Catégorie : Astuce

  • Formaliser ses protocoles avec Snakemake

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    par

    Nisaea
    dans , ,
    Formaliser ses protocoles avec Snakemake

    Vous avez dit protocole ? Qui dit bio­lo­gie et bio­in­for­ma­tique dit pro­to­cole expé­ri­men­tal. C'est le cœur de la démarche scien­ti­fique, et un for­ma­lisme adap­té est la clef pour assu­rer la repro­duc­ti­bi­li­té des expé­riences, et ain­si garan­tir la vali­da­tion des décou­vertes par la com­mu­nau­té. En paillasse, les solu­tions pour for­ma­li­ser et conser­ver les pro­to­coles sont plu­tôt natu­rel­le­ment…

  • Fabriquer un trackhub dans UCSC

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    par

    Yoann M.
    dans
    Fabriquer un trackhub dans UCSC

    J'ai déci­dé de par­ta­ger avec vous la petite astuce du moment que j'ai décou­verte grâce à Jona­than et que j'ai incor­po­rée dans mon tra­vail actuel (mer­ci encore à lui, il a lu toute l’infâme docu­men­ta­tion de UCSC). [edit : Il vient d'ailleurs de me signa­ler que la docu­men­ta­tion pour les track­hubs vient d'être mise à jour…

  • Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications

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    par

    max
    dans

    Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes pro­ba­ble­ment fami­liers avec BiblioIn­serm ou Biblio­VIE, les por­tails d’informations et d’accès aux revues de ces ins­ti­tu­tions.   Le por­tail BiblioIn­serm   Le por­tail Biblio­VIE Ces por­tails vous per­mettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y cher­cher des articles, sous réserve d’avoir un iden­ti­fiant et le mot…

  • Analyses rapides de fichiers

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    par

    Nolwenn
    dans
    Analyses rapides de fichiers

    Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir…

  • Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

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    par

    Nolwenn
    dans ,
    Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

    Lan­gage : shell Com­mande pré­sen­tée : join Niveau : débu­tant Présentation de la commande join La com­mande join est dis­po­nible nati­ve­ment sur les sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. Il s'agit d'une com­mande POSIX et elle est donc pré­sente sur tous les sys­tèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plu­part des gens uti­lisent cette com­mande pour récu­pé­rer les lignes com­munes entre deux…

  • SQLite

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    par

    nahoy
    dans , ,
    SQLite

    Dans un pré­cé­dent article, nous vous avons par­lé des bases de don­nées, leur impor­tance et leur inté­rêt. Ici je vais vous par­ler de SQLite, une biblio­thèque don­nant accès à un moteur de base de don­nées rela­tion­nelle qui vous per­met­tra de tra­vailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de confi­gu­rer ou d'installer quoi que…

  • Chercher des motifs dans un fichier

    —

    par

    Nolwenn
    dans
    Chercher des motifs dans un fichier

    Lan­gage : shell Com­mandes pré­sen­tées : grep, split (suc­cin­te­ment) Niveau : débu­tant Présentation de la commande grep La com­mande grep est dis­po­nible nati­ve­ment sur la plu­part des sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. La plu­part des uti­li­sa­teurs uti­lisent cette com­mande pour recher­cher un mot ou un groupe de mots, que nous appel­le­rons motif (pat­tern en anglais), dans un fichier texte. Cepen­dant…

  • Monter un serveur de test pour des besoins d’analyses en bioinformatique

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    par

    Mica
    dans
    Monter un serveur de test pour des besoins d’analyses en bioinformatique

    Dans cet article je vais vous par­ler d'une facette un peu moins connue de la bio­in­for­ma­tique en vous pré­sen­tant com­ment il est pos­sible, à l'heure actuelle, d'assembler un ser­veur d’analyse bio­in­for­ma­tique avec un bud­get ser­ré. Il ne s'agit pas d'une étude de mar­ché très pous­sée mais d'un simple exemple du maté­riel qu'il est pos­sible d'utiliser pour réa­li­ser un ser­veur de déve­lop­pe­ment per­for­mant.…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

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    par

    Nolwenn
    dans
    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…