Auteur/autrice : Nolwenn

Nolwenn

Issue d'une licence de biologie cellulaire et physiopathologie et d'un master de bioinformatique, je m'intéresse tout particulièrement au monde de la recherche et au domaine de la santé. J'ai travaillé dans l'unité 946 de l'INSERM, dirigée par Florence Demenais, où mon travail principal a été l'étude et la recherche de bases de données et d'outils d'intérêt majeur pour l'axe de recherche dans lequel j'étais impliquée. J'ai aussi travaillé à l'Institut Pasteur où j'ai été recrutée en tant qu'ingénieure bioinformaticienne dans le cadre du LabEx Milieu Intérieur et où ma mission principale a été de mettre en place une base de données pour la gestion de nos échantillons biologiques. Mes centres d'intérêt en bioinformatique sont : la mise en application de méthodes dans les domaines de la génomique, de la protéomique et les interactions gène-gène protéine-protéine pouvant nous apporter des informations sur leurs influences dans les maladies. Je travaille actuellement au service informatique de l'IBENS où j'ai été recrutée en qualité de développeuse d'applications !

Ses publications :

  • Analyses rapides de fichiers

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    par

    Nolwenn
    dans
    Analyses rapides de fichiers

    Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir…

  • Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

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    par

    Nolwenn
    dans ,
    Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

    Lan­gage : shell Com­mande pré­sen­tée : join Niveau : débu­tant Présentation de la commande join La com­mande join est dis­po­nible nati­ve­ment sur les sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. Il s'agit d'une com­mande POSIX et elle est donc pré­sente sur tous les sys­tèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plu­part des gens uti­lisent cette com­mande pour récu­pé­rer les lignes com­munes entre deux…

  • Comment organiser son travail ?

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    par

    Nolwenn
    dans
    Comment organiser son travail ?

    L'organisation du tra­vail peut sem­bler facile, ce n'est pas tou­jours le cas, sur­tout lorsque l'on est impli­qué dans 2 ou 3 pro­jets à la fois. Com­ment se sou­ve­nir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont…

  • Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

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    par

    Nolwenn
    dans
    Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

    Pour de nom­breux bio­in­for­ma­ti­ciens, les ori­gines de la bio­in­for­ma­tique coulent de source. Cela nous a été ensei­gné lors de nos cur­sus ou, pour cer­tains, ça a été une conver­sion nor­male par rap­port à la for­ma­tion d'origine ‑com­prendre un infor­ma­ti­cien qui tra­vaille dans le domaine bio­lo­gique. Pour d'autres per­sonnes, bio­in­for­ma­ti­ciennes ou non, les ori­gines de la…

  • Chercher des motifs dans un fichier

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    par

    Nolwenn
    dans
    Chercher des motifs dans un fichier

    Lan­gage : shell Com­mandes pré­sen­tées : grep, split (suc­cin­te­ment) Niveau : débu­tant Présentation de la commande grep La com­mande grep est dis­po­nible nati­ve­ment sur la plu­part des sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. La plu­part des uti­li­sa­teurs uti­lisent cette com­mande pour recher­cher un mot ou un groupe de mots, que nous appel­le­rons motif (pat­tern en anglais), dans un fichier texte. Cepen­dant…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

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    par

    Nolwenn
    dans
    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…

  • Travailler avec des bases de données publiques

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    par

    Nolwenn
    dans
    Travailler avec des bases de données publiques

    Dans un pré­cé­dent article, inti­tu­lé "Base de don­nées — notions" de nahoy, nous vous avons pré­sen­té ce qu'est une base de don­nées et le prin­cipe de fonc­tion­ne­ment. Si vous n'avez aucune notion en base de don­nées, ou si vous sou­hai­tez une piqûre de rap­pel, je vous invite chau­de­ment à lire cet excellent article avant de…

  • À la découverte de BioMart !

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    Nolwenn
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    À la découverte de BioMart !

    Dans le cadre de mon tra­vail, j'ai récem­ment décou­vert un outil for­mi­dable pour la consul­ta­tion et la récu­pé­ra­tion de don­nées à par­tir de cer­taines banques : Bio­Mart. Après avoir pas­sé la frus­tra­tion de devoir uti­li­ser l'interface du ser­vice four­ni pour télé­char­ger les dif­fé­rentes don­nées dont j'avais besoin, je me suis ren­sei­gnée davan­tage sur ce logi­ciel. De…

  • Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

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    par

    Nolwenn
    dans

    En bio­in­for­ma­tique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des infor­ma­tions dis­po­nibles sur des bases de don­nées inter­na­tio­nales, nous ver­rons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récu­pé­ra­tion d'une fiche d'un gène en pas­sant par les Eutils, un peu de théo­rie et d'explications sur une fiche…