Catégorie : Opinion
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Formaliser ses protocoles avec Snakemake
Vous avez dit protocole ? Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement…
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De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique
“Et pourquoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être demandé en sortant du TD de statistiques de mardi dernier. Pas forcément en biostatistiques, la thèse, hein. Mais la bioinformatique, ça vous parle vraiment. Vous adorez travailler sur des projets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de penser à l’après-Master… Certains…
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Quel bioinformaticien êtes-vous ?
Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants. Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler…
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Comment organiser son travail ?
L'organisation du travail peut sembler facile, ce n'est pas toujours le cas, surtout lorsque l'on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont…
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Lâchez vos coms !
Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête. Les…
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Que faire de nos données biologiques produites ?
Qu'on soit affilié à un laboratoire de génomique, d'imagerie ou encore de protéomique nous avons tous un point commun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la pérennité ne laisse pas à désirer pour ce qui est de la gestion de nos données produites/recueillies. Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe…
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Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie
Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique. Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou…
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Une question d'équilibre
De nombreux articles de bioinformatique commencent par une phrase du genre : "Les multiples projets de séquençage et les progrès technologiques réalisés ces dernières années permettent aujourd'hui de produire une énorme masse de données biologiques." Cette phrase sert en général à introduire l'utilisation d'algorithme plus rapide, le traitement en parallèle des données, ou leur utilisation massive afin d'extraire de…
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L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?
Vous avez probablement entendu le buzz du web ou remarqué la soudaine augmentation d'articles autour du projet ENCODE (décodage du génome humain et de ses éléments fonctionnels). En 24 heures, il y a eu une quantité invraisemblable de communiqués de presse, billets de blogs et articles grand public dans les médias anglophones (et je passe…