Étiquette : Python
-
Les dev' jam c'est bon pour vous !
Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois. Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien. Préambule glorieux. Bonjour à tous ! Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour…
-
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)
Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà…
-
Python, dessine-moi un graphe
Derrière ce titre énigmatique, qui n'aura pas été sans vous rappeler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exupéry, se cache un module pour Python qui dira sûrement quelque chose à nos lecteurs assidus spécialisés dans les graphes : pygraphviz ! Ce module a été créé autour de GraphViz et vous permet ainsi de faire…
-
RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?
Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré : À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ? Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats,…
-
Python fait la numba
Suite à cet article, j'ai eu envie de comparer les temps d'exécution de Cython et Numba.Il est toujours intéressant de faire des tests de performances (benchmarks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas améliorer certains de nos algorithmes 🙂 Cython est un très bon moyen pour optimiser vos programmes, mais il…
-
Cython : votre programme Python mais 100x plus vite
Python est un langage extrêmement pratique car il est facile à lire et à écrire, comparé à un langage de "bas niveau" et compilé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beaucoup plus lent. C'est un compromis entre les deux qu'offre Cython, permettant d'accélérer votre programme d'un facteur 2 à plus de…
-
Parser des fichiers HTML en Python
Langage : PythonBibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)Niveau : débutant-intermédiaire Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction…
-
Bioservices, un module Python très utile
Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se…