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BLAST en pratique

Alignement de séquences avec BLAST
Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :

Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...

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Tests Statistiques : suivez l'guide

Introduction : Pourquoi des tests statistiques ?
Ne vous laissez pas submerger par les chiffres | Auteur Gerd Altmann licence CC0
Les tests statistiques sont de puissants outils d’aide à la décision pour le chercheur, qui lui permettent de vérifier des hypothèses expérimentales, avec un certain seuil de probabilité. Ces tests sont simples à appliquer, mais parfois moins simples à comprendre...

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Suivez le guide : en quête de HMM

Hidden Markov Model | licence Wikipedia
Bases Théoriques :
Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions initiales et une matrice de transition...

Découverte :
Jouez avec vos données : utilisez un ORM

Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données.
Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de commande c'est sympa pour des choses simples et/ou rapides, mais dès que vous voulez plus de complexité, il devient difficile de travailler sans un langage de plus haut niveau...

Astuce :
SQLite

Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que ce soit: simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l'inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public...

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Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait.
Aujourd’hui le but est de s’approcher de la biologie et de traiter d’un cas concret. Nous avons des données de différents éléments fonctionnels du génome de D. melanogaster et leurs proportions de conservation et de contrainte évolutive...

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Cours de R pour débutant pressé (introduction)

Bonjour à tous !
Aujourd’hui, je vous propose un premier petit cours/tutoriel de niveau « débutant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques graphiques avec R et vous la péter devant vos collègues encore à grapher sous Excel.
Ce tutoriel s’adresse aux gens qui n’ont jamais codé, qui ne connaissent pas grand-chose à la programmation et qui sont avides de savoir/pouvoir (les deux choses étant liées)...