Didacticiel :
Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique

Vous ne connaissez pas le Hi-C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article.
 
Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi-C) pour diverses raisons. Par amusement (on va le dire ainsi), j'ai joué avec les échelles de couleur afin d’étudier l'impact sur les images obtenues...

Suivez l'guide :
Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey

Vous venez de terminer votre analyse bio-informatique. Pour cette dernière, vous avez réalisé un script qui pour l'instant, il faut le dire, n'est pas du tout réutilisable par une tierce personne. Même vous dans 6 mois vous n'êtes pas sûr de vous souvenir de ce que vous avez fait. Pourtant, l'un des intérêts de la programmation est de pouvoir répéter des calculs de manière automatique. Par conséquent, ce serait pratique de rendre votre script un peu plus souple afin de ne pas devoir modifier son code source à chaque fois qu'un paramètre de votre analyse change...

Didacticiel :
Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé.
Aujourd’hui, nous allons voir rapidement ce qu’est une régression (linéaire ou quadratique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos données.
Ne vous êtes-vous jamais demandé comment en apprendre plus sur vos données, comment savoir quel paramètre est le plus important ou plus simplement s’il est possible « de faire une belle ligne sur mon graphique » ?
Non ? Ah… et bien merci à bientôt...

Découverte :
Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

CC-BY Jonathan Sobel
Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe.  De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant votre compte vous pourrez avoir un accès direct à toutes ces personnes (en tant que suiveur) et vous pourrez leur poser des questions au moyen de messages directs (DM)...

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Non il ne s'agit pas d'enrichissement d'uranium ! (U.S. Department of Energy, Domaine Public)
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques)...

Actualité :
Ecole doctorale Française en Bio-informatique: Les dates à ne pas manquer

En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande partie des cas candidater à une école doctorale. Ces écoles, souvent assignées à une ville ou à une région, ont chacune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous proposons ici une liste des dates à ne pas manquer pour s'inscrire à certaines d'entre elles.
Nous sommes la pour vous guider!Image de Stewart Black (CC BY)
/!\ : Les dates présentées ici sont celles de l'année 2015 à condition que le site web associé à l'école soit à jour...

Découverte :
iPath partout !

Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains.
Logo officiel d'iPath2.0
Présentation de l'outil
iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.

Suivez l'guide :
Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

Hadley Wickham signed his book "ggplot2" in my iPad | H. Okumura
Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite grandement la manipulation des données et permet également leur représentation de multiples façons. Malgré le potentiel de R, ce dernier est souvent sous-exploité à cause d’une syntaxe parfois trop complexe...

Suivez l'guide :
BLAST en pratique

Alignement de séquences avec BLAST
Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :

Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...