Archives par tags: code

Découverte :
Les tests en bioinformatique

Tester est-ce douter ?

Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests.
Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ?
Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre maximum de comportements problématiques du logiciel afin d'en augmenter la qualité (si les problèmes identifiés lors des tests sont corrigés)...

Découverte :
canSnippet : le voilà !

Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition.
A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ !
Le principe
Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens...

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Non il ne s'agit pas d'enrichissement d'uranium ! (U.S. Department of Energy, Domaine Public)
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques)...

Astuce :
The Bio Code : guide du bon broinformaticien

Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !)...

Didacticiel :
Parser des fichiers HTML en Python

I can haz HTML (CC-BY Tomomi)
Langage : Python
Bibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)
Niveau : débutant-intermédiaire
Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction des données qu'ils renferment...

Découverte :
Julia: le successeur de R ?

Logo du langage Julia.Source: http://julialang.org/
Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout nouveau langage...

Opinion :
Lâchez vos coms!

Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête.
En Python, les commentaires commencent par un dièse
Les commentaires sont nos amis, il faut les aimer aussi
Il y a quelques temps, j'ai eu un petit débat de fin de journée avec un collègue qui a un bagage très informatique...

Découverte :
Les langages de programmation

Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un des outils les plus importants pour un bioinformaticien : la programmation. En effet, il n'existerait pas de bioinformatique sans informatique et donc sans programmation. Pour ceux qui ne le savent pas, la programmation c'est ce qui permet de créer un programme...