Catégorie : Astuce
-
The Bio Code : guide du bon broinformaticien
Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne,…
-
Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq
Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…
-
Formaliser ses protocoles avec Snakemake
Vous avez dit protocole ? Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement…
-
Fabriquer un trackhub dans UCSC
J'ai décidé de partager avec vous la petite astuce du moment que j'ai découverte grâce à Jonathan et que j'ai incorporée dans mon travail actuel (merci encore à lui, il a lu toute l’infâme documentation de UCSC). Le navigateur génomique (pour ne pas dire genome browser) de UCSC nous autorise donc à générer et visualiser…
-
Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications
Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes probablement familiers avec BiblioInserm ou BiblioVIE, les portails d’informations et d’accès aux revues de ces institutions. Le portail BiblioInserm Le portail BiblioVIE Ces portails vous permettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y chercher des articles, sous réserve d’avoir un identifiant et le mot…
-
Analyses rapides de fichiers
Langage : shell, sous GNU/Linux Commandes présentées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débutant Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous…