Découverte :
canSnippet : le voilà !

Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition.

A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ !

Le principe

Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens.

La notion de partage est une notion importante dans notre communauté. Certes, de tels outils existaient déjà, mais aucun d'entre eux n'étaient alors dédié vraiment à notre chère bioinfo.

Comment je partage mes snippets ?

Première étape : se créer un compte en cliquant sur le bouton "Identification" en bas à gauche de la barre latérale.

Vous arrivez ensuite sur la page de connexion/création de compte.

Page de connexion de canSnippet Community Edition

Pour la première fois vous utiliserez donc l'encart du bas. Par défaut à la création, un nouveau compte n'est pas actif. Il faudra attendre qu'un administrateur valide votre nouveau compte pour pouvoir jouer avec.

Une fois ce compte activé, vous utiliserez l'encart du haut pour vous connecter à chaque fois.

Votre écran d'accueil sera centré sur vos snippets, que vous pourrez trier rapidement en utilisant les boutons prévus à cet effet.

Boutons recherche filtre rapide

De là vous cliquerez sur le bouton vert à gauche "ajouter un snippet" et arriverez sur le formulaire d'ajout. Vous n'aurez alors plus qu'à remplir les champs et à valider le tout pour rajouter votre bout de code fort utile à la collection de la communauté des Geekus biologicus.

Formulaire d'ajout de canSnippet Community Edition

Les "tags" vous permettront de retrouver très facilement vos snippets. La description n'est surtout pas à négliger, elle complète le code et permet aux autres de bien tout comprendre. Le titre doit être bien pensé : privilégier un "parseur de fasta" à un simple "parseur" par exemple...

Dernière précision mais non des moindres : afin d'apparaitre aux yeux de tous, votre snippet doit être validé par un administrateur.

Nous avons mis cette règle en place afin de maitriser entièrement ce qui apparaitra sur la plateforme. Nous sommes 4 admins : normalement le temps d'attente pour la publication d'un snippet visible devrait être acceptable. Si ce n'est pas le cas, nous ouvrirons les portes à d'éventuels autres admins s'il y a des intéressé(e)s.

Enfin, consécration ultime : un snippet publié pourra être "noté". Un système de vote existe en effet, symbolisé par des petites étoiles sous le snippet. Pour pouvoir voter, il faut avoir un compte et être connecté.

Compte canSnippet obligatoire ?!

C'est mal nous connaitre que de penser ça. Le but est l'ouverture, si nous fermons la collection au public, nous fermons la porte à d'éventuel(le)s timide(s) ou visiteur(s) occasionnel(s).

C'est pour cela qu'aucun compte n'est requis pour consulter l'intégralité des snippets sur cansnippet.bioinfo-fr.net

Les avantages pour les possesseurs de compte sont donc :

  • pouvoir créer des snippets
  • pouvoir noter les snippets

Le petit plus ?

On vous l'avait déjà dit lors de la présentation, mais une des choses à retenir sur canSnippet Community Edition c'est qu'il a été implémenté de A à Z en exclusivité pour bioinfo-fr.net par Adem Bilican, un de nos tout premiers contributeurs. Il fait don de cette version à la communauté en lui attachant une étiquette open source. Le code source se trouve sur ce dépôt.

Adem Bilican, créateur de canSnippet CE

Il avait auparavant produit une version Desktop, qui elle est accessible moyennant un petit passage par le porte-monnaie. A vous de voir si ça vous tente.

L'ensemble des administrateur remercient encore chaleureusement Adem pour son temps et son investissement dans le projet.

Nous remercions également nos beta testeuses et beta testeurs qui se sont succédé.e.s au cours du temps, une tache parfois pas très simple mais qui reste primordiale dans un projet comme celui-ci.

Enfin, sachez que canSnippet Community Edition est voué à évoluer et qu'il ne tient qu'à vous de faire des propositions sur le dépot officiel de l'application qui ne devrait pas tarder à être mis à disposition (une édition de cet article sera faite). D'ailleurs, pour les plus motivé(e)s : Adem ne refuse jamais un coup de main et reste très facilement accessible sur Twitter : @ademcan_net !

canSnippet est maintenant votre : à vos snippets !

 

Merci à Olivier et Ismaël pour leur relecture.

  • À propos de
  • Je suis issu d'une licence de Biologie des Organismes et du Master de Bioinformatique de Bordeaux (Promo 2011).

    J'ai été bioinformaticien à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) pendant 4 ans. Tout d'abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, je fus ensuite rattaché à la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de l’EPFL (BBCF) où j'ai développé BioRepo, un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les données issues de HTS.

    Depuis début 2015, je suis en poste en tant que Bioinformaticien/Software developer au sein de l’Institut de Recherche Technologique BIOASTER à Lyon.

    Enfin, j'ai l'honneur et la fierté d'être un des fondateurs/administrateurs de bioinfo-fr.net et grand supporter des Girondins de Bordeaux.

Laisser un commentaire