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JOBIM 2015 : le bilan

Les Jour­nées Ouvertes Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques ver­sion 2015, orga­ni­sées par l'Université d'Auvergne, se sont dérou­lées au Poly­dôme de Cler­mont-Fer­rand du 6 au 9 juillet. Cette confé­rence était l'occasion de ras­sem­bler les com­mu­nau­tés de diverses dis­ci­plines, dont la bio­in­for­ma­tique, la bio­ma­thé­ma­tique et les bio­sta­tis­tiques. Les dif­fé­rents thèmes abor­dés étaient regrou­pés en ses­sions, cha­cune arti­cu­lée autour d'un invi­té d'honneur.

Le Polydôme de Clermont-Ferrand (CC-BY bioinfo-fr.net)
Le Poly­dôme de Cler­mont-Fer­rand (CC-BY bioin​fo​-fr​.net)

Les réac­tions des par­ti­ci­pants étaient dis­po­nibles tout au long de la confé­rence sur Twit­ter grâce au mot-dièse #JOBIM2015. Et pour ceux n'ayant pas pu y assis­ter, nous reve­nons ici suc­cinc­te­ment sur les onze thé­ma­tiques abor­dées lors de cette 16ème édi­tion des JOBIM.

Un point infor­ma­tions en vrac avant de débu­ter le résu­mé des dif­fé­rentes pré­sen­ta­tions : cette année nous étions 382 par­ti­ci­pants. L'équipe char­gée de l'organisation s'articulant autour du maître de céré­mo­nie, Phil­lipe Leroy et son vuvu­ze­la, s'en est par­fai­te­ment bien sor­tie, encore un grand bra­vo à elle pour cela.

Atten­tion ! Ça va com­men­cer ! Pho­to JOBIM2015

Dès notre arri­vée nous nous sommes vu remettre nos badges d'accès ain­si qu'un sym­pa­thique pack de bien­ve­nue com­po­sé :

  • d'un poin­teur laser (aucun cas de céci­té visuelle n'a été décla­rée au cours de la confé­rence)
  • d'un sty­lo-USB siglé "JOBIM2015"
  • d'une bou­teille de Vol­vic impor­tée du (ou des­ti­née au) Japon
  • de deux poly­co­piés repre­nant les dif­fé­rents résu­més des confé­rences et pos­ters pré­sen­tés
  • d'un ticket de trans­port cou­vrant les dates de la confé­rence
  • d'un flyer publi­ci­taire pour JeBiF
  • d'un sac besace lui aus­si siglé "JOBIM2015".
Welcome pack JOBIM2015 (CC-BY bioinfo-fr.net)
Wel­come pack JOBIM2015 (CC-BY bioin​fo​-fr​.net)

 

Workshop JeBiF

JOBIM a débu­té cette année avec le work­shop orga­ni­sé par l'asso­cia­tion des Jeunes Bio­in­for­ma­ti­ciens de France (JeBiF — RSG France) qui avait lieu le dimanche 5 juillet après-midi et le lun­di 6 juillet matin. Les 65 par­ti­ci­pants ont été accueillis avec un wel­come pack, moins four­ni que celui de JOBIM puisqu'il conte­nait sim­ple­ment le pro­gramme et un badge aux cou­leurs de l'association (on me glisse d'ailleurs dans l'oreille que le badge a fait un petit effet et qu'il se pour­rait que d'autres reprennent l'idée).

Badge JeBiF distribué aux participants du workshop de l'association à JOBIM2015
Badge JeBiF dis­tri­bué aux par­ti­ci­pants du work­shop de l'association à JOBIM2015 (Copy­right JeBiF — RSG France /​ Julien Fumey)

Durant ce work­shop il a été ques­tion d'emplois en bio­in­for­ma­tique. Le work­shop a pris la forme de quatre tables rondes thé­ma­tiques où deux à trois inter­ve­nants répon­daient aux ques­tions des par­ti­ci­pants. Les thèmes abor­dés étaient :

  • "la bio­in­for­ma­tique dans le public et dans le pri­vé"
  • "la bio­in­for­ma­tique à l'étranger"
  • "la bio­in­for­ma­tique dans le domaine médi­cal"
  • "l'importance du réseau pro­fes­sion­nel"

À cela se sont ajou­tées une pré­sen­ta­tion de  l'entreprise de ser­vices en bio­in­for­ma­tique GenoS­plice et de l'Institut de Recherche Tech­no­lo­gique BIOASTER. Les for­ma­tions bioin­fo en Auvergne (Mas­ter de Cler­mont-Fer­rand et DUT d'Aurillac), ain­si que bioin​fo​-fr​.net (oui oui, ça c'est nous !) ont éga­le­ment pu être pré­sen­tés aux par­ti­ci­pants de ce work­shop.

Le workshop JeBiF - CC BY-SA-NC JeBiF
Le work­shop JeBiF — CC BY-SA-NC JeBiF

1er jour

La pre­mière après-midi a débu­té avec la ses­sion "Bio­chi­mie, Bio­lo­gie struc­tu­rale & Bio­in­for­ma­tique Struc­tu­rale". C'est Chris­tine ORENGO de l'University Col­lege Lon­don (UCL) qui a débu­té en nous pro­po­sant une pré­sen­ta­tion autour de l'étude de l'évolution des fonc­tions pro­téiques. En plus de son tra­vail, elle nous a pré­sen­té  Fun­Tree qu'elle a pour habi­tude d'utiliser dans ses tra­vaux.

Puis vint le tour d'Hamed Khak­zad de l'Iran Uni­ver­si­ty of Science and Tech­no­lo­gie qui nous pré­sen­ta sa méthode d'optimisation de pré­dic­tion des struc­tures pro­téiques en pas­sant par le GPU (on note­ra qu'il arrive au final grâce à ça à opti­mi­ser ses vitesses de pré­dic­tion d'un fac­teur 34). Isaure Chau­vot de Beau­chene de la Tech­ni­cal Uni­ver­si­ty Munich a super­be­ment enchaî­né (et rem­por­té par la suite le concours de la meilleure pré­sen­ta­tion orale !) en nous décri­vant ses tra­vaux de modé­li­sa­tion des jonc­tions ARN-pro­teine. On se sou­vient tout par­ti­cu­liè­re­ment de sa méta­phore si bien trou­vée : un Gas­ton Lagaffe (sym­bo­li­sant une pro­téine pas très flexible) por­tant son double en latex (sym­bo­li­sant un ARN très flexible). Isaure a, entre autre, déve­lop­pé un moyen de pré­dire très pré­ci­sé­ment où se situe­ra la jonc­tion entre l'ARN et la pro­téine.

Seyed Ziaed­din Albor­zi eut la lourde tâche de suc­cé­der à cette très belle pré­sen­ta­tion. Sa nou­velle méthode sta­tis­tique mise au point et bap­ti­sée EC-PSI est capable de trou­ver les nomen­cla­ture EC rela­tifs à des domaines Pfams d'une manière 6 fois plus rapide que ce qui existe à l'heure actuelle.

Enfin, c'est Mar­co Pasi de l'Université Lyon1 qui ter­mi­na cette ses­sion autour d'une pré­sen­ta­tion inti­tu­lée "Sequence deter­mines the struc­ture and micro­se­cond-scale dyna­mics of B‑DNA and its bound cations", tout est dans le titre ! Pour les curieux, Mar­co Pasi tra­vaille sur les spé­ci­fi­ci­tés ADN-fac­teur de trans­crip­tion en uti­li­sant un "second code géné­tique". Il uti­lise la flexi­bi­li­té de l'ADN et la dyna­mique de son sque­lette pour amé­lio­rer les modèles de fixa­tion des fac­teurs de trans­crip­tion en uti­li­sant deux matrices, une clas­sique de séquence et une seconde, phy­sique repré­sen­tant la struc­ture de l'ADN.

 

La fin de l'après-midi était quant à elle dédiée à une ses­sion "Évo­lu­tion, Phy­lo­gé­nie & Paléo­gé­no­mique". Le key­note spea­ker de cette ses­sion n'était autre que Ziheng Yang de l'University Col­lege Lon­don qui nous a fait une pré­sen­ta­tion sur com­ment faire des titres de dia­po­si­tives très très très long esti­mer le temps de diver­gence entre dif­fé­rentes espèces en com­bi­nant des don­nées molé­cu­laires avec des don­nées paléon­to­lo­giques (des fos­siles).

Puis ce fut au tour d'Elo­die Cas­san de l'Université de Mont­pel­lier de nous pré­sen­ter ses tra­vaux s'axant autour de l'étude de l’évolution d'une par­tie du com­plexe HIV‑1 M. Et c'est Ble­ri­na Sinai­me­ri de l'INRIA Gre­noble qui nous pré­sen­ta ensuite COALA (non, il n'y a pas de faute), son logi­ciel mai­son qui lui per­met de mieux pré­dire l'histoire et l'évolution des asso­cia­tions hôte-para­site à par­tir d'une méthode Bayé­sienne approxi­ma­tive.

Après cette sym­pa­thique pré­sen­ta­tion, c'est Gabriel Mar­kov qui nous fit l'honneur de nous intro­duire ses tra­vaux autour des dif­fé­rentes familles de néma­todes et de l'étude de l'orthologie exis­tante entre elles. On a pu consta­ter que le pro­blème était plu­tôt com­plexe et que de nom­breuses choses res­tent encore à décou­vrir dans le domaine.

Cette pre­mière jour­née déjà riche en infor­ma­tions scien­ti­fiques s'est ter­mi­née avec des annonces diverses. La pre­mière annonce, par Chris­toph Gru­nau, concer­nait le Réseau Thé­ma­tique Plu­ri­dis­ci­pli­naire "Épi­gé­né­tique en Éco­lo­gie et Évo­lu­tion" (RTP-3E). Domi­nique Joly nous a ensuite pré­sen­té le nou­veau Grou­pe­ment de Recherche en géno­mique envi­ron­ne­men­tale.

Venait ensuite Julien Fumey pour pré­sen­ter JeBiF, et enfin Yoann Mous­caz pour pré­sen­ter bioin​fo​-fr​.net (et oui, c'est encore nous ! On a bien fait notre pub !).

 

2ème Jour

Ce deuxième jour a débu­té avec la troi­sième ses­sion "Orga­ni­sa­tion et expres­sion des génomes". C'est Sté­phane Rom­bauts du VIB (Bel­gique) qui a com­men­cé en nous pré­sen­tant son pro­chain gros chal­lenge : le séquen­çage, l'assemblage et l'annotation des génomes com­plexes. Sa pré­sen­ta­tion, très bien fice­lée de bout en bout, nous a per­mis de (re)découvrir l'évolution du séquen­çage (tech­niques, machines, coûts). Puis d'entrevoir les nou­velles tech­no­lo­gies en vogue du moment (PACBIO et MinION pour ne citer qu'eux) ain­si que quelques logi­ciels que Sté­phane uti­lise dans son tra­vail de tous les jours, comme EuGene par exemple.

Un séquenceur MinION et un minion - Photo Edwin Cupen
Un séquen­ceur MinION et… un minion — Pho­to Edwin Cup­pen

Jéré­my Tour­nayre, de l'Uni­té Mixte de Recherche sur les Her­bi­vores de l'INRA, nous a ensuite pré­sen­té Fat&MuscleDB. Cette base de don­nées est dédiée a regrou­per les don­nées pro­téiques et trans­crip­to­miques des tis­sus mus­cu­laires et adi­peux bovins à dif­fé­rents stades de déve­lop­pe­ment.

Ce fut ensuite au tour d'Alexandre Cor­mier, de la Sta­tion Bio­lo­gique de Ros­coff (CNRS/​UPMC), d'exposer son tra­vail, rela­tif à la dif­fé­rence d'expression des gènes en fonc­tion du sexe de l'individu. Cette étude, cen­trée sur l'algue brune Ecto­car­pus,  mesure éga­le­ment les taux d'évolution de ces gènes, par com­pa­rai­son des don­nées trans­crip­to­miques de leurs ortho­logues, dont l'assemblage a été réa­li­sé de novo via Tri­ni­ty. Il a ici été mis en avant l'importance de l'association de dif­fé­rentes tech­niques bio­in­for­ma­tiques dans la réso­lu­tion de ques­tions d'ordre bio­lo­gique.

Fré­dé­ric Chou­let, de l'INRA et Uni­ver­si­té Blaise Pas­cal (UBP), a ensuite clos cette ses­sion en nous dévoi­lant la créa­tion de la pre­mière séquence de réfé­rence du plus long chro­mo­some du génome du blé tendre. Cette avan­cée ouvre la porte au séquen­çage com­plet  de ce génome, d'un inté­rêt majeur pour l'industrie agro­no­mique. Il en pro­fite pour citer quelques outils faits mai­son tels que Cla­riTE et Cla­ri­TE­Rep que nous vous invi­tons éga­le­ment à décou­vrir sur ce dépôt.

La ses­sion sui­vante était une ses­sion "spé­ciale invi­tés", en d'autres termes : c'était du lourd. Tho­mas Wal­ter de l'Institut Curie a ouvert le bal en nous pré­sen­tant son domaine : le High Content Scree­ning (HCS). Cette tech­nique lui per­met entre autre de détec­ter les noyaux cel­lu­laire et de pou­voir ain­si obser­ver et fil­mer divers pro­ces­sus bio­lo­giques comme la divi­sion cel­lu­laire. Il pré­sen­ta ain­si ses outils de pré­di­lec­tion, dont Cell­Cog­ni­tion qui est un outil d'analyse d'image open-source. Tho­mas ter­mi­na sa pré­sen­ta­tion en intro­dui­sant le réseau France BioI­ma­ging.

Daniel Segrè de l'Université de Bos­ton prit la suite en nous pré­sen­tant ses tra­vaux autour du micro­biote des dents grâce à son logi­ciel mai­son COMETS, open-source lui aus­si. Grâce à ce logi­ciel, il est pos­sible de modé­li­ser dans le temps et l'espace l'évolution des dif­fé­rents microor­ga­nismes étu­diés. Il s’intéresse prin­ci­pa­le­ment aux flux et pré­sente ses résul­tats obte­nus grâce à la méthode de Flux Balance Ana­ly­sis (FBA).

Vint ensuite la main­te­nant tra­di­tion­nelle pré­sen­ta­tion de Jean-Fran­çois Gibrat (que nous avions inter­viewé il y a bien­tôt 3 ans) qui nous a décrit l'état de l'art de l'Ins­ti­tut Fran­çais de Bio­in­for­ma­tique (IFB). L'IFB est deve­nu le nœud fran­çais d'ELIXIR et ras­semble en tout 32 pla­te­formes dis­per­sées sur 6 centres régio­naux.

La force de frappe de l'IFB
La force de frappe de l'IFB

Cela nous a per­mis de consta­ter avec joie que l'IFB a su se fédé­rer au fil du temps et qu'il ne lui manque main­te­nant plus qu'à faire et à asseoir sa répu­ta­tion.

Nous avons par la suite sui­vi les ses­sions paral­lèles. Nous avons pu assis­ter à la pré­sen­ta­tion de Lucas Auer de l'Université de Tou­louse qui nous a par­lé de FROGS (Find Rapid­ly OTU with Galaxy Solu­tion). FROGS est un pipe­line dédié aux bio­lo­gistes, axé autour de Galaxy. Le pipe­line part de l'échantillon bio­lo­gique, passe par les fichiers bruts pour arri­ver à des tables d'abondance. Plus d'informations sur FROGS ici.

Puis c'est Bryan Bran­cotte qui a enchaî­né avec son outil : ConQuR-Bio. Ce der­nier, à décou­vrir de toute urgence, per­met d'interroger les bases de don­nées du NCBI en pro­dui­sant toutes les refor­mu­la­tions pos­sibles et ima­gi­nables afin d'amener des réponses triées. Bryan nous a même fait remar­quer que son outil don­nait 44% de "meilleurs résul­tats" que le NCBI lui-même. Cha­peau !

Pen­dant ce temps, dans une autre ses­sion paral­lèle, Jacques Van Hel­den et Mor­gane Tho­mas-Chol­lier nous ont pré­sen­té leur ensemble d'outils RSAT (Regu­la­to­ry Sequence Ana­ly­sis Tools), qui per­met au même titre que la suite MEME, plus connue, de décou­vrir des motifs dans des jeux de séquences. Ils nous ont éga­le­ment pré­sen­té d'autres outils dis­po­nibles sur leur site web, un outil afin de hié­rar­chi­ser des motifs sous forme d'arbre ou encore pour faire de la géno­mique com­pa­ra­tive dans la recherche de motifs au sein d'orthologues. Ensuite c'est Laurent Bul­teau et son outil DINGHY (Dyna­mic Inter­ac­tive Navi­ga­tor for Gene­ral Hyper­graphs in Bio­lo­gy) qui ont pro­lon­gé cette ses­sion. Son outil per­met de visua­li­ser des hyper­graphes de réac­tions méta­bo­liques très faci­le­ment. A noter qu'il est pos­sible de visua­li­ser d'autres types de don­nées.

L'après-midi était consa­crée à la "métho­do­lo­gie pour l'analyse des séquences et des don­nées omiques".

Antho­ny Cox, de l'équipe Illu­mi­na de Cam­bridge, débute en nous infor­mant sur les nou­velles méthodes à dis­po­si­tion pour mani­pu­ler effi­ca­ce­ment des mil­liers de génomes humains. Le logi­ciel BEETL-fastq per­met ain­si de com­pres­ser et d'indexer des séquences de for­mat fastq, per­met­tant un gain notable d'espace disque ain­si qu'un accès plus rapide aux don­nées, tout en conser­vant les spé­ci­fi­ci­tés du for­mat.

Vint le tour d'Ayme­ric Antoine-Lor­quin de l'IRISA (Uni­ver­si­té de Rennes), qui nous par­la de fac­teurs de trans­crip­tion et de la décou­verte de leur motif de fixa­tion sur l'ADN en uti­li­sant les expres­sions régu­lières au lieu des clas­siques matrices de comp­tage.

Puis c'est Mathilde Le Bou­dic-Jamin (contri­bu­trice du blog) éga­le­ment de l'IRISA, qui nous pré­sen­ta son outil de détec­tion des répé­ti­tions de struc­tures dans les pro­téines : Kunoi­chi. Pour la petite his­toire, Mathilde a nom­mé tous ses pro­grammes mai­son avec un nom de samou­raï. Vous pou­vez vous essayer à Kunoi­chi (et ses amis) en contac­tant direc­te­ment Mathilde et ses col­lègues.

Mor­gane Tho­mas-Chol­lier de l'Ins­ti­tut de Bio­lo­gie de l'ENS revint sur scène et nous par­la ensuite d'ExoProfiler, une méthode pour ana­ly­ser des don­nées de ChIP-exo, beau­coup plus pré­cise sur le posi­tion­ne­ments des fac­teurs de trans­crip­tion sur l'ADN. Elle nous par­la notam­ment de la dif­fé­rence de com­por­te­ment des frag­ments d'ADN séquen­cés dans le cas de dimères de fac­teurs (qu'ils soient homo- ou  hété­ro-).

Et ce fut Nico­las Ter­ra­pon du Labo­ra­toire Archi­tec­ture et Fonc­tions des Macro­mo­lé­cules Bio­lo­gique (CNRS/​Univ. Aix Mar­seille) qui eut la lourde tache de clô­tu­rer les pré­sen­ta­tions scien­ti­fiques de cette deuxième jour­née. Nico­las nous a pré­sen­té la base de don­né CAZY qui existe depuis 1998. CAZY pour Car­bo­hy­drate-Active enZYme modules. Ses tra­vaux portent sur le micro­biote de l'intestin humain et les com­plexes poly­sac­cha­rides s'y trou­vant. Il s'intèresse à la manière dont ce micro­biote casse les com­plexes poly­sac­cha­ri­diques. Pour l'aider dans cette tache, il a déve­lop­pé avec son équipe une base de don­nées qui est acces­sible dans CAZY : PULDB. Pour infor­ma­tion, PUL signi­fie Poly­sac­cha­ride Uti­li­za­tion Locus.

La jour­née s'est ter­mi­née par la pré­sen­ta­tion de l'IUT de bio­in­for­ma­tique d'Aurillac et du mas­ter Bioin­fo de l'Université Blaise Pas­cal de Cler­mont-Fer­rand.

3ème jour

 

Ce troi­sième jour débu­ta avec la sixième ses­sion plé­nière inti­tu­lée "Métao­miques & Géno­mique envi­ron­ne­men­tale". Rob Finn de l'EBI nous par­la d'analyses taxo­no­miques au sein d'un méta­gé­nome, en uti­li­sant les ARNr 16S. Il nous pré­sen­ta éga­le­ment la pla­te­forme ENA que l'EBI a mis en place pour l'archivage et l'analyse de don­nées méta­gé­no­miques.

Guy Per­rière du Labo­ra­toire de Bio­mé­trie et Bio­lo­gie Évo­lu­tive de Lyon nous pré­sen­ta ensuite RecS­tat, package R per­met­tant de pré­dire la posi­tion des CDS en uti­li­sant une ana­lyse de cor­res­pon­dance sur des don­nées de méta­gé­no­miques. Pour la petite his­toire RecS­tat date de 1987 et était ini­tia­le­ment codé en For­tran. Guy nous a fait une rapide revue de toute sa boite à outils logi­ciels pour ses ana­lyses en nous ame­nant gen­ti­ment à la conclu­sion que bien que très ancien ori­gi­nel­le­ment, RecS­tat était encore aujourd'hui celui qui s'en sor­tait le mieux, même avec l'arrivée de petits nou­veaux.

Guy Perrière compare RecStat aux petits jeunes
Guy Per­rière com­pare RecS­tat aux petits jeunes

Puis Faou­zi Jazi­ri de l'Université d'Auvergne à Cler­mont-Fer­rand pris la suite avec son logi­ciel mai­son : Phy­lIn­ter­pret déve­lop­pé en C++ lui per­met­tant d'analyser des résul­tats issus d'analyses de bio­puces.

La ses­sion sui­vante était dédiée à la Bio­lo­gie trans­la­tion­nelle et à la phar­ma­co­gé­no­mique. Cette ses­sion a débu­té avec une très très longue pré­sen­ta­tion de Ana Cone­sa de l'Université Prin­cipe Felipe en Espagne sur l'état de l'art dans les ana­lyses omiques en géné­ral et mul­ti-omiques en par­ti­cu­lier. Un cer­tain nombre d'outils ont été pré­sen­tés, à uti­li­ser en fonc­tion de type de don­nées, et du nombre de fea­tures uti­li­sés dans l'analyse : omics fusion, tcal­Net­works, MetA­na­ly­sis Com­bine, Holi­sO­mics, Pain­tO­mics, mul­tio­nics­trees, Pair­wise Time­Course Ana­ly­sis et Path­way Net­work Ana­ly­sis, pfiou ça en fait des outils à regar­der…
La dia­po­si­tive que l'on a beau­coup aimé dans la pré­sen­ta­tion d'Ana vous est offerte ci-des­sous :

Les omics, attra­pez les tous !

Lors des ses­sions paral­lèles qui ont sui­vi (et que nous avons choi­si de suivre), c'est Laurent Jour­dren qui a com­men­cé par nous intro­duire à son ges­tion­naire de work­flows en lignes de com­mande : Eoulsan2. Ce der­nier s'est même ris­qué à une live-demo, bra­vant avec cou­rage et triom­phant par la même occa­sion du célèbre effet Bonal­di ! L'outil à l'air sym­pa et nous vous encou­ra­geons à aller le décou­vrir pour ceux qui seraient ten­tés par la ges­tion de work­flows d'analyses NGS.

Puis ce fut Sté­phane Télét­chéa qui emboi­ta le pas avec DockN­mine, une appli­ca­tion web mai­son à base de Djan­go et de Web­GL per­met­tant de visua­li­ser et de com­pa­rer des inter­ac­tions entre des ligands et leurs cibles. Son déve­lop­pe­ment devrait prendre fin d'ici fin 2015 et sa mise en ligne devrait suivre dans ces eaux là. La pré­sen­ta­tion faite à lar­ge­ment suf­fit à nous don­ner l'eau à la bouche !

Et ce fut à Del­phine Stein­bach de l'INRA Ver­sailles à qui revint la lourde tâche de clô­tu­rer cette séance de ses­sions paral­lèles, elle nous pré­sen­ta GnpIS son sys­tème d'information conçu pour les don­nées géno­miques, géné­tiques et aus­si phé­no­ty­piques végé­tales. Puis vint GnpIS-Asso qui ame­na des fonc­tion­na­li­tés sup­plé­men­taires à l'outil. Nous vous conseillons d'aller le décou­vrir et l'essayer si vos études portent sur des végé­taux.

Dans une autre ses­sion paral­lèle Maga­li Ber­land nous a fait une démons­tra­tion avec METEOR et MetaO­Mi­neR pour l'analyse de bio­mar­queurs au sein de don­nées méta­gé­no­miques. Ensuite Béré­nice Batut (qui fait par­ti de nos auteurs) nous a pré­sen­té ASAIM, un pipe­line d'analyses méta­trans­crip­to­miques du micro­biote intes­ti­nal. Enfin, Alexan­dra Louis nous a pré­sen­té Geno­mi­cus un outils de visua­li­sa­tion d'arbre et de com­pa­rai­son phy­lo­gé­né­tique entre espèces proches. Un gros tra­vail a été fait sur la visua­li­sa­tion qui est très intui­tive et il est très facile de navi­guer sur le site. À noter que l'on peut visua­li­ser des com­pa­rai­sons de nom­breux génomes, récu­pé­rer une pré­dic­tion du génome des nœuds dans l'arbre, mais éga­le­ment com­pa­rer deux génomes entre eux. Je vous conseille d'aller faire un tour !

L'après-midi a com­men­cé avec l'Assemblée Géné­rale Ordi­naire de la Socié­té Fran­çaise de Bio­in­for­ma­tique (SFBI). Le bilan moral de la socié­té a été pré­sen­té par sa pré­si­dente Sophie Schbath. À noter que cette année, la SFBI fête ses 10 ans et que à cette occa­sion elle orga­nise un concours de logo afin de rafrai­chir son image. Un nou­veau site web devrait éga­le­ment arri­ver d'ici à la fin de l'année. Sté­phane Télet­chéa, tré­so­rier de la socié­té, a ensuite fait le bilan comp­table. Les deux bilans, moral et comp­table, ont été vali­dés à l'unanimité. L'assemblée géné­rale de la SFBI était éga­le­ment le moment de renou­ve­ler le bureau (qui est renou­ve­lé d'un tiers tous les ans). Les 3 sor­tants étaient Marie Cha­bert et Valen­tin Gui­gnon et Céline Bro­chier. Cette der­nière ne se repré­sen­tant pas, une place était vacante. Et c'est ain­si Julien Fumey qui a inté­gré le bureau de la SFBI (oui oui, celui qui est déjà pré­sident de JeBiF et rédac­teur dans ces colonnes. D'ailleurs, cela lui a valu le titre de deuxième tri­ploïde de l'histoire après Maga­li Michaut !).

La ses­sion "Épi­gé­né­tique et épi­gé­no­mique" débute avec Chris­toph Gru­nau de l'Université de Per­pi­gnan qui pré­sen­ta les enjeux des ana­lyses épi­gé­né­tiques sur l'environnement et l'évolution sur les orga­nismes non-modèles. Il nous a par­ta­gé son tra­vail sur le desi­gn d'expériences afin d'identifier des marques épi­gé­né­tiques.

Daniel Jost de l'Université de Gre­noble, conti­nua cette ses­sion en nous pré­sen­tant son tra­vail sur les inter­ac­tions entre les dif­fé­rents états de la chro­ma­tine qui influencent l'organisation au sein du noyau. Il répond ain­si à la ques­tion : com­ment une struc­ture 1D (Epi­ge­nome) déter­mine la struc­ture 3D (com­pac­tome) de l'ADN en repré­sen­tant la chro­ma­tine comme des blocs de copo­ly­mères.

Le soir du troi­sième jour était réser­vé pour la soi­rée de Gala, qui se dérou­lait cette année à Vul­ca­nia ! Après avoir vu un film en 5d (3d + pro­jec­tion d'eau + mou­ve­ment des sièges) dans lequel une vache était sau­vée d'une mort cer­taine pen­dant une érup­tion vol­ca­nique grâce à un treuil accro­ché à un héli­co­ptère venu spé­cia­le­ment pour elle (c'est beau!). À la suite de ce petit film, un cock­tail fut ser­vi pen­dant que de la musique était jouée par un… bagad (l'Auvergne, la Bre­tagne c'est un peu pareil de toute façon). Bon en fait il devait s'agir de folk­lore auver­gnat… Vint ensuite l'heure du repas (qui n'avait pas été oublié cette année, miracle !).

Notre merveilleux menu auvergnat
Notre mer­veilleux menu auver­gnat

Puis après le repas, le bagad revint et ini­tia ceux qui le sou­hai­taient à dif­fé­rentes danses auver­gnates bre­tonnes auver­gnates (oui en fait on ne sait vrai­ment pas). A noter que durant la soi­rée de gala, il y a éga­le­ment eu une tom­bo­la tru­quée avec à la clef : 10 clés USB d'une capa­ci­té de 64Go à gagner, un disque dur externe , ain­si qu'un iPad air 2. Bra­vo au bureau de la SFBI aux heu­reux gagnants !

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Les dan­seurs auver­gnats — Pho­to JOBIM 2015

4e Jour

Le qua­trième et der­nier jour fut dédié, pour les sur­vi­vants de la soi­rée de gala, aux "Ser­vices, res­sources & infra­struc­ture pour la bio­in­for­ma­tique". La ses­sion a com­men­cé avec Katha­ri­na Huber de l'University of East Anglia qui nous par­la de com­ment gérer des "big data" dans le domaine de l'évolution et qui pas­sa aus­si en revue des méthodes de recons­truc­tion de phy­lo­gé­nie.

Nico­las Dac­cord du CNRS d'Evry nous pré­sen­ta ensuite sa base de don­nées TopoI­Base conçue pour les ADN-topoi­so­me­rases de type IA et qui comp­tait à la date de la pré­sen­ta­tion envi­ron 1800 entrées uniques, prin­ci­pa­le­ment des bac­té­ries. Il a implé­men­té tout cela lors de son stage de fin d'étude.

Puis Vincent Hen­ry, de Stat­sAr­ray et du CHU /​ Uni­ver­si­té de Rouen, nous intro­dui­sit au très utile OMIC­tools : un work­flow pour l'étude de don­nées omiques, qui regroupe plus de 7 800 outils, réper­to­riés par tech­no­lo­gies et types d'analyse. Le petit plus d'OMICtools, c'est que les uti­li­sa­teurs des outils peuvent inter­agir avec les des­crip­tions et "avis" des dits outils et ain­si appor­ter une touche de frai­cheur.

C'est ensuite Méla­nie Pété­ra de l'INRA Cler­mont-Fer­rand qui fer­ma ces pré­sen­ta­tions scien­ti­fiques de JOBIM2015. Elle nous pré­sen­ta sa pla­te­forme en ligne qui héberge et four­nit des pipe­lines entiers dédiés à l'analyse de don­nées issues de la méta­bo­lo­mique. L'analyse pro­pre­ment dite va du pré-pro­ces­sing à l'annotation, en incluant les ana­lyses sta­tis­tiques. Cette mer­veilleuse pla­te­forme à décou­vrir sans plus attendre se nomme Workflow4Metabolomics (W4M pour les intimes).

Le pro­gramme scien­ti­fique de JOBIM 2015 se finis­sait là, mais quelques annonces eurent encore lieu, et notam­ment la plus impor­tante et la plus atten­due. Tout le monde était im-pa-tient (car non per­sonne ne le savait avant l'annonce, non non non) de savoir où aurait lieu JOBIM2016. Et ce sera… Ah par­don ! On nous signale qu'il y a eu les prix avant.

La SFBI avait donc orga­ni­sé un concours de la meilleur pré­sen­ta­tion orale et des deux meilleurs pos­ters. Comme annon­cé plus haut, le prix de la meilleure pré­sen­ta­tion orale fut rem­por­té par Isaure Chau­vot de Beau­chene et le prix des deux meilleurs pos­ters par Gaé­tan Benoit et Char­lie Pau­vert. Bra­vo à eux !

On nous signale éga­le­ment qu'un prix des plus gros fêtards aurait été remis à l'équipe du C3BI (Ins­ti­tut Pas­teur), mais cette info est encore à véri­fier…

Et ren­dez-vous à Lyon en juin 2016 pour la pro­chaine édi­tion de JOBIM que l'on espère aus­si réus­sie que cette édi­tion et avec un pro­gramme scien­ti­fique aus­si riche et pas­sion­nant.

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Pho­to de groupe des par­ti­ci­pants de l'édition 2015 — Pho­to JOBIM 2015

Twitter

Pour finir, nous vous pro­po­sons une petite ana­lyse des tweets publiés pen­dant la durée de la confé­rence, grâce au mot-dièse #JOBIM2015. On vou­lait vous en par­ler un peu plus que ça, mais il est impos­sible d'accéder aux tweets datés de plus de 30 jours (et cette par­tie de l'article a été écrite bien après cette limite). On remer­cie donc waque­teu pour les stats qu'il avait fait durant la confé­rence (le mec pré­voyant !).

Les tweetos au complet, ou presque, de cette édition de JOBIM2015
Les twee­tos au com­plet, ou presque, de cette édi­tion de #JOBIM2015

Et sans sur­prise, le plus gros twit­tos de cette édi­tion est… Oh bah c'est nous !

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Clas­se­ment des twit­tos par nombre de tweets

On donne ren­dez-vous l'année pro­chaine aux twit­tos à #JOBIM2016.

 

Mer­ci aux relec­teurs : Kum­qua­tum et Wocka

Cet article a été rédi­gé par Clem_​, Yoann M., m4rsu et LauGre.

Pour aller plus loin :

  • Les pdf des confé­rences + les enre­gis­tre­ments audio en for­mat MP3 sont ici
  • Les pos­ters sont ici
  • Les pho­tos et vidéos prises tout au long de la confé­rence sont ici et néces­site un login + mdp pour y accé­der



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