Catégorie : Suivez l'guide
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LaTeX : le premier document !
On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à…
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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique
Vous ne connaissez pas le Hi‑C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi‑C) pour diverses raisons.…
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Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey
Vous venez de terminer votre analyse bio-informatique. Pour cette dernière, vous avez réalisé un script qui pour l'instant, il faut le dire, n'est pas du tout réutilisable par une tierce personne. Même vous dans 6 mois vous n'êtes pas sûr de vous souvenir de ce que vous avez fait. Pourtant, l'un des intérêts de la…
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Cours de R pour débutant pressé : les régressions !
Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé. Aujourd’hui, nous allons voir rapidement ce qu’est une régression (linéaire ou quadratique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos données. Ne vous êtes-vous jamais demandé comment en apprendre plus sur vos données, comment…
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Twitter, arme de communication massive et outil scientifique
Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe. De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant…
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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses de ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du…
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Ecole doctorale Française en Bio-informatique : Les dates à ne pas manquer
En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande partie des cas candidater à une école doctorale. Ces écoles, souvent assignées à une ville ou à une région, ont chacune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous proposons ici une liste des dates à ne pas manquer pour…
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iPath partout !
Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.