Idiocracy | Post memes
Oui, on sait, vous les Geekus biologicus vous avez du être attirés par ce titre en vous disant qu'on est complètement ravagés. Évidemment qu'il y a de la nouveauté en matière de séquençage !
Apparemment tout le monde n'est pas au courant.
En effet, le 9 février, (au moins) deux articles, publiés dans des journaux grands publics (France3 et Le Monde), ont fait parler d'eux sur Twitter (suivre les fils de tweets ici ou encore ici)...
Oyez Oyez jeune bio-informaticien, étudiant de master, professionnel débutant ou autre curieux, cet article a été écrit spécialement pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà présents sur le site, le premier écrit par Nolwenn, et le second par Nisaea. Mais aussi à partager votre précieuse expérience en commentaire...
Pour changer des tutoriels et des perspectives sur l’avenir de la bioinformatique, je vous propose aujourd’hui un retour aux sources. En effet, nous allons voir comment est née la bioinformatique. Nolwenn vous en avait déjà parlé ici, mais plus d'un point de vue méthodologique.
S’interroger sur les origines de la bioinformatique nous permettra de répondre (ou pas) à la question « Qu’est-ce que la bioinformatique ? » et nous amènera également à faire un peu de philosophie des sciences...
Depuis l’avènement des algorithmes d’alignement de séquences jusqu’aux outils d’analyses de réseaux de protéines, la bioinformatique se cherche une définition et une place dans la science. Est-ce une discipline ? Est-ce un outil ? Quelle formation faut-il avoir pour être bioinformaticien ? Et à quoi ressemblerait idéalement un diplôme en bioinformatique ?
On sera tous d’accord qu’il n’y a pas une seule réponse à ces questions...
Oncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails. C'est pourquoi j'ai eu envie d'écrire ce petit guide sur les étapes du recrutement en bioinfo ; petit guide qui n'a ni la prétention d'être exhaustif, ni de détenir la vérité universelle sur le recrutement...
Nuclear test - March 1954 | The Official CTBTO Photostream
Un génome, c'est quoi ?
Avant de plonger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons parler de séquençage de génome. Pour les notions sur le séquençage je vous redirige vers cet excellent article et pour le génome on va partir d'une définition simple et efficace : il s'agit de l'ensemble de l'information génétique portée par l'ADN d'un être vivant...
Watson par IBM | CC-SA 3.0 chez Wikimédia
Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les systèmes experts, puis de vous exposer mon avis sur un système expert en diagnostic...
Vous avez dit protocole?
Mon prochain protocole. Sans aucun doute un pas de géant pour la science.
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...
"Fly, you fools!" | From "Piled Higher and Deeper" by Jorge Cham - www.phdcomics.com
“Et pourquoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être demandé en sortant du TD de statistiques de mardi dernier. Pas forcément en biostatistiques, la thèse, hein. Mais la bioinformatique, ça vous parle vraiment. Vous adorez travailler sur des projets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de penser à l’après-Master… Certains de vos collègues ont déjà des plans de carrière précis (“une thèse en 4 ans + deux postdocs à l’étranger + concours maître de conf’”), mais ça n’est pas votre cas...
Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants.
Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous...
