Catégorie : Découverte
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Bioconductor
Bioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir…
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Data Visualisation ou l'art de se faire comprendre
De nos jours il faut comprendre et se faire comprendre vite et bien. Une bonne présentation, un bon article ou bien un bon poster se distingue non seulement par un contenu pertinent mais aussi par des illustrations efficaces. On peut avoir la meilleure idée du monde, si on ne sait pas la mettre en valeur…
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Le séquençage, une histoire de générations
L'ADN (Acide DésoxyriboNucléique) est une molécule présente dans toutes les cellules des êtres vivants. Elle renferme l'information nécessaire pour se développer et se reproduire. L'information en elle-même est codée par la suite de quatre différents acides nucléiques ordonnés d'une façon compréhensible pour l'organisme. Décrypter cette information est un enjeu majeur pour la recherche scientifique. Il…
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TurboGears, petite mise en bouche
TurboGears, Django ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais entendu parler d'un de ces Frameworks Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà intéressé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple ! Késako ? Commençons donc par le commencement : qu'est ce qu'un "web meta framework" ? C'est un…
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La modélisation moléculaire
La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement. La modélisation moléculaire permet de prédire la…
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment…
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Filtre de Bloom
Comme vous le savez sans doute, la génomique tend à générer de plus en plus de données grâce à une forte réduction des coûts (cf graphique ci dessous). Depuis peu de temps, la génération des données n’est plus forcement le point limitant d’une étude, mais c’est l’analyse des données qui devient vraiment longue et coûteuse.…
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À la découverte de BioMart !
Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart. Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De…