Catégorie : Astuce
-
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)
Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà…
-
Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters
Je sais pas pour vous mais dans mon labo, le premier réflexe de mes collègues lorsqu'il faut faire une figure ou un poster c'est soit de dégainer la suite Ad*be, soit d'ouvrir P*werPoint. Quel est le problème me direz-vous ? Outre le fait qu'ils soient très coûteux pour le labo/l'université/l'entreprise où vous travaillez, ces outils ne…
-
Créer sa carte géographique avec R
Aujourd’hui je vais vous montrer comment, en utilisant R, on peut faire de belles cartes géographiques. Et là, vous allez me demander, mais pourquoi faire des cartes géographique ? Et pourquoi avec R ? Et bien imaginons que, vous, bioinformaticien de terrain, soyez allé échantillonner des animaux à l’autre bout du monde sur plusieurs sites, par exemple…
-
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses de ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du…
-
RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?
Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré : À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ? Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats,…
-
Ping en JavaScript (jQuery.ajax)
Dans cet article, nous allons découvrir un moyen de vous faire gagner du temps à travers deux notions étrangères à la Biologie : Le ping et Ajax. Pour les termes techniques, reportez vous au glossaire juste après l'introduction. Mesurer le délai entre un serveur et un client web (on utilisera facilement anglicisme "ping", francisé en "pinguer")…