Étiquette : outil

  • Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Nous revoi­là pour de nou­velles aven­tures sur Inks­cape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inks­cape, quand des outils qu’on uti­lise tous les jours le font très bien, que de se fami­lia­ri­ser avec un outil puis­sant en mani­pu­lant des notions de bases qui peuvent ser­vir ensuite notam­ment dans l’élaboration de…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

    Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

    Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de cha­touiller ce drôle d’animal qu’est pan­das. En effet, j’ai tra­vaillé sur des don­nées de pro­téo­mique conte­nues dans des fichiers tabu­lés. Il s'agissait de com­pa­rer la pré­sence des pro­téines ou leur expres­sion dans dif­fé­rents échan­tillons. Les abon­dances rela­tives (la variable étu­diée) étaient indi­quées pour les dif­fé­rentes pro­téines…

  • Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

    Je découvre à l'instant geno­me­tools, un outil mul­ti­fonc­tion qui est capable de géné­rer une image repré­sen­tant des anno­ta­tions sur un génome de réfé­rence. Idéal par exemple, si vous vou­lez vous pas­ser d'un genome brow­ser comme UCSC ou Ensem­bl pour incrus­ter des images dans votre rap­port. Installation Vous pou­vez récu­pé­rer et com­pi­ler le code source depuis le site offi­ciel. Pour…

  • iPath partout !

    iPath partout !

    Depuis quelques mois j'utilise un outil nom­mé iPath2.0 qui peut être très utile pour cer­tains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, acces­sible à l'adresse http://​path​ways​.embl​.de/​i​P​a​t​h​2​.​cgi. Son prin­ci­pal inté­rêt est la visua­li­sa­tion et l'analyse de voies méta­bo­lique.

  • Les 10 ans du World Community Grid

    Les 10 ans du World Community Grid

    Le 16 novembre 2014, le World Com­mu­ni­ty Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce pro­jet de grille de cal­cul dis­tri­bué par ordi­na­teur se donne pour mis­sion de sou­te­nir des pro­jets de recherche à fins huma­ni­taires. Selon Wiki­pe­dia, une grille de cal­cul est une infra­struc­ture vir­tuelle "qui exploite la puis­sance…

  • Bioservices, un module Python très utile

    Bioservices, un module Python très utile

    Dans notre domaine si vaste, il existe de nom­breuses bases de don­nées (cf. Bases de don­nées, notions par nahoy), et par­mi ces bases, un cer­tain nombre d'entre elles pro­pose un ser­vice web pour accé­der à leurs don­nées à par­tir d'un script. Le pro­blème prin­ci­pal qui peut nous frei­ner, ou nous faire peur, lorsque l'on se…

  • Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

    Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

    Je pro­fite de l'élan ini­tié par max dans son excellent article, "com­ment orga­ni­ser sa veille en bio­in­for­ma­tique", pour vous par­ler un peu d'un logi­ciel que j'ai décou­vert récem­ment, et qui m'a été d'une aide consi­dé­rable dans mon tra­vail biblio­gra­phique. Orga­ni­ser et ali­men­ter une veille effi­cace implique une recherche biblio­gra­phique régu­lière, donc lire, éva­luer, gar­der ou…

  • À la découverte de BioMart !

    À la découverte de BioMart !

    Dans le cadre de mon tra­vail, j'ai récem­ment décou­vert un outil for­mi­dable pour la consul­ta­tion et la récu­pé­ra­tion de don­nées à par­tir de cer­taines banques : Bio­Mart. Après avoir pas­sé la frus­tra­tion de devoir uti­li­ser l'interface du ser­vice four­ni pour télé­char­ger les dif­fé­rentes don­nées dont j'avais besoin, je me suis ren­sei­gnée davan­tage sur ce logi­ciel. De…