Archives par tags: outil

Brèves :
Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport.
Installation
Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour ma part j'ai directement récupéré le binaire après un échec de compilation...

Découverte :
iPath partout !

Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains.

Présentation de l'outil
iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.

Actualité :
Les 10 ans du World Community Grid

Le 16 novembre 2014, le World Community Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce projet de grille de calcul distribué par ordinateur se donne pour mission de soutenir des projets de recherche à fins humanitaires. Selon Wikipedia, une grille de calcul est une infrastructure virtuelle "qui exploite la puissance de calcul (processeurs, mémoires, ...) de milliers d'ordinateurs afin de donner l'illusion d'un ordinateur virtuel très puissant"...

Découverte :
Bioservices, un module Python très utile

Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se lance dans cette quête, c'est le nombre de services web dont nous devrons connaître la technologie...

Découverte :
Mendeley: Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique.
Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques...

Découverte :
À la découverte de BioMart !

Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart.

Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De façon simpliste, on peut définir BioMart comme un programme que l'on peut trouver sur certaines banques sous la forme d'un service web...

Journal Club :
Revue de presse : les articles de février que vous avez (peut-être) lus

Ce billet est le premier de notre nouvelle rubrique Journal Club (JC pour les intimes). Le JC est le moment où on parle de papiers récents proches des thématiques de recherche des gens de l'équipe. La bio-informatique n'échappe pas à cette tradition : étant un domaine en constante évolution et passionnante ébullition, un tas d'études et nouvelles méthodes d'analyse est publié régulièrement...