Opinion :
De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

 
Nuclear test - March 1954 | The Official CTBTO Photostream
Un génome, c'est quoi ?
Avant de plonger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons parler de séquençage de génome. Pour les notions sur le séquençage je vous redirige vers cet excellent article et pour le génome on va partir d'une définition simple et efficace : il s'agit de l'ensemble de l'information génétique portée par l'ADN d'un être vivant...

Opinion :
Watson, un système expert en diagnostic

Watson par IBM | CC-SA 3.0 chez Wikimédia
Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les systèmes experts, puis de vous exposer mon avis sur un système expert en diagnostic...

Astuce :
Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Vous avez dit protocole?
Mon prochain protocole. Sans aucun doute un pas de géant pour la science.
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...

Opinion :
De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique

"Fly, you fools!" | From "Piled Higher and Deeper" by Jorge Cham - www.phdcomics.com

“Et pourquoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être demandé en sortant du TD de statistiques de mardi dernier. Pas forcément en biostatistiques, la thèse, hein. Mais la bioinformatique, ça vous parle vraiment. Vous adorez travailler sur des projets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de penser à l’après-Master… Certains de vos collègues ont déjà des plans de carrière précis (“une thèse en 4 ans + deux postdocs à l’étranger + concours maître de conf’”), mais ça n’est pas votre cas...

Opinion :
Quel bioinformaticien êtes-vous ?

Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants.
Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous...

Opinion :
Comment organiser son travail ?

L'organisation du travail peut sembler facile, ce n'est pas toujours le cas, surtout lorsque l'on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont mes documents dont j'ai besoin pour finir ce script ? Qu'est-ce que j'ai fait de ce foutu papier qui parle de la méthode que je dois appliquer ?
Qui d'entre nous ne s'est jamais retrouvé confronté à ce genre de casse-tête ? Très peu j'imagine...

Opinion :
Lâchez vos coms!

Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête.
En Python, les commentaires commencent par un dièse
Les commentaires sont nos amis, il faut les aimer aussi
Il y a quelques temps, j'ai eu un petit débat de fin de journée avec un collègue qui a un bagage très informatique...

Découverte :
Que faire de nos données biologiques produites ?

What a mess par .pst (CC BY-NC-SA 2.0)
Qu'on soit affilié à un laboratoire de génomique, d'imagerie ou encore de protéomique nous avons tous un point commun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la pérennité ne laisse pas à désirer pour ce qui est de la gestion de nos données produites/recueillies.
Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe pas de meilleur moyen pour garantir le stockage de nos connaissances que de les graver sur des blocs de pierres et de les stocker dans un bunker à 50 mètres de profondeur...

Découverte :
Mendeley: Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique.
Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques...

Opinion :
Une question d'équilibre

De nombreux articles de bioinformatique commencent par une phrase du genre : "Les multiples projets de séquençage et les progrès technologiques réalisés ces dernières années permettent aujourd'hui de produire une énorme masse de données biologiques." Cette phrase sert en général à introduire l'utilisation d'algorithme plus rapide, le traitement en parallèle des données, ou leur utilisation massive afin d'extraire de la connaissance...