Actualité :
Ecole doctorale Française en Bio-informatique: Les dates à ne pas manquer

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En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande partie des cas candidater à une école doctorale. Ces écoles, souvent assignées à une ville ou à une région, ont chacune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous proposons ici une liste des dates à ne pas manquer pour s'inscrire à certaines d'entre elles.
Nous sommes la pour vous guider!Image de Stewart Black (CC BY)
/!\ : Les dates présentées ici sont celles de l'année 2015 à condition que le site web associé à l'école soit à jour...

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Découverte :
iPath partout !

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Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains.
Logo officiel d'iPath2.0
Présentation de l'outil
iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.

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Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

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Hadley Wickham signed his book "ggplot2" in my iPad | H. Okumura
Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite grandement la manipulation des données et permet également leur représentation de multiples façons. Malgré le potentiel de R, ce dernier est souvent sous-exploité à cause d’une syntaxe parfois trop complexe...

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BLAST en pratique

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Alignement de séquences avec BLAST
Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :

Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...

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Tests Statistiques : suivez l'guide

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Introduction : Pourquoi des tests statistiques ?
Ne vous laissez pas submerger par les chiffres | Auteur Gerd Altmann licence CC0
Les tests statistiques sont de puissants outils d’aide à la décision pour le chercheur, qui lui permettent de vérifier des hypothèses expérimentales, avec un certain seuil de probabilité. Ces tests sont simples à appliquer, mais parfois moins simples à comprendre...

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Suivez l'guide :
Suivez le guide : en quête de HMM

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Hidden Markov Model | licence Wikipedia
Bases Théoriques :
Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions initiales et une matrice de transition...

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Découverte :
Jouez avec vos données : utilisez un ORM

Découverte, Suivez l'guide 3

Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données.
Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de commande c'est sympa pour des choses simples et/ou rapides, mais dès que vous voulez plus de complexité, il devient difficile de travailler sans un langage de plus haut niveau...

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Astuce :
SQLite

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Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que ce soit: simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l'inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public...

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Suivez l'guide :
Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

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Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait.
Aujourd’hui le but est de s’approcher de la biologie et de traiter d’un cas concret. Nous avons des données de différents éléments fonctionnels du génome de D. melanogaster et leurs proportions de conservation et de contrainte évolutive...

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