Catégorie : Découverte
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TurboGears, petite mise en bouche
TurboGears, Django ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais entendu parler d'un de ces Frameworks Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà intéressé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple ! Késako ? Commençons donc par le commencement : qu'est ce qu'un "web meta framework" ? C'est un…
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La modélisation moléculaire
La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement. La modélisation moléculaire permet de prédire la…
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment…
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Filtre de Bloom
Comme vous le savez sans doute, la génomique tend à générer de plus en plus de données grâce à une forte réduction des coûts (cf graphique ci dessous). Depuis peu de temps, la génération des données n’est plus forcement le point limitant d’une étude, mais c’est l’analyse des données qui devient vraiment longue et coûteuse.…
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À la découverte de BioMart !
Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart. Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De…
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Étude de la régulation de l'épissage alternatif
Je vais vous exposer dans cet articles un exemple de collaboration entre biologistes et bioinformaticiens afin de répondre à un problème biologique complexe : l'étude de la régulation de l'épissage alternatif. Je vais vous présenter dans un premier temps le contexte biologique, à savoir ce qu'est l'épissage et comment il est régulé. Puis je vais vous…
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Analyse des données de séquençage à ARN
Depuis quelques années, le domaine du séquençage de l'information génétique est rentré dans une nouvelle ère : “le séquençage de seconde génération”. Cette avancée technologique a permis une analyse plus en profondeur de l'ADN et l'ARN. Nous pouvons citer parmi ces nouvelles technologies le ChIP-seq (Chromatine Immuno Precipitation sequencing) ou RNA-seq (Séquençage à ARN). Le projet…
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Alignements multiples : Calculer la conservation
Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De…