Catégorie : Suivez l'guide
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Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D
Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D. Cet article…
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#JOBIM2018 : une étude de réseau
Bonjour à tou·te·s ! Comme une partie de la communauté bioinformatique française, et probablement du lectorat de ce blog, je me suis rendu à la 19è édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Marseille, au Palais du Pharo, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le…
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Créez vos documents collaboratifs en LaTeX
Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie ! Un petit peu de contexte Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et…
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Pimp my workstation : avoir le terminal le plus classe du bureau !
Mise en place de zsh et d'un dossier .dotfiles Introduction Qu'est-ce que c'est que zsh ? Il s'agit (comme nous indique aimablement sa page Wikipédia) d'un shell unix. En gros, il s'agit d'un remplaçant potentiel pour votre vénérable interpréteur bash. Mais pourquoi se casser le beignet à installer zsh, alors que j'ai déjà bash ? zsh…
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Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2
Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des…
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Eh toi ! rev_comp, tu l'écris comment ?
Écrire un algorithme de rev_comp ou complément inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est devenu un classique des cours d'algorithmique en étude de bioinformatique, c'est un algorithme simple mais qui demande de savoir utiliser les structures de contrôle de base. À la fois un bon exercice pratique et pédagogique, doit-il cependant rester implémenté comme…
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dplyr et le génome humain
Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appliquer (apply) des fonctions. Donc, dplyr (prononcez “diplir”), c’est un package R, pour appliquer des fonctions à un tableau de données. Et ça,…
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LaTeX : le premier document !
On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à…
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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique
Vous ne connaissez pas le Hi‑C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi‑C) pour diverses…