Découverte :
Mendeley: Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique.

Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques. Beaucoup d'entre eux. Or, les articles se présentant sous format PDF, distribué par des sources variées et ne répondant à quasiment aucun standard à part ceux qui définissent le formalisme de rédaction et de production, on se retrouve très vite avec une problématique de taille: "Mais comment ranger tout ça?"

Plusieurs logiciels existent afin de répondre à cette problématique. Parmi les plus connus, nous retrouvons Zotero, une extention pour Mozilla Firefox, qui a l'avantage d'être très souple et tout terrain, mais aussi d'être gratuit. Mais il faut utiliser Firefox, sinon il présente peu d'intérêt. (Une version standalone est disponible depuis le début de l'année mais n'existait pas encore au moment des faits.) On peut également y trouver des applications indépendantes, telles que EndNote et Papers, mais qui coûtent très cher (jusqu'à 305€ pour EndNote) et ne sont pas compatibles avec toutes les plate-formes. Si comme moi vous travaillez sous GNU/Linux, vous pouvez, vous aussi, passer votre chemin.

Logo Mendeley

J'ai néanmoins fait de nouvelles recherches, dans l'espoir de trouver quelque chose de nouveau. C'est là que je suis tombée sur Mendeley. Sans trop y croire, je vérifie les systèmes compatibles et, ô miracle, une version GNU/Linux est disponible! Je me alors lancée sans hésiter et ai commencé à tester la trouvaille. Je vais donc vous partager mes impressions, en prenant Papers pour comparaison, car c'est à ma connaissance l'alternative la plus répandue.

Première surprise: Mendeley est très orienté Cloud, avec un système de compte en ligne, de stockage distant et de synchronisation. De ce point de vue, je suis très tentée de le comparer à Evernote, dans la dynamique avouée de permettre le travail nomade, d'une machine à l'autre et d'une plate-forme à l'autre, en retrouvant toutes ses données à chaque fois. Papers, en revanche, assume parfaitement sa ressemblance avec iTunes, et implique un travail beaucoup plus local et associé à une machine unique. Bien entendu, l'un comme l'autre fournissent des outils de travail collaboratif et d'échange, ce qui est à mon avis et à l'heure actuelle la moindre des choses, mais Mendeley va plus loin en proposant un système d'annotations directement sur les documents: surligneur et notes à ancrer n'importe-où, en plus de métadonnées similaires à ce que Papers propose.

annotations

Mendeley sur plusieurs machines: On peut ici observer le résultat d'un travail d'annotation collaboratif sur un article
(cliquer pour agrandir)

Ma seconde surprise fut l'interface sur le site Internet de Mendeley. En plus de permettre d'accéder à l'intégralité de sa bibliothèque, rechercher des papiers par groupe d'intérêt ou mots clefs, et de construire un profil professionnel complet à la manière de LinkedIn, il propose un système de communication très similaire à Facebook où l'ont peut se créer un réseau de collègues et partager des informations sur un mur, que les collègues pourront "liker" et commenter.

Au cours de mes explorations, j'ai établi un petit tableau comparatif des deux logiciels, selon des catégories qui m'ont paru les plus pertinentes mais qui n'ont pas l'ambition d'être exhaustives et que je n'ai pas testées dans leur intégralité. Il s'agit juste de se donner une idée des principales similarités et différences:

Mendeley Papers
Compatibilité Windows
Mac
GNU/Linux
iOS*
Windows
Mac
iOS
Licence Propriétaire Propriétaire
Prix Gratuit
Options payantes
(Stockage/groupes améliorés)
59€
Import d'articles Depuis disque dur
Par moteur de recherche
Depuis navigateur web
Depuis Papers
Depuis Endnote
Depuis Zotero
Depuis disque dur
Par moteur de recherche
Moteur de recherche Sur catalogue Choix de bases de données externes
Chargement local Choix de dossiers à surveiller
Manuel
Manuel
Affichage des articles Onglets Partition de la fenêtre
Citations Génération de citations pour MS Word/OpenOffice/LaTeX Magic Manuscripts compatible avec la plupart des logiciels
Annotations sur document Notes extensibles
Surlignage de texte et en zone
Aucune
Classement Favoris
Dossiers non exclusifs
Lus/Non lus
Flags
Collections non exclusives
Lus/Non lus
Partage Groupes de papiers
Partage et ajout collaboratif des annotations
Équipes de travail privées de 50 personnes
Collections Livfe
public reviews
Cloud Sauvegarde/Synchronisation
Documents/métadonnées/annotations
Non
Social Système similaire à Facebook
("Likes" et commentaires)
Non

* Mendeley proposant une API web, plusieurs applications Androïd ont également vu le jour.

Si vous souhaitez voir un comparatif plus complet mais plus publicitaire (donc probablement très biaisé), vous pouvez consulter celui que propose Mendeley. Mais ce que je retiens de ce comparatif, après avoir utilisé Mendeley pendant quelques mois, c'est que les deux outils se valent. Ils ne reposent néanmoins pas sur les mêmes principes de fonctionnement, et j'avoue avoir une préférence pour Mendeley. Peut-être est-ce parce que j'utilise Evernote? Probablement. Mais pour une fois que les utilisateurs GNU/Linux ne sont pas oubliés, cela mérite d'être mentionné. Le seul atout de Papers que je regrette beaucoup de ne pas trouver dans Mendeley, c'est le système de Magic Manuscripts, qui, il est vrai, fait quand même une grosse différence.

Pour terminer, afin d'avoir une meilleure idée de l'allure de l'application, voici une présentation promotionnelle sous forme de diaporama:

Mendeley Teaching Presentation

Toutes les images utilisées sont soumises à la licence Creative Commons, et sont utilisées avec l'aimable accord de l'équipe Mendeley.

Merci à max pour l'inspiration d'origine, la relecture et les retours, ainsi qu'à Akira, Yoann et Clem pour la relecture et les corrections.

  • À propos de
  • Ingé Inria Bordeaux, je mets des conteneurs sur une baleine en espérant que ça tienne.

    J'écris aussi des articles ici, quand je peux. Enfin je fais du peu que je mieux.

4 commentaires sur “Mendeley: Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

  1. Zotero standelone est une alternative très sèrieuse à Mendeley. La synchronisation est plus fiable et évite qq arrachements de cheveux que j\'ai pu avoir avec Mendeley. De plus pr les utilisateurs de suite Office en tout genre, Zotero propose des petits plugins qui vont bien pour le magic manuscripts (très agréable à utiliser pr l\'avoir mis en place pour une autre personne).

    Bref Zotero et Mendeley forment deux alternatives ouvertes et multiplateforme de qualité.

    Mon conseil serait d\'essayer les deux pendant qq temps.

    (moi j\'ai choisi Zotero parce que c\'est avec un Z comme Zoro)

    Bisous

    • Merci beaucoup pour ton input sur Zotero, je l\'avais testé à l\'époque en plugin Firefox et n\'avais pas été très emballée. Je ne savais pas qu\'ils avaient fait une version standalone depuis, je l\'ai appris en rédigeant l\'article. Il faudra que je teste à l\'occasion!

      Personnellement, je n\'ai jamais eu de souci avec la synchro de Mendeley, donc je croise les doigts.

      J\'avoue, le Z comme Zorro, c\'est une excellente raison. On dira ce qu\'on voudra. 🙂

      Biz

      PS: planqué va!

  2. Je l\'utilise depuis plus de 3 ans et j\'ai jamais eu de problème avec. Il est vraiment complet et facile d\'utilisation. Je le recommande.

    • Moi non plus, tout roule. Jamais le moindre bug.

      Par contre, depuis la parution de l\'article, Mendeley a été racheté par Elsevier, ce qui par principe me gêne un peu. Je testerai probablement Zotero dans un futur conditionnel.

      Merci pour le retour d\'expérience!

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