Catégorie : Didacticiel
-
Introduction à l'analyse des SNPs
Introduction Un SNP (Single Nucleotid Polymorphism) est la mutation d'un seul nucléotide à une position donnée, entre individus d'une même population. Ces substitutions ponctuelles permettent d'identifier des sous-populations. Vous avez sûrement étudié en cours l'exemple de la drépanocytose, une maladie causée par la mutation ponctuelle d'un gène. L'origine de cette maladie génétique peut être observée en…
-
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Introduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être — qui sait — vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un…
-
Automatiser la récupération de données biologiques
Qui dit bioinformatique, dit récupération et manipulation des données. Ces données peuvent être générées à partir d'algorithmes ou bien récupérées depuis des bases de données biologiques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de données est en constante augmentation. Chaque mécanisme biologique, famille moléculaire ou organisme est associé à un ou plusieurs de ces dépôts de données. Si un…
-
Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée
Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité. Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul…
-
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)
Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà…
-
Comment faire de Sozi présentations avec inkscape
Vous avez sûrement vu le billet sur inkscape écrit par Zazo0o. Maintenant que vous avez franchi le pas et que vous maîtrisez cet outil, nous allons voir qu'il est également possible de créer des présentations dynamiques grâce au plugin Sozi (qui est en plus développé par des français "cocorico"). Les auteurs ont arrêté le développement…
-
Une licence ? Pour quoi faire…
Cet article ne parle pas de la formation universitaire, ni des obligations des débits de boisson. Mais du petit texte qu'on vous demande de lire avant d'installer un logiciel ou qu'on cite en bas des pages des sites internet. Pour vous faire gagner du temps, voici, par exemple, ce que vous trouverez en bas…
-
Dessiner des molécules avec LaTeX
Vous avez surement déjà entendu un barbu vous dire "Tu vas voir LaTeX c'est génial, tu peux même dessiner des molécules avec !". Et du coup vous vous êtes dit que c'est vrai que ça a l'air bien vu qu'on peut même dessiner des molécules avec ! Et effectivement, on peut ! La molécule suivante a été…