Découverte :
Mendeley: Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique.

Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques. Beaucoup d'entre eux. Or, les articles se présentant sous format PDF, distribué par des sources variées et ne répondant à quasiment aucun standard à part ceux qui définissent le formalisme de rédaction et de production, on se retrouve très vite avec une problématique de taille: "Mais comment ranger tout ça?"

Plusieurs logiciels existent afin de répondre à cette problématique. Parmi les plus connus, nous retrouvons Zotero, une extention pour Mozilla Firefox, qui a l'avantage d'être très souple et tout terrain, mais aussi d'être gratuit. Mais il faut utiliser Firefox, sinon il présente peu d'intérêt. (Une version standalone est disponible depuis le début de l'année mais n'existait pas encore au moment des faits.) On peut également y trouver des applications indépendantes, telles que EndNote et Papers, mais qui coûtent très cher (jusqu'à 305€ pour EndNote) et ne sont pas compatibles avec toutes les plate-formes. Si comme moi vous travaillez sous GNU/Linux, vous pouvez, vous aussi, passer votre chemin.

J'ai néanmoins fait de nouvelles recherches, dans l'espoir de trouver quelque chose de nouveau. C'est là que je suis tombée sur Mendeley. Sans trop y croire, je vérifie les systèmes compatibles et, ô miracle, une version GNU/Linux est disponible! Je me alors lancée sans hésiter et ai commencé à tester la trouvaille. Je vais donc vous partager mes impressions, en prenant Papers pour comparaison, car c'est à ma connaissance l'alternative la plus répandue.

Première surprise: Mendeley est très orienté Cloud, avec un système de compte en ligne, de stockage distant et de synchronisation. De ce point de vue, je suis très tentée de le comparer à Evernote, dans la dynamique avouée de permettre le travail nomade, d'une machine à l'autre et d'une plate-forme à l'autre, en retrouvant toutes ses données à chaque fois. Papers, en revanche, assume parfaitement sa ressemblance avec iTunes, et implique un travail beaucoup plus local et associé à une machine unique. Bien entendu, l'un comme l'autre fournissent des outils de travail collaboratif et d'échange, ce qui est à mon avis et à l'heure actuelle la moindre des choses, mais Mendeley va plus loin en proposant un système d'annotations directement sur les documents: surligneur et notes à ancrer n'importe-où, en plus de métadonnées similaires à ce que Papers propose.

Ma seconde surprise fut l'interface sur le site Internet de Mendeley. En plus de permettre d'accéder à l'intégralité de sa bibliothèque, rechercher des papiers par groupe d'intérêt ou mots clefs, et de construire un profil professionnel complet à la manière de LinkedIn, il propose un système de communication très similaire à Facebook où l'ont peut se créer un réseau de collègues et partager des informations sur un mur, que les collègues pourront "liker" et commenter.

Au cours de mes explorations, j'ai établi un petit tableau comparatif des deux logiciels, selon des catégories qui m'ont paru les plus pertinentes mais qui n'ont pas l'ambition d'être exhaustives et que je n'ai pas testées dans leur intégralité. Il s'agit juste de se donner une idée des principales similarités et différences:

* Mendeley proposant une API web, plusieurs applications Androïd ont également vu le jour.

Si vous souhaitez voir un comparatif plus complet mais plus publicitaire (donc probablement très biaisé), vous pouvez consulter celui que propose Mendeley. Mais ce que je retiens de ce comparatif, après avoir utilisé Mendeley pendant quelques mois, c'est que les deux outils se valent. Ils ne reposent néanmoins pas sur les mêmes principes de fonctionnement, et j'avoue avoir une préférence pour Mendeley. Peut-être est-ce parce que j'utilise Evernote? Probablement. Mais pour une fois que les utilisateurs GNU/Linux ne sont pas oubliés, cela mérite d'être mentionné. Le seul atout de Papers que je regrette beaucoup de ne pas trouver dans Mendeley, c'est le système de Magic Manuscripts, qui, il est vrai, fait quand même une grosse différence.

Pour terminer, afin d'avoir une meilleure idée de l'allure de l'application, voici une présentation promotionnelle sous forme de diaporama:

Mendeley Teaching Presentation

Toutes les images utilisées sont soumises à la licence Creative Commons, et sont utilisées avec l'aimable accord de l'équipe Mendeley.

Merci à max pour l'inspiration d'origine, la relecture et les retours, ainsi qu'à Akira, Yoann et Clem pour la relecture et les corrections.