Catégorie : Didacticiel
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Cours de R pour débutant pressé : les régressions !
Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé. Aujourd’hui, nous allons voir rapidement ce qu’est une régression (linéaire ou quadratique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos données. Ne vous êtes-vous jamais demandé comment en apprendre plus sur vos données, comment…
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Python, dessine-moi un graphe
Derrière ce titre énigmatique, qui n'aura pas été sans vous rappeler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exupéry, se cache un module pour Python qui dira sûrement quelque chose à nos lecteurs assidus spécialisés dans les graphes : pygraphviz ! Ce module a été créé autour de GraphViz et vous permet ainsi de faire…
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Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters
Je sais pas pour vous mais dans mon labo, le premier réflexe de mes collègues lorsqu'il faut faire une figure ou un poster c'est soit de dégainer la suite Ad*be, soit d'ouvrir P*werPoint. Quel est le problème me direz-vous ? Outre le fait qu'ils soient très coûteux pour le labo/l'université/l'entreprise où vous travaillez, ces outils ne…
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Git : cloner un projet, travailler à plusieurs et créer des branches
Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Dans l'article précédent, nous avions vu comment installer et configurer git, comment créer un dépôt pour un projet, ainsi que les principes de base de gestion de versions. Dans cet article,…
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Créer sa carte géographique avec R
Aujourd’hui je vais vous montrer comment, en utilisant R, on peut faire de belles cartes géographiques. Et là, vous allez me demander, mais pourquoi faire des cartes géographique ? Et pourquoi avec R ? Et bien imaginons que, vous, bioinformaticien de terrain, soyez allé échantillonner des animaux à l’autre bout du monde sur plusieurs sites, par exemple…
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Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git
Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Cet article est le premier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de versions, (2) comment configurer git et (3) les bases de…
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De la procrastination dans l'R
Connaissances requises Introduction Si l'on s'en réfère à la définition : Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des stratégies lui permettant d'automatiser les tâches répétitives qui lui incombe. Plusieurs avantages à cela, i/ rallonger les pauses café, ii/ profiter du temps gagné pour regarder la guerre des étoiles directement…
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Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython
La génomique comparative permet d'étudier l'évolution d'organismes par comparaison de leur génome. La représentation de la proximité entre les organismes, élément essentiel de la génomique comparative, repose sur des arbres phylogénétiques. Mais comment manipuler ces arbres facilement ? Quand il n’y en a qu’un, pas de problème : on utilise un visualisateur comme ceux proposés dans l’article sur les…