Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape !
Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques.
Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes...
Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales...
Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de chatouiller ce drôle d’animal qu’est pandas. En effet, j’ai travaillé sur des données de protéomique contenues dans des fichiers tabulés. Il s'agissait de comparer la présence des protéines ou leur expression dans différents échantillons. Les abondances relatives (la variable étudiée) étaient indiquées pour les différentes protéines identifiées (plusieurs milliers et correspondant aux lignes du fichier) dans les différents échantillons analysés (correspondant aux colonnes)...
Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport.
Installation
Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour ma part j'ai directement récupéré le binaire après un échec de compilation...
Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains.
Logo officiel d'iPath2.0
Présentation de l'outil
iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.
Le 16 novembre 2014, le World Community Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce projet de grille de calcul distribué par ordinateur se donne pour mission de soutenir des projets de recherche à fins humanitaires. Selon Wikipedia, une grille de calcul est une infrastructure virtuelle "qui exploite la puissance de calcul (processeurs, mémoires, ...) de milliers d'ordinateurs afin de donner l'illusion d'un ordinateur virtuel très puissant"...
Logo officiel du langage de programmation Python |Tous droits réservés
Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se lance dans cette quête, c'est le nombre de services web dont nous devrons connaître la technologie...
Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique.
Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques...
Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart.
Logo de BioMart. Image du domaine public
Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel...
Crédit : ted_major sur Flickr, CC-by-SA 2.0
Ce billet est le premier de notre nouvelle rubrique Journal Club (JC pour les intimes). Le JC est le moment où on parle de papiers récents proches des thématiques de recherche des gens de l'équipe. La bio-informatique n'échappe pas à cette tradition : étant un domaine en constante évolution et passionnante ébullition, un tas d'études et nouvelles méthodes d'analyse est publié régulièrement...
