Étiquette : code

  • Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    Introduction Nous avons abor­dé, dans le pré­cé­dent article de cette série, les bases de la mani­pu­la­tion d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objec­tif de mon­trer com­ment mani­pu­ler des inter­valles géno­miques. Au niveau le plus basique, un inter­valle est défi­ni par deux nombres entiers posi­tifs déli­mi­tant son début et sa fin. Nous allons pou­voir…

  • Les tests en bioinformatique

    Les tests en bioinformatique

    Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va par­ler d'un truc très connu des infor­ma­ti­ciens mais encore trop peu connu en bio-infor­ma­tique : les tests. Cette pra­tique est pour­tant conseillée dans le guide du bon bro­in­for­ma­ti­cien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une pro­cé­dure de véri­fi­ca­tion d'un sys­tème. Son objec­tif prin­ci­pal est d'identifier un nombre…

  • canSnippet : le voilà !

    canSnippet : le voilà !

    Nous vous l'avions annon­cé il y a qua­si­ment un an jour pour jour lors de notre pré­sen­ta­tion à JOBIM2017 à Lille. Il est main­te­nant là, dis­po­nible, consul­table et à por­tée de tous : canS­nip­pet Com­mu­ni­ty Edi­tion. A vos marques pages, c'est ici que ça se pas­se­ra doré­na­vant : https://​cans​nip​pet​.bioin​fo​-fr​.net/ ! Le principe Avoir une col­lec­tion de snip­pets…

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • The Bio Code : guide du bon broinformaticien

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    The Bio Code : guide du bon broinformaticien

    Mal­gré la mul­ti­tude d’outils déjà exis­tants, les occa­sions d'écrire du code sont nom­breuses en bio­in­for­ma­tique. Hor­mis pour les pousse-bou­tons aver­tis, le déve­lop­pe­ment fait sou­vent par­tie du quo­ti­dien d’un bio­in­for­ma­ti­cien. Per­son­nel­le­ment, c’est une acti­vi­té qui me plaît beau­coup dans ce métier. Déve­lop­per ses propres appli­ca­tions et outils apporte tou­jours une cer­taine satis­fac­tion (et quand ça fonc­tionne,…

  • Parser des fichiers HTML en Python

    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : Python Biblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment) Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents…

  • Julia : le successeur de R ?

    Julia : le successeur de R ?

    Actuel­le­ment le lan­gage R est incon­tour­nable pour qui veut mani­pu­ler des don­nées en bio­in­for­ma­tique, en par­ti­cu­lier pour l'analyse sta­tis­tique. Mais un suc­ces­seur est en passe de s'imposer : Julia, com­bi­nant puis­sance du lan­gage avec les fonc­tion­na­li­tés de R, et com­blant les nom­breux défauts de ce der­nier — mais plus encore ! Voi­ci une pré­sen­ta­tion de ce tout…

  • Lâchez vos coms !

    Lâchez vos coms !

    Je sou­hai­te­rais par­ta­ger avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote per­son­nelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en vou­drez pas si je prends le risque de bais­ser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trot­tait en tête. Les…

  • Les langages de programmation

    Les langages de programmation

    Bon­jour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout pre­miers articles du blog Bioin­fo-fr. Étant (presque) plus pas­sion­né par l'informatique que par la bio­lo­gie, je vais vous expli­quer l'un des outils les plus impor­tants pour un bio­in­for­ma­ti­cien : la pro­gram­ma­tion. En effet, il n'existerait pas de bio­in­for­ma­tique sans infor­ma­tique et donc sans pro­gram­ma­tion. Pour…