Étiquette : Génomique

  • Fabriquer un trackhub dans UCSC

    Fabriquer un trackhub dans UCSC

    J'ai déci­dé de par­ta­ger avec vous la petite astuce du moment que j'ai décou­verte grâce à Jona­than et que j'ai incor­po­rée dans mon tra­vail actuel (mer­ci encore à lui, il a lu toute l’infâme docu­men­ta­tion de UCSC). [edit : Il vient d'ailleurs de me signa­ler que la docu­men­ta­tion pour les track­hubs vient d'être mise à jour…

  • Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

    Libre­ment tra­duit, com­plé­té et adap­té de l’article “How to Stay Cur­rent in Bioinformatics/​Genomics” par Ste­phen Tur­ner. Ste­phen est "assis­tant pro­fes­sor" (c'est à dire pro­fes­seur non encore titu­la­ri­sé) en san­té publique, et direc­teur du bio­in­for­ma­tics core de l'Université de Vir­gi­nie, et tient le blog Get­ting Things Done in Gene­tics & Bio­in­for­ma­tics Research. Plu­sieurs per­sonnes ayant deman­dé à Ste­phen com­ment il res­tait…

  • J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

    J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

    Suite à l'article de Guillaume, voi­ci le deuxième article de la rubrique J’ai lu, por­tant sur le livre « Bio­in­for­ma­tique – Géno­mique et post-géno­mique ». Bioinformatique – Génomique et post-génomique Ouvrage de Fré­dé­ric Dar­del et Fran­çois Képès, pro­fes­seurs à l'École poly­tech­nique, publié en 2002 aux Édi­tions École poly­tech­nique. Une par­tie de l’œuvre est dis­po­nible sur google docs. © Édi­tions École…

  • Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

    Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

    Les élé­ments trans­po­sables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évi­dence par Bar­ba­ra McClin­tock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont pré­sentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent repré­sen­ter une grande par­tie du génome (envi­ron 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez…

  • Introduction à Circos

    Introduction à Circos

    La visua­li­sa­tion de don­nées est un pro­blème récur­rent dans un grand nombre de dis­ci­plines. En bio­in­for­ma­tique, il est sou­vent dif­fi­cile de repré­sen­ter de manière effi­cace des quan­ti­tés mas­sives de don­nées. Une « bonne » repré­sen­ta­tion gra­phique doit être adap­tée au type de don­nées que l’on sou­haite visua­li­ser et sur­tout aux résul­tats que l’on sou­haite mettre en évi­dence. Par…

  • Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

    Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

    Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une appli­ca­tion web écrite en Python des­ti­née à faci­li­ter la mani­pu­la­tion et l'analyse des don­nées, dans le cadre de la recherche bio­mé­di­cale. Elle per­met d'utiliser des logi­ciels habi­tuel­le­ment exé­cu­tés en ligne de com­mande de manière gra­phique, grâce à un sys­tème de plu­gins (« outils ») en XML et de tem­plates Mako. Ces…

  • Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

    Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

    Qu'est ce que la métagénomique ?  Depuis quelques années, la méta­gé­no­mique semble s'installer de plus en plus par­mi les sciences du vivant. Bien que plu­sieurs tech­niques et modi ope­ran­di se cachent der­rière le terme "méta­gé­no­mique", on peut y appo­ser une défi­ni­tion géné­rale : la méta­gé­no­mique vise à étu­dier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ain­si que…