Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent :
la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables.
tous les organismes ne sont pas présents en quantité égale et, par extension, d'importance égale dans le fonctionnement de l'écosystème, sans corrélation stricte entre abondance et importance...
