • La bière décodée dans un Hackuarium

    La bière décodée dans un Hackuarium

    Vous aimez la bière et la science ? Vous vou­lez connaître la com­po­si­tion de votre mousse favo­rite ? Vous avez envie de goû­ter de nou­velles bières proches de celles que vous connais­sez, ou com­plè­te­ment dif­fé­rentes ? Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bio­in­for­ma­tique dans les labo­ra­toires citoyens. Aujourd'hui, un pro­jet sym­pa­thique…