Étiquette : outil
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Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)
Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de…
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ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques
Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans…
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Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas
Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de chatouiller ce drôle d’animal qu’est pandas. En effet, j’ai travaillé sur des données de protéomique contenues dans des fichiers tabulés. Il s'agissait de comparer la présence des protéines ou leur expression dans différents échantillons. Les abondances relatives (la variable étudiée) étaient indiquées pour les différentes protéines…
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Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3
Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport. Installation Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour…
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Les 10 ans du World Community Grid
Le 16 novembre 2014, le World Community Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce projet de grille de calcul distribué par ordinateur se donne pour mission de soutenir des projets de recherche à fins humanitaires. Selon Wikipedia, une grille de calcul est une infrastructure virtuelle "qui exploite la puissance…