- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : Génomique

  • La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

    La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

    Introduction En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la pre­mière carte mon­diale de la diver­si­té géné­tique des pois­sons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un ins­tru­ment impor­tant pour la pré­ser­va­tion des espèces. Cette pre­mière carte est publiée dans la revue Nature Com­mu­ni­ca­tions. Comme j’ai réa­li­sé l’ensemble des ana­lyses bio-infor­ma­tiques, je me suis…

  • Génomique des paysages

    Génomique des paysages

    Introduction « Géno­mique des pay­sages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une dis­ci­pline scien­ti­fique qui a connu une expan­sion ful­gu­rante au cours de la der­nière décen­nie. Les enjeux envi­ron­ne­men­taux et de conver­sa­tion actuels ont ren­dus pres­sante la néces­si­té de mieux com­prendre et décrire les espèces…

  • Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

    Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

    Le cinquième va vous étonner ! Introduction : l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, com­pa­ré à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien com­pris aujourd'hui. C'est notam­ment grâce aux tra­vaux des bio­lo­gistes Lin­da B. Buck et Richard Axel, récom­pen­sés par…

  • Introduction à l'analyse des SNPs

    Introduction à l'analyse des SNPs

    Introduction Un SNP (Single Nucleo­tid Poly­mor­phism) est la muta­tion d'un seul nucléo­tide à une posi­tion don­née, entre indi­vi­dus d'une même popu­la­tion. Ces sub­sti­tu­tions ponc­tuelles per­mettent d'identifier des sous-popu­la­tions. Vous avez sûre­ment étu­dié en cours l'exemple de la dré­pa­no­cy­tose, une mala­die cau­sée par la muta­tion ponc­tuelle d'un gène. L'origine de cette mala­die géné­tique peut être obser­vée en…

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • Hi‑C : Quelques bases

    Hi‑C : Quelques bases

    Aujourd'hui on va décou­vrir ensemble une des petites der­nières dans la famille des tech­niques hauts débits : le High Chro­mo­some Contact map (Hi C)[1] . Reve­nons sur quelques bases : un gène ne pour­ra être expri­mé que si l'ADN qui le code est déplié. Par consé­quent les régions dans les­quelles les gènes ne sont pas expri­més sont…

  • De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

    De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

    Un génome, c'est quoi ? Avant de plon­ger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons par­ler de séquen­çage de génome. Pour les notions sur le séquen­çage je vous redi­rige vers cet excellent article et pour le génome on va par­tir d'une défi­ni­tion simple et effi­cace : il s'agit de l'ensemble…