Astuce :
SQL Tips : Les transactions

But : Comprendre ce qu'est une transaction au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avantages, les limitations. J'aborderai superficiellement la notion de degré d'isolation.
Prérequis : Savoir faire des requêtes.
Difficulté : 1 (Facile)
Tout d'abord une définition volontairement simple : une transaction est un ensemble d'une ou plusieurs requêtes SQL regroupées au sein d'un bloc qui est exécuté sur un jeu de données...

Astuce :
Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes

Parmi les lecteurs de Bioinfo-fr, il y a très probablement des étudiants de M2 qui, absorbés par leur stage de fin d'année, n'ont pas encore vraiment réfléchi à ce qu'ils voudraient faire à la rentrée ; des thésards dont la soutenance approche et qui aimeraient faire un post-doc à l'étranger ; ou encore des ingénieurs dont le CDD touche à sa fin et qui sont à la recherche d'un autre emploi...

Astuce :
Commandline Tips : Extraction du x-ième champ d'un fichier organisé en colonne

But : Dans un fichier organisé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous intéressent
Prérequis : Savoir utiliser grep est un plus.
Difficulté : 1/5 (Facile)
Nous souhaitons dans le fichier PDB 6CSC  extraire la première et la quatrième colonne des lignes débutant par le mot clef "ATOM"
Préparation des données :
La première chose à faire est d'extraire les lignes contenant avec mot clef "ATOM", pour cela nous allons utiliser grep...

Astuce :
Galaxy: Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

Logo de Galaxy
Qu'est-ce que Galaxy ?
Galaxy est une application web écrite en Python destinée à faciliter la manipulation et l'analyse des données, dans le cadre de la recherche biomédicale. Elle permet d'utiliser des logiciels habituellement exécutés en ligne de commande de manière graphique, grâce à un système de plugins (« outils ») en XML et de templates Mako. Ces outils sont particulièrement puissants car ils peuvent exécuter n'importe quel langage ou programme...

Astuce :
SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête

But : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d'une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc.
Prérequis : Savoir afficher le(s) champs d'une table correspondant aux valeurs choisies (clause WHERE)...

Astuce :
Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

Bonjour, et bienvenu dans mon premier article concernant mon script Perl Blast2Gb.pl. Ce dernier illustre parfaitement ce qu'on peut faire facilement et rapidement avec un script Perl : du traitement de texte. Cet outil permet de faciliter la vie et de transformer une tâche laborieuse en un traitement rapide et efficace.
En effet, qui ne s'est jamais retrouvé avec une sortie de BLAST qu'il voudrait regarder dans un programme de visualisation de séquences (comme Geneious par exemple) mais qui ne prend pas les sorties de BLAST ? Ou encore, devant soumettre un génome au NCBI, mais qui n'a pas envie de se taper tout le formatage à la main ? Eh bien, mon programme est là pour prendre une sortie xml d'un blastn, blastx, tblastn ou tblastx et la transformer en une sortie ...