Catégorie : Didacticiel
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La magie de LXD
Écrire un pipeline en bioinformatique, c'est bien ! Le rendre portable c'est encore mieux ! Les bioinformaticiens oublient souvent ce dernier point et rare sont les pipelines qui marchent du premier coup. À vrai dire les circonstances ne sont pas en leur faveur. Un pipeline c'est plein de dépendances d'applications dans telle ou telle version, qu'il faut…
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LaTeX : le premier document !
On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à…
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Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée
Dans cette version avancée, nous allons nous intéresser à une autre manière de récupérer des données depuis un site internet : via l'utilisation de formulaires. Les formulaires, ce sont ces pages avec plein de champs à remplir et que vous soumettez ensuite pour vous créer un compte, contacter votre hotline ou que sais-je. Leur utilisation permet…
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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique
Vous ne connaissez pas le Hi‑C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi‑C) pour diverses raisons.…
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C'est l'enfeR.
Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls,…
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Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités
Le deuxième article sur la représentation du métabolisme et son analyse ! Pour rappel, le premier volet est ici ! Un grand nombre de phénomènes biologiques peuvent être représentés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais entendu parler de réseaux d'intéraction protéine-protéine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux métaboliques ? En fait,…
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État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)
Nous revoilà pour la suite de notre premier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait promis une analyse de l'évolution du marché, et c'est ce dont nous allons parler dans cet article. Je vous renvoie au premier article si vous voulez plus d'informations sur l'origine des données et la disponibilité du…
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Snakemake aller plus loin avec la parallélisation
Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent). Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul. Nous allons également voir comment…