Découverte :
Introduction à la structure secondaire des ARN

Quand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage.

Définition 0 : ARN
L'ARN (acide ribonucléique) est une macromolécule biologique qui remplit de nombreuses fonctions biologiques telle que :

support intermédiaire de la traduction de l'ADN en protéines,
catalyseur de l'activité peptidyltransférase menant à la formation d'une liaison peptidique,
régulateur de l'expression génique grâce aux riboswitch ou a de petites molécules interférenetes,
ou encore l'inactivation de chromosome par de longs ARN interférents...

Découverte :
Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate

Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales.
Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage de manière automatique...

Découverte :
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire

Introduction
Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale.
Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un thé ou un café. Ces breuvages serviront à illustrer mes exemples et faire une pause dans votre lecture...

Découverte :
Représenter le métabolisme - les réseaux métaboliques

*grosse voix très sérieuse*
Attention! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse.

 
Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.
Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie des graphes...

Découverte :
Les dev' jam c'est bon pour vous !

Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois.
Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien.
Préambule glorieux.
Bonjour à tous !
Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour ceux qui ne connaitraient pas, une development jam est une sorte de concours de programmation en équipe sur un ou plusieurs sujets imposés, sur une durée de temps limitée (généralement un week-end)...

Astuce :
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake.
Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà tout prêt en Snakefile ?
Lisibilité du code, gestion des ressources et reproductibilité
Snake | Crystal Sanchez
Lorsque vous êtes sur le point de publier,  il va bien falloir expliquer aux futurs lecteurs comment vous avez obtenu les résultats...

Découverte :
BIOASTER

Le tour des laboratoires proposant d'exercer notre métier de bioinformaticien continue avec la présentation du tout jeune Institut de Technologie en Microbiologie BIOASTER.
Logo de BIOASTER
Histoire et géographie
BIOASTER ne s'est pas fondé en un jour et ne s'est surtout pas fondé tout seul. Parmi le collège de fondateurs qui a permis à cet institut de voir le jour fin 2012, on dénombre des laboratoires publics (INSERM, CEA, CNRS), l’Institut Pasteur (fondation privée) mais aussi des partenaires privés (Danone, Institut Mérieux, Sanofi-Pasteur)...

Découverte :
Compareads et Commet

Après vous avoir parlé de Métagénomique et de filtre de Bloom, voici un article fusionnant les deux concepts en un algorithme !
Image issue de commons.wikimedia.org
Pour rappel, la métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un milieu donné. On passe généralement par un séquençage NGS et on récupère un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lectures, ou "reads") pour chaque échantillon biologique analysé...

Actualité :
3D XPoint : une nouvelle technologie de stockage

Vous n'avez pas encore équipé votre ordinateur de SSD ? Et bien vous pouvez abandonner le projet… En effet Intel, en partenariat avec Micron, a présenté le 28 juillet une nouvelle technologie de stockage 3D XPoint (prononcez trois dés ixe point three di cross point).
3D XPoint est bien plus rapide que le stockage flash équipant les SSD, mais aussi votre smartphone, votre clé usb ou votre montre connectée...

Découverte :
Vers une meilleure encryption des données génétiques

Des rotors de la machine Enigma. Crédits : MisterMatt - pl.wikipedia.org (CC BY-SA 3.0)
La démocratisation du séquençage du génome humain, ouvrant les portes de la médecine personnalisée, provoque aussi beaucoup d'inquiétudes au sujet de la protection des données. La séquence unique de l'ADN d'un individu, en effet, peut indiquer entre autres les prédispositions à des maladies, la tolérance à diverses substances, les traits potentiels de la descendance, le phénotype de l'individu, son origine, etc...