L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".

Pro­verbe afri­cain

Il est un constat que je fais de plus en plus sou­vent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle socié­té semble tendre vers l'individualisme. Il est pro­bable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nom­bri­lisme asso­cié y soit pour quelque chose. Mais dis­cu­ter de tout cela ici serait tota­le­ment hors-sujet et inadap­té à la ligne édi­to­riale de notre blog bio-infor­ma­tique.

Je vais donc me per­mettre de sor­tir du côté scien­ti­fique pure­ment appli­ca­tif pour m'intéresser plus à sa dyna­mique, son contexte entre­pre­neu­rial, aca­dé­mique, voire socié­tal. En effet ce débat prend tout son sens aus­si en sciences et se doit d'être enten­du par ses acteurs les scien­ti­fiques.

Mal­gré mon intro­duc­tion alar­miste au pos­sible et digne d'un lan­ce­ment de repor­tage d'une chaîne TV d'information conti­nue, vous note­rez que je vous ai épar­gné le titre piège-à-clics 🙂 Je pense que nous, les scien­ti­fiques, met­tons un point d'honneur à nous consti­tuer des petites ou moins petites com­mu­nau­tés de par­tage. C'est dans l'essence même de notre métier : je trouve quelque chose, je le par­tage avec mes copains (=ceux qui par­tagent les mêmes centres d'intérêts que moi) afin que l'information vive et soit peut-être réuti­li­sée un jour. En un sens ça donne aus­si un but à nos tra­vaux. Ce point cen­tral de notre métier est donc dif­fi­ci­le­ment dis­cu­table, bien que tout contre argu­ment soit le bien­ve­nu en com­men­taire.

Ain­si, à par­tir de ces ini­tia­tives de par­tage se déve­loppent des com­mu­nau­tés plus struc­tu­rées de valo­ri­sa­tion des connais­sances : asso­cia­tions, réseaux scien­ti­fiques, grou­pe­ments de cher­cheurs (ou GDR, équi­va­lents aca­dé­miques des asso­cia­tions), mais éga­le­ment des entre­prises avec les bien connues start-up. Je vais pro­fi­ter de ce billet pour en détailler quelques exemples.

Les communautés et associations en Bio-informatique

La Société Française de Bioinformatique (SFBI)

Je me rap­pelle le plai­sir que j'ai eu il y a bien­tôt dix ans (#coup­De­Vieux) quand Marie Beur­ton Aimar, la res­pon­sable du Mas­ter de bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux que je sui­vais à l'époque, nous avait appris l'existence d'une socié­té savante en Bio-infor­ma­tique : la SFBI. Pour les non-ini­tiés, une socié­té savante n'est ni plus ni moins qu'une asso­cia­tion de scien­ti­fiques réunis par un ou plu­sieurs domaines de recherche com­mun et ayant pour but de faire per­du­rer le savoir dans ce(s) domaine(s).
L'historique de l'association est très bien rela­tée sur leur site offi­ciel fraî­che­ment re-desi­gné, que je vous encou­rage à aller décou­vrir.
Il exis­tait donc déjà un réseau de pro­fes­sion­nels de mon futur métier, plu­tôt bien orga­ni­sé et qui four­nis­sait même déjà une liste de dif­fu­sion par mail pour les stages, emplois et annonces d'évènements autour de la bio-infor­ma­tique. Pour la petite his­toire, la pater­ni­té de cette liste de dif­fu­sion revient à Laurent Mou­chard.

La SFBI est aus­si les coor­di­na­teurs des JOBIM : Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques — LA confé­rénce bioin­fo fran­çaise à ne pas lou­per dans l'année. D'ailleurs ils pro­posent aus­si chaque année des bourses de voyage pour vous per­mettre d'assister à des confé­rences, ren­sei­gnez-vous vite si ça vous inté­resse. Et tout ça gra­tui­te­ment et uni­que­ment grâce à des béné­voles. C'est impor­tant de le sou­li­gner !

Les Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF)

Dans le même esprit et en com­plé­ment de la SFBI, il y a une autre com­mu­nau­té qui me vient en tête : les JeBiF (pour Jeunes Bio-infor­ma­ti­ciens de France). C'est un peu l'avant-SFBI, une com­mu­nau­té adap­tant ses évè­ne­ments et com­mu­ni­ca­tions à un public débu­tant dans le domaine de la bio-infor­ma­tique pour l'y accom­pa­gner. Là encore, une asso­cia­tion de jeunes béné­voles, qui s'organisent tant bien que mal pour mettre en lumière la Bio-infor­ma­tique en France et aider au mieux les étu­diants et futurs étu­diants de ce domaine.
Les années pas­sées à les côtoyer, sou­vent de loin mais aus­si de près lors des JOBIM ou autres ras­sem­ble­ments, me per­mettent de dire qu'ils réa­lisent un bou­lot monstre. Ils/​elles sont les hommes/​femmes de ter­rain. Leurs points d'impacts sont pré­cis, orga­ni­sés et réflé­chis (ren­contres dans des lycées ou des uni­ver­si­tés, pré­sence lors d'événements scien­ti­fiques majeurs comme la fête de la science ou encore les Pint of Science, …). En gros, ils ont de l'énergie et ils savent l'utiliser cor­rec­te­ment.

Biostars

D'un point de vue inter­na­tio­nal, je pense tout de suite à Bios­tars qui a su deve­nir une réfé­rence en terme de bio­in­for­ma­tique. Pour ceux venant d'arriver ou ne connais­sant pas encore cet excellent site d'entre aide : ce n'est ni plus, ni moins que le Sta­ckO­ver­flow de la bio­in­for­ma­tique. C'est aus­si un lieu pri­vi­lé­gié d'échanges tech­niques sur les outils qui sont déve­lop­pés dans la com­mu­nau­té. Ain­si les auteurs de packages comme DESeq2 passent de temps à autre répondre aux ques­tions eux-même. Par ailleurs cer­taines réponses sont tel­le­ment com­plètes qu'elles pour­raient être un article du blog à elles seules ! Et qui dit inter­na­tio­nal dit anglais, vous y trou­ve­rez de nom­breuses questions/​réponses triées par caté­go­ries et la com­mu­nau­té ne man­que­ra pas d'essayer de vous solu­tion­ner si vous êtes dans le pétrin sur un point qui n'a pas encore été trai­té.

Les Life Sci Trainers

Ils sont tout jeunes et je leur sou­haite plein de belles choses. C'est vrai­ment les tout débuts, c'est assez dif­fi­cile de savoir si la mayon­naise va prendre, mais on leur sou­haite vrai­ment. À l'instar de Bios­tars, ils ont créé une pla­te­forme (un Slack en réa­li­té) où les cher­cheurs peuvent s'entre-aider les uns les autres. A l'heure où j'écris ces lignes il semble y avoir un petit pro­blème pour rejoindre le Slack en ques­tion, mais espé­rons que cela ne soit qu'un petit pro­blème pas­sa­ger.

Pour la petite his­toire, je les ai décou­vert au hasard d'un live-tweet d'une confé­rence scien­ti­fique cette année (le LT en ques­tion) et je vous encou­rage vive­ment à aller y jeter un coup d'oeil. Comme quoi, Twit­ter est vrai­ment un réseau utile pour faire sa veille !

Bioin​fo​-fr​.net, quand même !

Je vais aus­si par­ler de bioin​fo​-fr​.net, notre blog scien­ti­fique com­mu­nau­taire orien­té autour de la bio-infor­ma­tique dans la langue de Molière.
Notre his­toire, comme expli­quée rapi­de­ment dans cette brève datant de quelques années main­te­nant, part d'une simple dis­cus­sion lors d'un repas entre col­lègues pour deve­nir ce qu'elle est aujourd'hui : une com­mu­nau­té d'une cen­taine de contri­bu­teurs, de plu­sieurs mil­liers de lec­teurs et d'une grande dose de par­tage et d'entre-aide. Bien­tôt huit ans après nos débuts (février 2012), on ne cesse d'attirer de nou­veaux visi­teurs, de répondre à vos ques­tions via les com­men­taires des articles, les mails ou notre canal IRC. N'hésitez pas à pas­ser nous faire un petit cou­cou, il y a tou­jours du monde.

D'autres ?

Il existe d'autres groupes peut-être moins axés spé­ci­fi­que­ment sur de la bio-infor­ma­tique, ou à l'inverse trop spé­cia­li­sés sur une branche de celle-ci (évo­lu­tion, assem­blage, pro­téo­mique, méde­cine per­son­na­li­sée, réseau, diag­nos­tique, etc.). Alors même si on ne peut pas tous les citer, j'aimerais vous men­tion­ner le réseau ARAMIS par exemple qui n'est autre que la pla­te­forme Rhone-Alpi­ne/Au­ver­gnate de resin­fo. A pre­mière vue d'ailleurs on est loin de la bio-infor­ma­tique et pour­tant chaque année il y a au moins un sujet de bio-info trai­té durant leur jour­née de ras­sem­ble­ment. L'intérêt du par­tage : si je ne vous l'avais pas dit, l'auriez-vous su un jour ?

J'en ai peut-être (sûre­ment !) oublié, et c'est bien dom­mage si c'est le cas mais cela veut tout sim­ple­ment dire que je n'ai pas connais­sance de leur exis­tence. Je vous pro­pose donc de rajou­ter vos com­mu­nau­tés bio-infor­ma­tiques en com­men­taire si jamais c'est le cas. Mer­ci par avance !

J'ai tout ça sous la main mais je râle quand même ?

Alors oui, il est vrai qu'on a de quoi faire et rien que pour cela : on peut s'en féli­ci­ter ! Car tout ce dont je viens de vous par­ler sont des struc­tures béné­voles orga­ni­sées (ou non) et datant de plu­sieurs années (à l'exception des Life Science Trai­ners) !

Génial non ? Oui. Mais alors pour­quoi cette intro­duc­tion alar­miste ?! Eh bien parce que cela fait plu­sieurs mois (pour ne pas dire plu­sieurs années), que l'on sent un manque d'implication, d'engagement pour ces struc­tures et que cela nous alerte. En effet, depuis toutes ces années si on regarde le turn-over des per­sonnes impli­quées, ça ne va pas for­cé­ment dans le bon sens et les argu­ments de non-ral­lie­ments se re-croisent sou­vent : "je n'ai pas le temps", "je ne pense pas être à la hau­teur", "je n'ai rien a appor­té à la com­mu­nau­té" ou encore "je vous recon­tacte, c'est pro­mis". On attend tou­jours.

La com­mu­nau­té actuelle n'est pas morte, loin de là, mais elle est vieillis­sante. Le sang frais se fait rare et les nou­veaux élé­ments sont sou­vent un des élé­ments moteur d'une com­mu­nau­té vivante et en bonne san­té. Ça per­met de gar­der une bonne dyna­mique et de ne pas épui­ser tou­jours les mêmes per­sonnes qui au bout d'un moment n'ont plus autant d'énergie et de matière à par­ta­ger.

De plus l'ambiance socié­tale actuelle n'invite éga­le­ment pas à la confiance en soit et donc à l'implication face à des per­sonnes qui ont la cri­tique très facile alors qu'ils ne contri­buent eux-même pas du tout. Il fau­drait que les indi­vi­dus expé­ri­men­tés repensent au contexte dans lequel ils for­mulent leur cri­tique avant de la faire. Le constat actuel, c'est qu'on ne per­met pas for­cé­ment l'erreur et/​ou qu'on la par­donne moins.  Du coup il se passe que de poten­tiels contri­bu­teurs envieux de s'investir un peu plus dans une com­mu­nau­té se retrouvent figés et n'osent pas fran­chir le cap du pas­sif à l'actif par peur de l'échec. On perd alors plein de poten­tielles idées nou­velles et fraîches et c'est vrai­ment regret­table.

Quelles sont les solutions pour continuer de diffuser notre bio-informatique chérie ?

Pour par­ler de chose que je connais bien, donc de bioin​fo​-fr​.net, ce n'est pas faute de pro­po­ser lar­ge­ment et gra­tui­te­ment l'adhésion à une pla­te­forme simple d'approche (Word­Press), dont la main­te­nance est com­plè­te­ment gérée de A à Z et l'hébergement déjà payé (par nous les admins). Notre der­nière pré­sen­ta­tion aux JOBIM2019 de Nantes n'est qu'une preuve de plus que nous essayons encore et tou­jours d'amener cette dyna­mique et de don­ner envie de par­ti­ci­per. On peut rapi­de­ment citer aus­si canS­nip­pet, pla­te­forme de par­tage de bouts de codes (snip­pets) que nous avons mis à dis­po­si­tion il y a plus d'un an.

Le sou­ci ne semble donc pas être l'outil, ni l'animation autour de la com­mu­nau­té mais bel et bien l'étape de l'engagement de la per­sonne. Cha­cun pos­sède quelque chose à par­ta­ger. Les étu­diants peuvent appor­ter une nou­velle façon de voir un domaine/​une tech­nique, et les expé­ri­men­tés (aca­dé­miques comme pri­vés) ont beau­coup à nous apprendre car ils ont des retours pra­tique sur une théo­rie ensei­gnée encore bien sou­vent éloi­gnée de la réa­li­té pro­fes­sion­nelle. Alors qu'est-ce qui pour­rait moti­ver nos pairs jeunes ou moins jeunes à venir gon­fler nos rangs et à pro­po­ser à l'ensemble de la com­mu­nau­té leurs lumières sur leurs points d'expertises ?

Une rému­né­ra­tion des auteurs et des relec­teurs ? On n'a pas encore gagné à la lote­rie et on ne fait pas ça pour l'argent mais pour le par­tage. Mais c'est pro­mis : le jour où on aura deux-trois billets en trop, on pense d'abord à vous 🙂

Des avan­tages ? L'avantage pre­mier lorsqu'on contri­bue dans une com­mu­nau­té scien­ti­fique c'est qu'on peut (et qu'on doit !) en par­ler. Ain­si par exemple, nous chez les Gee­kus bio­lo­gi­cus, nous encou­ra­geons nos contri­bu­teurs à faire appa­raître sur leur CV le fait qu'ils agissent pour la com­mu­nau­té. Et d'après les retours qu'on a : ça plaît aux recru­teurs !
Et oui, c'est en effet l'assurance d'un ancrage fort dans un réseau pro­fes­sion­nel four­ni et struc­tu­ré et donc la preuve d'une bonne capa­ci­té à com­mu­ni­quer ! Car bien sûr quand on se retrouve en confé­rence, la glace est déjà bri­sée et c'est net­te­ment plus facile d'aller vers l'autre. On se fait rapi­de­ment un copain/​une copine de plus au comp­teur et c'était facile en plus !

Une large dif­fu­sion ? On sait que les pro­fes­seurs des dif­fé­rentes for­ma­tions fran­co­phones nous connaissent, nous sou­tiennent et parlent de nous aux nou­velles géné­ra­tions. On en pro­fite d'ailleurs pour les remer­cier encore une fois pour tout cela, on a besoin de ça, c'est cer­tain ! On a aus­si pro­po­sé der­niè­re­ment une belle affiche à impri­mer et à pla­car­der dans vos labos pour pas­ser le mot autour de vos col­lègues qui ne connaî­traient pas encore les Gee­kus bio­lo­gi­cus. Enfin, les orga­ni­sa­teurs des JOBIM nous contactent presque tou­jours pour nous pro­po­ser un petit ins­tant de lumière durant la confé­rence. Ça aus­si, c'est vrai­ment utile et appré­cié.

Un peu plus de confiance en soi ? S'engager dans une com­mu­nau­té, c'est un peu comme inves­tir une troupe de théâtre : à un moment on va se retrou­ver sous la lumière, il faut pou­voir le gérer d'une part et être bien accom­pa­gné d'autre part. Par exemple chez bioin­fo-fr, on a pour habi­tude depuis le début de l'aventure d'accompagner un maxi­mum nos nou­veaux auteurs pour leurs pre­mières contri­bu­tions. On dis­cute aus­si énor­mé­ment en phase de pré-publi­ca­tion pour s'assurer qu'il n'y a pas de grosse faille dans ce qui va être expo­sé à la com­mu­nau­té scien­ti­fique. Après la publi­ca­tion, nous gérons aus­si les retours sous forme de com­men­taires que nous admi­nis­trons, ou d'e‑mails que nous rece­vons et fai­sons suivre aux auteurs pour que la dis­cus­sion conti­nue de vivre. Il est selon moi pri­mor­dial d'avoir cet appui afin que le contri­bu­teur se sente plei­ne­ment inves­ti au sein de la com­mu­nau­té et en res­sorte gran­di.

Vous n'avez "pas le temps" ? Per­sonne n'a le temps dans ce monde où tout va vite et s'accélère. Les étu­diants ont leurs études intenses à gérer, les doc­to­rants passent déjà plus de temps sur leur thèse que la légis­la­tion ne l'autorise, les pro­fes­sion­nels ont sou­vent leur deuxième job de parents à accom­plir une fois ren­trés chez eux, ou bien ont des res­pon­sa­bi­li­tés pro­fes­sion­nelles qui les suivent jusque chez eux et qui sont éner­gi­vores. Pour­tant mal­gré les contraintes propres à cha­cun, des per­sonnes de cha­cune de ces caté­go­ries s'investissent dans ces com­mu­nau­tés pré­cé­dem­ment citées, et plus par­ti­cu­liè­re­ment dans bioin­fo-fr. Leur point com­mun ? Ils prennent ce temps : comme vous, ils ont sou­vent une heure ou deux qu'ils pour­raient pas­ser à regar­der une série dans le train, scrol­ler indé­fi­ni­ment sur les fameux réseaux sociaux entre deux taches ména­gères, etc. Mais ils ne cherchent pas d'excuses et lancent leurs deux-trois idées sur un article. Puis le plan se trans­forme en brouillon, et en article à relire pour finir en mer­veilleux billet publié ! Peut-être n'en avez-vous pas conscience mais pra­ti­que­ment aucun article ici n'a été écrit en une seule fois. Ce sont ces petites heures par-ci par là qui finissent par don­ner ces beaux recueils d'informations que vous lisez chaque semaine.

En réa­li­té, et ce dont je suis main­te­nant per­sua­dé, c'est qu'il n'existe qu'une seule solu­tion à cette pro­blé­ma­tique et qu'elle était en fait sous votre nez depuis le début : la moti­va­tion.

Car oui, don­ner de son temps pour ce genre de chose, c'est un peu comme arrê­ter de fumer : si vous ne le vou­lez pas, n'essayez même pas ça ne ser­vi­ra à rien. Il faut que cela vienne de vous, ça se sen­ti­ra dans ce que vous amè­ne­rai à la com­mu­nau­té. Ceci est clai­re­ment un article à charge, c'est évident. À lire mes mots, on dirait que contri­buer à un réseau est une étape obli­ga­toire à la vie d'un scien­ti­fique. Bien sûr que non, mais il faut bien que je vende mon idée, non ?! 🙂

Vous l'aurez com­pris je pense : notre belle com­mu­nau­té vieillie et nous en appe­lons à votre aide, à vos connais­sances et à votre temps. Je parle bien enten­du pour bioin­fo-fr, mais je pense que pour toutes les autres orga­ni­sa­tions citées plus haut dans cet article, c'est éga­le­ment une véri­té. Et à une heure où il est déjà facile de se retrou­ver iso­lé en tant que bio-infor­ma­ti­cien au coeur d'une équipe de bio­lo­giste (sur­tout si vous êtes un junior), il serait dom­mage de se pas­ser du sou­tien que peut appor­ter une com­mu­nau­té. Alors si j'ai (enfin) réus­si à vous convaincre, allez‑y, mon­trez-moi que je me trompe et que la relève est bien là !

Pour nous rejoindre, c'est tou­jours aus­si simple : un mail à contribuer[A]bioinfo-fr[POINT]net. Cela ne vous engage en rien, si ce n'est d'essayer et de décou­vrir l'envers du décor ! À très vite donc j'espère, vrai­ment 🙂

Mer­ci à mes relec­teurs Léo­pold, Nol­wenn, Kevin, Isa­belle et Gwe­naelle sans qui cet article aurait été beau­coup moins sym­pa à lire !

Cré­dits illus­tra­tion : "Hand­shake Bet­ween LEGO Mini­fi­gures" by Pest15