Catégorie : Découverte
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De l'intérêt des disciplines transversales
La bioinformatique fait partie de ce qu'on appelle les disciplines transversales, ces disciplines qui forment un trait d'union entre les disciplines dites classiques. Avec l'avancée des nouvelles technologies et l'étendues des connaissances qu'elles permettent d'acquérir, il devient de plus en plus nécessaire de repenser les différents domaines scientifiques, tant leur cloisonnement historique perd en pertinence.…
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Expo virtuelle "Le génome humain et la bioinformatique"
C'est ludique, c'est clair, c'est coloré, c'est intéressant… Non, nous ne sommes pas devenu(e)s adeptes d'une secte, cher lecteur. Nous venons de découvrir l'exposition virtuelle ChromosomeWalk, lancée par l'Institut Suisse de Bioinformatique. Quand vous entrez, vous pouvez vous "arrêter devant" tout chromosome qui vous intéresse. Au fil des mots, on découvre plein de choses, souvent…
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Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)
Avec les avancées en biologie ces dernières années, la quantité de données produites et les ressources informatiques nécessaires à leur traitement ont grandement augmenté. Pour faire face à ces problèmes, l'une des solutions les plus répandues est la mise en place de grappes de serveurs (plus souvent désignées par le terme anglais computer cluster ou…
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Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.
Les éléments transposables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évidence par Barbara McClintock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont présentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent représenter une grande partie du génome (environ 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez…
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Introduction à Circos
La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par…
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Bioconductor
Bioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir…
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Data Visualisation ou l'art de se faire comprendre
De nos jours il faut comprendre et se faire comprendre vite et bien. Une bonne présentation, un bon article ou bien un bon poster se distingue non seulement par un contenu pertinent mais aussi par des illustrations efficaces. On peut avoir la meilleure idée du monde, si on ne sait pas la mettre en valeur…
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Le séquençage, une histoire de générations
L'ADN (Acide DésoxyriboNucléique) est une molécule présente dans toutes les cellules des êtres vivants. Elle renferme l'information nécessaire pour se développer et se reproduire. L'information en elle-même est codée par la suite de quatre différents acides nucléiques ordonnés d'une façon compréhensible pour l'organisme. Décrypter cette information est un enjeu majeur pour la recherche scientifique. Il…