Archives par tags: R

Découverte :
Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

Comment je me suis posé la question.
Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins élevés, et qui sont marqués différentiellement par un certain nombre de marques épigénétiques (méthylation de l'ADN, modifications post-traductionnelles des histones, variants d'histones, etc.). Il est fréquent d'essayer de corréler le niveau d'expression des gènes avec la présence ou l'absence d'une marque épigénétique à proximité des sites d’initiations de la transcription (raccourcis en TSS, pour transcription start sites)...

Astuce :
Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

Pour des raisons de reproduction de la science, il est important de conserver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordinateur. Pour cela, faire des rapports est la meilleure manière que je connaisse qui permette d'inclure le code et les résultats d'une analyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà vu dans un article précédant que les rapports Rmarkdown étaient une très bonne solution...

Didacticiel :
Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires.
Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en faut ! Les éléments répétés sont en fait bien plus majoritaires...

Astuce :
Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent...

Didacticiel :
Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

Qui ne s'est jamais retrouvé coincé entre deux projets R utilisant deux versions différentes d'un même package ?
Qui n'a jamais eu cette idée folle, un jour d'inventer un cas d'école (via R) qu'il souhaitait partager ?
Qui n'a jamais eu à chercher quelle version de package est nécessaire avec un code récupéré d'un collègue pour qu'il fonctionne comme celui du dit collègue ?
Qui n'a jamais installé nombre de packages dans sa librairie pour divers projets et n'a jamais osé les désinstaller par peur que des projets ne fonctionnent plus ?
Qui n'a jamais mis à jour un package dans un projet pour qu'il fonctionne, et ainsi cessé de faire fonctionner un autre projet ?
Qui n'a jamais mis à jour par erreur un package et involontairement TOUTES ses dépendances avec la même conséquence que ci-dessus ?

 
Je vais m'arrêter là, je pense que vous avez compris que la gestion de packages sous R est une source d'erreurs faciles...

Suivez l'guide :
dplyr et le génome humain

Introduction
Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appliquer (apply) des fonctions. Donc, dplyr (prononcez “diplir”), c’est un package R, pour appliquer des fonctions à un tableau de données.
Et ça, mes amis, c'est super cool.
Rendez-vous service : imprimez immédiatement cette feuille d’astuces le concernant (pdf, 0...

Astuce :
C'est l'enfeR.

Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls, en toute objectivité.
Et pourtant R est universellement reconnu comme étant un langage de programmation ésotérique...

Didacticiel :
Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé.
Aujourd’hui, nous allons voir rapidement ce qu’est une régression (linéaire ou quadratique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos données.
Ne vous êtes-vous jamais demandé comment en apprendre plus sur vos données, comment savoir quel paramètre est le plus important ou plus simplement s’il est possible « de faire une belle ligne sur mon graphique » ?
Non ? Ah… et bien merci à bientôt...

Découverte :
Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe.  De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant votre compte vous pourrez avoir un accès direct à toutes ces personnes (en tant que suiveur) et vous pourrez leur poser des questions au moyen de messages directs (DM)...

Actualité :
La bière décodée dans un Hackuarium

Vous aimez la bière et la science ? Vous voulez connaître la composition de votre mousse favorite ? Vous avez envie de goûter de nouvelles bières proches de celles que vous connaissez, ou complètement différentes ?
Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bioinformatique dans les laboratoires citoyens. Aujourd'hui, un projet sympathique de séquençage et d’analyse biochimique voit le jour à Renens (Suisse, VD)...