Catégorie : Découverte
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Étude de la régulation de l'épissage alternatif
Je vais vous exposer dans cet articles un exemple de collaboration entre biologistes et bioinformaticiens afin de répondre à un problème biologique complexe : l'étude de la régulation de l'épissage alternatif. Je vais vous présenter dans un premier temps le contexte biologique, à savoir ce qu'est l'épissage et comment il est régulé. Puis je vais vous…
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Analyse des données de séquençage à ARN
Depuis quelques années, le domaine du séquençage de l'information génétique est rentré dans une nouvelle ère : “le séquençage de seconde génération”. Cette avancée technologique a permis une analyse plus en profondeur de l'ADN et l'ARN. Nous pouvons citer parmi ces nouvelles technologies le ChIP-seq (Chromatine Immuno Precipitation sequencing) ou RNA-seq (Séquençage à ARN). Le projet…
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Alignements multiples : Calculer la conservation
Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De…
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Présentation de l'association JeBiF
En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à collaborer avec d’autres équipes, dans d’autres laboratoires… Connaître les différentes associations, sociétés, réseaux, groupements ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je souhaite partager mes connaissances et mes intérêts et vous présenter l'association JeBiF dont je suis membre. Présentation de JebiF RSG-France Que signifie JeBiF ?…
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GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre
En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à travailler avec des données à grande échelle. Il suffit de voir le nombre de publications incluant les termes “large-scale”, “extensive” ou encore “high-throughput” pour s’en rendre compte. Dans la majorité des cas, on est satisfait du développement d’un outil quand celui-ci fait son job correctement en se souciant…
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Débuter avec l'API Ensembl (Perl)
But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl. Niveau : débutant. Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées. Parmi les sites agrégeant de l'information biologique, Ensembl fournit une API (Application Programming Interface)…
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Reconstruction automatique de réseaux métaboliques
Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien…