Catégorie : Suivez l'guide
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Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?
Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible. Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi‑C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au…
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Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants !
Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage… Viens par ici… Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire… TOI ! Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore…
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La data visualisation sans aucune compétence en programmation (et en graphisme)
Aujourd'hui, la visualisation des données est une chose qui est complètement intégrée dans notre quotidien. Que cela soit dans notre vie de tous les jours ou dans notre univers professionnel. Pas un jour ne passe sans que nous soyons confrontés à une représentation visuelle d'une enquête, d'un sondage, d'une succession d'événements chronologiques ou non. C'est…
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Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D
Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D. Cet article…
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#JOBIM2018 : une étude de réseau
Comme une partie de la communauté bioinformatique française, et probablement du lectorat de ce blog, je me suis rendu à la 19è édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Marseille, au Palais du Pharo, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le contenu scientifique, voilà…
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Créez vos documents collaboratifs en LaTeX
Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie ! Un petit peu de contexte Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et…