Archives par tags: code

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du facteur de transcription étudié sur tout le génome (genome-wide), pour comprendre la fonction biologique de ce facteur...

Astuce :
The Bio Code : guide du bon broinformaticien

Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !)...

Didacticiel :
Parser des fichiers HTML en Python

Langage : Python
Bibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)
Niveau : débutant-intermédiaire
Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction des données qu'ils renferment...

Découverte :
Julia: le successeur de R ?

Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout nouveau langage.
 
À l'origine
La principale raison du succès de R est le système de "packages" qui a permis à chaque labo d'écrire et de rendre facilement récupérable le code qui résout son problème particulier...

Opinion :
Lâchez vos coms!

Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête.

Les commentaires sont nos amis, il faut les aimer aussi
Il y a quelques temps, j'ai eu un petit débat de fin de journée avec un collègue qui a un bagage très informatique...

Découverte :
Les langages de programmation

Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un des outils les plus importants pour un bioinformaticien : la programmation. En effet, il n'existerait pas de bioinformatique sans informatique et donc sans programmation. Pour ceux qui ne le savent pas, la programmation c'est ce qui permet de créer un programme...